中国人民反对阿古柏和沙俄入侵新疆的斗争，已经过去一个多世纪了。左宗棠在反对阿古柏和沙俄入侵新疆，维护祖国统一的斗争中，作出了一定的贡献。
1864年，新疆各族人民爆发了反清大起义，但是起义不久，领导权即为宗教和民族上层分子所篡夺，他们以“排满、反汉、卫教”的口号蛊惑群众，制造民族分裂，先后建立了五个互不统属的封建割据政权，即以库车为中心的黄和卓、以乌鲁木齐为中心的妥明，以和田为中心的哈比布拉汗，以喀什为中心的金相印与思的克，以伊犁为中心的塔兰奇苏丹。他们称王称汗，彼此攻伐，使新疆陷入分裂混乱的局面。中亚浩罕汗国的军事头目阿古柏趁机侵入南疆，1867年建立了“哲德沙尔汗国”（意为“七城国”，即喀什噶尔，和田、阿克苏、库车、莎车，叶尔羌和吐鲁番），此后又侵占了乌鲁木齐，新疆大片领土沦陷了。
沙俄继1864年剖占中国大片领土后，又在这个时候趁火打劫，把魔爪伸向伊犁地区。当时在俄军参谋部任职，后来升任陆军大臣的库罗巴特金声称：“归并这个被视为东方强大的堡垒的肥沃的伊犁地区，将对我们有很多好处，而且对中国形成一种威胁。”1871年2月10日和5月2日，沙俄政府两次召集关于侵占伊犁的专门会议，决定在“保卫俄国边境安全”的虚伪借口下，由七河省省长科尔帕科夫斯基带兵占领伊犁。1871年7月3日民族分裂分子伊犁苏丹艾拉汗投降，俄军占领了伊犁九城（惠远、惠宁、绥定、广仁、熙春、宁远、拱宸、瞻德、塔勒奇），并宣布“伊犁永远归俄国管辖”。
1872年沙俄派考尔巴斯“出使”喀什噶尔，与阿古柏非法签订了“通商”条约，承认阿古柏为“哲德沙尔汗国首领”。英国为了与沙俄争夺新疆，1874年也与阿古柏订立了通商条约，承认阿古柏政权为“合法的独立王国。”
当时左宗棠在陕甘总督任上，他对新疆的局势极为关切。1871年在给部将刘锦堂的信中明确表示：“弟本拟河湟收复后，即乞病还湘，今既有此变（指俄占伊犁），断难遽萌退志，当与此虏周旋。”1873年左宗棠在给总理衙门的信中指出沙俄跟阿古柏互相勾结，目的就是为了分裂我国版图，提出“欲杜俄人狡谋必先定回部（阿古柏政权），欲收伊犁必先克乌鲁木齐”，“乌城形势既固，然后明示以伊犁我之疆，索尺寸不可让人”。他还针对当时清政府一些人中存在的畏敌如虎妥协投降的状况，建议清政府，只要“整齐队伍，严明纪律，精求枪炮，统以能将”，就一定能“转弱为强，制此劳师袭远之寇”。
1874年，正当左宗棠准备进军新疆时，日本侵台，东南告急，清政府内爆发了一场“海防”、“塞防”之争。李鸿章等主张放弃新疆，“准其自为部落”，鼓吹“新疆不复，于肢体之元气无伤，海疆不防，则心腹之大患愈棘”，要求对西出之师“可撤则撤”，“可停则停”，集中财力，专营海防。左宗棠则坚决主张应该塞防、海防二者并重，特别是新疆危若累卵之时，若“即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸而寇进尺，不独陇右堪虞，即北路科布多、乌里雅苏台等处恐亦未能宴然。是停兵节饷，于海防未必有益，于边防则大有所妨”。并进一步指出：“海疆之患不能无因而至，视西陲之成败以为动静，俄人攘我伊犁势将久假不归，大军出关艰于转运，深入为难，我师日迟，俄人日进，宜以全力注重西征，俄人不能逞志于西北，各国必不至构衅于东南。”针对李鸿章屈服英俄压力无视国家统一的荒谬建议，他痛驳道：“关陇新平，不及时归还国家旧所没地，而割弃使别为国，此坐自遗患，万一帕夏不能有，不西为英并，即北折而入俄耳，吾地坐缴，边要尽失……，无益海防，而挫国威，且长乱，此必不可！”在这场要不要维护中华民族根本利益的大是大非之争中，左宗棠态度是显明的。
1875年，清政府采纳了左宗棠的正确主张，任命他为钦差大臣，督办新疆军务。1876年7月年已六十五岁的左宗棠统兵进军新疆，并随军由兰州移驻酒泉。入疆后，他一方面采取先北后南，“缓进速战”的策略，一方面下令“严禁杀掠”，搞好同各族人民的关系，新疆各族人民为维护祖国统一积极支持清军入疆作战。清军士气高昂，“于冰霜凛冽，弥望戈壁之中，一月弛骤三千余里”，11月收复北疆。1876年底沙俄派出以参谋总部亚洲司司长库罗巴特金为头目的“特别代表团”，给残存南疆的阿古柏撑腰打气，吹捧阿古柏匪帮“不仅为自己建立了一个广阔的国家，而且能够英明地管理它”，表示要巩固“双方从未中断过的友谊”。可是，这一切都枉费心机。1877年4月，左宗棠指挥的爱国军队从北、东两面发起进攻，以迅雷不及掩耳之势攻克达坂城、吐鲁番、托克逊，打开了通向南疆的大门。5月，侵略者阿古柏在绝境中服毒自杀。
眼看沙俄利用阿古柏占领新疆的阴谋已经破产，英国又出来玩弄了一个调停的把戏。建议立喀什噶尔为“保护国”，左宗棠一针见血地指出英国这样做的目的是“恐安集延之为俄人所有”。驳斥说“即欲别立为国，则割英地与之，或即割印度与之可也，何乃索我腴地以市恩？兹虽奉中国以建置小国之权，实则侵占中国为蚕食之计”，“彼阴图为印度增一屏障，公然与我商议，欲于固疆撤一屏障，此何可许！”在他的坚持下，清政府拒绝了英国的“调停”，清军转战而前，金相印在和田就擒，伯克胡里（阿古柏之子）、白彦虎逃入俄境，阿古柏的反动政权彻底瓦解，1878年1月清军收复了除伊犁外全部沦陷的新疆领土。
沙俄在侵占伊犁之初，曾欺骗清政府说是“代为收复”，一俟新疆平定就“立即归还”，这时却赖着不走。对此，左宗棠态度明确：寸土不让。他在给清政府的奏稿中提出“地不可弃”，“腴地不可捐以资寇粮，要地不可借以长敌势，非趁此兵威，迅速图之，彼得志日骄，将愈近愈逼，而我馈运艰阻，势将自绌，无地堪立军府，所忧不仅西北也”。
清政府希望能通过外交途经解决，1878年6月派崇厚前往彼得堡谈判索还伊犁。10月崇厚在沙俄的讹诈下，未经清政府批准，擅自与沙俄签订了《里瓦基亚条约》，使中国丧失大量的领土和权利，而换回的仅仅是伊犁等九座残破的空城。由于西境、南境都被割去，伊犁三面临敌，“弹丸孤注”，随时都有被沙俄重新攫取的危险。对于崇厚的卖国行径，举国哗然，左宗棠上书愤怒抨击“武事不竞之秋，有割地求和者矣。兹一矢未闻加遗，乃遽议捐弃要地。餍其所欲，譬犹投犬以骨，骨尽而噬仍不止。目前之患既然，异日之忧何极？此可为叹息痛恨者矣”。指出沙俄“交还伊犁而仍索南境西境属俄，其诡谋岂仅在此数百里土地哉？”一定还要继续“占我土地，诱我部落，势不至化中为俄不止……，由边而腹，其祸患靡所止极”。
左宗棠主张用武力收复新疆，他清醒地认识到：同侵略者打交道，单有理是不行的，正义的行动仍然需要强大的军事力量作后盾，所谓“邦交之道，论理而亦论势，势之所在即理亦因之而长，无理亦说成有理，势所不存则仰面承人，不能自为，轩轾有理，亦说成无理，古今成败之迹大抵皆然”。何况“以目前边势言之，论理固我所长，论势亦非我所短”，只要“先之以口舌，继之以兵威，事无不济”。战略上他主张“檄南路之兵，分由阿克苏、乌什兼程急进，直取伊犁，兼索叛逆，集关内之势，塞其蹊径，令其就我范围”。策略上他提出“官军袭屡胜之威，直取伊犁，如风扫箨，而犹彼先动杀机，倾巢出犯，乃拟潜师取之。以言乎理，则兵以义动；以言乎势，则盘马弯弓惜不发也”。励兵秣马，准备和侵略者兵戎相见。李鸿章则主张同意崇厚所签之约。对此，左宗棠严正指出：“俄自窃锯伊犁以来，无日不以损中益外为务，蓄机甚深，此次崇厚出使，乃始和盘托出，若仍以含糊模棱之见应之，我退而彼益进，我倪而彼益仰，其祸患殆靡所止，不仅西北之忧也。譬犹人之患痞块本非和甘平淡诸药所能为功，庸医但顾目前，不敢投以峻利之剂，则痞块与人相始终，无复望其有病除身壮之一日。今日中俄之势何以异此！”坚定表示“化中为俄，断不可许。”1880年2月清政府被迫将崇厚问罪。左宗棠命令入疆部队分兵三路，迂回包围伊犁。5月，年近七十的左宗棠亲自出关，把大本营前移到哈密。他在给友人的信中这样说：“西征十年，滚滚风烟，几无生趣，……头白临边，竟无息肩之日”，但是为了祖国统一，他“老怀益壮”，同广大爱国官兵一样“壮士长歌，不复以出塞为苦”，准备与沙俄决一死战。这种绝不屈服，反抗侵略的决心，表现了中华民族捍卫自己的领土，敢于同敌人血战到底的英雄气慨。
沙俄这时也摆出一付大举入侵的架势，不仅在我国东北和西北集结重兵，并且出动黑海舰队的兵舰到我国近海示威，中俄战争一触即发。但是刚经过1877——1878年俄土战争的沙俄，这时已力不从心，其它帝国主义唯恐沙俄在伊犁问题上的失败引起连锁反应，影响它们的在华利益，纷纷起来压迫清政府。李鸿章等人也趁机鼓噪，攻击左宗棠，并极力为崇厚开脱。清政府于是将左宗棠调离新疆，并于1880年7月派驻英公使曾纪泽赴俄重开谈判。在谈判过程中，由于左宗棠在新疆的军事部署基本未变，这就有力地支持了清政府的外交斗争。1881年2月《中俄伊犁条约》签订，这个条约仍然是一个不平等的条约，但与崇厚签订的条约相比，中国还是夺回了一部分主权，从而结束了沙俄对伊犁地区长达十年之久的血腥的军事殖民统治。
1884年清政府采纳左宗棠的多次建议，在新疆建立行省。这一措施加强了中央政府对新疆的行政管理，增进了各族人民之间的团结合作，对巩固西北边防，抵御沙俄帝国主义的侵略起了积极的作用。
在十九世纪六、七十年代民族危机空前严重的时刻，面对帝国主义穷凶极恶的侵略，左宗棠作为一个地主阶级的高级官员，并且惨酷地镇压过太平天国、捻军和西北回民起义，但在外敌入侵时敢于力排众议，不计个人安危，抵御外侮，这在当时反动统治阶级当中是十分难得的。我们这样一个多民族国家，祖国的统一是全国各族人民的愿望。左宗棠收复新疆，符合各族人民的利益。为祖国的统一作出了不可磨灭的贡献，尽管这一贡献是在各族人民浴血奋斗、共同努力下取得的，但他个人的作用仍然不容忽视。
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