清桂阳县(今汝城县)人。字积之，号漱石，生于乾隆六十年(1795)。4岁时，即从父读书认字。至七八岁时，开始阅读《资治通鉴》。稍长，入县学，每逢科试，名列前茅，得湖南学政徐松、汤金钊等赏识，有“才子”之称。
嘉庆十八年(1813〉，何庆元赴长沙，入岳麓书院，旋以汤金钊推荐去北京参加考试，选为拔贡。道光十一年(1831)中举人。十五年成进士，选翰林院庶吉士，散馆后任翰林院实录馆协修。二十五年以母老乞养回籍。
何庆元回乡后，主讲朝阳书院，所教学生发名成业者甚众，同时热心地方公益事务，诸如兴建县邑，增修文庙书院，都积极参加或主持。道光三十年（1850）病卒。
何庆元以散文见长，清新简洁，自谓不在明归有光之下，追步韩（愈）、柳（宗元），享誉一时，著有《知新阁散体文稿》2卷。