1913年6至8月，孙中山继辛亥革命之后发动的反对袁世凯独裁统治的战争，史称“讨袁之役”、“癸丑之役”，国民党称之为“二次革命”。

1913年3月，袁世凯在国会召开前夕，派人刺杀国民党代理事长宋教仁于上海车站。同年4月，袁世凯又与五国银行团非法签订二千五百万镑的所谓善后大借款，积极准备发动旨在消灭国民党的内战。对于袁世凯的步步进逼，孙中山坚决主张以武力进行反击，奈因党内意见分歧，迟至这年6月，当袁世凯悍然罢免国民党江西都督李烈钧（6月9日）、广东都督胡汉民（6月14日）及安徽都督柏文蔚（6月30日），并派兵南下时，始起兵讨袁。7月12日李烈钧在江西湖口独立，15日黄兴在南京独立，18日陈炯明在广东独立，随后陈其美在上海进攻江南制造局，许崇智在福建、蒋翊武在湖南、熊克武在重庆，也先后率部分军队独立，兴师讨袁。在各地独立中，以李烈钧领导的江西独立和以黄兴为首的南京独立，规模最大，战斗最烈，故这一战役又称为“赣宁之役”。

黄兴领导的南京独立，其经过情况又如何呢？3月22日宋教仁被刺后数日，黄兴曾通过田桐致函蒋翊武、季雨霖、熊秉坤等，开始部署湖北的讨袁军事。其函称：“遯初（宋教仁字）惨遭狙击，经据凶手具吐实情，令人骇怒。大憝未除，必滋后患。吾党同志，务当振奋精神，重新努力。”4月26日，黄兴与孙中山联名通电各省，请“严究主名，同伸公愤”。并通电强烈反对袁世凯违法进行“善后大借款”。同月29日，又致电袁世凯，严正指出宋案“铁证如山，万目共睹，非一手所能掩饰”。袁世凯恼羞成怒，乃唆使直隶都督冯国璋、山东都督周自齐等联名通电，攻击黄兴等“始以宋案牵诬政府，继以借款冀逞阴谋”。5月15日，袁世凯又寻找借口，取消黄兴的陆军上将衔。并于21日令梁士诒等传话于国民党人，恶毒攻击孙中山、黄兴“左又是捣乱，右又是捣乱”，并公然宣称“彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之”。同月18日，袁世凯还当着调解人谭人凤的面，“痛诋克强（黄兴字）种种违法行为，切齿咬牙，大有欲得而甘心之意。”

宋案发生后，黄兴因念民国缔造艰难，不愿看到南北分裂，曾主张循法律途径即以和平方式求得解决，暂不诉诸武力。如5月13日他向黎元洪表示：“兴对于宋案，纯主法律解决，……文电俱在，可以复按。”孙中山后来曾指责他因强调法律解决而贻误战机。其实，为了应付可能爆发的战争，黄兴仍作了一定的军事准备。如上述他致函蒋翊武等勉其“振奋精神”，即为一例。又如当赣、粤、皖三省都督被相继免职后，黄兴除在沪、宁等地有所部署外，并派宁调元、熊梅山等赴湖北组建联络机关（后宁，熊被捕遇害），派谭人凤自上海回湖南运动军队响应。6月16日，黄兴收到了孙中山的交款银五万元，即作为部署讨袁的军事费用。同月27日及7月1日、7月3日，黄兴又曾三次致电陈炯明，促其接任广东都督，宣布独立讨袁。在黄兴的再三敦促下，陈炯明果然于7月18日宣布广东独立，并通电讨袁。

1913年6月底，孙中山自香港回到上海，即召集军事会议，力促陈其美在上海独立，章梓在南京举义，并派朱卓文前往南京运动第八师的中下级军官赞成起兵。7月13日，黄兴在沪接见南京第八师旅长王孝缜、黄恺元，答应次日赴宁指挥讨袁军事，而暂留孙中山于上海，以待来日到宁主持大计。并随即往见孙中山，表示愿赴南京举兵讨袁，请求转促陈其美迅占上海，以相呼应。经孙中山同意后，黄兴乃嘱令王孝缜、黄恺元返宁布置起义。同月14日，黄兴携章士钊事先起草的二次革命宣言书（即讨袁通电），来不及与夫人徐宗汉说明情况，即偕同石陶钧等十余人自上海乘火车抵南京，并于当晚在陈之骥宅（即李相府）召开军事会议，南京第一师师长章梓、第七师师长洪承点、第八师师长陈之骥（冯国璋的女婿）、第九师师长冷遹等均与会。会上部署反袁独立及出兵计划，即原驻江北之冷遹第九师与第八师刘建藩混成团，置于蚌埠铁路沿线，以抵抗冯国璋统率南下的军队；章梓第一师、洪承点第七师，置于淮扬一带，防守长江要塞，以阻止张勋所部的进攻。为减少革命阻力，又果断地捕杀了袁党要塞司令吴绍璘、讲武堂副长蒲鉴、要塞第二团教练官程凤章等人。同月15日，黄兴即偕陈之骥、章梓等同江苏都督程德全会晤，迫使程勉强宣布江苏独立，黄兴本人被会议推为江苏讨袁军总司令。其就职通电称：“兴今承江苏程都督委为该省讨袁军总司令，视事之日，军心悉同。……当即誓师北伐，殄此神奸。……兴之本志，惟在倒袁。”其誓师词称：“尚冀我军士协力前驱，众志成城，伸同胞之义愤，去全国之公敌。”同时任命黄保仓为讨袁军参谋长，许崇灏为参谋主任，秦毓鎏为筹饷处处长，沈缦云为造币厂厂长，马锦春为要塞司令。并请柏文蔚出任安徽讨袁军总司令，赴蚌埠布置军事。又电令驻徐州的南京卫戍团团长吴浩，率部进驻利国释，防止北洋军沿津浦路南下。同月16日，黄兴令驻南京的第一师一部开往江北宿迁，第八师一旅沿津浦路开赴徐州，配合第三师防堵北洋军靳云鹏第五师长驱南下。同时在南京主持召开军事会议，会上推举甫卸粤汉铁路督办而毫无实力的老官僚岑春煊为各省讨袁军大元帅，以节制各省的都督、讨袁军司令。但岑春煊一直未能自上海来南京正式就职。后来事败，也遭袁世凯下令缉办。

南京一经宣布独立，江苏各地纷起响应。7月16日，镇江（丹徒）宣布独立讨袁。次日，无锡、常州、苏州、松江等地也纷纷宣布独立，响应讨袁。南京是革命党人的军事重心所在，而上海是南京的后勤保障。南京独立后，上海因故未能立即响应。至7月17日，陈其美始宣布成立上海讨袁军，由黄兴委其为上海讨袁军总司令，黄郛为参谋长，在南市成立司令部。18日，黄兴致电驻沪海军总司令李鼎新，敦促与袁世凯脱离关系，又电上海制造局督理陈榥，请其“顾全大局”。

同时，为了安定民心，击败北洋军，黄兴在财政经济上也采取了一些必要措施。7月16日，黄兴以江苏讨袁军总司令名义，出示禁止占用公产民房。声称：“如有以上任意招摇，借端敲诈情弊”者，“定即严惩不贷”。19日，黄兴又以同一名义，照会轮船招商局称：讨袁军在沪购米二十万石，应“分配附轮，陆续运至南京下关卸载，以充军粮。”20日，黄兴还致电盛宣怀等，警告轮船招商局不得遵照袁世凯乱命，“树洋旗运北军”。此外，黄兴曾向外国报界发表声明，指出讨袁战争已经开始，其目的在于打倒专横残暴、有负人民重托的袁世凯，因此要求各国银行停止贷款给北京袁世凯政府。

程德全是害群之马。他原是清政府的江苏巡抚，老奸巨滑，是个不折不扣的投机官僚。他附和南京独立，实出于无可奈何，故事事首鼠两端。7月17日，他便与江苏民政长应德闳偷偷离开南京去上海，向袁世凯通电输诚，声称南京独立，非其本意，借以推卸责任。黄兴闻知甚为愤慨，乃嘱章士钊赴沪予以诘责。而袁世凯自然喜出望外，遂于21日以临时大总统名义下令，表示接受程德全、应德闳的输诚效忠，并于25日加任应德闳兼办江苏军务。

对于江苏南京等地宣布独立，袁世凯既怒且恨。7月22日，袁世凯下令褫夺黄兴及陈其美、柏文蔚一切荣典、军职，并发出通缉令，“著冯国璋、张勋迅行剿办叛兵，一面悬赏缉拿匪首。其胁从之徒有擒斩黄兴等以自赎者，亦与赏金，自拔来归者，勿究前罪。”袁世凯又密派蔡廷干运动外交团，不准革命党要人居留各地租界，而以“特别利益”作为酬报。上海工部局遂于7月23日提出取消黄兴与孙中山、陈其美等人租界居留权。7月25日，湖南宣布独立，袁世凯在致黎元洪电中，指称湖南独立领导者程潜等“最为黄兴死党”，不可轻予放过。并进而于8月10日下令通缉他们。

在二次革命期间，北方爆发了震撼全国的农民反抗斗争——白朗起义。为壮大革命声势，黄兴于7月下半月，派夏焕三、阎润巷持其亲笔函赴河南，联络起义领袖白朗，要求他进攻湖北，配合讨袁军，共同反对袁世凯。其函称：“足下占领鄂、豫之间，相机进攻，可以窥取豫州。若能多毁铁路，使彼进路阻碍，为功实非浅鲜。”但不幸所派信使于开封惨遭杀害，致该函未能送达。同时，黄兴还委派河南国民党人杨体锐为河南讨袁军豫西民军司令，促其赴洛阳策动镇嵩军反正并联络白朗。杨体锐旋赴白朗军中进行游说，据称“白感动，愿听约束”。不久（8月17日），年仅二十一岁的杨体锐，竟为张镇芳所杀害，革命党人与白朗起义军的联系，遂告中断。这年7、8月间，不仅南方反袁军多次与白朗起义军联系，而且白朗本人也曾派人来南方探听反袁消息，可惜由于反动当局的破坏，致使双方未能进一步建立直接联系。

讨袁战事开始不久，南京方面的部分军队（如张宗昌所部），为袁世凯重金所收买，发生内变，投降敌人。黄兴为巩固后方，遂急令扼守临淮关的第八师撤回南京防守；在徐州与北洋军对峙的第九师冷遹部，以后路空虚，恐为敌所乘，也退守临淮关。7月22日，苏北重镇徐州失守，冯国璋、张勋率部南下，第一、八两师奉令撤回南京，25日，江西湖口被北洋军占领，李烈钧残部败退，上海讨袁军也久攻江南制造局不下，驻沪海军又倒向北洋军一边，讨袁战事每况愈下。同时，沪宁路因北京政府交通部下令停车，南京对外主要交通中断，沪、宁形势极其严峻。黄兴处于饷械匾乏、外援断绝、腹背受敌的危急境地，而一筹莫展。26日，袁世凯令其第二军取临淮，趋浦口，进军南京。同时，程德全致电黄兴，公然要其“取消讨袁名义，投戈释甲，痛自引咎，以谢天下”。（这一要求取消独立的文电，后来南京军界也收到了。）就在当日，黄兴服见大势已去，乃发表声明，指出：“我军饷糈械弹均缺，或当不免一败”。27日，黄兴的卫队营长张鹏煮又接到程德全关于“捉拿黄兴”的密令。面对此种情势，黄兴悲愤交集，曾拟自杀，以谢国人。后在其参谋长黄恺元、何成浚等人的规劝下，权衡得失利弊，才打消自杀念头，并于29日乘坐日本停在下关的“静冈丸”运煤船前往上海。当时黄兴身无一文，陈之骥等人赶来送行，始临时凑得银元七十元作为旅费，勉强成行。临行之际，黄兴频频嘱咐陈之骥、章梓、刘建藩、袁华选等人，注意维持南京社会秩序，使商民免遭乱兵蹂躏之苦。同日，岑春煊为“自明心迹”，也悄然离沪去粤。代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥、代理江苏第一师师长周应时等人，即于31日宣布取消独立，并电请程德全、应德闳来宁处理善后事宜。程德全、应德闳返回南京后，宣布仍效忠于袁世凯。又于次日电告北京政府陆军部称：南京部队，已令前师长杜淮川赴宁收抚，“所有在宁各军队，均责令先行释械，静候查办”，并请通电严缉黄兴等“在逃要犯”。

7月30日，黄兴以环境恶劣，难于容身，由上海赴香港，后又由港折沪，前往日本。东下途中，他曾赋诗以抒情怀：“成败是非凭世论，茫茫微意我何言！”短时间过着与世隔绝的生活。据一位日本船员后来回忆说：“因为当时悬赏通缉黄先生，既怕给香港政府海关官员查到，又怕移民的中国人贪赏而告密，因此想尽办法掩护他。……通常，黄先生则住船上邮局专堆信件的大箱子，并完全与一般客人隔绝。”8月8日，黄兴化名今村长藏，自称系中国驻日使馆的日籍秘书，改乘“云海丸”日轮抵门司，隐藏在一个名叫安村的日本商人家中。旋于27日抵东京，寓居芝区高轮南町犬养毅公馆，又改名冈本。他不甘寂寞，“精神抖擞，仍复计划多端，期于振刷”，继续策划讨袁。是月，以南京讨袁事败，曾作七律二首以寄意。一云：“东南半壁锁吴中，顿失咽喉罪在躬。不道兵粮资敌国，直将斧钻假奸雄。党人此后无完卵，民贼从兹益态凶。正义未伸输一死，江流石转恨无穷。”另一云：“诛奸未竟耻为俘，卷土重来共守孤。岂意天心非战罪，奈何兵败见城屠。妖氛煽焰怜焦土，小丑跳梁拥独夫。自古金陵多浩劫，雨花台上好头颅。”

南京事败，黄兴出走后，袁世凯于7月31日通过北京总检察厅，勒令国民党本部于三日内将黄兴及陈其美、李烈钧、陈炯明、柏文蔚等“一律除名”。在北京的国民党本部负责人吴景濂等，迫于袁世凯的淫威，只好通知袁政府，已遵令开除了黄兴等五人党籍。同时，中途变节的江苏都督程德全、民政长应德闳奉袁世凯电令，悬赏十万元通缉黄兴及赏缉陈其美、李烈钧等人。新任上海镇守使郑汝成，甚至在通衢要道张贴布告称：“大总统悬赏缉拿：黄兴，十万元；陈其美，五万元，……不论生死，一体给赏。”

但事情的发展往往出人意料。南京独立并未因黄兴出走，程德全宣布取消独立而最后结束。一星期之后，即8月8日及11日，南京“奋激异常”的士兵又两次宣布独立，重新举起反袁大旗，奋力抵抗入侵的北洋军。正如张勋所说的：“此次南京城下之日，各军争功，蜂拥而进，与匪军巷战一两昼夜，全城鼎沸，弹子纷驰。”可见战斗之激烈。再次宣告独立，是由激进的革命党人、江苏讨袁军临时总司令何海鸣及军长韩恢领导的。9月2日，以何、韩为首的反袁军，以孤军作战，兵力单薄而告失败，南京终于被北洋军张勋等部所攻占。

8月14日，香港英总督悍然宣布，奉英国政府训令，永远不准黄兴及孙中山等到港。10月15日，即袁世凯宣誓就任中华民国第一任正式大总统的第五日，黄兴及陈其美、何海鸣等被划为“宁沪之乱首魁”，经袁世凯授意北京总检察厅下令通缉。孙中山、李烈钧等人，也在被通缉之列。11月4日，袁世凯又下令，诬称黄兴、李烈钧“据地称兵”，限于三日内将国民党京师本部及各地支分部“一律勒令解散”。袁政府并追缴国会国民党议员四百三十八人的议员证书，即使在二次革命前已宣布脱党的人士，也未能幸免。袁世凯对革命力量斩尽杀绝的居心，昭然若揭。

总之，在北洋军的大举进攻下，国民党人陷于被动应战局面，包括江苏南京在内的各省独立，犹如昙花一现，不旋踵而相继失败。国民党在国内的势力，几被摧残无余，“而国事愈不堪问矣”。后来，北京政府内务、陆军两部曾洋洋得意地说：“（黄兴等）当国是纷更之日，倡二次革命之谋，八省连衡，区中糜沸，……我大总统不得已而用兵，数旬之间，削平乱事，……一经挞伐，摧败无余。”

当黄兴自南京出走后，不仅敌人攻击他“闻败先遁，委吾民于锋镝，化阳夏为劫灰”，而且同志中也颇多非议之词，有人指责他无能，称“诚所谓一将无能，千军受累也”，就连孙中山也责其“贸然一走，三军无主，卒以失败”。如此等等，不一而足。但黄兴对此是颇为坦然的。作为三军统帅，他勇于承担失败的责任。他对孙中山说：“南京事败，弟负责任，万恶所归，亦所甘受。”而对于那些苛责之词，也作了一些必要的说明和解释。1915年2月25日，黄兴在美国致上海报馆的通电中说：“当举事时，成败利钝，已能前睹，一击不中，则复戢兵，诚不欲以骤难克敌之师，重生灵涂炭之祸。兴虽以此受同志之责，居恇怯之名，质之天良，当无所歉。”事出有因，诚有难言之苦衷。另章士钊对此也曾说了句似较客观公正的话：“即败亦须为之，以袁称帝，后世见责，将不任也。”于此，当可略见事实之真相。