1966年8月19日晚，一群身穿旧军装、袖戴“新北大红卫兵”臂章的男女青年闯进章士钊的家。他们一进门，就命令当时已86岁、行动不便的章士钊到院子去接受讯问。

红卫兵走后，章含之急忙把在院子里晃晃悠悠站了近两个小时的父亲搀回屋里，让他在床上躺下休息。回想起刚才那一幕，她不禁难过地伏在父亲怀里哭了起来。章士钊拍着女儿的头，轻声地说：“不要难过，他们迟早还会来的！”章士钊在床上躺了半个小时，起身下地走进客厅，伏在写字台上给毛泽东写信，诉说了自己的不幸遭遇。

毛泽东接到信后，很快批示道：“送总理处，应当予以保护。”遵照毛泽东的指示，周恩来对红卫兵进行了严厉批评，并命令他们立即把抄走的东西送还章士钊，还指派两名便衣警卫在章士钊家里值班，不准任何人再冲击他家。

9月1日，毛泽东亲笔给章士钊复信表示慰问。不久，周恩来指示解放军301医院把章士钊及程潜、傅作义、蔡廷锴、李宗仁等一批党外人士接医院住院保护。

1967年3月初，章士钊从301医院回到家中，这时，“文化大革命”正在向“纵深”发展，打倒“刘邓资产阶级黑司令部”、反击“二月逆流”的运动已在全国展开。面对这种混乱不堪的政治局面，章士钊对国家的前途和命运忧心如焚。

一天，他突然对女儿说：“这个运动再搞下去，国家要完了！不能打倒刘少奇。这些家伙(指江青一帮人)要把中国毁掉！”老人决然表示：“我要给毛主席写信，请求制止打倒刘少奇。毛刘分裂就会使国家分裂。”

但章含之心里明白：“此时刘少奇实际上已经被打倒了，如果再给毛泽东写信，毛再把信批转给江青把持的中央文革小组，那不是要招来杀身之祸吗？”想到这里，她决定阻止父亲给毛泽东写信，以求平安度日。

章士钊态度却非常坚决，他说：“我非写不可！我不能看到国家这样毁掉！”于是，他给毛泽东写了一封信，信中写道：“共产党起家不易，由草创以至统一全国，前后40年之久。两公(指毛泽东和刘少奇)皆始终其事……此何等珍贵友谊……实不宜于国内延长动乱，阻吾进路……”“凡事毋为亲爱者所痛而仇见者所快。吾为此俱深有感于斯言……”章士钊希望中共团结，毛、刘握手言和，以民族利益为重，以国家兴盛为念，切不可打倒刘少奇，应停止“文化大革命”的混乱局面。

毛泽东毕竟与章士钊有着近50年的交情，他没有怪罪章士钊“大不敬”的言行。对其直言劝告，毛泽东回信婉拒道：“为大局计，彼此心同。但是，“个别情况复杂，一时尚难肯定，尊计似宜缓行。”1967年3月10日，他还派人把当时中央文革小组整理的有关刘少奇的材料送给章士钊看。送文件的人还特意告诉他，这是共产党内的机密文件，尚未公开。因为章士钊关心刘少奇，毛泽东特别指示破例送给他看的。

章士钊仔细地阅读了这些文件，一连几天情绪低落，极度苦闷。他对章含之说：“刘少奇同志的这些‘罪状’，纯系蓄意置他于死地。”并且仰头长叹：“国家要遭难，我老了，我的意见也无用了，我只是为国家担心哪！”