1875年5月3日，左宗棠被任命为钦差大臣督办新疆军务，并且表示“不为遥制”。至此，左宗棠争取到了收复新疆的最高指挥权，拉开了用兵新疆的序幕。

收复新疆这场战争，在战略上如何指导呢？从左宗棠历年的奏折与书信中可以看出，他对此进行了长期的筹画，到正式受命之际，已经形成了一套完整的战略方针。概括起来，这套战略方针有五个要点。

第一，先阿后俄。兵出新疆，有两大敌人：一是沙俄，二是阿古柏。是先打沙俄？或是先打阿古柏？还是两个一起打呢？

清廷急于收复伊犁，起初派荣全去谈判，试图和平收回伊犁；接着加强塔城和科布多一带兵力，企图以此收复伊犁；后来又令荣全、锡伦会合景廉，先取玛纳斯，再并力西进，攻取伊犁。左宗棠不赞成清廷的意见，主张缓复伊犁，先收恢被阿古柏窃据的天山南北，即先阿后俄。1873年，他在周密考察新疆局势的基础上，正式建议说：“就兵事而言，欲杜俄人狡谋，必先定回都。欲收伊犁，必先克乌鲁木齐。”“目前要务，不在预筹处置俄人之方，而在精择出关之将；不在先索伊犁，而在急取乌鲁木齐。”对于这一方针，左宗棠是始终坚持的。北疆攻取后，有人提出派员索还伊犁，左宗棠认为：伊犁“暂可置之不论。北路鲜独当一面之才，纵问，其仍旧说，要挟必多，而收回后，若有意外之虞，翻难兼顾，不若姑此委之，俾得一意南路。如果南路事机顺利，似伊犁亦可不索而还。”大军南下前，金顺提议，利用俄国攻打土耳其之机，“乘虚袭伊犁”，左宗棠也没有同意。

阿古柏虽然猖厥一时，其实力远比沙俄弱小，先打他，就做到了先拣弱的打；沙俄占领伊犁，打着“代收代守”的招牌，消灭了阿古柏，就撕掉了沙俄这块遮羞布，可以使清王朝争得外交主动权，有可能不用武力而将伊犁收回；即使外交失败，不得已而用兵，左宗棠认为，只要“整齐队伍、严明纪律，精求枪炮，统以能将”，是可以转弱为强，打败劳师袭远的沙俄军队的；但是，这必须首先收复乌鲁木齐地区，不然，清军孤军西进，无后方作战，无后勤保证，是不可能取得胜利的；此外，左宗棠还有一层更深远的考虑，他给刘典写信曾经指出：“督办新疆军务，重在防俄罗斯之与英勾结，协以谋我，不在讨回也。”消灭了阿古柏，就切断了俄、英两国在新疆问题上的勾结，也便于清军各个击破入侵之敌。因此，先阿后俄这一规定是完全正确的，它解决了清军的战略打击对象问题。

第二，先北后南。阿古柏的军队，分布在天山南北两路：南路是阿古柏直接统率的部队，北路是收降的白彦虎，马人得等叛国队伍。是先打南路？或是先打北路？还是南北两路一起打呢？

前任新疆统帅景廉主张南北两路一起打，他于1874年12月向清廷提出：南路由张曜从哈密直取吐鲁番；北路分兵向古牧地和玛纳斯同时进军。清廷表示，按此方案南北两路同时打亦可，张曜北至古城，合力进取也行。左宗棠受命以后，坚决主张“先北路而后南路”，“先剿北路乌鲁术齐各处之贼，而后加兵南路”，即先北后南。

左宗棠多次指出，自古用兵西北，皆从北路，从无由南路者，清代历次用兵新疆，更是如此；“新疆贼势，北路轻而南路重”，北路乌鲁木齐一带，主要是投降阿古柏的白彦虎、马人得各部，兵力及战斗力均不如南路阿古柏的嫡系部队，先打北路，又做到了先拣弱的打；清军在北路巳控制了巴里坤、古城等要地，还有塔城、科布多等北线各点呼应，便于进军；南北地势，北可制南，而南不能制北，尤其是乌鲁木齐，是控制全疆的总要重地，如不首先攻取，既无驻军之所，又难扼敌纷窜，还会造成对俄外交的被动，也易遭到俄、阿两面攻击。如果首先攻取了北路，就可以形成对南路阿古柏军队的东、北两面攻击之势，而使清军有了一个稳固的战略后方；进军新疆，主要作战形式是围城攻坚，先打北路，可以吸引南路阿军来援，造成野战机会，便于清军打几个大仗，歼灭阿军主力，减轻南下作战的任务，得到“致力于北而收功于南”的效果。因此，先北后南这一规定也是完全正确的。它解决了清军的基本打击方向问题。

第三、粮运兼筹。要以武力收复新疆，首先面临着兵、饷、粮、运四大难题，究竟如何解决呢？

清廷历来重兵轻粮，新疆沦陷后就调兵遣将，催令各路人马迅速出关。可是调遣多年，总调不动，成禄一军赖在高台七、八年，就是不出玉门关。景廉、金顺虽也出了关，却打不了仗，原因何在呢？左宗棠分析指出：“师行荒缴（jiae音教，指边疆），既不能因粮于敌，复不能随地征粮，士马苦于长征，求一饱而不得，正恐未及遇贼，军情先摇，于局势无益，而又害于战阵之事。”在调查研究的基础上，他得出结论说：用兵新疆，筹饷难于筹兵，筹粮难于筹饷，筹转运尤难于筹粮，“粮、运两事，为西北用兵要着，事之利钝迟速，机括全系乎此”，所以，进兵新疆，“非粮运兼筹不可”，只有采运足够的粮食到达前敌，才有可能部署进军与作战事宜。

俗话说，兵马未动，粮草先行。粮运对作战的重要性本来是不言而喻的。但是，象左宗棠这样，把粮运提到战略高度，放到战略首位，在其之前的中外战争史上，都是非常罕见的。为什么呢，因为历代战争，大都在人口稠密的富庶地区进行，既可取粮于敌，又可随地征粮，因而，粮运问题并不突出。然而，用兵新疆，情况发生了重要变化。新疆地处祖国西北，荒漠贫瘠，水草缺乏，特别是兵锋首达的东疆、北疆地区、戈壁纵横，产粮极少。就是邻近新疆河西走廊，因为多年战乱，造成户口凋蔽、田地荒芜，粮食也很短缺。同时，从甘肃到新疆，远离数千里，沿途尽是戈壁、沙漠、高山、深谷，即使买到了粮食，要想运到新疆前线，也是非常困难的。在这种条件下，不首先抓粮运，只是一味地调兵、增兵，确如左宗棠嘲笑所说，“譬犹贫人无隔宿之粮，而张召客，强作豪举，有不嗤其谬者乎！”通俗一点说，不给士兵和马匹吃饱肚子，是谈不到打仗的。左宗棠依据新疆的特殊情况，断然把粮运摆到战略首位，规定“粮运兼筹”，是十分正确的，它解决了进军新疆的最关键问题。

第四，缓进急战。在“粮运兼筹”基础上，左宗棠又提出：用兵新疆，必须“先迟后速，缓进急战”。这一方针极为左宗棠看重，他曾说过，新疆之战，“决机制胜，全在缓进急战四字”。

由于粮运的重要性和困难性，既限制了进军的速度，又限制了战争的时间，进军快了，粮运跟不上，仗打久了，无法保证供给，这是用兵新疆的特殊所在。依靠当时落后的人力、畜力，要把几千万斤粮食和其它作战物质，从几千里、上万里之外运到新疆前线，没有充足的时间，是不能完成的。粮食运不到，部队想快进也不行。左宗棠用兵，向来主张“慎后路”，对进军新疆的后路更是“慎之又慎”。他曾指示刘锦棠说：“惟用兵之道，宜先布置后路，后路毫无罅隙可寻，则转运常通，军情自固，然后长驱大进，后顾别无索掣，可保万全。”要达到这一目的，必须花大气力建设后方。例如，漫长运输线的防护，通信联络的建立和保持，庞大后勤队伍的组织与管理，沿途粮局、驿站的修建和维护，等等，都需要充足的时间。新疆地域广大，战线漫长，交通困难，要使粮运跟上，也需要时间。如果这些工作不做好，后路不稳固，供给线旦被敌破坏或截断，前线军队就将不战自溃。因此，用兵新疆，非缓进不可。但是，如果战役打响之后，迟缓不决，就无法保征后路安全与充足的补给，就会使整个战争旷日持久，造成更大的粮运困难。只有速战速决，以战役之急速弥补进军之迟缓，才能有效地解决这一矛盾。由此可见，规定“缓进急战”也是十分正确的，它解决了适应新疆特殊条件的作战方针。

第五，剿抚兼施。兵出新疆，是正义之师，驱逐侵略者，符合新疆各族人民的利益。为了充分发挥这一政治优势，左宗棠进一步规定：“非剿抚兼施不可”，即在加强清军战斗力的同时，采用“攻心为上”之策，一面严整清军军纪，禁止杀掠奸淫，争取民心；一面宽待阿军官兵，缩小打击面。关于这一方针，左宗棠多次指出：“回部为安酋驱迫，厌乱久矣”，“此次大军所至，非申明纪律、严戒杀掠不可。如能从王土、王民为念，则南八城易复而易守矣。”大军进逼环攻，谕以剿抚兼施之意，释胁从而急渠魁，解散必众”。清军向南疆进军前，左宗棠又训示说：“安集延虐使其众，官军抚之以仁，安集延贪取于民，官军矫之以宽大。回部方出虎口，而投慈母之怀，风声一树，则取南疆八城，易于反手。”左宗棠还向刘锦棠说明：实行这一方针，“不但此时易以成功，即后长治久安亦基于此。”

左宗棠在镇压人民起义的反动战争中也提过“剿抚兼施”，用以表示镇压和招降的两手策略。不过，由于那种战争的反动性质所决定，他主要重“剿”，即大规模地屠杀，“抚”是很次要的。现在，他把“剿抚兼施”一词移用于收复新疆的战争，其地位，含义和性质都发生了根本的变化：从“抚”来说，已从权宜之计的策略，变为根本大计的战略；如左宗棠自己所说：“征西用兵，以复旧疆为义，非有争夺之心”，性质是正义的；阿古柏的几万军队，除大部分军官和少数士兵是随阿古柏一同入侵的强盗外，大部分士兵都是被迫或蒙蔽当兵的新疆人，在阿古柏封建军事专制的残暴统治下，新疆各族人民与广大士兵都遭到了极大的苦难，他们早就盼望驱逐阿古柏强盗，回到祖国的怀抱。在这种民族矛盾占主导地位的情况下，严整军纪，争取新疆人民的支持和配合，宽待俘虏，瓦解敌军，就能够化政治优势为军事力量，不但可以促进“急战”有效地实现，从而本大加快战争的进程，而且有利于边疆国防的长治久安。所以，制定和实行“剿抚兼施的方针是非常正确的。

先阿后俄、先北后南、粮运兼筹、缓进急战、剿抚兼施的战略方针，体现了左宗棠从实际情况出发，稳扎稳打、积极主动的战略思想。在这套战略方针的指导下，收复新疆的战争走上了正确的轨道。