清道光二十一年（1841年）中英鸦片战争定海战役中，保卫定海的将领葛云飞、郑国鸿、王锡朋三位总兵率领守军，与英国侵略者浴血奋战六昼夜，终因寡不敌众，三位总兵于1841年10月1日壮烈牺牲。三镇同殉，宣宗（道光帝）挥泪下诏：“三镇死事最烈，并入昭忠祠（北京专祀英烈、名将的祠庙）。定海收复，建立专祠，并许原籍各建专祠。”

清道光二十六年（1846年），英军退还定海后，地方官吏以建祠费用巨大为由未建专祠，附祀于关帝庙启忠祠（祀三国时人物关羽的庙），后来把启忠祠改名为三忠祠。次年定海关帝庙内就建立了三忠祠。该词坐北朝南，原前殿、正殿各三间，偏殿五间，外有小屋一座三间。

清光绪十年（1885年），浙江巡抚刘秉璋在定海发起募捐重建三忠祠。新建的三忠祠共有前大殿、后大殿、偏殿三座11间，另有小屋数间。偏殿内竖着宁（宁波）绍（绍兴）台（台州）兵备道薛福成撰写的《新建三忠祠碑记》石碑。碑高217厘米，宽105厘米，厚15厘米，共镌碑文1044字，记述三位总兵爱国抗英的英雄事迹及成邦干和定海军民抗法斗争的功绩。

1962年，三忠祠被公布为县级文物保护单位；1979年，又被公布为舟山地区级重点文物保护单位。