《清史稿》中魏源未入《儒林列传》，入《文苑列传》。该传序言：“道咸多故，文体日变。龚、魏之徒，乘时立说。”《文苑》中魏传共三段：首段籍贯履历、宦海沉浮；次段学术讲古今成败利病，经世致用；末段著作。

《清史稿》未给魏源以儒林正统地位，其《儒林列传》记述《公羊传》大师、魏源老师刘逢禄“弟子潘准、庄缤树、赵振祈皆从学《公羊》及《礼》有名”，亦未提及魏源，但魏源在儒家经学方面的研究还是卓有建树而且影响深远的。

魏源治经，属今文学派，以《诗》、《尚书》与《公羊传》为最著。小学作为经学的附庸和入门，为清代治经者所必修，魏源在这方面也做过深入研究，有许多创见。他的经学著作甚多，除《清史稿》提到的《诗古微》、《书古微》以外，容易见到的还有《魏源集》收录的《公羊春秋论》及《说文拟雅叙》等二十余目。

今文学派治《诗》，不专注于解释训诂名物，着重发挥它的微言大义。魏源更有两点值得提示。

第一、对古文《毛诗》及尚有遗文坠义可考的齐、鲁、韩今文三家诗二者的态度终归持平。《诗古微序》初稿言：“余初治《诗》，于齐、鲁、韩、毛之说初无宾主”。最初是平等看待的。“顾入之既久，碍于此者通于彼，势不得不趋于三家。”“《诗古微》何以名?曰：所以发挥齐、鲁、韩三家诗之微言大谊，补苴其罅漏，张皇其幽渺，以豁除《毛诗》美、刺、正、变之滞例，而揭周公、孔子制礼正乐之用心于来世也。”这段时期，是梁启超说的魏源治《诗》主齐、鲁、韩，而排斥毛、郑不遗余力。然而在最后，《诗古微》二刻本《目录书后》，魏源又复其初衷，改变了看法：“以汉人分立博士之制，则《毛诗》自不可废，当以齐、鲁、韩与毛并行，颁诸学宫，自所望于主持功名者。”对二者的态度终归持平。魏源能保持严谨的治学态度，不拘限于门户之见。当然，三家能与毛平起平坐，也便是地位提高，仍不失今文学派大旨。

第二、从诗之创作与欣赏的关系上作开创性论述，解决治《诗》的许多难点与纠纷。   

就文学创作来说，形象大于思维。诗歌句式简练，跳跃性强，读者欣赏时，只是根据意象看来并不十分连续的简短诗句，用自己大脑中原来储存的有关信息，重新排列组合，进行再创作。读者再创作时所组成的意境，表达的思想感情，可以与作者基本相似，或某些方面相似，或完全不同。重刊本《诗古微•齐鲁韩毛异同论》说：“夫诗有作者之心，而又有采诗者编诗者之心焉。有说诗者之义，而又有赋诗、引诗者之义焉。作诗者自道其情，情达而止，不计闻者之如何也，即事而咏，不求致此者之何自也。讽上而作，但蕲上寤，不为他人之劝惩也。至太师采之以贡于天子，则以作者之词而谕乎闻者之志，以即事之咏而推其致此之由，则一时赏罚黜陟兴焉。国史编之以备蒙诵教国子，则以讽此人之诗存为讽人人之诗，又存为处此境而咏已咏人之法，而百世劝惩观感兴焉。”  

一首诗，作者是这样想的，读诗者采诗者编诗者就不一定完全是这样想了，读、采、编三者更可以彼此不同。魏源接着说：“《毛》以《二南》皆美文王后妃之化，而《韩》则以《汉广》为说人，《汝坟》为辞家，《苤苡》伤夫有恶疾。《毛》以变雅皆刺幽、厉，而《鲁》、《韩坝》则以《抑》及《宾筵》为卫武自警，《白驹》为者招隐。是三家特主于作诗之意，而《毛序》主于采诗、编诗之意，似不同而实未尝不同也。”魏源从文艺理论的高度，精辟地创造性地分析了各家解诗的出入，从根本上回答了历来关于《诗》之美、刺、比、兴问题上的许多争论。

《书古微》发明西汉今古文尚书之微言大义，揭辟东汉马融、郑玄之无师传，攘斥东晋梅颐《古文尚书》，言辞十分激烈：“夫《毛传》尚可与三家诗并存，若伪古文之臆造《经》、《传》，上诬三代，下欺千载，今既罪恶贯盈，阅实词服，即当黜之学校，不许以伪经出题考试，不许文章称引，且毁伪孔《传》、伪孔《疏》及蔡沈《集传》，别颁新《传》、新《疏》，而后不至于惑世诬民。至马、郑《传》《注》之故背今文、臆造古文说者，亦不足以相代，则欲立学宫，舍西汉今文家专门之学，其将谁归?”   

马融弟子郑玄是两汉经学的集大成者，注经兼采众长，不主一家，但注《诗》宗毛为主，注《尚书》用古文，故受到魏源的批评。《韩非子•显学》说“孔子墨子俱道尧舜，而取舍各不相同”，《尚书•尧典》重点记尧舜禅让，以宣扬孔子“天下为公，选贤与能”的理想，与墨子强调尧舜“饭土簋，啜土硎，茅茨土阶”以宣扬“节用”思想大不相同，可见孔子编纂《尚书》，在取舍史料时，确实是以自己主观的政治理想为标准，有微言大义可以发挥。至于梅颐《古文尚书》之伪，则自康熙时阎若璩《古文尚书疏证》一书问世，已成既定的铁案，经过魏源等人的扫荡冲击，更是全面崩溃。但魏源之治《尚书》，还有更值得注意的地方。  

《书古微序》：“予既成《诗古微》二十二卷，复致力于《尚书》，坠绪茫茫，旁搜远绍，其得于经者凡四大端：一曰“补亡”，二曰“正伪”，三曰“稽地”，四曰“象天。”魏源所说的稽地象天，主要是在钩沉典籍，实地调查的同时，大量而系统地引用明中叶以来不断介绍到我国的西方天文地理科学知识，为《尚书》的研究带来新的生机。   

《尚书》之虞夏书共《尧典》、《皋陶谟》、《禹贡》三篇。《禹贡》是我国最早的地理、水文著作，魏源以此为起点，由古地理、水利的研究进而关注当代地理、水利以至世界地理。《书古微》中，考禹河，稽江、汉，谈雍州青海、冀州漯川，都表现出他在这些方面的精湛知识。《尧典》自“乃命羲和”以下，有许多关于天文、历法的记载。魏源花了许多精力涉猎天文历法之学，并邀这方面专家、好友邹汉勋合作。《书古微例言》：“邹君汉勋曾为余代绘《唐虞天象总图》、次《璇玑内外之图》、次《玉衡三建》，皆建北方、定子位、分平旦、夜半、初昏及中星用事，分绘各图，于金陵付梓。而江陵告变，图版皆毁于兵燹。”其后成《海国图志》，第九十六至一百卷，专载《地球天文合论》，并附地球和天象图多幅，介绍西洋哥白尼等的先进科学知识，即使对这些还不一定融会贯通(如《地球循球论》后“源案：此即西人地动太阳静之创说，但地球既运转不停，则人视北极，亦当变动而不能止其所矣。姑存备一说”)，但态度是诚恳积极的。而《尚书》研究之稽地象天，实为后来进入西洋舆地天文科学领域的起点。  

《魏源集》收有《公羊春秋论》和《董子春秋发微序》。文章与钱大昕、孔广森辩论，力主《春秋》有师承家法，有褒贬书法，为孔子托古改制之作，大倡《公羊》，推尊董仲舒。“左氏详于事，而《春秋》重义不重事。《史记》言《春秋》上记隐，下至哀，以制义法，为有所刺讥褒讳抑损之文不可以书见也，故七十子之徒。受其传指。《汉书》言仲尼没而微言绝，七十子丧而大义乖。夫使无口受之微言大义，则人人可以属词比事而得之，赵访，崔子方何必不与游，夏同识；惟无其张三世、通三统之义贯之，故其例此通而彼碍，左支而右诎。”称扬董仲舒治《春秋》为“曲畅而旁通”。“抉经之心，执圣之权，冒天下之道。”

孔子有自己的政治理想，但周游列国，不能施行，乃借鲁史以制王者之法而作《春秋》，借历史往事以明义，将微言深意口授弟子。《公羊传》为释经之作，相传出自孔氏门徒子夏，以发《春秋》之微言为主旨。董仲舒是汉景帝、武帝时的《公羊春秋》博士，一代经学大师，对《春秋》融会贯通，结合实际，阐发新义，并以经文为根据，参议朝政，决狱判案，为政治服务。魏源《默觚》，上为《学篇》，下为《治篇》，通经致用，经术就是治术。他们三人在以经术用世这一点上是一致的。  

清室到道、咸年间，内忧外患，国家多故，局势日益颓败。“龚、魏之徒，乘时立说”，倡导变革。但变革离不开特定的社会环境和当时意识形态的文化心理结构。今文学派“张三世”的社会发展变化观念，“内诸侯而外夷狄”的民族意识，敢于揭辟古文权威，发挥经典微言大义的怀疑与创新精神等等，都正是当时从事变革者所极为需要的精神武器，而以孔子及儒家经典为旗帜，“援经以议政”又是社会文化心理结构所容易接受的。这样，今文经学就成了魏源学术和政治的基本指导思想。魏源以今文学派之怀疑与创新的精神治小学，《魏源集》中《说文拟雅叙》以下四篇是这方面的论著，其中《说文转注释例》最为精到。  

转注的意义，历来解说纷纭。许慎云：“转注者，建类一首，同意相授，考老是也。”戴震及其学生段玉裁以互训解释：以老注考，以考注老，辗转注释，是为转注。魏源说：“且‘建类一首’，谓以五百二十六部首展转贯注于每部数百字数十字之中，故每部必曰‘凡某之属皆从某’。许君《自叙》曰：‘其建始也，立一为端。方以类聚，物以群分。同条牵属，共理相贯。杂而不越，据形系联。引而申之，以究万原。毕终于亥，知化穷冥。’是许君《自叙》一字不及于象形、会意、指事、假借，而惟以部类建首转注为六书之纲领。其纲领或在上下，或在左右。偏旁在左者，皆左为转注，右为谐声……举五百二十六部，无一字使能出部首之外。故形、声、事、意等字，如人之有名字，而偏旁部首，则如人之有姓氏，而后祖宗嫡庶，宗族支派，秩然其不可乱焉。六书转注之谊，孰大于部首建类者，而乃以互训当之乎?戴氏、段氏小学专家，乃毕生不知转注之义，可谓求之千里，失之睫前。”这样，老字作为一个部首，下辖的老、耋、寿、考、孝等十个字便算建类一首，同意相授。可以用老这个部首字之基本义项展转贯注于各字之中，“同条牵属，共理相贯。杂而不越，据形系联。引而申之，以究万原”了。

魏源在江声转注说的基础上进一步深入阐述，并详举例证，直接批评许慎部首建类和归字之不尽恰当。许慎《说文•自叙》“既竭愚才，惜道之味，闻疑载疑，演赞其志。次列微辞，知此者稀，倘昭所尤，庶有达者，董而理之。”魏源在举出《说文》中许多部首的字当重新调整归并之后，于《说文转注释例》结尾说：“此皆与许君部首建类转注之谊未能尽合，《自叙》望后人董理者，意在斯乎！意在斯乎!”今文学派怀疑而自信的精神与大胆创新的勇气都表现得十分突出。 

《公羊》学者分《春秋》鲁之十二公为三世。隐公、桓公、庄公、闵公、僖公时期叫“所传闻世“或“衰乱”世，衰乱世内其国而外诸夏；文公、宣公、成公、襄公时期叫“所闻世”或“升平”世，升平世内诸夏而外夷狄；昭公、定公、哀公时期叫“所见世”或“太平”世，太平世“著治太平，夷狄进至于爵，天下远近大小若一”，这是向《礼记•礼运篇》中的大同世界迈进了。这种由衰乱到升平到太平的历史变革发展轨迹，即《公羊》学的“张三世”之说，扩大了魏源的时间观念；由内其国而内诸夏终而夷狄亦进至于爵，天下远近大小若一，扩大了魏源的空间观念。使魏源能由道、咸间的衰败局势展望到通过变革所可能产生的未来远景，由中国看到全球各洲以至《海国图志》卷九十七所谈到的恒星列宿。这些，正是魏源能放眼全球，倡导向西方学习的思想基础，它促成了《圣武记》、《海国图志》诸作的产生。

乾嘉时期，今文学派虽然也“援经议政”，但意在巩固当时封建统治，并不主张改制，今古文之争也纯为学术争论，争真伪，争正统。魏源倡导通经致用，倡导变古，认为政治经济外交，都必须以经学为指导，(如《海运全案序》引《易》之乾坤通变，《道光洋艘征抚记》引《春秋》治内详、安外略为准以论事)，才不失圭臬；研究经学而不致用于世事，就会变成无补于国计民生的腐儒、陋儒。他治经，已明显向政治方面倾斜，不算正统的“儒林”人物。这方面，他为后来康有为借今文论政，从今文经学找变法维新的理论依据开了先河。康有为在《孔子改制考》中说，他之所以打出孔子改制这个旗号，因为自己以“布衣改制，事大骇人，故不如与之先王，既不惊人，自可避祸。”他的宣扬今文经学，已成为进行变法维新的一种宣传组织活动。而康有为和章炳麟的今古文对局，已各有明显的政治背景，学术气氛反而相对淡化了。