清武冈县人。字厚甫。生年不详。道光五年（1825）拔贡。以知县发往四川。历署梁山、江油、洪雅县事。后补綦江。调富顺。因亲丧归里。服满捐资为知府。补江西南安。调署广信。后署督粮道。
咸丰三年（1853）。太平军由武昌沿江而下。占领九江。江西巡抚出防。南昌百姓惊恐。争相迁徙。邓仁堃出示安民布告。并上书建议防守长江。请增兵扼守湖口。加强城守。擢督粮道。同年六月。江忠源率部抵九江。邓又请巡抚张芾疏调江军赴南昌任守城责。彼此关系融洽。张对两人倾心倚任。谓“战问江君。守问邓君。”太平军多次用地雷轰城。都因两人率众力战。城得保全。又改粮船数十艘为炮艇。募卒扼守进贤门以保粮道。自夏至秋。太平军攻南昌不克。乃引军去。事后。又大修城防。亲自督工建炮台、营房、瞭望楼等。疏浚护城壕深广各3丈。又筑临壕炮台。使城防工事更臻完备。
咸丰五年（1855）。太平军自湖北进攻义宁。邓仁堃命道勇500人往援。时赣州知府率军2000人来。巡抚陈其迈令防守饶州。邓说明防守义宁重要性。力请改援。陈不许。仅以230人派往助守。义宁遂被太平军攻占。未几。罗泽南率部到达。邓请罗往攻义宁。并接济饷银10万。攻下义宁。同年十月。太平军攻占瑞州、临江。围吉安。并于九江、湖口结集兵力。南昌形势危急。邓添募捍卫军和保卫军。加强防守力量。曾国藩命副将周凤山率3500人攻取临江、瑞州。在樟树镇获胜。
时吉安由按察使周玉衡孤军防守。处于太平军围攻之中。 邓仁堃请撤令周凤山乘胜往援。因江西巡抚和其他大吏令周军保卫省城。邓议未被采纳。次年春。吉安破。周玉衡死。周凤山军被击溃于樟树镇。抚州、建昌失守。南昌所属各县均被占领。次年邓迁按察使。咸丰七年初。遭学政奏劾。以邓子辅纶不应参与兵事。又办理城工不实。降五级调用。曾国藩虽上疏为之辩解。谓“仁堃所承修为南数省第一名城。七郡并陷。省垣终保。不为无功。”不报。
   邓仁堃罢官归里后。仍参与镇压太平军。捐谷3000石支助军饷。又协助防守武冈。同治五年（1866）卒。