哲学逻辑结构是哲学范畴在一定社会经济、政治结构及科技成就影响下的结合方式与内在联系，是思想理论的立足点与核心框架。魏源受所处的历史条件与社会背景的影响建立了自己的“道——气——物——道”的思辩结构，展开了他的思想体系。

在这个结构中，魏源首先阐述了自己对世界的基本看法：第一、把“道”作为最高哲学范畴，认为“道”是宇宙万物的本体，无处不在，无物不由，制约万事万物的变化流迁，纯然绝对，至大至真，物得道以存，失道而亡。赋予道以“物质”与“规律”两种属性。第三、将“道”下降到“气”上，认为“气”是生化具体的万物之本，“道”借“气”而入物中，犹如天上真月亮印映在江河中，变异为江河中千万个月亮，于是万物各有一“道”，具体物中的“道”只是本体“道”的一种表现形式，尽管具体物千变万化，但“真道”并没有变，其变化也只是“道”的另一种表现形式而已，强调了“道”的整体上的不变性与局部上的可变性，提出了“气化无一息不变者也，其不变者道而已，”“有变易之易而后为不易之易”的论断。第三，揭示了具体物变迁的矛盾规律，认为任何事物都存在相斥的对立物，并以对立物为存在条件，一事物的内部也存在着相互对立的两个方面。对立的双方在势力上永远不会均等，有主次之别，强弱之分，“必争其功”，既对立又统一推动了事物的发展变化，事物的性质取决于占主要地位的一面。对立的两方也可相互转化。把对立方的统一称为“积”、“同”、“密”，“重”、“双”、“和”、“积”是事物发展变化的条件，也是事物发展变化的必然结果。事物的发展变化是由气决定的。气是运动变化不息的，因此事物也不断发展变化，肯定了事物发展变化的必然性，提出了“易，天道也”的论断。第四，提出了“及物”的认识路线。认为“真道”无形无象，纯然绝对，但又借“气”入于具体物中，表现为“物道”，因此识“道”只有接触事物，重视实践，把实践作为认识事物获得理性认识与验证理论的标准。由于物物具道，因此“独得之见”“无尽善”，还必须重视他人与集体智慧，倡“众议之参同”。

其次，在这个结构中，魏源基于其基本思想，展开了他的社会变化观与政治主张。具体为：第一、从“气”论出发，认为由“气”所成之人而组成的社会、国家、朝政都是“气”运动变化的结果，社会运动是一种“气化”运动，因此也是不断发展变化的。历史发展变化是必然的。“后世之事胜于三代”。“封建亦必当自变”，“运会所趋，即祖宗亦不能不听其自变”，肯定了变革图新是合理的，符合“道”的，倡导积极参与社会变革。第二，基于其对事物变化的内部规律认识，把“一两”学说应用于国际形势分析，认为国与国之间的关系是对立统一的关系，必然有强弱之分，必然有战争，其结果一败一胜或和，败则国亡而祖宗道灭，其根本原因就在于自己国弱，弱的原因又在于无“积”，无“积”即“不变”所致，因此只有“变”使国有“积”由弱而强，从而不败而祖宗道不灭。第三，从认识论出发，立足于“众议之参同”。在变革社会上，提出了“师夷长技”，“庶民上书奏言朝事”，“选官举贤”、“众臣共议谋事”的政治主张。第四，从“气化”观出发，认为现实中的贵贱，君民对立，又是社会发展的必然结果，是“道”的表现，肯定了封建统治，政治制度的合理性与必然性。既然是“道”的表现与社会进化的必然结果，而“真道不变”，故他倡导变革的主张是：“君子不轻为变法之议，而惟去法外之弊，弊去而复其初”，反对骤变与推翻封建统治，决定了他的变革思想只是一种政治改良思想。但他也认为社会、天子（皇帝）是人积所成，无人则无“积”，在政治上又主张“民约论”思想，天子在社会中要起表率作用，“自视为众人中之一人，斯天下为天下之天下。”

再次，在这个结构中，魏源还展开了他的人性论，道德伦理思想。认为人欲是一种“气化”运动，是自然合理的，强调“造化自我”和“实事程实功”的功利思想，并提出了对百姓要“开之以利”发展经济的富民思想与政治主张。

魏源建立的这个思辨结构还反映他的学术思想渊源，并与其亲身经历的社会生活经验、个性特征相关，反映了封建儒人既希望社会变革，但又不愿放弃封建统治与冒犯“圣人”的普遍心理。