新化县罗洪村(今属隆回县)人。字价人，清咸丰十一年(1881)生。少好学，而厌薄科举，应试遇主考者姓曹，因赋诗曰：“可恨青龙偃月刀，华容道上不诛曹；奸臣幸运传留种，科甲场中独占鳌。”主考见之，遣人追捕。而邹代藩裸体对骂，捕者疑其疯，遂罢。后探其非疯，又追捕，他走避某县令(邹门生)内室，遂得脱。中日甲午战后，与从兄代钧参加维新运动。创办新化速成学堂与罗洪小学。
光绪二十九年（1903）冬，邹代藩与周震鳞等编撰《血泪书》一种，缕数外侮事实，抨击清廷懦弱无能，屈膝媚外，用以唤起民众。书末附有“凡黄炎种子，急宜奋起图存，誓驱鞑虏于关外，否则瓜分之日立至，亡国之祸不远矣。血泪陈词，伫望速起”等语。三十一年后，与同盟会员谭人凤等奔走赣、鄂、南京、日本等地。清廷悬赏缉拿，他闻讯笑曰：“吾头仅值五十万耶? 如赏一百万，予或许可将头赠人领赏。”
宣统三年（1911）九月长沙起义后，邹代藩参与宝庆起义，被推举在宝庆组织军政分府，任都督。同年十一月，独立各省都督府代表在南京集会，选举孙中山为临时大总统，湖南代表有谭人凤、邹代藩、廖铭缙、宋教仁等4人。
民国初，邹代藩任湖田局局长多年。民国11年（1922）冬，病卒，年61岁。著有《历史精义》4卷，《孝经通义》1卷，《人学堂文存》1卷，《人学堂诗存》2卷，《资江日墨》1卷。