在左宗棠的评价上有两个问题，一直为人们诟病：一是他曾参预过镇压太平天国的活动；二是他曾一手镇压陕甘回民起义。

这两件事，究竟他要负什么责任，是值得研究的。

首先谈谈左宗棠和太平天国的关系。从太平天国1851年金田起义到1864年天京陷落的十四年中，左宗棠只是1860年以后的四年才与太平天国发生了直接关系。前十年左宗棠主要考虑的“天下事”并不是如何对付“太平军”。

他参加科举连连落第之后，无意仕途，一再不肯出山，既出，又一再引退。虽经湖南巡抚骆秉璋再三邀请，也只答应以私人关系，帮帮忙，拒绝接受“关聘”。他这种冷淡的态度，曾使咸丰皇帝产生怀疑。1858年12月（咸丰8年12月），成丰帝特地召见郭嵩焘时，有这样一段对话：“上曰：尔可识左宗棠？曰：自小相识。上曰：自然有书信来往。曰：有信来往。上曰：尔寄左宗棠书，以吾意喻知，当出为我办事。左宗棠所以不肯出，系何原故”。郭嵩焘答道：“左宗棠为人豪杰，每谈及天下事感激奋发，皇上如果用他，他也断无不出之理”（《郭嵩焘日记》）。使左宗棠感激奋发的天下事，究竟是什么呢？据史料分析，不是扑灭太平天国的“叛乱”，而是对清王朝腐败无能的忧虑和愤概。这可以从下面三点来证明：（一）早在1840年第一次鸦片战争时，林则徐被谴戍，琦善卖国。他对满州贵族集团的无能和腐败，极端愤慨。南京条约签定后，他认为这是“千古未有”的奇耻大辱。发出了“虽有善者亦无从措乎英”的感叹。于是发誓隐居，不问国事（《左文襄公年谱》）。太平天国兴起后，他之所以迟迟不出山，就是这种愤概的表现。（二）胡林翼对此曾向他提出严肃地批评：“先生之自为计，则得之矣”，为何忍心置“先代积累二百年”天下于不顾？“设楚地尽沦于贼，柳家庄，梓木洞（左隐居处）能独免乎”？并劝告他“吾辈应做些事业出来，让满州人知道，吾们汉人不全是不中用的”（《左文襄公年谱》、秦翰才《左文襄公在西北》三十页）。当时左宗棠并没有接受他的批评和劝告。只是应付了一下，以一个不受“关聘”的幕僚身份，充当骆秉璋的幕僚，协办军务。他的宗旨是“外援五省，内清四境”（秦翰才《左文襄公在西北》十七页），就是说把太平军阻止于湖南境外而已。这实际上是一种以邻为壑的消极方针，只不过是对付一下朋友的批评，并没有把它当作一件“天下事”。（三）他在骆府的六年（1854年3月——1860年8月）正是太平天国内讧之后重整旗鼓与大清帝国进行生死存亡的决战时刻。鉴于他这种消极表现，曾引起咸丰皇帝的猜疑，以致在1860年春竟然想要把他处之以法。（《胡林翼年谱》咸丰十年）

1860年以后，在太平天国已呈败局的情况下，左宗棠才开始参予了对太平军的追剿。1860年他配合曾国藩、李鸿章率湘军五千人赴江西、皖南与太平军作战；1864年任浙江巡抚勾结“常捷军”攻陷严州（今建德）、金华、绍兴等地，1864年，他镇压了太平军李世贤、汪海洋部。在这六年中，左宗棠镇压太平军的手段是残酷的，罪行是不能否认的，也是不容为其开脱的。但与曾国藩、李鸿章等人相比，有不及而无过之，不应等量齐观。

其次，谈谈左宗棠与陕甘回民起义的关系。

咸丰同治年间，我国西北西南地区，普遍爆发了回民起义。咸丰五年（1855年）有云南杜文秀领导的大理回民起义；同治元年（1862年）陕西甘肃同时爆发了回民起义；同治三年（2864年）新疆南北普遍爆发了回民起义。特别在新疆地区的地方高级官吏，如将军，参赞大臣，办事大臣等，全遭杀戮，无一幸存。整个南北地区沸腾起来，斗争延续十六年之久（1852—1877年）。

从回民起义的本身来说，他们反对满州贵族的民族压迫是正义的。但不能不看到，在一些起义的上层领导分子中，出现了引狼入室，走分裂主义道路的危险倾向。例如：新疆回民领袖金相印，勾结中亚浩罕国安集延部一个军事头目阿古柏，入占新疆。在英俄的支持下，公然建立独立国。

陕甘回民领袖白彦虎，挟持部众，投奔新疆与阿古柏合流，后又投奔沙俄，受到保护。

甘肃回民领袖金积堡（今属宁夏）的马化龙，河州马占程，西宁（今属青海）的马桂源、马本源兄弟，都和白彦虎的余部勾结在一起。肃州（今酒泉）的马四、马文禄不仅和白彦虎的余部勾结，还和陕甘回民妥得璘来往密切。妥得磷即妥明，长年往来于金积堡、河州、西宁、肃州之间，后流窜新疆，据乌鲁木齐自主，号称清真王。不久和阿古柏合流。

综观陕甘各地回民领袖，或与阿古柏结合，或与阿古柏同盟，互道声气，互相支持，以英俄帝国主义作后盾，在分裂的道路上越走越远。

左宗棠1866年任陕甘总督，进攻捻军；1867年，先后组织了对陕甘回民起义的“围剿”。这种“围剿”的性质是反动的。但是，从当时的历史条件来分析，又不能不看到制止回民起义上层分子的分裂活动，维护国家的完整和统一，又是势在必行的。不如此，则难以靖边陲，难以扫除进军新疆的“障碍”，也难以解除回民群众所受的胁迫。应当指出，左宗棠对回民起义实行军事镇压的矛头，主要是指向回民上层分裂分子的，他对平民百姓，强调“只分良莠不分汉回”。他推行的革新政治，整饬吏治，兴修水利，发展生产，广种桑棉，使人民安居乐业等开明政策，既施之汉也施之回。因此，应该说，从主要方面来看，左宗棠是强调汉回一视同仁，消除民族隔阂的。他的确杀了大批回民，这个罪责不能开脱；但是这种大开杀戒的动因是与平剿分裂活动联系在一起的。因此也不能简单地只说他是“屠杀人民的刽子手”。

再次，左宗棠还有所谓外债问题，也一直为人们所非议。当时沈葆桢就认为借钱打仗，是不合算的，并拒绝为之办理此事（秦翰才《左文襄公在西北》九十五页、一百一十五页）。上海申报亦附和其说，讽为“饮鸩止渴”。左宗棠所借外债，前后五次，总共白银不过一千九百五十万两。付出这个代价，收复了具有极其重要的战略意义的大西北二百九十六万六千多平方公里的领土。这件事对后世的影响，远远超过它本身的意义。我认为看问题不能就事论事，必须把它放在历史发展的过程中来衡量。沈葆桢等人的观点，故不足论，在今天我们不应再持非议了。

大清帝国在1840年以后六七十年问，封疆大吏济济满廷。在这些封疆大吏中，数得上是个人材的，只有林则徐、左宗棠两人而已。无怪乎林则徐在病剧弥留之际，特地向咸丰帝推荐左宗棠为“绝世奇才”。为此我们在评价“绝世奇才”的左宗棠时，对他的“功”要作具体地、历史地分析，对他的“过”也必须进行具体地、历史地分析，绝不能大而化之的下结论。