新疆，在乾隆皇帝平定阿睦尔撒纳叛乱定名为新疆之前，历史上称之为西域。西域，是指我国甘肃玉门关以西，葱岭以东和天山南北等的广大地区而言。
西域同祖国内地的联系，在遥远的唐虞时代就有了往来。公元前二世纪左右，西域分为大小三十六国，为当时匈奴冒顿单于所征服，在当地掠夺人口，索取贡税，并据此向西汉侵犯。汉武帝为了联络住在伊犁一带的大月氏人共同夹击匈奴，公元前138年派张骞出使西域。从此，西域同内地的经济、文化等联系，逐渐密切起来。
公元前60年，汉宣帝任命郑宣为西域都护，治所设在乌垒城（今新疆轮台县），当时称之为西域都护府。都护是驻西域的最高长官，负责管理军事、政治和商旅往来，有废立西域各族首领的大权，管辖昆仑山以北、天山南北直到巴尔喀什湖一带的地方，这是西域归属中国中央政府的开始。
王莽篡位到东汉初年，西域与内地的关系被匈奴阻断。公元73年，东汉政府派班超出使西域，重在龟兹设立西域都护府，西域同内地的关系较前更为密切。
从东汉末年到隋朝统一的四百年间（公元184——589年），我国大部分时间处于分裂状态。但是，北方的政权，一直对西域实行管辖：三国时期，于阗、龟兹、鄯善、疏勒、车师等天山南道各部于222年派人到洛阳入贡，正式接受魏国的管辖。西晋政权只有短短三十六年，也照样对西域推行政令。东晋时期，几个北方政权同样管辖西域，前凉于327年在西域设置高昌郡，是我国在西域设置郡县的开始。南北朝时期，445年北魏在鄯善设置护西校尉，征收赋税，征发徭役，加强了对西域的管理。
隋炀帝即位以后，派遣韦节、杜行满等出使西域，后来设置西域校尉，西域各族首领如高昌、焉耆、龟兹、于阗、疏勒等王均曾亲身或派人到洛阳见过隋炀帝。
唐政权建立后，为了加强对西域的管理，640年，唐太宗在高昌（后移至龟兹）设立了安西都护府，管辖天山以南至葱岭以西，阿姆河流域的广大地区。702年，武则天为了进一步巩固西北边疆，在庭州设立了北庭都护府，管辖天山以北包括阿尔泰山和巴尔喀什湖以西的辽阔地区。
元朝在西北边疆也设立了中央统辖的行政机构，在畏兀（维吾尔）境内也同样设官府，立屯戍、行交钞、计亩输税，有了自然灾害，也由内地拨款救济，如1227年，别什八里（乌鲁木齐、吉木萨尔）发生饥荒，元朝政府曾拨款予以赈济。
明朝自洪武（1368年）开始，先后设立了哈密卫、蒙古赤金卫、安卫、曲先卫、阿端卫、罕东卫、罕东左卫、沙州等八个卫管辖西域。以畏吾族、蒙古族的贵族或“大头目”担任各卫所的指挥官，畏兀等族向明政府称臣奉表者，达七、八十部之多。
清政府统一中国后，康熙皇帝平定了准噶尔部的噶尔丹，1755年乾隆皇帝在伊犁平定了阿睦尔撒纳，乾隆把西域更名为新疆，自此，清朝政府就牢牢地巩固了对新疆的统治。
根据两千多年的史实，无论在哪一个朝代，新疆都是中国不可分割的神圣领土，即令在中国历史上处于弱小分裂的三国、两晋、南北朝也不例外。中国是一个多民族的大国，在古代，无论是地广人众的汉族，或是人数不多的少数民族，如蒙古、满族人当皇帝的元、清两朝掌管中央政权，新疆的辽阔地区和各族人民，也同样是中国的领土和臣民。可见新疆各族人民与全国五十多个民族汇集而成的中华民族，在任何时候，也是一个分离不开的整体。
十六世纪后期，欧洲的沙俄派人越过乌拉尔山进入亚洲，十七世纪中期沙俄的侵略势力就进入我东北的黑龙江流域，再后更进至西北边疆的外沿地区。当时清政府的国力强盛，沙俄的侵略阴谋还不能完全得逞。可是到了十九世纪中期，清王朝已经腐败无能，中国闭关自守的大门，被西方殖民者的洋枪大炮打开以后，新疆地区广阔的疆土，就成了沙俄和英帝国的争夺目标。第二次鸦片战争规间的1858年、1860年，沙俄乘机强迫清政府签订《中俄爱珲条约》和《中俄北京条约》，割占了我国东北一百多万平方公里的土地。1864年，沙俄又强迫清政府签订《中俄勘分西北界约记》，割占巴尔喀什湖以东、以南44万平方公里的大片领土（过后几次划界签约又共强占了七万多平方公里），贪得无厌的沙俄并不以此为满足，还想占领整个新疆地区。这时新疆地区的一些封建主和宗教上层势力也乘机反对清政府，到1866年春，新疆的大部分地区，为封建集团的反清势力所占领，清政府暂对失去了控制新疆局势的能力。
当时封建主势力分成几个不同的割据集团，其中以占领南疆东四城的汗和卓集团势力最强。但是占领西四城的金相印，也不甘居于汗和卓之下。为了吞并汗和卓和反叛清政府，金相印便向毗邻的浩罕国（当时独立小国、后被沙俄吞并）请兵求援。
浩罕统治者见新疆内部混乱和清政府衰弱，1865年1月派其军队总司令阿古柏率军进入新疆。阿古柏是一个对新疆早有侵略野心的军事头目，他采取各个击破的军事策略。首先占领喀什噶尔，兼并了金相印集团，接着攻占汗和卓集团盘据的重镇库车，杀死汗和卓，最后控制了南疆和北疆的乌鲁木齐等一批大小城镇。
广大的新疆落入了阿古柏之手，1867年底，阿古柏为实现蓄谋已久的野心，便自称毕条勒特汗（意为最幸运之主），宣布成立“哲德沙尔国”（意为七城），竟然以新疆的统治者自居。
久有侵占中国新疆野心的沙俄，眼见新疆的混乱局面，认为实现侵略扩张的机会已到，于1871年7月，突然出动重兵，占领了新疆西北部重镇伊犁，接着向伊犁移民，向当地中国居民勒索粮、银，并把伊犁地区置于沙俄的阿拉木图地方行政长官的管辖之下。为了吞并新疆，沙俄不断支持和拉拢阿古柏，阿古柏也派亲信到沙俄首都彼得堡访问，订立密约，表示臣服，这样新疆就有可能落入沙俄手中。
同时，英国侵略者也插手勾结阿古柏。1868年前后，英国的侵略势力也侵入新疆，1874英国同阿古柏订《通商密约》，承认阿古柏政权为“合法的独立王国”。先取得通商、驻使的特权，妄图把新疆作为自己的殖民地并与印度连接起来（当时印度是英国的殖民地）。
新疆面临着被沙俄或英国霸占的危险，新疆各族人民已备受蹂躏、流徙之苦，田园十之七、八无人耕种，敌人所到之处的广大地区，成了一座黑暗的民族大牢狱。抗击侵略者，就具有平定叛乱和反抗帝国主义侵略的双重意义。
在新疆遭受外敌严重入侵之际，美国（1867年）和日本（1874年）先后借口在台湾登陆，无能的清王朝内部对于要不要收复新疆被敌人侵占去了的领土，产生了激烈的“海防”与“塞防”之争。陕甘总督左宗棠力主“海防”与“塞防”应当并重，必须保卫西北边疆，认为西北的新疆不保，内地堪虞。清政府从维护自己的统治利益出发。同意了左宗棠的意见，并于1875年任命左宗棠为钦差大臣，负责收复新疆。
1876年4月，左宗棠统率的大军开始进疆作战，针对阿古柏盘据各地情况，左宗棠决定先收复乌鲁木齐，这里是新疆的政治、军事中心，也是依附外国侵略者的败类白彦虎的叛军盘据之地。先攻此城，南路的阿古柏军必然来增援，这样先打几仗，“挫其凶锋”，既可消灭白彦虎，又可大量杀伤阿古柏的有生力量，待初取胜后，再攻中路、南路，就较为容易。于是，就采取了“先北后南，缓进速战”的战略。
六月，左军的主将刘锦棠率部北逾天山，大军日夜兼程向乌鲁木齐推进。一路上，风沙扑面，寒暑无常，险阻重重，行军艰难。但是，清军将士怀着保卫边疆的决心，在左宗棠指挥下，克服种种困难，奋勇前进。阿古柏果然派兵援救白彦虎，清军经过三个多月激战，收复了乌鲁木齐以及玛纳斯诸城，接着收复中路吐鲁番。一八七七年八月，大军集中攻击南路阿古柏军，此时南路的敌人已成惊弓之鸟，他们堵塞了开都河（通天河），想以泛滥的河水阻止清军前进。但是，清军毫不畏惧，上下一心，冲破了洪水的阻拦，迅速到达库尔勒城。城内的敌人慑于左宗棠的军威，早已带着粮食向库车逃跑了。清军连追六昼夜，行军九百里，收复了库车等城，救出了被裹挟的难民十多万人。到1878年1月，南疆诸城全部平定。阿古柏战败时被部下所杀，其子伯克胡里和白彦虎等少数残匪在沙俄军队的庇护下，逃到了俄国境内。阿古柏一手制造的所谓“哲德沙尔国”彻底瓦解了，被其盘踞十余年之久的新疆重新回到了祖国的怀抱，粉碎了俄、英侵略者利用阿古柏分裂中国领土的阴谋。左宗棠收复新疆的丰功伟绩，永远受到祖国人民的称颂。
左宗棠进军新疆，远师劳征，天时地利不和，作战的不利因素颇多，但能出奇制胜，迅速歼敌，除左军官兵激于爱国义愤、勇敢善战外，还有就是得到了人民的积极配合。因为新疆各族人民长期遭受叛国封建主和外来侵略者的压迫苛扰，痛苦不堪，当祖国派来的军队一到，就受到了他们的欢迎和支持，清军所到之处，人民纷纷献粮、献马、运送粮草，充当向导，传递情报，军民一致，共同对敌。这是左军迅速取得胜利的重要原因之一。
在平定阿古柏之后，左宗棠立即向清政府奏陈，应迅速收复伊犁。1880年，清政府派驻英公使曾纪泽为出使俄国的饮差大臣进行交涉，沙俄集结陆军几万人，在伊犁陈兵对抗，并增派海军在中国海面上挑衅，企图用武力威胁我国。清政府命令左宗棠“统筹南北战守”。左宗棠部署三路兵力，作好了用武力收复伊犁的的一系列准备。他自己也以年近古稀的高龄移防驻地，站到反侵略战争的第一线。沙俄侵略者虽然还想施用武力威胁的惯技，但他们也深知自己当时在新疆的兵力，敌不过左宗棠，这才被迫与曾纪泽签订《中俄伊犁条约》，归还了伊犁。
新疆自古是祖国各族人民的神圣领土，是西北边疆的门户，面积一百六十多万平方公里，是全国最大的一个省区，占全国面积的六分之一。在这片美好的国土上，有着大量肥沃的可耕、可牧之地和丰富的地下资源。从公元前138年张骞踏进西域之地起，已有2124年的历史，在这悠久艰辛的岁月中，新疆各族人民不仅有对大自然“披荆斩棘”的开发业迹，也有勇于战胜外来侵略者和内部分裂叛乱者的斗争经验，这是新疆各旗人民的骄傲。今后继承和发扬这些优良而光荣的传统，是我们各族人民的权利和义务。党中央已决定：从下一个世纪起，把祖国建设的重心转移到大西北。新疆以其自身具有的各种优越条件，在大西北的地位，自当是首屈一指。因之，全国和新疆各族人民所应承担的建设和保卫新疆的光荣职责，也就是不言而喻的了。
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