19世纪70年代左宗棠率军收复新疆是近代中国政府反抗外敌入侵、收复失地一次胜利的战争。这次战争之所以能够取得成功，除了具有正义性，得到全国人民一致拥护外，左宗棠在战争中采取的正确军事方略也是重要原因。
一、“慎之一字，战之本也”——收复新疆的用兵指导思想。
谨慎是左宗棠用兵的第一要诀，他的这一思想贯串了收复新疆战争的全过程。在出兵之前，他花了近三年的时间整军、筹粮、筹饷、筹转运，进行准备工作。在战争过程中，他一再强调“慎之又慎”的指导思想。每次出兵的时候，先考虑后路，力求后路防护得周密稳妥，使敌人无隙可乘。正如他自己所说：“惟用兵之道，宜先布置后路，后路毫无罅隙可寻，则转运常通，军情自固，然后长驱大进，后顾别无牵掣。”每当在向敌军发动攻击前，他务必做到认真侦探敌军的一举一动，做到对敌情有透澈和准确的了解。每逢追击逃敌，需要穿越山林深密地带和地形复杂的地区，他总是严令部队“搜山而行”，决不贸然从事。在西征大军连连告捷的同时，他又告诫前线将领说：“惟屡捷之后，不期骄而自骄，当时，以此申儆所部，勿忘儆慎之义，是为重要”，要求部队将士切勿产生骄逸、大意思想。在收复北疆后，一些将领主张乘胜进军，一鼓作气收复南疆，左宗棠拒绝了这种急躁冒进的建议，说：“南疆勘定有期，幸稳慎图之为要”。坚持休整准备四个月之后，待一切条件都成熟，才发动收复南疆的战役。这些事实都反映了左宗棠老成持重、谋定而后动的用兵思想。
二、“先剿北路”，“而后加兵南路”——定下“先北后南”的作战方针。
在进军新疆之前，左宗棠对新疆的地理状况，敌情等各方面做了细致的了解和分析，在此基础上确定了“先北后南”的作战方针，按照这一方针，清军从哈密突入北疆，占领古城子、乌鲁木齐、玛纳斯等地，控制整个北疆，然后攻克南疆门户吐鲁番，进军南疆，攻占喀什噶尔、阿克苏，消灭阿古柏的反动武装，完成收复新疆大业。左宗棠制定这一作战方针的依据是：
第一，新疆的地理特征。左宗棠认为，新疆按地形可分为南北两部分，“按天山分南北两路，北自乌鲁木齐迤西南，自阿克苏迤西，土沃泉甘，物产殷阜，旧为各部腴疆，所谓富八城者也，……，哈密迤南而西抵阿克苏四城，地势偏狭，中多戈壁，谓之穷八城。以南北路而言，北八城广而南八城狭，北可制南，南不能制北”。基于新疆这一地理特征，清军先出北路，可在地势较宽阔的北疆展开战局，发挥清军兵力多的优势，很快地占领整个北疆，控制富裕的“北八城”，不仅可以就近筹粮，部分地解决后方供给的困难，而且可以利用北高南低，北宽南狭的地势控扼南疆，夺取军事上优势。
第二，阿古柏匪军在新疆南北分布的态势。自1865年阿古柏侵占新疆后，就在新疆建立反动武装，1873年又收编了从陕甘逃去的安集延、白彦虎等回部叛军，敌军总数达6万多。其兵力基本是按“北路轻而南路重”的态势布置，阿古柏的主力四万多人盘踞在从吐鲁番到阿克苏的南疆地区，北疆主要是安、白回部叛军据守，这些回部叛军在陕甘曾遭左宗棠所部的楚军重创，士气不振，战斗力低。从敌军兵力布署状况采看，明显是北部防守薄弱，南部是敌军防守重点。当时，清军各部总兵力有82营六万多人，清军先进攻北路，不仅可以避实击虚，而且可以以绝对优势的兵力对付北路之敌，一举突破敌军的防线，迅速攻取北疆，造成政治上，军事上有利于清军的局面。政治上首战告捷可以鼓舞人心士气，对敌造成巨大的威慑作用；军事上夺取北疆，可打破敌军南北防御体系，把敌压缩在挟窄的南疆地区，清军可形成从东、从北两面攻击敌人的态势，不仅切断敌军与俄国侵略者的联系，而且可以防止北路之敌向东、向北窜逃的可能。正如左宗棠所言：“贼如不能稳抗官军，自必别寻去路，北窜不得，则南窜固在意中。”然后，清军“由此而下兵南路，其势较易，是致力于北，而收功于南也”。
第三，为了确保西征大军后方的补给线。进军新疆前，左宗棠筹划的后方补给线是由蒙古南商道，经哈密，往巴里坤，古城子等地，这条补给线比从嘉峪关出发，经肃州到乌鲁木齐要缩短一半距离。由于这条补给线靠近北路，直接受北路之敌的威胁，如果清军先进攻南路，那北疆之敌可向东袭击切断补给线，使清军陷于绝境，因此，清军先北后南然接近补给线，又可很好地保护这条补给线。
此外，当时尚有一部分驻守新疆的清军坚守着哈密，巴里坤等通往北疆的军事重镇，为西征军西进提供了进攻出发阵地，清军由此攻入北疆，可以达到出其不意的效果。以后战况的发展，果如其料，先北路进攻收到了预期的效果，有力地推动了战争的进程。
三、“缓进急战”——收复新疆的进军和作战原则。
根据西征军后方补给困难，左宗棠为西征军制定了缓进急战的进军和作战原则。
“缓进”，是进军的原则，其方法是次第进军，层层衔接，它与长驱直入恰恰相反。新疆幅员辽阔，距离清军出征地点——肃州有数千里之遥，大军远征，困难重重。首先是水源严重缺乏，“虽多方疏濬不能供千人百骑一日之需，非分起续进不可也。”其次，交通不便，后方供给运送十分困难，依靠驼畜运送六万大军的数百万斤军粮，而且要跨越数千里的戈壁、荒漠，这不仅需要绝对的安全保障，而且需要有充足的时间采运送，前方大军行军的速度也必然因此受到严重的制约。再次，千里行军，又给敌以可乘之机，尤其是安集延、白彦虎等叛军十分狡猾，“智长于用伏，官军计画稍疏，辄为所陷”他们瞅准清军长途行军作战人力、畜力疲乏和粮道过长的弱点，经常以骑兵袭扰。鉴于此，左宗棠与清军集议，采用分起、次第行走、节节缓进的行军方法，以保证“人畜乏力稍舒，士气常新，可免意外之虑”。
清军收复新疆是千里远征，劳师耗资，清朝有限的财力，还是要求采用急战的作战原则尽快地解决战争。
“急战”，是对作战而言，方法是用快速突击，利用清军优势的兵力和火力，向敌发起猛攻，以尽快速度解决战斗，争取做到攻城速、决战速、歼敌速，决不与敌进行长久的阵地攻守战。在这一作战原则指导下，清军在收复失地的战斗中能于旬日连下坚城，攻占乌鲁木齐仅用8天，攻占吐鲁番只用12天。这样，每场战斗的速决就形成了整个战役的速决，收复北疆仅用四个月，收复南疆也只有四个半月。从而缩短了整个战争进程，收复整个新疆只用了一年多的时间，“戎机顺利，古近罕比”。
四、收复乌鲁木齐，有“总要可扼”；攻占吐鲁番，可“扼敌咽喉”——选准正确的战略进攻目标。
乌鲁木齐是北疆的中心，扼据东、西天山的结合部，西控昌吉、玛纳斯，东通哈密，东南可挟达坂、吐鲁番。左宗棠清楚地认识到夺取乌鲁木齐的重大战略意义。他认为：夺取了该城就控制了整个北疆，完成了第一阶段收复北疆的战略任务，并且可以实现切断叛军与俄国侵略者的联系，阻止敌向东、向北窜逃，把敌压缩在南疆，为进军南疆抢夺有利地势等一系列战略企图。同时，左宗棠还从长远的战略利益出发，认为收复乌鲁木齐既可以遏制俄国侵略者乘清军收复新疆之机进占我国领土的阴谋，也可以为以后解放伊犁或同俄国交涉谈判取得政治和军事上的优势。后来战争事实表明，把乌鲁木齐作为第一阶段的战略进攻目标是完全正确的。
在第二阶段收复南疆作战时，左宗棠又选中了吐鲁番为战略进攻目标。吐鲁番城是天山南北交通的咽喉之地，是南疆的门户。阿古柏为了据守南疆，在该城布置一万多重兵进行防守。北疆被收复后，攻克吐鲁番成为具有决定意义的一战。如果该城被收复，南疆之敌将失去最后一道屏障，“规复吐鲁番城，扼贼咽喉，则可南路各城不难次第勘定”。为了攻克该城，左宗棠制定两路出击方案，以绝对优势兵力很快攻克吐鲁番，致敌酋阿古柏在库尔勒服毒自尽。
五、“且剿且抚”——剿抚并施的策略。
左宗棠进军新疆收复国土，对怙恶不悛、拒绝投降的侵略者和叛军坚决剿灭，直至1878年剿清残匪，新疆基本上安定下来为止。
左宗棠在剿杀的同时，不放弃抚的策略。他一再强调，此次用兵，“只打真贼，不扰平民”。即使是那些被胁迫加入匪帮的各族百姓，只要投降，一律招抚，决无乱杀之理。他在批答回目李德昌文稿中说：“当剿则剿，可抚且抚，说剿就剿，说抚就抚，明明白白的话，确确实实的事”。每次战斗救出大批难民，他总是好言抚慰，拨兵保护，并把他们资遣回籍。为了赢得新疆各族人民的拥护，他一再申明军纪，严禁杀掠，对那些恃功而骄，违反军纪的人一律严加惩办。如他下令严办奸宿玛纳斯城女难民的亲兵耿大福就是一例。
左宗棠采用的这种“抚”的政策是历代兵家所倡导的攻心策略。这种策略在收复新疆的战争中发挥了重要作用。不仅瓦解了敌军阵营，如阿古柏的悍将镇守达坂城的指挥官大通哈爱•伊德尔呼里就在这一政策的感召下，率军投降，愿为清军效劳。而且，这一政策也深得新疆各族人民的拥护，各族人民纷纷起来配合西征军作战，他们为西征军采办粮料柴草，侦探军情，防守卡隘等，有力地支持了西征军的作战。
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