1851年1月，洪秀全率众起义于广西桂平县金田村。3年后，他便率领太平军攻克南京，遂改名天京，定为首都，建立了与清朝封建政权相对峙的农民政权。1853年5月，太平天国遣军西征、北伐，八旗、绿营兵望风崩溃，清政府被打得风雨飘摇。就在这时，出于对农民军的阶级仇恨，曾国藩在湖南筹建绝对服从他指挥的地主武装湘军，在湖广地区挡住了西征军的攻势，起到了八旗、绿营兵所不能起的作用。曾国藩组织湘军，开地主官僚组织、掌握军队的先河。他是中国近代史上第一个军阀。
清政府害怕兵权旁落，对曾国藩猜忌、压制，以至曾国藩几起几落。无可奈何花落去！不依靠湘军，清政府无法镇压太平军，最后终于起用军阀曾国藩，命令他为两江总督、钦差大臣督办江南军务，这是晚清政柄、兵柄下移的开始。
随着太平军攻取苏、浙，清政府命令曾国藩节制苏、浙、皖、赣四省军事、四省巡抚、提镇以下悉归节制，把东南半壁军、政大权交给曾国藩掌管，这是晚清军柄、政柄进一步下移的标志。太平天国失败后，曾国藩一手扶植起来的左宗棠系湘军与李鸿章部淮军，是镇压捻军与回民起义军的主力，起到了支撑晚清政权苟延残喘的作用。同、光年间，湘、淮系将领与幕宾等为地方督抚者半天下，他们大多兼掌兵权，晚清政柄、兵柄下移，已经到了无可挽回的地步。推原其始，造成这种形势的“始作俑”者，正是曾国藩。
一、曾国藩筹建近代史上第一支地主武装湘军
1796年（嘉庆元年）川楚白莲教农民起义爆发，八旗、绿营兵所向败北，后来清政府依靠地主团练乡勇，才绞杀了这次农民起义。当时的乡勇，饷械取之于官，归八旗、绿营将帅指挥，号称“官勇”。乡勇与清军协同作战时，冲锋在先，送死有分，功偿全无，亦且待遇不公，粮饷匮乏，蔽衣赤足，苦不堪言。后来，乡勇掉转刀锋，杀向官兵，清政府“劳师二载”，才镇压了起事乡勇。嘉庆皇帝说：乡勇“易集难散”，组织乡勇，“终非善策”。可见清政府对地主团练忌讳之甚。
1851到1852年，太平军南征北战，清军战无不败。太平军闯入湘、鄂，华中大局震摇，咸丰皇帝惊慌之余，居然违反乡勇“易集难散，终未善策”的父训，命令“邻贼各省”举办团练。1853年1月，命令在籍守制的侍郎曾国藩为湖南团练大臣帮办。29日，曾国藩从湘乡到长沙就任新职。
曾国藩（1811——1872），湖南湘乡人，进士出身。他醉心理学，主张按照理学的绳墨来巩固封建秩序。到长沙后，目击太平军的声势如日中天，清军望风崩溃。1853年1月，他觑准时机，乘清政府军事失利心虚胆怯之际，上《敬陈团练查匪大概规模折》，奏陈他想筹办地主武装的要求。奏折毫不掩饰地揭露八旗、绿营兵的腐朽窳劣，作战无能，“今欲改弦更张，总宜以练兵为要务”。他说此次练兵，与嘉庆初年的“官勇”不同，不是由官给练费，而是由他向各州县绅耆募集练费，并由儒生为练勇骨干。在这里，他无异明确声明他练的乡勇，不是听凭别人摆布指挥的“官勇”。他说现在省城长沙已经成立一大团，“于土匪足资剿捕，即于省城防守，亦不无裨益”。上这个奏折的时机很好，当清政府接到他的奏折时，太平军已由武昌顺江东下，一路势如破竹，直指东南重镇金陵之际，所以曾的奏陈正投咸丰皇帝之所好，便在他的奏折上批示：“知道了。悉心办理，以资防剿。钦此。”曾国藩在“团练查匪”的烟幕下，取得了练兵成军的大权。
在曾国藩的思想上与以后的军事实践中，可以清楚地看出，他训练出来的湘军，是一支仅仅听命于他指挥的军队，而不是仰人鼻息，任人摆布的“官勇”。为了达到这一目的，他“机关算尽”，不仅在舆论上制造他创建的湘军，是“私兴之义举”，是“义师”而非“官勇”；更重要的是他在组织上使湘军成为一支绝对听从他个人的指挥的“曾家军”。
首先，切实掌握湘军骨干的任命权。初建湘军时，他规定各营营官、帮办必须由他亲自审批任命。以后，在营官之上增设统领、分统（大略相当于师、旅级）。统领或分统都是他从实战指挥能力较强，而又绝对服从他的营官中挑选出来的。曾国藩曾对朝廷直言不讳地说：湘军规定“营官由统领挑选，哨弁由营官挑选，什长由哨弁挑选，勇丁由什长挑选。譬之木焉，统领如根，由根而生干、生枝、生叶，皆一气所贯通。是以口粮虽出自公款，而勇丁感营官挑选之恩，皆受其私惠。平日既有恩谊相孚，临阵自能患难相关。”他的话并没有和盘托出。这些话的真意是：曾国藩挑选统领，统领挑选营官，……“譬之木焉”，曾国藩是根，统领等感曾国藩挑选之恩，皆若受曾之“私惠”，故能绝对昕命于曾之指挥，为曾卖命。
第二，在编制组织上，曾国藩煞费苦心，别出心裁，基本上以县籍分立营头，有湘乡勇、平江勇等，利用宗族乡党的观念，把各县的湘军捏成一团。各营头的统领，不能指挥别县营头的湘军，只有曾国藩才能指挥全局。1857年曾国藩被削除兵权，遗下在江西的曾部湘军，陷入群龙无首的局面，饷糈匮乏。督办江西军务的西安将军福兴，企图将这部分湘军收归己用，前往瑞州大营视师，湘军“诸将泛以客帅待之。福兴还南昌，因上奏请征兵，颇言勇丁（指湘军——笔者）不可用”。其实是福兴指挥不了，湘军非曾国藩指挥不可。以上，我们从湘军的组织、编制、从事任用权方面，说明了湘军是一支“曾家军”，更重要的是从这支部队与清政府的关系看，表明它是一支军阀队伍。
第三，据《清史稿》职官志载：在清朝皇帝之下，分部治事。按照规定，八旗、绿营兵饷糈归户部发给；兵籍、武器归兵部掌管。所以，部队之调遣，兵员之增减，将帅之任免，大权集中朝廷。如曾国藩所说，湘军是“私兴之义举”，是“义师”而非“官勇”，兵籍不归兵部，饷糈不仰赖户部，大多就地筹给，器械不必取之于兵部。故湘军扩编或收缩，以至增、损营头等，伸缩自如，全由曾国藩当家作主。这是我们为什么说湘军是中国近代史上第一次出现的军阀队伍、曾国藩是中国近代史上的第一个军阀的原由。
曾国藩与湘军一荣俱荣，一枯俱枯，所以湘军败而不散，蚁聚蝇集于曾的周围，始终效忠于他。因为曾国藩掌握着这样的一支军阀队伍，清政府猜忌他，进而打击他，曾国藩对来自清政府的不公不平的待遇，进行了抵制和斗争。
二、清政府与曾国藩之间的矛盾斗争
为了防止曾国藩与湘军的坐大，保证军、政大权集中朝廷，清政府与曾国藩、湘军进行了长期的斗争，以至曾国藩在其政治生涯中几起几落。
1853年5月，太平军主力西征，与清军争夺长江中、下游地区。西征军出师后，以风卷残云之势，连克九江、安庆。1854年1月，攻克庐州，开辟了安徽省根据地。太平军马不停蹄，大军西向，攻入湖北，进围武昌，同时分兵直趋湖南长沙。6月，太平军攻占湖北省城武昌，清政府在华中的统治行将瓦解。就在太平军战无不胜之际，4月，曾国藩率领湘军从衡州开赴长沙外围，与太平军争夺湘北。湘北太平军败退湖北，湘军跟踪追击，10月，攻陷华中重镇武昌，扭转了清军战无不败的军事危局。咸丰皇帝收到曾国藩攻陷武昌的捷报后，不禁“喜形于色，谓军机大臣曰：‘不意曾国藩一书生，乃能建此奇功。’某公对曰：‘曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居闾里，一呼蹶起，从之者万余人，恐非国家福也。’文宗默然变色者久之。由是曾公不获大行其志者七、八年”。祁寯藻等的进谗，使咸丰皇帝警惕起来。10月26日，清政府任命曾国藩署理湖北巡抚。曾国藩循例上章辞谢。11月1日，曾拟再次上章辞谢，奏折尚未发出，11月2日，朝廷收回曾国藩署理湖北巡抚的成命，赏他一个兵部侍郎衔，办理军务。曾国藩早已是侍郎，攻下武汉后，自以为立下如此大的汗马功劳，赏一个巡抚，功赏不为过厚，现在却忽然收回成命，以一度主张解散湘军的原湖南按察使陶恩培为湖北巡抚，老于世故的曾国藩当然敏感到此中的分量，意识到朝廷对他政治气候的寒暖。不仅如此，朝廷任命他的政敌陶恩培就坐镇在他的的后方，也深堪玩味。清政府压制曾国藩、湘军，用意显然，从而伏下曾国藩与朝廷矛盾的根子。
1855年春，曾国藩统率的湘军水陆师，一败于湖口，再败于九江，湘军水师几乎溃不成军，复遭大风袭击，战船损失益加惨重。这里，长江北岸太平军乘机发动攻势，直指武昌。曾国藩命所部湖北按察使胡林翼迅速率军回援武昌，又命彭玉麟等率残破战船140余号上驶武汉，他自己则逃通南昌。10月上旬，分兵罗泽南从江西增援武昌外围的湘军第二号头领胡林翼，攻打武昌。曾国藩在江西的兵力愈加单薄。1855年冬，翼王石达开挥师进攻江西，半年中间，连克8府50余州县。1856年12月，胡林翼指挥罗泽南遗部李续宾等湘军水陆师，攻陷武昌，因功实授湖北巡抚。官文，满洲正白旗人，1855年由荆州将军出任湖广总督、钦差大臣督办湖北军务，他是咸丰皇帝派在华中的“监军”。官文为人贪鄙庸劣。自从攻占武昌后，督、抚同城。胡林翼运用权术，结好官文，胡遂居巡抚之位，行督抚之权，并利用官文是朝廷的亲信，大肆扩充湘军水陆师。
攻陷武昌后，胡林翼命李续宾、杨载福率领湘军水、陆师进犯九江。1857年1月9日，湘军水师发炮猛轰九江。15日，曾国藩兴冲冲地赶到九江劳师，会晤李、杨，叙谈中发现他们对曾的尊重不减当年，这对曾国藩说来，是他重掌赴援湖北湘军水陆师的保证。九江劳师后，18日，连上《附陈近日军情请催各省协饷片》等三个奏折，吹嘘湘军前线捷报频传。在《附陈近日军情催各省协饷片》中强调了几个问题：第一，杨、李统率的水陆师2万名，原是他从江西派去增援湖北的。弦外之意，这两支部队应改归由他指挥。第二，吹嘘杨、李所部战船增至400余号，陆师兵员8000余名，“该两军驰驱数省，转战三年，所向有功”。第三，以指挥者自居，关心杨、李所部的粮饷补给。他的奏折引起了咸丰皇帝的疑忌：其一，他愈是吹嘘湘军水、陆师的战功，愈是引起咸丰皇帝的恐惧，总觉得杨、李所部由胡林翼、官文指挥比曾国藩指挥放心，认为曾国藩兵权不宜太重。其二，他强调杨、李水陆师是他旧部，要求“物归原主”，适中咸丰皇帝对曾抓兵权，“恐非固家福也”的疑忌。为了遏止曾国藩的兵力扩张，清政府对曾国藩的要求搁置不理。而曾国藩认为早先他借兵给湖北，是济危扶困，而自己却因兵力单薄，在南昌独坐危城，被动挨打。现在湘军水陆师收复了武昌，进攻九江，理应物归原主，由他来指挥杨、李进攻九江。而清政府对他的要求不予理睬，有意削弱他的兵权。曾国藩满心委曲，一肚皮怨气，遂与清政府的矛盾激化，终于和清政府展开一场激烈的斗争。
1857年2月17日，曾国藩的父亲曾麟书病死原籍湘乡。3月6日，他在江西瑞州军营得到他父亲的死耗，半是对父亲的哀痛，半是对清政府的怨恨，想起朝廷对他不公平的待遇，新怨旧恨，交结一起，无以自解。3月11日曾国藩上《报父丁忧折》，16日，他与亲弟弟国华奔丧回籍，对江西军务撒手不管。实际上，他是向清政府示威。
循例军营大员父母丧亡，上奏请假，例应得到朝廷批准后方能奔丧回籍。曾国藩这次奔丧回籍并未得到朝廷的批准，这种情况是少见的。朝廷念他犬马之劳，特别是他训练出来的湘军水陆师，犹在前线作战，故处理他的问题也比较慎重。3月22日，朝廷给他赏假3月在籍治丧，发给治丧费400两以示恩宠，命他于假满后仍回江西军营。曾国藩要的是兵权，不是虚荣。他在《谢恩折》中奏陈说：“数载以来，过多功寡……自愧调度之无方，兹又遽遭大故。自职离营，方忧惧之交深，欲陈情而悚息”，示意清政府有难言之隐。他以退为进，在奏折结束时，干脆提出要求开缺守制。曾国藩为湘军争待遇，为个人争地位，而与朝廷展开反控制斗争。清政府不准他开缺守制，一再催促他回江西军营指挥军事，清政府对他的器重，使他飘飘然、昏昏然起来了，以为他与朝廷抬价、讲价的时机来到了。1857年7月26日，曾国藩上《沥陈办事艰难仍恳终制折》。在这个奏折中，他和盘托出了他不愿重返江西军营，要求开缺在籍守制的原因。奏折的要点主要是：第一，为湘军争政治地位。他说按照军营定例，“军营出缺，先尽在军人员拔补，给予劄付”。他说，我所带的湘军，多是招募来的湘勇，不仅参将、游击、都司、守备以上将弁无缺可补，即如千总、把总等也不能递补实缺，武弁跟我出生入死数年，有的即使保举至二品、三品职衔，而充当哨长者，仍领哨长薪饷，充当队目者，仍领队目薪饷，一日告假，即时开除，“终不得象绿营廉俸之例，长远支领。弁勇互生猜疑，徒有保举之名，永无履任之实”。长此以往湘军弁勇难免失望。他要求湘军的政治、经济待遇向绿营看齐。第二，为他个人争权位。曾国藩说，我从帮办湖南全省团练开始，就用木质关防，关防上所刻文字为：“钦命帮办团练查匪事务前任礼部右侍郎之关防”。1855年换刻“钦差兵部侍郎之关防”。自出省作战以来，我收到皇上的命令，“皆系接奉廷寄，未经明降谕旨”，外界讥嘲甚多，有人讥我“自请出征，不应支领官饷，有人指责我“不应称钦差”；有人说我曾经革职，不应专折奏事。“岁月既久，关防屡换，往往被人疑为伪造，……斯又办事艰难之一端也”。最后，曾国藩提出：“非位任巡抚，有察吏之权”，不能治军，难以筹饷。
曾国藩在伸手向清政府给予督抚的官位，要军、政一把抓。咸丰皇帝认为，湘军如此之多，作战能力那么强大，远非八旗、绿营所能比拟，若授予曾国藩督抚的官位，集军、政大权于一身，“恐非国家福也”。这里，清政府已在镇压太平天国的布局上形成了新格局：首先，以旗籍将领钦差大臣督办湖北军务的湖广总督官文与鄂抚胡林翼，指挥湘、楚军占有武昌，居高屋建瓴之势，水陆师进攻九江。即是以长江上游战事责之官文、胡林翼。次之，长江下游方面，从旗籍将领和春为江南大营主帅，以反曾派彭蕴章的心腹、素以知兵自命的何桂清为两江总督，驻节常州，为和春后援。自何桂清在1857年初夏接任总督后不到2个月，江南大营清军连克句容、溧水，进犯镇江，军事日有起色。在清政府看来，由江南大营攻占镇江、天京，不仅足以潜销湘军的作用、影响，更重要的是将大张经制兵的声威，足以中兴绿营。这种军事上的新布局与胜利形势，使清政府断然拒绝曾国藩干预朝廷的军、政决策与用人大政等非分要求。8月，撤销曾国藩的兵部侍郎职务，将他开缺在籍守制，削除了他的兵权。命令署理湖北提督杨载福、惠潮嘉道彭玉麟统率湘军水师，受官文、胡林翼的节制调遣。至此，清政府与曾国藩之间的控制与反控制斗争，以曾国藩的失败而暂时告一段落。
论者以为曾国藩因争个人的地位与权力而上《恳请终制折》，殊不知曾国藩所争的不仅是他个人权力与地位，他同时在为湘军官兵争地位，争待遇，要求与绿营兵平起平坐。值得注意的是，他争个人的权力与地位是与争整个湘军官兵的地位与待遇互为表里的。所以，他被削除兵权后，尽管受到外界的讥评、嘲笑与责骂，却激起全体湘军水、陆官兵对他的同情与爱戴，使他在湘军中的威望空前提高。1857年8月，湘军第一员大将李续宾致书曾国藩说：一旦攻克九江，“或到皖省，或援豫章，先生不出，咏公（胡林翼，字咏芝）不来，续宾何敢独行前往？虽有厚庵、雪琴同志，而水陆途分，且不能咨商群帅，难言之情，愿先生有以教之。盖蒙先生絜我出山，仍当恳带我归里”。曾国藩人在湘乡，但与将领通信不绝，将领们对他不胜依恋。清政府虽将曾国藩革职，但是斩不断他与湘军官兵的情谊，割不断他与湘军将领的联系。有湘军，就少不了曾国藩，以曾国藩、胡林翼为首的湘系，朝夕希望曾国藩重掌兵权。湘系与清政府之间的斗争在继续，只是显得迂回曲折罢了。
曾国藩被削除兵权后，意识到受到了惩罚，不知何日能重掌兵权？他时刻在怀念他亲手缔造的湘军，如他所说：“江右军事，刻不去怀”。进而悔恨自己办事“有初鲜终”，此次又草草去职，致失物望，不无内疚”。想到这些，“夜间终不能酣睡，心中纠缠，时忆往来，愧惶撞扰，不能摆脱”。他在籍守制1年零3个月，日夜在悔恨自己的去职失权，迫切地期待着有朝一日东山再起。
湘系第二号巨魁湖北巡抚胡林翼，好权术，派性强烈，盼望曾国藩重掌江西兵权。1857年11月，他在起复曾国藩统率水师折中奏陈说：现在彭玉麟统率的内湖水师已经冲入长江，与杨载福统率的外江水师相汇合。水师兵将万余，江面千里，“若无总统大员节制调度”，则号令不一，心力不齐，终必危殆；且李续宾、杨载福、彭玉麟之“严厉刚烈，落落寡合，亦非他省将帅所能调遣”。杨、彭等经曾国藩“识拔风尘之中。自湘潭出师以至今日，久已分为两部”，“两营弁勇即有材力不相上下之势，是该镇、道势又不能互为统辖”。胡林翼的话非常明显，湘军水陆将领是曾国藩一手提拔的，非曾国藩难以指挥自如。在奏疏的结论中提出：朝廷若许曾国藩“移孝作忠”，视师九江，即日督带湘军水陆会合楚军，将士一心，不难攻占九江，水陆东征安徽，直捣金陵。咸丰皇帝批示：“克敌制胜之策，该署抚与官文、都兴阿、杨载福等尽可商办，正不必等曾国藩到楚方能定议”。咸丰皇帝对曾国藩猜忌已深，驳回了胡林翼的请求。
1858年4月，翼王石达开督率所部10余万太平军打进浙江，猛攻衢州，苏、浙震动。清政府原拟命浙江布政使李续宾领兵入浙，胡林翼借口皖、鄂间军情紧张，拒绝派李续宾驰救浙江，实行其釜底抽薪之计，迫使清政府起复曾国藩领兵入浙。清政府命和春赴援，和春害怕石达开，借口生病，拒不赴命。这时，湘系已经形成一个强大的政治集团，遇到这种大事，湘系内部是声气相通的。论理，石达开入浙，与湖南并无多大利害关系，湘抚骆秉章却上奏请求朝廷起复曾国藩。奏折强调了太平军中以陈玉成、石达开最为凶悍，以李续宾对付陈玉成，绰有余如，惟石达开大股入浙，危及苏、浙，最难应付。目前援浙诸军，零星杂凑，“统帅无素习之将，望其指挥如意，固已为难，况石逆狡猾凶顽，十倍他贼”，岂可任其“凶焰倏张，酿成大患”。应请令曾国藩统率江西旧部入浙，“于大局必有所济”。奏折反映了湘系胡林翼、湘抚骆秉章的机要幕客左宗棠等的观点。咸丰皇帝迫于无兵可调，不得不堕入湘系的圈套，只得违心地起复曾国藩统兵入浙。1858年7月13日，曾国藩在湘乡原籍接到朝廷起复他的命令，不禁感激涕零，连呼“圣恩高厚”。经过这次打击之后，曾国藩改变了斗争方式，力求以实战的功绩来巩固自己的地位，发展自己的势力。
1858年12月，曾国藩基本上完成追击石达开的任务。这时，曾国藩统率的湘军遇到了何去何从的问题。他求助于胡林翼，愿移军皖、鄂交界地区，与胡林翼合力进窥安庆，这样一则不脱离湘军水师与李续宜部湘军（即罗泽南遗部），再则从战略上考虑，攻下安庆，可以直捣金陵，“局面宏阔”。胡林翼通过官文奏准曾国藩移师入鄂，与湖北共图安徽。11月10日，曾国藩上奏他的战略主张：洪秀全据有金陵，“私立正朔”，是“窃号之贼”；捻军龚得树、张乐行等与石达开已成“流寇”；“剿办流贼，法当预防以待其至，坚守以挫其锐”，“办窃号之贼，法当翦除枝叶，并捣老巢”。自从洪、杨内乱，“金陵贼焰久衰”，徒以陈玉成据有安徽，“往来江北，勾结捻匪，……遂令皖北之縻烂日广，江南之贼粮不绝。臣等窃以为欲廓清数路，必先攻破金陵，全局一振”，然后围攻金陵之师可以分剿数省。欲破金陵，必先进围安庆，以破陈玉成之老巢，兼捣庐州。单纯从军事角度考察，这个奏折表露了曾国藩的战略识见。以后，清政府镇压各路农民军，基本上是按照曾国藩的战略方针办事的。曾国藩拥有强大的湘军与优长战略的优势，事实上已成为清政府镇压各路农民军不可缺少的人物，已经形成清朝政柄、兵柄不得不下移之势。1859年12月，曾国藩驻军宿松。翌年，曾、胡合作，与英王陈玉成争夺安庆的前哨阵地太湖、潜山。1860年春，陈玉成奉命回援天京，主动放弃潜山太湖。曾、胡为此志得意满。这时，太平军在东线发动了凶猛的攻势，二破江南大营，打破了清政府进攻太平天国的军事部署，一切朝着有利于曾国藩、湘军发生变化。
三、咸、同年间清朝政柄、兵柄的下移
湘军在湖南省境作战时，便出现了他的反对势力。1854年4月，太平军大败曾国藩于靖港，威逼长沙，“方事之急，布政使徐有壬绕室走达旦。明日，与按察使（陶恩培——笔者）会详巡抚，请罢曾军，语倨妄甚。巡抚（骆秉章——引者）语有壬：‘且待之’”。其后，湘军在湘潭获胜，其事遂寝。地方上出现曾国藩、湘军的反对势力，朝廷上也出现了以大学士祁寯藻、彭蕴章等为首的反曾势力。如上所说，1854年10月，曾国藩驱使湘军攻陷武昌，祁寯藻向咸丰皇帝进谗说：“恐非国家福也”，影响到皇帝对曾的信任。为了防止曾国藩、湘军的坐大，清政府采取了一些重要措施：第一，分割湘军，拒绝将1854、55年曾国藩派往武汉的湘军水陆师拨还给曾国藩指挥，仍由官文、胡林翼节制调遣，借此削弱曾国藩的兵权。第二，在长江下游方面，蓄意扶植旗籍将领统率的以绿营为主力的江南大营，把攻陷天京的任务交给和春与曾国藩的政敌何桂清，借以潜消曾国藩、湘军的影响与作用。
1859年、1860年春，何桂清成日叫喊不久攻陷天京“确有把握”，清政府也满以为攻陷天京指日可期。殊不知1860年5月，忠王李秀成与英王陈玉成联合作战，指挥太平军二破江南大营，李秀成乘胜麾师东征，“横扫千军如卷席”，何桂清败逃上海，托庇洋人的保护，和春逃至浒墅关自缢身亡。当太平军击破江南大营之初，京城文报不通，咸丰皇帝“虑苏、常必危，彭相辄奏云：‘何桂清驻常州，筹画精详，又有张国梁、张玉良骁健绝伦之将，文武协力，战守有余，寇奚能为？’不数日，警报狎至，则苏、常相继陷矣。上讶彭相言不雠，且无知人鉴，解彭相军机大臣。寻自陈衰病，请致仕，许之。”大营崩溃与彭蕴章的罢黜，影响极大：其一，清政府镇压太平天国、遏制曾国藩、湘军，中兴绿营的军事格局被破坏。其二，曾国藩的政敌彭蕴章等失势，为他踏上政治舞台提供了有利条件。
清政府面临土崩瓦解的东南大局，无兵可派，不得不考虑重用曾国藩。曾国藩东山再起后，一方面与胡林翼合作，在1860年春攻陷安庆前哨阵地太湖、潜山，5月，派曾国荃统率湘军进围安庆。于此同时，沉机观变，等待时机。1860年5月他在家书中说：“东南大局，一旦瓦裂，皖北各军必有分援江、浙之命，非胡润帅移督两江，即余往视师苏州。”据《庸庵笔记》载：“苏、常既陷，何桂清以弃城获咎。文宗欲用胡公总督两江”。肃顺深知湖广总督官文阘葺无能，贪鄙庸劣，湖北军政大局全仗胡林翼支持其间，复奏说：“胡林翼在湖北措注尽善，未可挪动，不如用曾国藩督两江，则上下俱得人矣。上曰：‘善’。遂如其议”。1860年6月8日，清政府以曾国藩署理两江总督。6月10日，革职拿问何桂清。7月8日，命杨载福统率的湘军水师归曾国藩调遣。8月10日，实授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣督办江南军务，所有大江南、北水陆军务均归节制。曾国藩一人兼有和春与何桂清的权力，军、政大权集中一身。至此，清政府遏止、控制曾国藩湘军势力发展的计划全部失败。曾国藩非但当上了总督，指挥湘军，而且还能指挥长江南北岸的八旗、绿营兵。也就是说，清政府已调整了镇压了太平天国政治、军事的格局，长江中游责之于官文、胡林翼，长江下游的军事则归曾国藩一人统辖。值得注意的是曾国藩的身边也没有象官文那样的“监军”。其实不是信任曾国藩，而是面对东南大局形将瓦裂的形势，迫使清政府把收复苏、常，攻陷天京的重任交给曾国藩。此时，其兵权之大，是康熙以后汉大臣中仅见的。清政府的兵柄、政柄终于下移。
在第二次鸦片战争中，曾国藩对太平天国主“剿”，对英法联军主抚。在对待西方洋枪、洋炮问题上，主张先购买，再学制造之法；在对待列强“出兵助剿”问题上，完全赞同借师“助剿”。他向洋务派转化，其政见与洋务派首领恭亲王奕䜣相吻合。1861年11月，清朝发生宫廷政变之后，西太后、奕䜣掌权。因为曾的政见完全与奕新吻合，而且有强大的湘军在握，所以西太后、奕䜣并没有因为他是肃顺推荐的人物而排挤他，仍旧信用如故。1861年秋，李秀成、李世贤猛攻浙江，开辟浙江根据地。10月，李秀成军围攻杭州，杭州危如累卵。清政府目击浙江大局瓦解，苏、浙太平军声势滔天，决定任命饮差大臣督办江南军务、两江总督曾国藩统辖苏、皖、赣三省并浙江省军务，所有四省巡抚、提镇以下各官悉归节制。清政府这一决定，立即引起反曾派的非议。1860年大学士、军机大臣彭蕴章告病乞退。1862年朝命起复，条议时事颤详，不自上疏，诣军机大臣请代陈之。其大旨谓：“楚军遍天下，曾国藩权太重，恐有尾大不掉之患，于所以撤楚军，削曾公权者，三致意焉”。
曾国藩奉命节制四省军事后，他回忆往事，历经坎坷，深知人情的冷暖，况且树大招风，功高震主，想到这里，不禁惶悚，一再恳辞统辖四省军务，甚至在奏折中说：“所以不愿统辖四省，再三渎陈者，实因大乱未平，用兵至十余省之多。诸道出师，将帅联翩，臣一人权位太重，恐开斯世争权竟世之风，兼防他日外重内轻之渐，机括甚微，关系重大。区区愚忱，仰祈圣明鉴纳”。这一奏折，适足以邀功固宠。在当时，清政府明知任命曾国藩节制四省军政大权是不得已而为之。第一，闽浙总督庆端老髦昏瞀，不谙军事，无能过问浙江军事。且苏、浙齿唇相依，军事责成一人统辖，可以统盘筹划，分进合击，收效大而速。从军事观点看，由曾国藩统辖浙江，自是胜着。第二，由曾国藩节制四省军事，确有外重内轻之嫌，惟际此无将可派，无兵可调，只有扩大曾国藩的军、政大权，依靠曾国藩、湘军来支撑东南半壁。曾国藩统辖四省军事，是晚清兵柄、政柄进一步下移的标志。而彭蕴章条陈时事，确也打中了清政府的心病，意识到曾国藩的权力太大，将开外重内轻、尾大不掉之局，所以，1864年7月，湘军攻陷天京后，迫使曾国藩裁撤嫡系湘军5万余人并将其胞弟浙江巡抚曾国荃驱逐回籍。重用僧格林沁，命他负责攻剿捻军。1865年5月中旬，捻军首领遵王赖文光、梁王张宗禹等在山东曹州西之高楼寨设伏全歼僧格林沁军，僧格林沁也中伏毙命，捻军缴获大量武器马匹，声威大振，驰骋于黄淮平原，威逼直隶。清政府无兵可派，只得重用昨天还强迫他裁撤嫡系湘军的曾国藩。5月下旬，命令钦差大臣曾国藩督办直、鲁、豫三省军务，攻剿捻军。1866年秋，曾国藩督剿捻失败，清政府以淮军首领李鸿章代替曾国藩为钦差大臣负责剿捻，曾国藩则回任两江总督。同年，西捻军入陕西，回民起义响应，西北战火燎原。1867年2月，清政府命左宗棠指挥左系湘军镇压西北农民军，授陕甘总督左宗棠为钦差大臣督办陕甘军务。当时，八旗、绿营形同虚设。哪里有农民起义，非湘、淮军出场难以了事。晚清兵柄、政柄下移已成定局，到了无可挽回的地步。
咸、同年间，政柄下移是与兵柄下移同步进行的。咸丰初年，满洲贵族中间存在着是否重用汉大臣的争议。满洲贵族军机大臣、大学士文庆说：“欲办天下大事，当重用汉人。彼皆从田间来，知民疾苦，熟谙情伪。岂若吾辈未出国门一步，瞢然于大计者乎？平时建白，常密请破除满、汉藩篱，不拘资地以用人”。早年，文庆曾与胡林翼共事，“奇其才略，由贵州道员一岁间擢巡抚湖北，所请无不从者，公实从中主之”。1856年文庆遗疏有满洲督抚如庆端、福济、瑛棨等“皆难胜任，不早罢之，恐误封疆事”。表明朝廷中枢比较明智的满洲贵族，也意识到了旗籍官僚不足以任大事，不重用汉族官僚难以攻打太平天国。可是，咸丰皇帝满、汉畛域之见未曾泯灭，胡林翼、骆秉章巡抚鄂、湘，偏要放上一个贪鄙庸劣的官文当华中“监军”。1857年削除曾国藩的兵权，同年扶植和春、何桂清，企图中兴绿营兵。事情的发展，恰恰走向清政府的反面，江南大营彻底崩溃了，李秀成直取苏、常这才使咸丰皇帝违心地任命曾国藩总督两江，这又成为清朝兵柄、政柄下移的开端。
当然，我们不能说汉族官僚当上总督，便是清朝兵柄、政柄下移的开始。陶澍长期担任两江总督，史学界从来没有人说这是清朝兵柄、政柄下移。我们所以说曾国藩总督两江是清朝政柄、兵柄下移的开始，是因为他掌握着数量庞大、仅听命于他指挥的湘军水陆师，两江所属苏、皖、赣三省军、政大权一把抓，三省变成了湘系的地盘。而兵柄、政柄下移完成的标志，则是曾国藩统辖四省军事，四省巡抚、提镇以下各官悉归节制。为什么这样说呢？因为：第一、曾国藩从总督两江到节制四省军务后，控制了四省的用人大权，改变了清朝任命巡抚大员的体制。巡抚是封疆大吏，掌握着一省的军、政大权。巡抚的任命，从来由朝廷掌握。曾国藩出于军事斗争的需要，1861年2月，他推荐湘军大将李续宜为安徽省巡抚，曾为曾国藩办过湘军粮台的沈葆桢为江西巡抚。1862年1月，推荐湘军大将左宗棠为浙江巡抚。扶植幕宾李鸿章筹建淮军，4月，推荐李鸿章为江苏巡抚。虽然曾国藩推荐必须由皇帝任命，貌似任用大权仍在朝廷，问题是四省巡抚都是湘系人物，都是曾国藩所推荐，也都得到朝廷的批准。可见曾国藩的力量，足以左右朝廷对封疆的大员任用或黜陟。第二，改变了清朝设官互相牵制、互相制约的体制。按照清政府的规定，省设巡抚一员，布政使、按察使各一员，掌管全省军民政务。“布政使掌宣化承流，帅府州县官，廉其录职能否，上下其考，报督抚上达吏部。三年宾兴，提调考试事，升贤能，上达礼部。十年会户版，均税役，登民数、田数，上达户部。凡诸政务，会督抚议行”。“按察使掌振扬风纪，澄清吏治。所至录囚，勘辞状，大者会藩司议，以听于部院”。由上可知，布政使主要接受一省之长的巡抚的领导，同时财政问题，须接受户部的领导。同样，按察使也须接受巡抚与刑部的双重领导。因三品以上的官员有专折奏事权，所以布政使、按察使会见督抚，根据仪注的规定，“皆行宾主礼，迎送在大堂后”。督抚对布政使、按察使相对尊重，不能单纯地看作下属。曾国藩统辖四省军务后，由他保荐的四省巡抚，基本上是湘系大将；处在战争时期，巡抚保荐的布政使、按察使，大多是手下的重要将领，如浙江巡抚左宗棠下属的布政使蒋益澧、按察使刘典，都是左宗棠部的重要将领。他们对巡抚的命令奉行如军令，巡抚对他们的要求是服从命令听指挥，这就从根本上改变了督抚之间、督抚与布政使、按察使之间互相牵制、互相制约的关系。从此以后，总督、巡抚对清政府犹如脱缓之马，难以羁勒了。第三，清政府对地方财政的失控，助长了督抚的权势与离心倾向。太平天国革命前，清政府的岁入以田赋、盐税、茶岁等为大宗。第一次鸦片战争后，洋关关税收入逐渐增加，起着改变清朝岁入结构的变化。太平天国定都天京，攻占镇江、扬州后，切断了运河的南北通航，控扼了长江航道，富庶之区的皖、赣、鄂、湘、苏、浙等省，长期来战争不休，或是被太平军占领，田赋、茶税、牙税等收入锐减，或是一无收入，即使略有收入，也被督抚截留作本省部队的粮饷。这是清政府对田赋、茶税等项收入开始失控。淮盐盐税收入巨大，自从太平军占有南京等地后，控扼长江，淮盐难以沿长江西上，销引湖北、湖南等省。太平军攻占浙江，浙盐被太平军所控制，清政府的盐税收入锐减。清政府从中央到地方财政经济陷入绝境时，江北大营帮办军务雷以诚，1853年夏秋之际，创办厘金，以后各省先后效尤，各省厘金收入巨大，但因战争关系，清政府无法稽查。事实上，用兵省份的厘金全部被督抚移作军饷去了。同样，洋关关税也大多被地方督抚所控制，大多移作军用。以曾国藩而论，他囊括了苏、皖、赣三省财源外，还在湖南设立东征局、苛敛湖南民人。1860年后，派晏端书到广东去征收全省厘金。之外。尚有各省协饷。故户部指责曾国藩“收支六省巨款，广揽利权”。由于朝廷对地方各省财政的失控，地方督抚有了财权，就能养兵作战，拥兵自重。从同治、光绪年间开始，清朝政柄、兵权下移，外重内轻，尾大不掉之势，已经积重难返。
1864年7月，清政府虽然镇压了太平天国，但是此后在全国范围内阶级斗争的浪潮汹涌起伏，苗民、回民、捻军起义军等纵横黄淮流域、西南与西北广大地区，非湘、淮系出身的知兵将帅，难以胜任督抚，故曾国藩死后有李鸿章，李鸿章以后有掌握北洋六镇重兵的袁世凯，清政府政柄、兵柄下移，已无法捩转，由此掏空墙脚。所以，1911年10月武昌起义的枪声一响，各省纷纷宣告脱离清政府而独立，这种局面的出现，推原其始，“始作俑者”，正是曾国藩。
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