1937年7月抗战开始，北平沦陷，香山慈幼院除在原址继续维持小学、幼儿园及婴儿园三部分以保基业外，又积极在后方寻求适当地点设立分院。为推广其教育事业，同年十二月创办人熊秉三先生因病逝世，及乃由其夫人毛彦文长女熊芷继承其业，在抗战期间曾设立以下几处分院：

　　一、香山慈幼院芷江分院
 
在湖南省芷江原有熊秉三先生早年创办的女子职业学校及小学，多年来因经费困难，加之经营不力，亟待整顿改进。经毛彦文院长与湖南省教育厅商议，决定成立香山慈幼院芷江分院，由总院补助经费，另选人员。为使教育事业有所发展，造福地方，相应创办了女子初中班，以应地方需要。因此，本分院共设女子初中、女子职业及小学三部分。

1.女子初中部  芷江地处湖南偏僻山区，教育极不发达，尤其是女子教育，芷江及附近凤凰、麻阳等县均无女子中学的设立，当地虽有几所中等学校，但碍于社会风气，家长及女孩本人均不愿入。为了本地女子教育的提高，本院在这里创办一女子中学实属必要。

1938年9月，初中部招收第一班学生，此后每年增收一班，至40年秋季始业已完成初中三个班，再后每毕业一班，补收一班，至44年7月已毕业四个班，共计学生一百二十余人。

2.女子职业部  职业部原系芷江务实简易女子职业学校，其前身为芷江务实学堂，均为熊秉三先生所创办。35年9月由本院接办后，仍设缝纫、刺绣、织布及蚕丝四科，招收当地年龄12至18岁的年长失学女子入校学习，学习一般家庭生活及社会谋业的必需技能。每科设教员一人，聘请中等职业学校或专科学校毕业而学有专长者担任。学生共约一百二十人，其中以学习缝纫、刺绣者较多，其他两科较少。学习年限，一般为三年，但视学生成绩而异。再者，对于职业班学生，授除以各该科的技能外，并按其文化程度分班学习语文、算术、常识等基础知识。

3.小学部  原为芷江双陵小学校，地址座在芷江城内青云街，乃熊秉三先生捐献其私宅改建成学校，校名其所以称为“双陵”者，乃纪念其父母之堂名江陵与延陵也。学生百余人，男女儿童兼收，此校创办较早且系私人捐资兴学，造福地方儿童，深受地方人士之称颂。

香山慈幼院芷江分院的主持人雷动，45年元月湘西战事影响，受熊芷之命，调赴重庆分院工作。

　　二、香山慈幼院桂林分院

一九三八年香山慈幼院院长毛彦文及幼稚师范校长张雪门先后到达桂林，谋求在广西省设立分院，当地正急需幼儿园师资，因受广西省教育厅之委托代办幼稚师范班，为该省培训幼儿园师资。一九四四年因战局影响，幼稚师范班结束，张雪门等人调往重庆工作。

　　三、香山慈幼院重庆分院

一九四五年春，随着战局的转移，桂林和芷江两分院的主持人及部分职员陆续集中到重庆，香山慈幼院代理院长熊芷为了这批人员的工作及慈幼院事业的发展，决定成立重庆分院。招收保育院小学毕业而年龄较大、成绩优良的女生五十人进行培训，同时开展幼儿园的工作。地点在重庆附近嘉陵江畔的土沱（随后迁到复兴场书院）。学校由张雪门、雷动主持。工作进行年余，抗战胜利，学校结束，学生由战时儿童保育会遣送回籍，本校教职员分别复员北平及其他地方。

　　四、香山慈幼院柳州分院

一九三八年偕同张雪门先生抵达桂林的还有慈幼院小学部周仰政、王旭晨、李福桢、张子昭等教职员，因此，经毛彦文院长与广西教育厅商定，除在桂林市举办幼师班外，另在柳州成立香山慈幼院柳州分院，设小学及幼儿园两部，学生数百人，校舍即建筑在柳州的鱼蜂山下，有教学楼，办公室，宿舍及大礼堂等，设备相当齐全，教师素质及学生成绩优良，为地方人士所欢迎，当战争吃紧时，曾迁往北部某地，胜利后由柳州地方政府接办。