◎曾国藩与湘军的建立
清咸丰二年，即1853年1月29日，咸丰帝下令“各举在籍绅士，一律治团。”于是在籍侍郎曾国藩奉旨至长沙，帮助湖南巡抚办理团练。但他考察后认为办团练已无济于事，因为即使是当时的部队绿营兵也不堪使用，建议按照戚继光的办法组建新军。随后即以其家乡——湘乡的练勇为基础，招募质朴的农民为士兵，以当地儒生为军官，编练成一支军队，朝夕训练，号“湘勇”，通称湘军，此为湘军之始。
湘军组建之初，曾国藩先编练陆军。但是，鉴于太平军“水营”扬帆长江，轴轳千里，先声夺人，所以清廷内不少官员纷纷建议造战船，建水师。原安徽巡抚周天爵认为，“论战之法，陆路用车马，水路用舟楫”。没有水师，就难以控制长江。所以曾国藩更进一步说明长江控制权和水师的重要性，“（太平军）以舟楫为巢穴，以掳掠为生涯，千舸百艘，游弋往来，长江千里，任其横行，我兵无敢过而问者……见在两湖无一舟可为战舰，无一卒习于水师，若驰赴下游，则贼以水去，我以陆追，曾不能与之相遇，又何能痛加攻剿。再四筹思，总以办船为第一先务。臣欲驻衡州试办，如舟师办有头绪，即亲自统带驰赴下游。”曾国藩还断言，太平军水营纵横长江，“非水师莫能制其死命”。因此，战船的修造、火炮的购置、水师的组建和训练，就成为编练湘军的重心。
1853年9月15日，曾国藩由长沙移驻衡州，亲自督办。他在衡州设船厂，另在湘潭设分厂，加紧建造战船，又在两广购置火炮，同时在衡州招募水勇加以训练。到1854年2月，已造成“快蟹四十号，长龙五十号，舢舨百五十号，拖罟一号，以为座船。另购民船改造战船者数十号，雇民船百数十号以载辎重。水勇五千人，分为十营。”湘军水师初步成军。
湘军水师以营为基本建制单位。每营配置快蟹船1艘，长龙船10艘，舢舨10只，共21只。1855—1856年间，快蟹船、长龙船减为8艘，舢舨船增为22只，共30只。长龙船配置火炮7门，首炮较大；舢舨船配置火炮4门，两舷火炮较小，重四五十斤，其他均为六七百斤至一千斤的“洋庄”，即旧式前膛洋铁炮。此外，各船还配有鸟枪、刀、矛、喷筒，以备近战。
湘军水勇营，每营设营官2人，每船设哨官1人统领。快蟹船配有桨手28人，橹工8人，舱长1人，头工1人，舵工1人，炮手6人，共45人。长龙船配桨手16人，橹工4人，头工1人，舵工1人，炮手2人，共24人。舢舨船配桨手10人，头工1人，舵工1人，炮手2人，共14人。全营编制总共447人。1855—1856年间全营员额增加到532人。
湘军水师共编10营。湘潭召募4营，由禇汝航、夏銮、胡嘉垣、胡作霖统领，衡州召募6营，由成名标、褚殿元、杨载福、彭玉麟、邹汉章、龙献琛统领；整个湘军水师10营由褚汝航为“各营总统”。湘军陆勇也编为10营，共5000余人，以塔齐布、罗泽南、周凤山等为营官加以统领。水陆“合计员弁、兵勇、夫役17000余人。”
◎太平天国建立初期与湘军的水战
太平天国的主要水战发生在定都天京后的西征过程中，这是与其领导集团的战略思想有密切联系的。太平天国定都天京后，实际上存在着三个战略方向：一是东线，太平军采取了以守为攻的战略方针，他们坚守天京下游的镇江、扬州，以牵制清军力量；二是北线，太平军采取战略进攻的作战方针，派出李开芳、林凤翔率2万余人北伐，向清朝的统治中心进击，相机夺取北京；三是西线，太平军派出西征军进军长江中游，藉以从战略上拱卫天京，先后派出石达开、胡以晃、秦日纲、赖汉英、韦俊、石贞祥、曾天养等统率水、陆营，溯江而上，进行西征。
1853年2月9日，太平军由武汉顺流东下。由于沿江要地随得随失，太平军水营对长江中下游的控制权仅仅是暂时的，所以太平军在定都天京后派出西征军再度与清军争夺长江中下游的控制权。西征，主要是沿江而上，重新夺取沿江战略要地——安庆、九江和武昌等地。只有牢牢掌握这些江防重镇。才能有效地保卫天京的安全和保证粮食的供应。此后，洪仁轩评论说：“夫长江者，古号为长蛇，湖北为头，安省为中，而江南为尾。今湖北未得，倘安徽有失，则蛇既中折，其尾虽生不久”。
定都天京后，太平军水营已上升为军种，在西征中发挥了重大作用。这个时期，战区集中在长江中游的湘、鄂、赣三省的沿江地区，水营的主要对手为湘军水勇，太平军水营所进行的主要水战基本上都集中存这个时期。
1853年5月，太平天国派胡以晃、赖汉英、曾天养等率军2万余人，分乘战船千艘沿江西上，揭开了再次争夺天京上游战略要地和长江控制权的序幕。西征军先后攻占安庆、九江，然后继续沿江而上。10月初攻占湖北武穴，随即进抵“入楚要隘”的田家镇，为进一步攻占武昌、夺取长江中游控制权作准备。田家镇地形险峻，江流湍急，“田家镇当江北，诸山峻峙，江南大山曰半壁，三面斗绝，山下富池口，江水绕山北而东，故行依田家镇以避湍。”
在此之前，清廷湖广总督张亮基派遣前武昌府同知劳光泰“率炮船驶至田家镇”，会同徐丰玉、张汝瀛进行“防堵，编巨筏横江，载炮数十其上”，共有大小船四五十只，炮七八十尊。从一般意义上说，清军防御还是比较严密的，但防御漏洞在于“时湖北防军悉驻北岸，而南岸无军”。
10月2日，太平军水营驶抵田家镇；10月5日分兵于南岸富池口登陆，占领半壁山，抢在清军江忠源部之前控制了制高点，居高临下控制了江面，直接威胁田家镇。10月15日晨，正当清军用饭之际，太平军水陆大军在曾天养的指挥下，对田家镇清军发起攻击。“水营”战船逆水而上，半壁山陆营配合，“居山开炮下击，防兵多逃”、“劳光泰潮勇炮船溃降”，徐丰玉、张汝瀛战死，江忠源“仓卒拒战，亦不利”，田家镇遂被太平军攻占。
田家镇水战后，西征太平军主力集中攻庐州。1854年1月15日攻占庐州，2月中旬攻占汉阳、汉口。随后，西征军兵分三路，一路由曾天养率领经湖北向荆州、襄阳方面挺进；一路由韦俊等率领进攻武昌，于6月26日第二次攻占该城：一路由林绍璋等率领南下湖南，2月27日占领岳州，3月7日进占距长沙仅六七十里的靖港。
1854年2月25日，曾国藩率领刚刚建成的湘军水陆勇，从衡州出发，会师湘潭，夹江而下抵达长沙。此时，林绍璋率太平军水陆军进入湖南，攻占岳州，南下湘阴，进迫宁乡，并在此击毙湘军将领储玖躬。此后，太平军曾陆续退出湖南。4月7日，太平军再占岳州。曾国藩率湘军退守省城长沙。4月21日、22日，太平军在长沙西北的靖港先后击败湘军水勇，并进驻靖港。
太平军决定留石贞祥率部分兵力扼守靖港，林绍璋率主力由陆路进攻湘潭，构成对长沙南北夹击之势。4月22日，林绍璋败宁乡湘军，并于24日占领湘潭，完成了预定的作战部署，同时在城外修筑营垒，加强陆上防卫；另以民船数百只构成木城，控制湘江水面，阻挡湘军水师的进攻。
湘潭被占，“长沙省城大震”。曾国藩等商量决定：兵分两路，由塔齐布率陆勇，褚汝航率夏銮、杨载福、彭玉麟统带水师援救湘潭，曾国藩亲自驰援靖港。
4月25日，塔齐布、周凤山率军抵达湘潭，第二天即向太平军发动了进攻，林绍璋扎营未稳且孤立无援，初战失利。4月27日，褚汝航率湘军水勇5营与太平军“水营”战于湘江，太平军失利。4月28日，水营再战，再次失利，被毁船只300余只。4月30日，太平军水营船只六七百只被湘军水师焚毁，士兵战死千余。湘军依靠战船、火炮装备的优势，取得了湘潭战役的胜利。5月1日，林绍璋撤出湘潭，突围北走。
湘军水、陆勇在湘潭初战胜利后，曾国藩亲率水师5营战船40艘、陆勇800人，于4月28日从长沙进袭靖港。破晓时，曾国藩率军到达该地。湘军战船直趋太平军营垒，遭到太平军岸炮轰击，太平军水营适时派出小划船200余只投入战斗，湘军水师大败，湘军陆勇也被击败。湘军水陆皆败，战船有的被焚毁，有的被俘获，损失达三分之一。曾国藩羞愤交集，悲观失望，两次投水自杀，皆被部下救起。
靖港虽胜，然未能挽回湘潭失利所造成的影响。太平军进入湖南兵力本来不多，湘潭一战，伤亡很大并损失船只千艘，客观上给曾国藩向皇帝奏报靖港大败提供了口实。太平军遂不得不北撤岳州，此后“无力再图湖南”。湘军由此站稳了脚跟，终于“耀兵江汉，进犯九江”，从湘江进入长江，直接与太平军水营争夺长江中下游的控制权。
靖港水战后，曾国藩抓住时机，一方面补充陆勇数千人，一方面加紧修造战船，在衡州、湘潭两船厂新造更加坚固的战船60艘，另在长沙设厂重修战船100多艘，增强了水师力量。每艘战船增设哨官一员，以加强指挥，又上奏清廷，调来广西李孟群水师1000人，广东派来总兵陈辉龙水师400人、炮100尊。据此，湘军水师东山再起。
与此同时，太平军西征军集中湖北各地分散部队，合力进攻武昌，并于6月26日攻克武昌城。6月25日，太平军曾天养等与湘军胡林翼、周凤山、李朝辅等部激战于龙阳。时值洞庭湖水大涨，太平军水营趁水势猛攻湘军水师，胡林翼军被击溃。
武昌失守，清廷震惊。1854年7月7日，曾国藩率水陆勇2万人北上，与太平军展开激战。“总统”褚汝航率夏銮、彭玉麟、杨载福带水师4营共2000人，在长沙进泊鹿角，阻断岳州太平军南进的通道。陆勇由塔齐布等统率，分三路直逼武昌。
7月23日，在塔齐布率军由新墙向岳州北进时，与太平军曾天养部水营激战洞庭湖、君山、雷公湖，太平军水营遭湘军水师伏击，损失船只百余只。太平军水陆接连失败，7月25日曾天养等只得放弃岳州，退守岳州以北20里的城陵矶。褚汝航等遂率湘军水勇进入岳州城。
7月27日，曾天养等率战船400只，分三路，在陆营的配合下向岳州发动反攻。湘军水师分五路迎战。曾天养水陆军皆败，损失船只76艘，火炮280余尊，伤亡千余人，只好率余部退临湘。
洞庭水战太平军接连失败，韦俊、陈玉成等率军由武昌前来支援。7月30日，韦俊会合曾天养、林绍璋、张子朋等率战船五六百只，再次反攻岳州。褚汝航等率湘军水勇迎战于道林矶。双方起初不分胜负，后湘军水师杨载福率战船绕到太平军水营的后面乘风放火，太平军战船被烧毁一百余只，水营官兵伤亡千余人。
8月8日，曾国藩亲率李孟群、陈辉龙等两广水师由长沙进驻岳州，第二天就爆发了激烈的城陵矶水战。湘军水师是否能真正冲出湘江进入长江，城陵矶是最后一道关卡。
8月9日，清军总兵陈辉龙、沙镇邦拟出战。当时南风大作，陈辉龙刚愎自恃，不听劝阻，点炮启航，所率水师“旌旗鲜明，刀矛如霜雪，洋装铜炮震山浦。”清水师向城陵矶太平军水营发动了猛烈进攻。褚汝航、夏銮同时出动配合。湘军水师居上游，乘南风下，水急风顺，船行如飞。曾天养针对湘军水师船体大、笨重、机动性差的缺陷，加之南风迅急，战船进易退难，于是埋伏水营战船于旋湖港，待机发动袭击。
战斗开始，曾天养令小舢板诈败诱敌深入下游，沙镇邦率战船突进，结果遭水营阻击，陷入包围，难以后退。陈辉龙乘拖罟大船前来支援，结果又在漩涡里搁浅。曾天养抓住战机，亲率舢板进击，旋湖港的伏船也一齐出击，大败湘军水师，当即斩陈辉龙、沙镇邦。褚汝航、夏銮来援，亦被击溃，褚战死，夏受伤落水而亡。陈辉龙一营船炮被全歼。
此次水战，太平军水营歼敌官兵数百人，毁沉清水师战船30余艘，打了一个漂亮的水上伏击战，给了湘军水师以沉重打击，扼制了湘军水师进人长江的最后关卡。
此后，双方在城陵矶相持十数日，交战多次，太平军失利较多，只得于8月下旬退出湖南，撤回武汉。湘军取得了进入长江的通道，双方水战更加激烈，争夺长江中下游控制权的斗争也日趋紧张。
◎田家镇水战
太平军湘潭战役的失利和接连水陆交战的败北，导致湘军冲出湘江进入长江，此时已经说明了太平军西征军事形势的危急。此后，曾国藩指挥水陆勇进攻武昌。新任水师“总统”李孟群和杨载福、肖捷三等率水师先行，塔齐布、罗泽南等率陆勇后继。10月8日，曾国藩在金口召开军事会议，商讨并决定了进攻武汉的作战部署和计划。10月12日，曾国藩率湘军水陆勇，由金口沿江而下，发动了对武汉的总攻。按照事先的计划，水师分为前后两个分支舰队，前面的分支舰队急驶而下，冲过盐关，直抵鹦鹉洲。太平军水营分泊两岸，来不及阻截，只好接着下驶救援，但湘军后面的分支舰队已至，太平军腹背受敌，被毁战船300余只。湘军水勇控制了武汉江面，隔断了武昌和汉阳、汉口的联系。与此同时，湘军陆勇三路分别进攻武昌和汉阳。
10月13日，太平军水营战船又损失300余只，武汉江面已无水营船只，武昌、汉阳的陆上防线——城外营垒全部丧失，形势危急。10月14日晨，太平军守将石风魁、黄再兴撤离武汉。湘军于同日午后进占武昌、汉阳。武昌战役，太平军总计损失战船一千余只。10月15日，停泊于汉水中的太平军水营船只千余，由蔡店顺流而下，准备冲出长江，与湘军水勇决一死战。但由于汉水江面狭窄，船多拥挤，难以机动驰骋，结果遭到湘军舢板的攻击，水陆纵火，战船被焚毁无数，损失惨重。此役的失败对以后的长江水战产生了严重影响。
湘军攻占武昌后，曾国藩决定分三路沿江东下，南北两路是陆勇，中路是水师，预定三路会师田家镇；还拟定先控制鄂东，后取九江，再攻安庆，完全控制长江水面。因此，鄂东江上要地和进入江西的枢纽田家镇即成为双方拚死争夺的目标。
太平军负责湖北军务、坐镇田家镇指挥的是燕王秦日纲。东王杨秀清在11月3日下令要求严守田家镇，以控制湖北、江西两省间的枢纽，截断湘军水师的前进道路，确保九江和江西境内的长江控制权。
杨秀清命令秦日纲“在田家镇地方筑起坚固营盘，并造木簰水城，在江心挽泊堵御。”并送来木解一座，要求在田家镇迅速安装，“依式整造多座，安好炮位”，作为江上堡垒。同时，半壁山横过江面到田家镇设置铁索两道拦截江面，前后相距十数丈。两岸有大筏傍岸、保固铁缆，江中横列三个大木筏，尽钩小船，节节牢固相连，筏上载炮，构成江上要塞，既可阻击清水师的冲击，又可保护铁锁拦江。舟筏均用大锚沉于江底，即使被斩断一节，其余仍然坚牢不散。此外，船储水、木筏上准备黄沙，用以防火。“铁锁以上守以战舰六十艘，以下用民船数千艘为水营，延长数十里。”这样，就形成了江面铁锁、江上要塞和水营舰队相配合的、绵亘数十里的长江防线。
陆岸防御方面，秦日纲派精兵驻守南岸的半壁山和富池口，并据山势建起五座营垒，引湖水做濠沟。田家镇到蕲州40里，沿江岸筑七城，修炮位，水营舰队巡弋长江江面，作为前哨。秦日纲率水陆大军号称10万之众保卫田家镇、半壁山这个江上枢纽，整个防线十分严整、坚固。
决战前，陈玉成等在田家镇上游蕲州江面和湘军水勇彭玉麟、杨载福等多次进行水战，互有胜负，湘军水师营官白人虎、巡检石炽然战死，但太平军水营船只也损失颇多，最后难以抵挡湘军水师的进攻。
1854年11月20日，战斗丌始。湘军罗泽南、李续宾进攻半壁山，并逼近该山扎营。第二天，太平军反击未果，作战不利。11月23日，半壁山再次开战。秦日纲率军2万，与罗泽南等再战于半壁山。湘军仰攻山头，经过激战，太平军死伤数千人，余部退回田家镇；湘军占领半壁山。罗泽南随即派百余人由山头断崖凿断铁锁。同日，塔齐布部进攻富池口也获胜。11月24日，秦日纲偕同由芜湖来援的韦俊、石镇斋、韦以德等，三路渡江，再次发起进攻，以求夺回半壁山制高点。激战竟日，再次失败，石镇斋、韦以德等千余人死伤。秦日纲、韦俊只得退回田家镇。
11月25日，太平军“作大筏傍岸，以固铁缆”。基本修复了被凿断的铁锁。陈玉成也于11月29日下令“水营”船只突围东下，湘军水勇也随之顺流而下。11月30日，湘军水师彭玉麟、杨载福等部由骨牌矶进驻青山咀，距田家镇9里。第二天，杨载福、彭玉麟秘密到塔齐布、罗泽南营内商定决战对策。他们决定水陆协同，陆勇在两岸助战，水师为主攻，整个水勇分为四个分支舰队，第一队由哨官刘国斌、孙昌凯统领，“专断铁锁，炉椎皆备”；第二队专以炮攻，掩护第一队斩断铁链；第三队待铁锁开后，驶至下游，向上纵火烧敌船；第四队守大营，防止太平军偷袭。
12月2日早晨，决战丌始，湘军水师按照预定计划下驶。彭玉麟指示第一队孙昌凯，“毋发炮，毋仰视，直趋铁缆下”，要求快速，不惜伤亡，循南岸急下，直奔铁锁。彭玉麟率第二队出战掩护。第三队由杨载福率领，待锁断，则急驶下游乘风放火。第四队留守。
战斗开始后，太平军水营发炮轰击，全力阻击湘军的进攻。湘军水师第一队哨官孙昌凯等则循岸急驶而下，在铁锁前“以洪炉大斧，且熔且椎，须臾锁断。”太平军战船前往救援，湘军水师第二队旋即发炮阻截、掩护。木筏上的太平军水营士兵见此情景，即乘小船而逃。与此同时，杨载福见铁链断开后，即率第三队直冲下流，太平军水营阵势遂乱。杨载福率轻快舢板船直驶武穴，而后回船纵火，正值东南风，太平军水营船只无法东下，陷入火海。彭玉麟率第二队乘机从上游纵火，两面夹击，太平军水营船只被焚烧殆尽。战斗开始后，湘军塔齐布、罗泽南率陆勇6000人，排列江南岸，以助声威，待湘军水师冲过铁锁时，即从半壁山飞驰而下，呼声震天。太平军水营被烧，火焰冲天，塔齐布遂乘势夺取富池口。湘军水陆配合，上下火攻夹击，太平军水营损失惨重，被毁船4000余只，被夺500余只。秦日纲等于12月3日东退黄梅、宿松。湘军进驻田家镇。
◎两次湖口水战
田家镇失守后，太平军战事重心转移到九江和湖口。秦日纲、韦俊、陈玉成率军由田家镇撤出，退守安徽宿松、太湖，另一部后撤至九江对岸的孔垄驿和小池口；林启容镇守九江。罗大纲率军由皖南来援，渡江至小池口，但由于孔垄驿失守后，小池口孤立无援，受湘军水陆夹攻，难以坚守，被迫于1855年1月2日渡江退守湖口。刷日，石达开率胡以晃等由安庆来到湖口。此时，曾国藩也由田家镇进达九江城外江面。
曾国藩审时度势，提出了整个战役计划要点：其一，必须攻下并牢固控制孔垄驿和小池口，这样即可扎营于长江北岸，获得前进基地，并“使水师得所依护”；其二，太平军水营添增新造战船，又有小船配合，水营力量有所改善和增强，“专用小划夹护战船，紧贴岸营”，讲求配合和战术协同，由于九江、湖口战役主要是水军的较量，所以必须集中湘军水师与太平军水营决战取胜；其三，必须迅速进占九江、湖口两处战略要地，特别是湖口更为重要，太平军控制此地即可“梗塞于鞋山、孤塘之间，内窥江西，外拒我军，地形险隘，势难遽下，我军与江西咫尺隔绝，不能相通”；其四，必须迅速补充军官和士兵，增强战斗力，否则陆勇已“转战千里，筋骨劳困”，水勇将领有的负伤，有的患病，“陆路诸将，亦勇多谋少，设一迂败挫，无晓事之将领以擂助之，则恐溃败而无以自立”。
石达开等率军到达湖口后，湘军水师已越过九江直进。石达开实地观察了湘军布防情况，分析了湘军的长处和短处。他认为湘军的优势是武器装备好，船上火炮几乎全是购买的西洋火炮，火力强；另外，舰队队形严整，训练有素，以快蟹、长龙居中指挥，以轻捷的舢板进行水面攻击，往来策应，整个舰队进退有序；而且，湘军乘胜而来，士气很高。然而湘军也有弱点，其战斗力虽强，且接连取胜，但尚未控制九江、湖口等战略要地，也难以更好地水陆配合进行作战，加上至今一直未有休整，所以“屡胜就会骄傲，久战就会疲惫，骄就轻敌，疲就易乘，骄与疲都是败道”。
据此，石达丌和诸将商量决定了整个战役计划和部署。由于湖口位于鄱阳湖入江口东岸，形势险要，所以石达开和胡以晃“依狮山为垒”，驻守湖口，控制全局；湖口对岸的梅家洲，扼湖水入江之孔道，石达开令太平军名将罗大纲驻守，与湖口协同控制，保卫入江枢纽；林启容继续坚守九江；三处互为犄角。石达开还决定采取积极防御的作战方针，先组织坚强的阻击，扼守战略要地，以挫其锐，削弱其战斗力，歼灭其有生力量，然后伺机发动攻击。
1855年1月14日，湘军塔齐布、胡林翼进攻九江西门，林启容发炮轰击，打退了湘军。接着连夜整修壕沟，沟外又竖木栅。1月18日，湘军分四路，向九江城东西南北四门发动了更加猛烈的总攻，林启容指挥得当，太平军战士使用枪炮木石，打退了湘军的攻击。
此后，湘军攻击重点改为梅家洲。罗大纲在此设防严密，筑营垒两座，中立木城，设炮台，营垒外安设木桩、竹签，挖深壕，内安地雷，上钉铁蒺藜。1月23日，胡林翼、罗泽南等分三路进攻梅家洲，被罗大纲击败。同日，湘军水师李孟群等趁机全力进攻横亘于鄱阳湖口的水上堡垒——大木簰。战斗中，湘军发炮击中簰上火药箱，燃起大火，太平军继续发炮还击。大木簰被毁后，石达开连夜令将大船凿沉，实以砂石，封锁鄱阳湖口，仅在西岸留一隘口通道。1月27日，胡林翼、罗泽南等再次猛攻梅家洲，被罗大纲击败。
1月29日，湘军胡林翼、罗泽南、李孟群、彭玉麟水陆大军再次猛攻梅家洲。水师营官肖捷三、段莹器、孙昌国等率轻捷战船120艘，载精兵2000人，冲入湖口，焚烧太平军水营船只数十艘。然而骄兵必败，肖捷三等不顾后路，深入鄱阳湖内，被石达开用船只装填沙石，凿沉中流，阻断冒险冲人湖内轻便小船的退路，遂将湘军水师分割为二。留于长江内的笨重大船失去轻舟的护卫，战斗力顿时大减。太平军于当晚以小船20只，围攻泊于长江内的湘军大船，深夜又派出小船三四十只冲入湘军水师大营，火攻战船，岸上太平军数千人配合，投掷火箭喷筒，湘军水师大败，被焚毁大战船9艘，其他船只30余艘。
1855年2月11日夜，太平军再次用夜袭纵火战法袭击湘军水师。当晚，夜色昏黑，太平军在江南岸先焚烧大空船一艘，湘军水勇难辨真相，遂开炮轰击。太平军水营利用夜幕和烟焰掩护，分别由罗大纲从小池口、林启容自九江以轻捷战船小划船百余只突袭官牌峡湘军水勇。接着，太平军水营以数十只围攻曾国藩座船。曾国藩乘小船逃走。这次水战，太平军焚湘军水师战船百余只，俘获曾的座船；湘军管驾官刘盛槐、李子成、监印官潘兆奎不屈被杀。
九江之战，太平军阻挡住湘军的进攻。湖口水战，太平军打破了曾国藩夺取九江、顺流东下、攻占安庆、进而逼近南京的战略目标，太平军西征战场转败为胜。此后，石达开率军沿江而上，第三次夺取武昌，曾国藩退守南昌。太平军重新控制了长江中下游。
九江、湖口战后，湘军水师接连遭到沉重打击。2月20日夜，又遭大风袭击，撞沉战船21艘，毁坏21艘，其他也多有损伤，于是曾国藩令彭玉麟率尚好战船70余艘驶往武汉，加以修整。至此，九江江面已无湘军水师踪影。3月4日，曾国藩退往南昌，一方面与江西巡抚陈启迈商定将江西所造长龙战船30艘拨归内湖水师使用，一方面设置船厂，添造快蟹大船，大小协同配合。
与此同时，太平军西征军节节胜利，攻占了湖北、江西、安徽的部分地区。太平军水营也仿照湘军师船，1855年在九江和安徽修造炮船，1856年在江西吉安、临江、瑞州修造战船，并在临江制造弹、药。加强了水战训练，战斗力有所增强。
湘军外江、内湖水师也在这个期问添造新船，召募士兵，增强了力量。到1855年6月，杨载福自岳州增募船军十营，内湖肖捷三等增军八营。
在此阶段，湘军与太平军多次交战，互有胜负。太平军水营曾炮击彭玉麟座船，彭本人跃入航行中的舢板船而侥幸逃生。1855年6月3日，太平军击败肖捷三等统领的湘军内湖水师于青山。7月13日，再战于青山，太平军水营战败，被湘军夺回湖口水战中缴获的曾国藩座船。9月4日，湘军内湖水师统领肖捷三在湖口战死。此后，彭玉麟被调统率内湖水师，杨载福仍统率外江水师。
1856年4月3日，石达开奉令回援天京，西征军从此转入战略防御阶段。1856年9月，太平天国领导集团内部发生内讧并导致分裂，直接影响了太平军的战斗。同年底，湘军再次夺回武昌并水陆东下九江、湖口。
这个时期的湘军主要是抓紧水师建设。1856年11月，胡林翼“复大治战船，增军至七千人，合二十四营，立船局沌口，以时修舱。其月，武昌、汉阳同日复，乃移船局汉口。”曾国藩紧紧把握“军事以水师为大”的基本指导思想，而且注意船厂不断向前线靠拢，缩短修船时间，提高战船修复率，以增强作战能力。到1857年2月，湘军水师“杨载福所统十营，彭玉麟所统八营，合大小战船五百，炮二千”，外江、内湖水师均已独立成军，可各自为战。
太平军则在九江、湖口加以防卫，形成以九江、湖口及小池口的犄角之势。九江守将林启容筑长墙深壕，四周设置炮台，又在小池口部署战船七八十艘，辎重船三四十艘，陆岸设炮台，保护水营战船，攻击湘军水师，借以控制九江江面，形成三点互为犄角的严密防卫。
湘军杨载福率水师，李续宾、都兴阿率陆师于1857年9月25日开始进攻小池口。日夜不停地以大炮、火箭轰击太平军守军，最后守军被迫撤出。10月2日，小池口被湘军攻陷。湖北巡抚胡林翼随即抵达九江城外指挥。
太平军在湖口的防卫已经营多年。水面有战船数百艘，石钟山上设有大炮，鄱阳湖口横亘铁链封锁通道，并有勇将黄文金驻守。
10月25日黎明，湘军杨载福、李续宾与内湖水师彭玉麟按照预先商定的计划，开始内外两面同时发起攻击。彭玉麟率内湖水师分三队向湖口冲击，急欲出湖，杨载福率外江水师在湖口外发炮策应配合。太平军守军全力堵截内湖水师，两岸发炮。彭玉麟令轻捷战船舢板先进，大战船随之而至。太平军深知，湘军内湖水师要冲出湖口，必须道经石钟山。恰好该山下有石崖，高与舢板相当，于是设巨炮在崖口，结果“一发中前船，都司罗胜发毙”，守军挡住了湘军内湖水师的第一波冲击。
彭玉麟随即调整部署，令后队船只继续“鼓而进之”，再次冲击。这时，崖口巨炮由于不断发射，温度太高，炮管炸裂，失去炮火支援的太平军守军根本不是湘军轮番攻击的对手，结果湘军内湖水师战船遂“衔尾直下，出江与外江合军。”这时，乘夜渡江埋伏于后山的李续宾部，出其不意猛攻太平军，太平军旋败，湖口战船数百艘被焚烧抢夺殆尽。第二天，湖口、梅家洲被湘军攻占，鄱阳湖的湘军内湖水师遂与外江水师会合。
第二次湖口水战太平军失利，湘军水师会合，其战斗力大大超过了太平军水营。湘军水师顺流东下，占小孤山，攻彭泽，至望江，过安庆，据铜陵，下至峡口，与总兵李德麟所率红单船会合。至此，湘军水师力量已据绝对优势，开始掌握了长江中下游的控制权。太平军水营在长江水道的优势已经丧失，陷入了被动和防御的处境，从此进入衰败和解体时期。
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