近人对魏源的研究和评论很多，并把他与龚自珍并列为中国近代启蒙思想的先导。魏源的著述面很广，对他的研究也是多方面的，有从他师承公羊学派，而专论其变易思想的；有从他超脱乾嘉讲求经世致用之学而探讨他对晚清学风影响的；有从他的名著《海国图志》论清王朝中先进人物如何开始放眼世界的；也有就其《元史新编》等著作论元史研究及其历史编纂学的见解的；还有从《圣武记》探讨魏源对清史研究的贡献的，等等。但是通过魏源对《明史》及明史编纂的有关论述来探讨魏源对晚清时期的明史学发展的关系，则较少被人注意。
（一）
魏源的著述到底有多少？已难查明。现在可以作为依据的，主要是魏耆《先府君事略》中所开列的书目，散篇只限于《古微堂内外集》所收的部分。其中关系到《明史》的，除在其有关著作中散见一些具体考辨纂误外，有《明代食兵二政录叙》、《书明史稿一》、《书明史稿二》三篇，都收在魏源手订的《古微堂外集》中。
《明代食兵二政录》未见传本。从道光十七年的《叙》中知道这部书是魏源继道光六年为贺长龄辑《皇朝经世文编》后，“仿宋臣鉴唐、汉臣过秦之谊”，收集明朝一代关于财政兵政的论文，编辑而成的一部七十八卷的大书。魏源认为清代“凡中外官制、律例、赋额、兵额，大都因明制而损益之”，明朝“士自成进士释褐以后，则不复以声律点画为重，士得以讲求有用之学”，所以“虽佚君乱政屡作，相与维持匡救而不道亡”。而清朝“士之穷而在下者，自科举则以声音诂训相高，达而在上者，翰林则以书艺工敏、部曹则以青吏案圆为才，举天下人才尽出于无用之一途”。所以到了道光年代，食兵二政就面临着明代所没有过的弊困。从而申明编书的目的在于“立于今日以指往昔”，以明代的变迁得失作为“前事之师”。从这主旨采看，魏源编辑的《明代食兵二政录》，实是在实现他编辑《皇朝经世文编》时所拟定的“更辑《明代经世一编》以翼其旨”的计划。魏源何以不取后者作为书名，因为看不到原书，不能妄论。但就其《叙》中所列的章目，与《皇朝经世文编》章目凡例对勘，显然还很偏缺，而这类偏缺魏源是不可能使其完善的。这在魏源的《叙》中就具体说明了诸如“议礼之聚颂”，“刑狱之匡救”，“辽东边防”之类，不能取录，缘由是前二者“无关今鉴”，而“辽东边防，事涉敌忌，可酌改而不必讳书，则有《钦定明史》旧例在，有纯皇帝褒熊廷弼及赠谥殉节诸臣之诏书在，有《钦定四库全书》收明臣奏疏之例在。”即这些方面关系到清代的思想与政治的控制和明代统治政权与清皇族祖先之间的战守，在史学上都属不容涉猎的禁苑，只能听从“钦命”。因此，也只能把该书限在“食兵二政”的范围里。
《书明史稿一》、《书明史稿二》二文，是魏源对《明史稿》的批评。《书明史稿一》引用了杨椿对《明史》的揄杨之辞：“《明史》成于国初遗老之手，而万季野功尤多。纪、传长于表、志，而万历以后各传又长于中叶以前。袁崇焕、左良玉、李自成传原稿皆二巨册，删述融汰，结构宏肃，远在宋、元诸史上，是则是矣。”同时也批评了《明史稿》的体例，认为它没有能革除“《宋史》以来人人立传之弊”，不合史法；枝干取舍没有主次，“毫无翦择、食、兵诸志，随文抄录，全不贯串”，首尾不全，“明末诸臣尚多疏略”等等，都存在详略不当等历史编纂学上的毛病。
《书明史稿二》还引录了礼亲王和陶澎对王鸿绪及其《明史稿》的评议。礼亲王说：“康熙中，王鸿绪、揆叙辈党于廉亲王而力陷故理邸，故其所撰《明史稿》于建文君臣指摘无完肤，而于永乐及靖难诸臣每多恕辞。盖心所阴蓄，不觉流于笔端。从古佥壬不可修史，王司徒言未可非也。”陶澍说：“王鸿绪《史稿》于吴人每得佳传，于太仓人尤甚，而于他省人辄多否少可。张居正一传，尽没其功绩，且谤以权奸叛逆，尤几无是非之心。幸乾隆中重修《明史》，略为平反。”礼亲王和陶澎的评议限于就《明史稿》存在的问题抨击王鸿绪是清宫廷皇位之争中不辨是非、树党伐异的政客，因而所修撰的《明史稿》歪曲史实，颠倒是非。重点在论王鸿绪其人而涉论及《明史稿》，从而认为“佥壬”不可修史。魏源赞同二人对王鸿绪及其《明史稿》的评议和结论，并进一步对《史稿》本身做了评论。他首先以令人折服的创见，考辨《幸存录》是出于明未马、阮邪党之手，专以扶邪抑正为事，而又冒托夏允彝、夏淳古父子之名以求信于世的伪史；《明史稿》于王之穼传后却借引《幸存录》的记述来调和折衷东林、魏党的是非曲直，只能反证《明史稿》也不是一部信史，进而划清万斯同审定的《明史稿》与王鸿绪剽窃删窜的《明史稿》两者的界限，否定“《明史稿》出万季野名儒之手，其是非不应舛戾”的传统观念，认为应该并且有必要对它重作评判；他指出王鸿绪不仅掩盖了永乐与建文政争中的株连屠戮，特别是身为吴人却对永乐与建文之争后强加给苏松地区的惩罚性的殃民暴政讳而不书，就更其证明了王鸿绪其人正如礼亲王所讦露的是一个别有用心的马、阮余党式的人物。认为《明史稿》出于万斯同手定，就不该评议它的是非，或因《明史稿》借《幸存录》讬名于忠烈夏允彝父子，而听任它窝藏祸心，都无异是“麟豸而为桀犬之吠”！即容忍盗用万、夏名义以为恶政张目。魏源一反《明史》成书以来学者们寒蝉似的沉默，在《海国图志》等书中通过对钦定《明史》和清代许多官书在地理沿革上所存在的种种错误的考辨，雄辩地指出：《明史》在史料征用上不辨真伪。如误以“拂菻即大秦”“锡兰山即古狼牙修”“赛马尔罕为蜀★宾”以及混同赛马尔罕与克什米尔等等简直是“张冠李戴，南辕北辙”，“燕郢易位，棼如乱丝”。对于《元史》中移雪山之事于铁门的“千里之谬”和元太祖追算端越中印度而临濒海之东印度的“万里之谬”，《明史》都一本其谬，以讹传讹。《西域闻见录》由于盲目尊奉《明史》，竟然“于西洋鄂罗斯之奉天主者，妄指为北方回子大国；而塞克之即西哈萨克回部者，反污为非回教”，使得“颠倒迷谬”到如此程度。魏源对《明史》的指责，言语如此“不逊”，对一部“钦定”史书实在是“大不敬”了。魏源对《明史》有关错误予以考辩的目的，是为了“以祛正史之污，并以祛后来诸图之惑”。即告诉人们：正史也是有错误的，对于“钦定《明史》”中所存在的错误必须予以纠正，以免谬种流传。魏源对《明史》的这种正面指责，其激烈程度确是空前的，也是有清一代所仅见的。
（二）
清顺治二年特设明史馆，主要因用人不当，没有成绩。康熙十八年又敕续修《明史》，征博学鸿词科五十人入史馆，万斯同以布衣参史局，在徐元文等总裁下，经万斯同最后裁定的《明史》草稿有五百卷。康熙三十三年王鸿绪再为史馆总裁后，将所攫有了的万斯同手订的全部史稿，按其“准时主谕论，褒贬稍近时趣”的主旨，大删大改为三百十卷本的《明史稿》，于康熙五十三年和雍正元年分两次进呈。这部《明史稿》，准王鸿绪的要求，“蒙谕旨宣付史馆”，被作为后来继续修撰《明史》的主要依据。继王鸿绪而为史馆总裁的张廷玉，因为王鸿绪的《明史稿》是“进在彤帏，颁来秘阁”的，屡次拒绝馆臣们的建议，只是对王稿补缀论赞、更改目次和修改文句后，“爱即成编，用为初稿”，于乾隆四年定稿为三百三十六卷进呈。到乾隆四十二年，在敕命之下，又“将原本逐一考核添修”，作了最后的修订，才成为现今通行的“钦定《明史》”。
《明史》不同于历朝官修史书，是在清前期的特殊历史条件下，在封建统治者的严格规范下编纂的。是一部不容訾议的钦定“官书”。
一部《明史》从顺治二年（1645）设馆起，中经康熙、雍正两朝，直到乾隆四年（1739）告成，首尾用了九十五年。如果把下限定在乾隆四十二年《明史》最后修订成书，则历时一百三十三年。所以如此难产，主要是由于政治牵制。多种政治牵制中最为主要的，一是清廷对它直接与间接的严格钳制，二是连续不断的文字狱对它有形与无形的严重戕害。
清廷初设史馆，不过是为了安置降臣，而身在史馆的降臣们也不过借为故国修史以为自己之侧身新朝遮羞。从康熙十八年征鸿博入史馆起，史馆的设置就纳入了为巩固新政权而加强思想统治的总政策之中了。它与文字狱相终始，并成为清廷在史学领域里刚柔并济的两手，与编校《古今图书集成》、《渊鉴类函》、《佩文韵府》直至《四库全书》等几十种文化上的“彪炳盛业”纵横交错，对文化思想进行了严密的检查和整顿。因而《明史》修纂，殊为清廷重视，不同于以往官修史书，只限于下一篇上谕或是颁一道御制文就够了，而几乎年年有上谕，事事有批复。从规定必须满汉大员并领史馆的大事，过问到诸如陪崇祯皇帝上吊的太监名叫王承恩，张献忠的义子被割去了耳朵和鼻子这等不足挂齿的琐碎末节。如此捆缚的结果，馆臣们固然很难开拓心胸、舒展手脚；即使成书了，没经过“宸断”，只能算是未定稿。这就是万斯同审定了二十三年，王鸿绪又删改了二十二年，还是从“稿”到“稿”的原因。迄至张廷玉完稿，清廷上谕及批复中，虽然冠冕堂皇始终强调“《明史》不可不成，公论不可不采，是非不可不明，人心不可不服”，但同时却又规定“《明史》修成之日应将实录并存”，以给中秘树信。尽管明末实录出于宦党权臣，因而实录不实，仍然限制了兼采稗官野史的幅度；此处还划定了南明史事和抗清斗争不得著录；指定建州史事必须讳而不书，代以不属于明史的清太祖之兴师。凡此种种，使得《明史》修撰不可能成为符合四个“不可不”的信史。张廷玉按照这个体统成书后，“大功”仍未告成。乾隆四十二年（1777），又命英廉，程景伊等“将原本逐一考核添修，务令首尾详明，辞义精当，仍依次缮进，候联亲阅鉴定，重刊颁行，用昭传信”，再作审订，成为现今我们看到的“钦定《明史》”，也就是魏源所引陶澍谓乾隆中重修的能为张居正“略为平反”的《明史》。如果将下限止定这里，一部《明史》修了一百三十三年。
因著述而兴大狱的事，历史上是常有的，但历时之久，牵连之广，都不如清代。从顺治起，中经康熙、雍正到乾隆，随着政治统治的日益加强，思想控制的逐渐严密，文字狱没有停歇。其中就有因为私撰《明史》，和私藏明代野史遗书的大狱。影响最为深远的“庄氏史狱”就是因为庄廷★在其修辑刊印的《明书》（一说是《明史辑略》）中，从明正统的立场称努尔哈赤为建州都督，对明末辽东督臣李如柏、李化龙、熊廷弼等的冤屈表示慨叹，指降将尚、耿等为叛逆，以及对清军入北京前不书大清年号，而对南明用隆武永历正朔等触犯了清廷禁忌。此狱起于顺治十八年，结束于康熙二年，经两年苛追穷究，庄廷★戮尸，被株连处死的有庄氏家属、为书作序和列名参校的文人、贩卖该书的商人、为该书刻板和印刷的工人，以及有关地方官吏等达二百十人之多，犯人妇女流边为奴。株连的人中，有正在合作私撰《明史》的吴江人潘柽章、吴炎二名士。潘柽章的弟弟潘耒是顾炎武的学生，康熙十八年应征鸿博入明史馆，不久就以“浮躁”罪名降调归田。顾炎武与潘、吴二人友善，曾借予明代史录奏状千余卷支持二人撰写《明史》，庄狱发生后被抄没了。所以顾炎武也是有牵连的，只是因他是誉满全国的大名家，清廷才没有对他冒然下手，总算侥幸，但终其一生都受到清廷的监视。顾于庄狱之后致信潘耒说：“令兄亡后，书既无存，吾亦不谈此事”。表明了他的处境和心境。顾炎武曾与黄宗羲为明史馆商订《明史》义例，史馆总裁徐元文兄弟又是顾的外甥，顾炎武的这种心境对史馆的影响，就可以想见了。
康熙五十一年的戴名世狱株连数百人。与庄狱类似，是因为戴在《南山集》中认为南明桂王“未可谓之伪朝”；因为明帝祀未绝，顺治不得为正统；康熙壬寅（即南明永历败亡的一年）为清朝统一的开始，此外戴名世对如何将明史修纂为一代全史，提出过见解。
雍正八年的曾静狱，株连到吕留良被戮尸灭族。吕与黄宗羲结识，对明史馆《明史》编纂尤其是历志方面曾有所建树。
以上所举，都关系到《明史》修纂，对史馆来说，其影响还是间接的。直接影响到史馆的，如馆臣们是拈阉分题的，万历以后部分竟因关系到“本朝初入中国，又或以忌讳阴相推诿，”而不能分阉。至于直接涉及到馆臣的，除上文提到的潘耒以外，也颇有人在。例如朱彝尊爱书如命，曾在豫章（南昌）买书五箱，庄氏史狱发生时，吓得他连同书柜都抛弃了。在史馆时朱见到各地经进的书籍都随手笔记，被人讦发后以“漏泄”办罪，受到降秩处分。为此，他写了《书椟铭》：“夺侬七品官，写我万卷书；孰默孰语，孰智孰愚！”以抒发感叹，并用来经常警惕自己。毛奇龄利用史馆的条件撰写了一部《后鉴录》，记载明代农民起义事迹，尽管见闻很多，却不敢超越《明史》的有关范围。种种不容玩忽的严峻禁忌和现实的政治恐怖，也严重左右了史馆的主持和主事人的意旨。万斯同认识到在史馆已不可能实现他以布衣修史“以史报故国”的初衷，除嘱托温睿临另撰《南疆逸史》以保留闽粤史事外，期望以后依黄宗羲的《三史钞》另撰《明朝大事记》，以贯彻他的夙愿；王鸿绪则抱定“恪尊救旨，务出至公，不敢无据而作”的宗旨，至死也要献上他的《明史稿》，他们从屈从、迎合正反两方面，各自作出了反映。这反映的出现，是导源于清代政权的巩固和思想控制的严密，也是在特定的历史条件下和有限时间里，封建统治阶级内部的矛盾，由于本质利益趋向一致而可以调和折衷的表现。但是在另一方面，这种思想上的规范禁锢和政治恐怖，使得长达百年的乾嘉时期的史学，走入了歧途。
这一部在帝王诏谕的严格规范下编纂，在严刑峻狱的威胁下成书的“钦定《明史》”，它的名称就意味着封建主义的权威性。嗣后，凡是清廷主持的大规模典籍的编纂，有关事例得以“钦定《明史》”为准式，有关内容得以“钦定《明史》”为依皈。如后来《四库全书》史部划分正史与野史的分野上，摒弃了历来的各种说法，被认为“正史体尊，义与经配，非悬诸令典莫敢私赠，所由与稗记异也”。认为只能凭“诏命”“上谕”等“宸断”划分，以原先的二十一史加上“皇上钦定《明史》，又诏赠《旧唐书》为二十有三；再蒐罗四库薛居正《旧五代史》得裒集成编，与欧阳修书并列，共为二十有四。今并从官本校录，凡未经宸断者，则悉不滥登。”从而按“钦定《明史》”的成例，确定了只有由政府规定的才叫做正史这个特定涵义。又如四库馆臣所订的查办违碍书籍的条款中，所规定的应作查签以定“销毁”的范围，有“自万历以前偶有涉及辽东及女直、女真诸卫”、“明代西北边外部落”、关于“三藩”、“凡宋人之如辽金，明人之于元”等等，沿用了修纂《明史》的禁例；而对于明代西北边外部落，则明确规定“俱《明史》鞅靼、瓦剌、朵颜等传所载，实无干碍，似应查明签出，毋庸似销”云云，着重规定了即如釐定禁毁书目这等大事，也还必须参照“钦定《明史》”。再如四库馆中凡涉及区分和选录明末死难这个敏感问题，也是明确规定“详为甄录，进慰忠魂，大抵以钦定《明史》为主”，即选录的主要根据是“钦定《明史》”。这些突出“钦定《明史》”的规章，表明了“钦定《明史》”的不可冒犯的“尊严”地位。
所以清代文人学者们，相当长的时期内，慑于文字狱的淫威，对这部“钦定《明史》”，即使悬诸国门，也是千金无敢易一字的了，一般除了阿谀奉承，大抵是回避不谈的。对于它存在的问题和错误不得不发时，也只限于具体指出不作评论，要不就是借题发挥旁敲侧击。赵翼说：“近代诸史，自欧阳公《五代史》外，《辽史》简略，《宋史》繁芜，《元史》草率，惟《金史》行文雅洁，叙事简括，稍为可观，然未有如《明史》之完善者。以其修于康熙时，去前朝未远，见闻尚接，故事情原委尚得其真。……又经数十年参考订正，或增或删，或离或合，故事益详而文益简。且是非久而后定，执笔者无所徇隐于其间，益可征信。”把《明史》恭维为一部选材详实、取舍得当、编辑有度、立论正确、文词简要、执笔公允的超越《辽》、《宋》、《元》、《金》诸史的十全十美的完史。以学识雅博、治学严谨为人们称道的赵翼，如此赞扬《明史》，未必就不是违心之论。章学诚的《文史通义》为刘知几《史通》以后的史论名著，以挥笔纵横掩博、论史精辟独到著称，但对《明史》却金人缄口，更不会是出于他的无意疏漏。钱大昕惜评刘知几因感愤而写《史通》以抒发他自己的感触说：刘知几研究诸史几十年，因为不敢指摘唐太宗所修的《晋》、《齐》、《周》、《隋》等六史，“遂于迁、固以降肆意觗排无所顾忌，甚至疑古惑经，诽议上圣，阳为狂易圣武之词，以掩诋毁先朝之迹。耻巽词以谀今，假大言以蔑古，置诸外篇，窃取庄生盗跖之义。”从而设身处地为刘知几慨叹：“柳翳隐形，志在避祸，千载之下必有心知其意而莫逆者！”以考史见长又精于元史的钱大昕，把自己许为千年前的刘知几的知己，这种同病相怜的深厚同情，也并非无病呻吟。这些都是出于乾隆一朝知名史家的典型例子，三人正巧作了三种方式的表现。这种情况的出现和发展，驱使清代中期的学者们，只能埋头解经校史。这就是连绵百年之久的畸形的“乾嘉风尚”在当时史学领域里的现实，它使得在明史和清史的研究上，人人裹足。而魏源的可贵，是他冒险犯难，恰似给犹如荒漠的明史学园地送来了一泓粼粼春水。
（三）
道光初，魏源在京师，与学者名士们交游，又出入翰林院，接触到中秘藏书，了解到京华掌故。对于《明史》修纂的由万斯同而王鸿绪而“钦定《明史》”的过程，和王稿颁付史馆作为张修《明史》的主要底本这些事实，当然是清楚的。其中王稿因碍于“板心雕《横云山人集史稿》”而没能“颁发”，并非完全由于内容的缘故，又是魏源自己说明了的。听以，鉴于魏源的地位与学识，他批评王鸿绪《明史稿》，就是在批评“钦定《明史》”。何况魏源《书明史稿一》的行文一变其固有的严谨，没有将《明史》与《明史稿》作区分。至于在《明代食兵二政录叙》中，通篇议论对“钦定《明史》”本身没作一句赞许，相反地只是除了辽东边防问题声明要依照“钦定《明史》”外，所有议论都出于明代经世文，脱离了《明史》。所论的核心问题又正是在针砭清代“举天下人才尽出于无用之一途”的时弊。认为要革除这个弊病，一要善于广用人材，二要改变官风和学风，而这两方面都该以明代为“前事之师”，这就要求人们研究和总结明史。他声明正是为了请到“老师”，他才编《明代食兵二政录》的，即从明代经世文里而不是从“钦定《明史》”中寻找前朝治世的借鉴，这种引江入河的做法，无异是认为《明史》并不适应也不能满足这个要求。这就给人作出了榜样：一要破除乾嘉的干结和沉闷，为经世致用而治史，二要别开蹊径，不必拘泥于“钦定《明史》”，受其束缚。所以魏源在《书明史稿二》搁笔前大声疾呼“呜呼！麟豸而为桀犬之吠乎！”呼吁人们探究明代历史，以求区别真伪、明辨是非，不要懵然于堂皇锦障之中继续作茧自缚，敢于纠正《明史》的错误，如他在辩正外国沿革上所做的那样做。
这种一反时俗敢冲禁区的精神，与魏源政治现实上要求变革，和学术思想上要求汰除迂腐相一致。虽然对《明史》的抨击只不过寥寥数笔，尚未论及书中的人与事，但其藐视和激烈程度远超过了前人。它出自万马齐喑的时代，犹如一声震耳的呐喊，引起人们的共鸣。周寿昌得到魏源《书明史稿》文稿，“恐久或湮没失传”赶紧录入自己的文集，就是一例。魏源作为在长期禁锢中敢于冲决藩篱的发难者，就《明史》提出的问题，启发了人们注意到“钦定《明史》”不是十全十美的，它的可议之处包括了史实的详实性、取材的全面性和立论的正确性等诸方面，从而激发了人们研究有明一代的全史，当然也包括“钦定《明史》”在内，催发了明史研究的复活诞生。不破不立，正是由于魏源在这方面的突破，为稍后出现的夏燮编撰的编年体明史《明通鉴》、和徐★撰写的较为详备的南明史《小腆纪年》、《小腆纪传》等明史新作，开了先河，为晚清时期的明史学研究开拓了园地。
乾嘉以降，封建主义和人民大众的矛盾日益尖锐，人民起义此伏彼起，封建统治力量日渐衰落。清前期用以巩固清廷政权的若干策略措施，和统治者的愿望相反，逐步走向了反面，成为社会稳定和演进的赘瘤。嘉道之际，形将解体的封建社会开始向半封建半殖民地社会急剧转变，民族矛盾与阶级矛盾交织中，封建统治阶级内部政治思想上革新与守旧的斗争也随之激烈起来。这种斗争，显明地表现在对社会矛盾和政治积习以及学风的认识与态度上。魏源作为爱国的地主阶级改革派，反对“以养痈贻患为守旧章”，“以缄默固宠为保明哲”，主张兴利除弊，要求对清朝的某些弊政实行改革。在经世致用的主旨下，为了表里为用，他要求学习外国先进技术；因为“今昔病药相沿”，他要求“质之往古”，从历史上找药方。后者就是魏源研究历史的出发点和动力，也是他反对明哲保身，敢于触“文网”的胆识所在。为此，他在历史研究中做到了“考据之学，利于应敌”，和“有关国乘，不敢墨墨”。即坚持实事求是，凡关系到国家历史的正误伪夺的，决不冷眼旁观听其贻误后人。这就是魏源在明史问题上所以能不避违碍，敢于指责王鸿绪的《明史稿》和进而正面评发“钦定《明史》”错误的主观原因。由于主要社会矛盾的转化，和嘉道时期统治阶级的共同利益的要求，文网逐渐松弛，出现了私撰明史刊本。例如嘉庆时有人重刊了记叙明末农民战争的《绥寇纪略》，道光时有人刊行了明清之际的野史汇编《荆驼逸史》和纪传体南明史《南疆绎史勘本》等。尽管都是旧撰新刊，且又经过了修改，都带有“文网”烙印，但在客观上为魏源议论《明史》提供了一定的气氛。作为历史背景，使魏源评论《明史》具备了一定的条件，从而使魏源评论《明史》成为可能。上述主客观两方面，魏源的胆识应该是值得珍视的方面。在这个意义上，就开拓晚清的明史学来说，可以说是时代给予了魏源以笔墨，再反过来魏源又以他的笔墨导发出了一个未来的时代。
魏源毕竟是地主阶级改革派，他的思想与作为，包括史观和对待史学的态度，归根到底都还是由他的阶级地位和时代决定的，即使在封建社会急速瓦解的嘉道时代，也没有跳越阶级的窠臼，还是自觉地遵循封建主义法制，维护封建国家利益。他在史学上的态度，例如批评《明史》，始终与政治上兴利除弊以使衰败腐朽的清政权得到拯救相统一。就以魏源最激烈地指责《明史》西北地理的错误来说，作为西北地理专家的魏源，以己之长讦彼之短的目的，正是为了“以祛正史之污，并以祛后来诸图之惑”。对这一部“钦定《明史》”，终究还是抱着责之弥深爱之弥切的心情，汰剔其“诬古欺今”的谬妄，以使它去瑕求全的。
后来的徐★《小腆纪年》、《小腆纪传》和夏燮《明通鉴》采用了明代纪元，开始点染上了清前期所严禁的种族矛盾的色彩，反映出了社会矛盾和时代的潜移，从魏源的足迹上又伸展出了一步。而再后的明史学的发展，尤其是在种族革命的思潮中，从光绪中期高涨起来的明史学狂澜，像是脱缰之马，奔腾四出。从钞印明末禁史，到搜集明末遗民的著作，与翻印诸如《扬州小日记》、《嘉定屠城记略》、《朱舜水集》、《张苍水集》等等的同时，明史研究蓬勃而起，反映了时代的脉搏，它与清史研究并进，成为这个时代的一组强音。明史学的这一个高潮，就其性质来说，已与魏源迥然不同了；而其局面和声势，当然也绝非魏源所能想象。列宁说过为了解决社会科学问题，“最可靠、最必需、最重要的就是不要忘记基本的历史联系，考察每个问题都要看某种现象在历史上怎样产生，在发展中经过了哪些主要阶段，并根据它的这种发展去考察这一事物现在是怎样的。”又说“判断历史功绩，不是根据历史活动家没有提供现代所要求的东西，而是根据他们比他们的前辈提供了新的东西。”处于“钦定《明史》”修纂和清末明史学高潮之间的魏源，尽管在明史学上除了那有限的笔墨外，没有留下可观的著述，但却做了他的前辈所不能做的工作，作为新阶段的开始，为后来明史学的发展开了头。魏源不但与龚自珍并列，是中国近代启蒙思想的先导，也是晚清时期的明史学发展的先导。
