湖南保靖人。字荪楼。少时随从兄瞿方梅就学桃源漳江书院。1904年（光绪三十年）入华兴会，负责发动湘西会党。明年，因与马福益起义事有连，遭通缉，亡走日本，入明治大学攻法律；参加同盟会，襄办《民报》。1907年归国，任吉林法政学堂教员，配合宋教仁在辽东运动“马侠”。1910年任上海《中国公报》编辑。民国成立，任南京临时政府法制局编纂、农林部参事。1913年宋教仁被刺，他愤然离职赴天津，任刘揆一主办之《公民报》编辑。1917年任北京大学法科教授，兼北京高等师范文科教授。1930年任湖南大学中国文学教授。1937年任湖南通志馆副馆长。1947年主纂桃源新县志。同年病逝。著有《中国文学史》传世。

生于龙山县里耶镇，因祖居保靖，又以该县生员应试，遂为保靖县籍。字荪楼，清光绪七年（1881）父为秀才，授徒为生。瞿方书5岁随父入塾，后随从兄方梅习训诂词章。光绪二十五年（1899），瞿方梅主讲桃源漳江书院，他随往肄业，与宋教仁同学，称莫逆。是年冬，参加永顺府试，拔置案首。明年，补博士弟子员，曾参加自立会活动。
光绪三十年(1904)，瞿方书参加华兴会，并参与长沙起义工作，负责联络湘西会党，与常德宋教仁相策应。起义失败后，潜伏湘西，伺机再举。次年保靖知县某侦知其活动情况，褫革生员名号，并下令通缉。三十二年秋东渡日本，入东京明治大学，习法政。不久由宋教仁介绍，参加同盟会，受委襄理《民报》事务，兼撰述员。曾用“无我”笔名，发表宣传民主革命思想、批驳《新民丛报》文章。
光绪三十四年（1908），瞿方梅为吉林提学使，并兼法政学堂总办。受东京同盟会总部委派，瞿方书偕仇鳌至该校任教。他并介绍林伯渠为瞿方梅幕宾，开展革命活动。宣统二年(1910)，奉同盟会总部命赴上海，任《中国公报》编辑，与《民立报》相呼应，揭露帝国主义侵略阴谋，抨击清政府腐败无能。
辛亥武昌起义后，瞿方书应宋教仁邀，参与筹备临时政府工作。南京临时政府成立，宋教仁任法制院院长，他被荐为该院委员，兼法制局编篡参事，为起草《中华民国临时约法》及各部院组织法主要执笔人之一。曾与黄兴、宋教仁、吴玉章等提议建立国史馆，以撰辑《中华民国建国史》。
民国元年（1912）4月，唐绍仪组织内阁，宋教仁为农林总长，瞿方书应邀为该部参事。协助宋教仁规划垦殖、渔业、森林各方案，提交国务会议。后以唐内阁辞职，未果施行。
民国2年（1913）3月，宋教仁被袁世凯遣人刺杀，瞿方书愤然离职，赴天津，任刘揆一所办《公民报》编辑。旋赴上海，参与“二次革命”。失败后，与陈其美潜居上海租界，常在报刊上发表主张民主共和、反对君主专制等文章。后以袁世凯在南方搜捕党人甚急，复至天津，化名主办《公民报》，选行反袁活动。
翌年，瞿方书转至吉林，从事教育事业，在高等师范学院任教，又转北京优级师范学校。民国6年（1917），应蔡元培之聘为北京大学法科教授，兼北京高等师范文科教授，凡7年。后与教育总长章士钊龃龉，辞职回湖南。当湖南省长赵恒惕实行联省自治时，他在报刊上揭露赵恒惕名为“自治”，其实割据，致被捕入狱。赖于右任、仇鳌等营救，得释，遂归隐湘西故里。
先是，瞿方书在《民报》时，曾与章炳麟探讨印度哲学；及任教北京，复得遍读白云寺佛藏。至是，遂专从事于佛学及《周易》研究，不再与闻时事。
民国19年（1930），瞿方书出任湖南大学教授，先后5年。民国23年（1934），病休回保靖。曾向陈渠珍建议筹建苗族师资学校，并协助办理凤凰、乾城（今吉首）等中学。民国26年（1937）春，湖南预备修篡纂通志，他受聘为副馆长，因病未赴。
抗日战争爆发后，瞿方书奋然兴起，于民国29年(1940)应湖南省政府及第九战区司令长官部聘为高等顾问，迭陈建议，期于抗战救亡有所禅益。民国32年（1943），日军侵入湖南，他由耒阳辗转避至沅陵。明年秋，应原漳江书院学友之约，讲学桃源各中等学校。时某军军长王耀武请其为题山水画册页。他奋笔题写七绝一首云：“大地山河尽战场，四围草树暗无光；奈何水阁幽居者，犹自萧疏对夕阳！”寓讽刺之意，亦抒其爱国之情。民国35年（1946）冬，为新修桃源县志制订编辑大纲及工作方案，使《桃源县志（初稿）》得以顺利告成。民国36年(1947)5月，病逝于桃源信国中学寓所。著有《易经爻象数理》、《文字疏证》、《列国疆域形势考》、《中国文学史》等。