太傅曾文正公，讳国藩，字涤生原名子城，字伯涵，先世居楚之衡阳。国初有名孟学者，始迁湘乡之大界里，遂为湘乡人。孟学生元吉。元吉之仲子曰辅臣者，公之高祖也。辅臣生竟希，诰赠光禄大夫；妣彭氏，诰赠一品夫人。竟希生玉屏，宁星冈，是为公王父，初封中宪大夫，累赠光禄大夫；妣王氏，初封恭人，累赠一品夫人。
曾氏自明以来世业农，积善孝友，而不显于世。星冈公少时善任侠，已乃折节下士，尝曰：“吾少耽游惰，往还湘潭市肆，与裘马少年相逐，或日高酣寝，长老有讥以浮薄将覆其家者。余闻而立起自责，货马徒行，自是终身未明而起。余年三十五始讲求农事，居枕高嵋山下，峻垄如梯，田小如瓦，吾凿石决壤，开十数畛，而通为一，然后耕夫易于从事。吾昕宵行水，听虫鸟鸣声以知节候，观露上禾颠以为乐；种蔬半畦，晨而耘吾任之，夕而粪庸保任之；入而饲豕，出而养鱼，彼此杂职之。凡菜茹手植而手撷者，其味弥甘；凡物亲历艰苦而得者，食之弥安也。吾宗自元明居衡明之庙山，久无祠宗。吾谋之宗族诸老，建立祠堂，岁以十月致祭，自国初迁居湘乡，至吾曾祖元吉公，基业始宏。吾又谋之宗族，别立祀典，岁以三月致祭。世人礼神徼福，求诸幽遐。吾以为神之陟降，莫亲于祖考，故独隆于生我一本之祀，而他祀姑阙焉。后世虽贫，礼不可隳；子孙虽愚，家祭不可简也。吾早岁失学，壮而引为深耻。既令子姓出就名师，又好宾接文士，候望音尘，常愿通材宿儒接迹吾门，此心乃快。其次老成端士，敬礼不怠。其下汛应群伦，至于巫医、僧徒、堪舆、星命之流，吾屏斥之惟恐不远。旧姻穷乏，遇之惟恐不隆。识者观一门宾客之雅正疏数，而卜家之兴败，理无爽者。乡党戚好，吉则贺，丧则吊，有疾则问，人道之常也，吾必践焉，必躬焉，财不足以及物，吾以力助焉。邻里讼争，吾常居间以解两家之纷。其尤无状者，厉辞诘责，势若霆摧，而理如的破，悍夫往往神沮，或具尊酒通殷勤，一笑散去。君子居下则排一方之难，在上则息万物之嚣，其道一耳。津梁道途废坏不治者，孤嫠衰疾无告者，量吾力之所能，随时图之，不无小补。若必待富而后谋，则天下终无可成之事矣。”
星冈公生三子：长曰竹亭，讳麟书，累封光禄大夫，公之父也；仲曰上台，早卒；季曰骥云，以公贵。竹亭封翁生子五人：公居长；次国潢，字澄侯；次国华，字温甫；次国荃，字沅浦，次国葆，字事恒。封翁积苦力学，久困于学政之试，徒步橐笔，以干有司，年四十三始补县学生员。事星冈公以孝闻。
星冈公生平督子最严，往往稠人广坐，壮声呵斥。或有不快于他人，亦痛绳其子，竟日嗃嗃诘数愆尤。封翁屏气负墙，□□徐进，愉色如初。星冈公晚年病痿痹，动止不良，又喑不能言。即有所需，以颐使，以目求，即有苦，蹙额而已。封翁朝夕奉事，常先意而得之。夜侍寝处，星冈公雅不欲频烦惊召，而他仆殊不称意。前后溲益数，一夕六七起。封翁时其将起，则进器承之，少间又如之，听于无声，不失分寸。严寒大溲，则令他人启移手足，而身翼护之。或微沾污，辄涤除，易中衣，拂动甚微。终宵惕息。明旦则骥云入侍，奉事一如封翁之法。久而诸孙孙妇、内外长幼，感化训习，争取垢污襦裤浣濯为乐，不知其有臭秽，或挽箯舆游戏庭中，各有常程。病凡三载，封翁未尝一日安枕也。妣江太夫人，同邑江沛霖女，事舅姑四十余年，饎爨必躬，在视必恪，宾祭之仪，百方检饬，尺布寸缕，皆一手拮据。江太夫人以嘉庆辛未年十月十一日亥时诞公于白阳坪里第，是时竟希公年七十矣。忽梦有巨物蜿蜒自空而下，首属于梁，尾蟠于柱，鳞甲森然，不敢逼视。竟希公惊寤，已而公生。年十六，应郡县试，旋取俏生。道光十三年，补县学生员学使为岳镇南。明年甲午科乡试，中试第三十六名举人，时年二十四座主为徐云端、许乃安，房师为张启庚。道光十一八年，戊戌科会试，中试第三十八名贡士座主为穆彰阿、朱士彦、吴文熔、廖鸿荃，房师为季芝昌。正大光明殿复试一等，殿试三甲第四十二名，赐同进士出身。朝考进呈拟一等第三名，宣宗拔置第二名，改翰林院庶吉士。庚子科散馆二等，第十九名，授检讨。旋派顺天乡试磨勘。二十一年十月，充国史馆协修官。
道光二十三年，三月，大考翰詹，列二等第一名。奉旨以翰林院侍讲升用。六月，诏以公为四川正考官，赵楫副之。七月，补翰林院侍讲。十一月回京，充文渊阁校理。道光二十四年，二月，侍班于文渊阁，观经筵大典。五月，召见于勤政殿，充翰林院教习庶吉士。十二月，转补翰林院侍读。道光二十五年，乙巳科会试充第十八房同考官。五月，升授詹事府右春坊右庶子。九月，擢翰林院侍讲学士，谢恩召见。十二月，补日讲起居注官。充文渊阁直阁事。
道光二十七年，大考翰詹列二等，奉旨记名，遇缺题奏，赏大卷缎二件。六月，升授内阁学士兼礼部侍郎衔，谢恩召见于勤政殿，充考试汉教习阅卷大臣。七月，公弟国荃补县学生员。十月，充武会试正总裁，又派殿试读卷大臣。道光二十八年，七月，公弟国荃补廪膳生。九月，充稽察中书科事务。道光二十九年，正月，诏授礼部右侍郎，谢恩召见，上嘉勉焉。三月十四日，值班召见。三十日又召见。每有奏对，上辄嘉赏。八月，兼署兵部右侍郎，充宗室举人覆试阅卷大臣。九月，充顺天乡试覆试阅卷大臣。十月，充顺天武乡试校射大臣。道光三十年，正月十四日，宣武成皇帝升遐。文宗嗣位，咨以郊配庙祔大礼。公具疏条陈，上嘉纳之。二月，内赐遗念衣一件、玉珮一事。三月，应诏陈言，奉旨奖许，举行日讲事宜。四月，充庚戌科会试复试阅卷大臣，又派朝考阅卷大臣。五月，礼部考试优贡。六月，兼署工部右侍郎，充朝考拔贡阅卷大臣。七月，公弟国葆补县学生员。八月，召见，询以工部职务，奏对称旨，充考试国子监学正学录阅卷大臣。九月，充宣宗梓宫前恭捧册宝大臣，礼毕加二级。十月，兼署兵部左侍郎。
咸丰元年三月，疏陈简练军实，以裕国用，召见嘉勉。四月，上敬陈圣德一疏，语多切直，朝士皆忧其获谴，及优诏褒答，一时称盛事焉。五月，兼署刑部左侍郎。八月，充顺天乡试搜检大臣。十月，充顺天武乡试正考官，沈兆霖副之。试竣复命，召见。十一月，监视郊坛开工。十二月，上备陈民间疾苦一疏，奉旨交部议奏。监视慕陵隧道开工。咸丰二年，正月，兼署吏部左侍郎。二月，随扈只谒慕陵。三月，疏请宽免胜保处分，以广言路，上嘉纳之，充壬子科会试搜检大臣，又派恭送太庙册宝大臣。四月，以宣宗升配，恩加一级。六月，诏以公为江西正考官，谢恩附奏试竣回籍，朱批允之。七月，行次安徽太湖县，闻母江太夫人之讣，匍匐奔丧。八月抵家。九月，葬江太夫人。
时粤匪洪秀全等由广西窜长沙，围攻三阅月不克。十月解围去，掠船浮洞庭湖而下，陷岳州。十一月，陷汉阳。十二月，陷武昌省城，巡抚常大淳等死之。大江南北土匪蜂起。诏谕湖南巡抚张亮基曰：“丁忧侍郎曾国藩，籍隶湘乡，于湖南地方人情自必熟悉。著该抚传旨，令其帮同办理本省团练、搜查土匪事宜，伊必尽心，不负委任。钦此。”公以奉讳归家，不宜与闻军事，草疏恳请终制。方发使就道，适庶吉士郭嵩焘至，力劝公出，公弟国荃亦赞之。于是始治兵于长沙，命罗泽南、王錱等领湘勇三营，仿明戚继光束伍成法，逐日操练，是为湘军创立之始。
咸丰三年正月，编查保甲，设发审局。一时巨奸大憝多被诛戮，盗贼屏息，莠民多改而从善，远近大欢。遣刘长佑、李辅朝、王錱搜剿常宁、耒阳土匪，贼闻风惊溃。遣罗泽南讨衡山土匪，破平之。奉上谕封疆大吏，翦除首恶，即可保卫善良。著该署督抚等会同在籍侍郎曾国藩体察情形，应如何设法团练，以资保卫之处，悉心妥筹办理。钦此。
粤匪洪秀全弃武昌，劫众东下，男妇数十万人，舳舻蔽江，叠陷沿江郡县。十七日，陷安庆省城。二月初十日，陷金陵，据为伪都。将军祥厚、总督陆建瀛等死之。钦差大臣向荣追师驻金陵城外，号江南大营。诏授江忠源为湖北按察使，饬赴江南大营帮办军务。会湖北崇、通两邑土匪大起，公遣军与忠源会剿平之。忠源乃率师而东。三月，诏以骆秉章署理湖南巡抚。时永桂以上会匪充斥，乱者纷起。每警报至，公酌量缓急，分营往捕。议定即传檄促行，遣左右料简军装火药，军行无逾两日者。所至捕斩首恶，搜查余党，数日而定，乡里晏然。
四月，江忠源师次九江。值安庆再陷，贼船上犯湖口。忠源侦知贼所向，即日间道驰赴南昌。部署略定而贼至忠源告急于湖南。公檄江忠淑，由浏阳赴江西，朱孙诒、罗泽南等由醴陵继进；另派镇箪兵千人，令夏廷樾总统之。会朱孙诒有违言，湘勇无统帅，郭嵩焘说孙诒率所部以行，嵩焘因亦随行。是为湘军出境剿贼之始。
六月，公疏荐参将塔齐布、千总诸殿元，请破格超擢。奉旨塔齐布赏副将衔，诸殿元以守备用。七月，湘军抵南昌。南昌城外贼垒惟文孝庙数座，官军屡攻不能克，日有死伤。郭嵩焘偶获贼谍讯之，则贼皆舟居，文孝庙贼垒环三面筑墙而虚其后，专以翼蔽贼舟而已。嵩焘因献议曰东南各行省州县多阻水江湖，一日遇风，连数百里，贼舟瞬息可达。官兵率由陆路蹑之，其势常不及。长江数千里之险，遂独为贼所有。且贼上犯以舟楫，而官军以营垒御之，求与一战而不可行，宜贼势之日昌也。忠源大韪之。即日具疏，请饬湖南、湖北、四川仿照广东拖罟船式，各造战舰数十。饬广东制备炮位以供战舰之用，并交曾国藩管带部署。奉旨允行。长江水师之议自此始。
八月，公疏称衡、永、郴、桂匪徒聚集之薮，数月以来，巨案迭出，即日移驻衡州，就近调度。盖提督鲍起豹，与公时相龃龉，营兵与湘勇断断不和，至有械斗之案。衡州之行，所以避之也。公既至衡州，衡阳廪生彭玉麟故有名，公一见器之。又调湘阴外委杨载福至，并令帮办弟国葆营务。国葆力荐彭、杨之才当任一军，不宜屈为帮办。公方谋治水师，乃檄二人各募水勇，领一营。彭、杨受命。治水师自此始。
南昌解严。贼陷九江府，分股窜湖北。署湖广总督张亮基师溃于田家镇。江忠源间道驰援，战不利。北屯、广济贼遂趋武昌。诏以吴文镕为湖广总督。文镕，公座师也。闻警急驰赴鄂，而贼已陷黄州、汉阳，北扰德安，南及兴国。岳州戒严。公与湖南巡抚骆秉章筹办防堵，檄调援江西诸军回湘。奉上谕：“长江上游，武昌最为扼要，若稍有疏虞，则全楚震动。着骆秉章、曾国藩选派兵勇，并酌拨炮船，派委得力镇将驰赴下游，与吴文镕等会合剿办。力遏贼锋，毋稍延误。钦此。”
十月，奉上谕：“曾国藩团练乡勇，甚为得力，剿平土匪业，经著有成效。着酌带练勇驰赴湖北，所需军饷等项，着骆秉章筹拨供支。两湖唇齿相依，自应不分畛域，一体统筹也。钦此。”吴文镕复屡疏请援师。朝廷以武昌万分危急，趣公督带兵勇船炮，驰赴下游会剿，以为武昌第应。公疏称武昌间已解严，臣请暂缓赴鄂。又言该匪以舟楫为巢穴，欲加攻剿，必以战船为第一务。臣拟在衡州试办，俟有头绪，即请亲自统带，驰赴下游。奉朱批：所虑甚是。汝能斟酌缓急，甚属可嘉。钦此。
江忠源疏请饬公以所练六千人出省剿贼。奉上谕：“湖北情形紧要，已有旨令江忠源暂留剿贼，着曾国藩带楚勇六千人，酌配炮械，筹雇船只，驶出洞庭湖，由大江迎头截剿，肃清江面贼船。钦此。”江忠源回军汉阳，诏授忠源为安徽巡抚，并谕楚皖一体，斟酌缓急，相机进剿。时安庆已为贼踞，议建庐州为省会。忠源受命，力疾北趋庐州。十一月，奉上谕：“宋晋奏曾国藩乡望素孚，人乐为用，请饬挑选练勇，雇觅船只，顺流东下，与江忠源水陆夹击等语。现在安徽逆匪连陷桐城、舒城，逼近庐郡，吕贤基殉难，江忠源患病，皖省情形危急。总由江面无水师拦截进剿，任令贼踪往来自如。该侍郎前奏亦曾虑及。着即赶办船只炮位，并前募勇六千，由洞庭湖驶入大江，与江忠源水陆夹击。该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知，必能统筹全局，不负委任也。钦此。”公疏称筹备水陆各军，赴援安徽，而船炮未齐，须俟购买夷炮广炮千尊解到乃可成行。又请没立水路粮台。奉朱批：“现在安省待援甚急，若必偏执己见，则太觉迟缓。朕知汝尚能激发天良，故特命汝赴援，以济燃眉。今观汝奏，直以数省军务一身克当。试问汝之才力能乎？否乎？平时漫自矜诩，以为无出己之右者，及至临事，果能尽符其言甚好，若稍涉张皇，岂不贻笑于天下。着设法赶紧赴援，能早一步即得一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比。言既出诸汝口，必须尽如所言，办与朕看。钦此。”公疏称饷乏兵单，成效不敢必，与其将来毫无功效，受大言欺君之罪，不如此时据实陈明，受畏葸不前之罪。奉朱批：“成败利钝固不可逆睹，然汝之心可质天日，非独朕知，若甘受畏葸之罪，殊属非是。钦此。”
常宁土匪攻陷县城，连陷嘉禾蓝山二县，遣弟国葆及储玫躬等讨平之。十二月，疏称衡永郴桂尚有会匪余党，实为湖南巨患，亦是臣经手未完之件。奉朱批：“汝以在籍人员能如是出力，已属可嘉。着知会抚臣剿办，或有汝素来深信绅士，酌量办理亦可。钦此。”贼陷庐州府，巡抚江忠源死之。
咸丰四年正月，湖广总督吴文镕战殁于黄州，武昌戒严。奉上谕：“此时惟曾国藩统带炮船兵勇迅速顺流而下，直抵武昌，可以扼贼之吭。此举关系南北大局，甚为紧要，该侍郎应能深悉紧急情形，兼程赴援也。钦此。”
初，公在衡州创立水师，前无成法，每遇广东员弁及长年三老能行船者，周咨博采，屡更其制。后乃稍仿广东拖罟、快蟹、长龙之式，增置桨座，命守备成名标监督之。另檄广西之同知褚汝航、夏銮等，分设一厂于湘潭。既成军，邀长沙黄冕观之。冕献言曰：吾出入兵间十余年，所见军容整齐无及此者。然长江千里，港汊纷歧，贼船易于藏匿。江南小战船曰三板者，每营请添十号，以备搜剿汉港之用。”公大韪之。即日改定营制。每营置快蟹一，营官领之；长龙十，曰正哨；三板十，曰副哨。快蟹桨工二十八人，橹八人；长龙桨工十六人，橹四人；三板桨工十人。每船另置炮手三人，枪长一人，头工二人，柁工一人，副柁二人。水师之制，于是大备。
公既闻江忠源、吴文镕相继殉节，乃经营东征。募水师五千人，以褚汝航为总统，而成名标、诸殿元、杨载福、彭玉麟、邹汉章、龙献琛等分领之。又募陆师五千人，以塔齐布为先锋，而周凤山、储玫躬、林源恩、邹世琦、邹寿璋、杨明声及弟国葆等分领之。始设立八所，曰文案所，日内银钱所，曰外银钱所，日军械所，日火器所，曰侦探所。曰发审所，曰采编所，皆委员司之。赍米、煤、盐、油及军火器械载民船百数十号以行，员弁勇夫共一万七千余人。军容于斯为盛。
二月，贼陷岳州府，遂由湘阴趋靖港，陷宁乡。骆秉章遣王錱败贼于乔口。公舟师次长沙，遣弟国葆及储玫躬、赵焕联等分道攻剿。玫躬破贼于宁乡，追北阵亡。贼大奔溃，遣舟师追击走之。
时贵州候补道胡林翼应前总督吴文镕之调，带练勇六百名由黔赴鄂。行次金口，闻文镕已殁。贼舟上犯，蔽遮不得前。公急调之回湘，咨商骆秉章支给饷糈。胡林翼以一军从公剿贼自此始。奉上谕：“据青麟奏称，探闻曾国藩带勇已距金口百有余里，贵州道员胡林翼随同前来，现复退往上游。贼船飚忽上窜，急须出其不意，顺流轰击。该侍郎炮船早入楚北，胡林翼何以退守金口？著曾国藩饬知该道迅速前进，毋稍迟延。”公疏陈胡林翼未能赴鄂之由，且称林翼之才胜臣十倍，将来可倚以办贼。旋檄林翼剿崇阳、通城土匪，又令塔齐布往助之。官军既克湘阴，贼之在岳州者伞数遁去。三月，公至岳州搜捕西湖余匪。
巡抚骆秉章疏请留公暂缓赴鄂。朱批：“楚南之贼，明系分窜，现在湖北尚有多贼。曾国藩炮船原为肃清江面，第此时道路不通，暂可留在湖南剿办，亦不能专待事竣缓缓北上，楚南办有头绪，仍应速赴湖北为是。曾国藩素明大义，谅不至专顾桑梓，置全局于不问，北重于南，皖、鄂重于楚南，此不易之局也。”又奉寄谕：“此时得力舟师，专恃曾国藩水师一军，倘涉迟滞，致令汉阳大股窜据武昌，则江路更形阻隔。朕既以剿贼再任畀之曾国藩，一切军情不为遥制。钦此。”
先是，公派陆军由崇、通剿贼，冀以次扫荡，进援武昌，而自统水师顺流而下。既至岳州，遭风撞损炮船，而王錱之军抵羊楼司者遇贼溃回。贼乘胜上犯，公弟国葆及邹寿璋、杨名声等营皆溃退入城。贼攻城甚急，公檄舟师登岸击贼，拔出城中军民，退保长沙。因上疏自劾。奉上谕：“曾国藩奏水陆各军接仗情形，并自请治罪一折。此次岳州水军虽获小胜，惟因陆路失利，以致贼匪复行上窜。曾国藩统领水陆诸军，调度无力，实难辞咎，着交部严加议处。仍着督带师船迅速进剿，克复岳州，即行赴援武昌，毋得再有迟误。钦此。”又奉谕：“曾国藩所统各勇，为数过多，既须剿办粤匪，又须搜捕土匪。即如所奏，有拨赴平江、通城者，有拨赴临湘、蒲圻者，又有不能依限前进者，散布各处，照料既不能周，剿捕自难得力。一有败衂，人无固志，似此何能力图进取？此时肃清江面，专恃此军，曾国藩初次接仗，即有挫失，且战船被风沉损多只，何事机不顺若是！现在湖北待援孔亟，曾国藩以在籍绅士专顾湖南，不为通筹大局之计，平日所以自许者何在？钦此。”
先是公在衡州，奏请原任湖北巡抚杨健入祀乡贤祠，部议革职。至是奉旨改为降二级调用。胡林翼败贼于上塔市，塔齐布败贼于河平。公因长沙戒严，檄胡林翼、塔齐布回湖助防。贼据靖港，分股由宁乡陷湘潭，遂于湘水上游掠民船数百，竖立木城。以阻援师。二十八日，塔齐布率师赴援，大捷于湘潭，斩首数千级。四月初一日，公遣杨载福等率水军师助剿，复会陆军大破之。初二日，公亲督师邀击贼于靖港，西南风发，水势迅急，为贼所乘，师溃。公自投于水，左右救之获免。而是日水师之在湘潭者，复大捷。初三日，水师焚贼船净尽，塔齐布诸军复获大胜。初五日，克湘潭县。自粤逆称乱以来，此次始受大创，官兵亦稍自奋、人人有杀敌致果之心矣。
公回长沙，重整水陆各军。因言吾水陆万人非不多，而遇贼即溃。岳州之败，水师拒敌者杨载福一营；湘潭之战，陆师塔齐布两营，水师杨载福两营。用此益知兵贵精不贵多。而引诸葛公祁山之败且谋减兵省食勤求已过。又曰：古人用兵，先明功罪赏罚。今时事艰难，贤人君子大半潜伏。吾以义声倡导乡人，同履危亡之地，诸君之初从我，非以利动也。故于法亦有所难施，所以两次致败，其弊亦由于此。
公奏湘潭靖港胜负各情，并上疏自劾。奉上谕：“屯聚靖港逆船，经曾国藩亲督舟师进剿，虽小有斩获，旋以风利水急，战船被焚，以致兵勇多有溃败。据曾国藩自请从重治罪，实属咎有应得。姑念湘潭全胜，水勇甚为出力，着加恩免其治罪，即行革职，仍赶紧督勇剿贼，带罪自效。湖南提督鲍起豹，自贼窜湖南以来，并未带兵出省，叠次奏报军务，仅止列衔会奏。提督有统辖全省官兵之责，似此株守无能，实属大负委任。鲍起豹着即革职，所有湖南提督印务，即著塔齐布暂行署理该部知道。钦此。”又奉上谕：“曾国藩统领舟师，屡有挫失，此折所陈纰缪各情，朕亦不复过加谴责。现在所存水陆各勇仅集有四千余人，若率以东下，诚恐兵力太单。该革员现复添修战船，换募水勇，据称一两月间当有起色。果能确有把握，亦尚不难转败为功。目下楚北贼踪，由应山窜回德安，随州之贼亦回武汉，是鄂省望援甚急，该抚等务当督饬水陆各军，迅将此股败窜之匪歼灭净尽，兼可赴援武昌，以顾大局。钦此。”
五月，公疏称现将水陆各军严汰另募，重整规模，一俟料理完竣，即星夜遗征，誓灭此贼，以雪挫败之耻，以赎迟延之罪。奉上谕：曾国藩添募水陆兵勇及新造重修战船，既据奏称已可集事，则肃清江面之举，仍藉此一军，以资得力。塔齐布胆识俱壮，堪膺剿贼之任。著骆秉章即饬统领弁兵迅速出境。曾国藩与该署提督共办一事，尤应谋定后战，务期确有把握，万不可徒事孟浪，再致挫失。钦此。
是时，湖南郡县，如岳州、华容、常德、龙阳等城，多被贼陷，而湖北之贼由宜昌、枝江、松滋入太平口与西湖贼合，连陷澧州、安乡等城，两湖糜烂不堪。湖北巡抚青麟粮尽弃城走长沙，贼入武昌踞之。诏诛青麟于荆州，以杨霈署湖广总督。公整军东下。水师分三起，先遣褚汝航率炮船四营当前敌。陆师亦分三路，以塔齐布为中路，驻新墙，胡林翼等由西路趋常德，江忠淑、林源恩等由东路趋崇、通。贼闻官军大至，弃常德、澧州，并力守岳州。公檄罗泽南、周凤山等助攻岳州。塔齐布破贼于新墙，水师破贼于南津港。
七月初一日，官军克岳州府，捷闻，奉上谕：“览奏稍慰朕怀。汝能迅速东下，借此声威，或可扫除武汉之贼。朕日夜焦盼，忧思弥增，护船陆勇终恐未可深靠。钦此。”又奉上谕：“此次克复岳州，大获胜仗，湖南逆踪业就肃清，江路已通，重湖无阻。即着塔齐布、曾国藩会督水陆兵勇，乘此声威，迅速东下，力捣武汉贼巢，以冀荡平群丑。钦此。”官军破贼于城陵矶，乘胜逐北。值南风大作，师船不能回营，为贼所乘，褚汝航、夏銮、陈耀龙、何镇邦、诸殿元等前后战殁。塔齐布击贼于擂鼓台，擒贼酋曾天养斩之。罗泽南破贼于城陵矶，水师毁贼船几尽。公疏称岳州四次获胜情形。奉上谕：“塔齐布、曾国藩自带兵以来，既未尝遇败而怯，定不致乘胜而骄，总宜于妥速之中持以慎重，则楚省贼踪，惭可扫荡。钦此。”
七月初三日，塔齐布等率陆军会李孟群、杨载福等水师，尽平沿江两岸贼垒，穷追二百余里，至嘉鱼县境，群贼悉数东窜。公进驻骡山。捷闻。奉旨赏给三品顶戴。公疏称臣墨绖从戎，不敢仰邀议叙，嗣后湖南一军再立功绩，无论何项褒荣概不敢受。”奉朱批：“知道了，殊不必如此固执。汝能国而忘家，鞠躬尽瘁，正可慰尔亡亲之志，尽孝之道莫大于是。酬庸褒绩，国家政令所在，断不因汝一请稍有参差。汝之隐衷朕知之，天下无不知也。”公疏陈道员李孟群忠勇奋发，思报父仇。该员服犹未阕，请从权统领水师，以专责成。”旨报可。
杨载福、彭玉麟等率水师乘胜东下，搜捕沿江汊港贼船，焚毁略尽，遂抵金口。塔齐布陆军破贼于羊楼司，八月初四日，克崇阳县，又破贼于咸宁。公进驻嘉鱼。奉朱批：“汝等自湘潭大捷后屡次得手，有此声威，岂可自馁。惟利在速战，莫待两下相持，师劳饷乏，大有可虑处。塔齐布不致为崇阳一般牵制方好。钦此。”
公进驻金口。塔齐布、罗泽南破贼于横沟桥，遂与公师会。适荆州将军官文遣魁玉、杨昌泗等军五千人亦会于金口，因遣魁玉等击破沌口贼。公集诸将商取武昌之策。罗泽南袖图进曰：“洪山、花园两路皆贼重兵所在，花园濒江环城，尤贼势所注。贼垒九座，每垒数千人，长壕巨障，袤延数里。吾所部不满三千，以当洪山之贼有余，以击花园不足，清与塔将军分任之，花园洪山贼垒破，武昌无自固之势，贼将自遁，无忧也。”公曰：“罗君胜算，虏在吾目中矣。花园贼垒，仍烦君一行，请加派兵二千以助君。”泽南悉众攻花园，贼迎拒者望风披靡，乃距垒以守。泽南令军士皆手枪持满，伏地行近垒，始起立施枪，前者既登，后者继进，贼众自乱。自辰至西，九垒皆克。水师同时并进，环垒贼船千皆毁沉之。塔齐布复从他道攻克洪山，遂薄武昌城，环城贼垒悉破平之。城内之贼果宵遁，遂收复武昌省城。汉阳贼亦遁，是月廿三日也。捷闻。奉朱批：览奏感慰实深。获此大胜，殊非意料所及。朕惟竞业自持，叩天速救民劫电。”又奉上谕：“此次克复两城，三日之内焚舟千余，蹋平贼垒净尽，运筹决策甚合机宜。允宜立沛恩施，以酬劳勋。曾国藩着赏给二品顶戴、署理湖北巡抚，并加恩赏穿戴花翎。塔齐布着赏穿黄马褂，并赏给骑都尉世职。钦此。”
又奉上谕：“楚省大局已定，亟应分路进剿，由九江、安庆直抵金陵。沿江剿贼之事，朕以责之曾国藩、塔齐布。楚省防务及搜捕余匪事宜，朕以责之杨霈。钦此。”公疏称母丧未除，遽就官职，得罪名教，不敢接受关防，仍由督臣收存。”奉朱批：“朕料汝必辞，又念及整师东下，署抚空有其名，故已降旨令汝毋庸署理湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。汝此奏虽不尽属固执，然官衔竟不书署抚，好名之过尚小，违旨之罪甚大，着严行申饬。钦此。”
九月，诏以陶恩培为湖北巡抚。奉上谕：“曾国藩既无地方之责，即可专力进剿，但必须统筹全局，毋令逆匪南北分窜，方为妥善。并随时知照江皖各抚及托明阿、向荣等，四路兜击，以期直捣金陵，迅奏肤功。钦此。”
公统帅东下。遣杨载福等破贼于蕲州，塔齐布克大治县，罗泽南克兴国州。奉上谕：“蕲州贼势尚众，水师既经攻剿得手，何以桂明等陆路一军未能赶到。曾国藩经朕畀以剿贼重任，事权不可不专。自桂明以下，文武各员均归节制，倘有不遵调遣，或迁延畏葸贻误事机者，即着该侍郎专衔参奏，以肃戎行。钦此。”
十月初一至初五日，官军连破贼于半壁山，斩首万人。初八日，水师破贼于蕲州，贼退至田家镇。十三日杨载福、彭玉麟等攻断横江铁锁，破贼于邬穴，贼弃田家镇而遁。是夕，蕲州贼亦遁。水师径抵九江城下。塔齐布攻破富池口贼垒，遂与罗泽南率师北渡。公进驻田家镇。奉朱批：“获此大胜，皆因汝等和衷共济，调度有方，故能将士用命，以少击众。朕披览之余，感慰莫能言喻。钦此。”
二十八日，塔齐布、罗泽南克广济县。十一月初四日，塔齐布等克黄梅县。奉上谕：“杨霈奏克复广济、黄梅一折，所叙进攻九江情形。似该郡贼党尚复不少。塔齐布渡江而北，南岸官军即不能得手，是江西陆路兵勇殊不足恃，塔齐布仍须渡回南岸。倘南北两岸专侍一塔齐布奔驰追剿，则湖北、江西两省官兵岂不皆成虚设耶？钦此。”
十二日，塔齐布、罗泽南破贼于孔陇驿，复捷于小池口。十四日，水师至湖口。公进驻九江城外，塔齐布率师南渡，驻军九江南门。公疏称湖北臬司胡林翼识解略冠时，调令来浔助剿。副将王国才、都司毕金科驭军有法，请归调遣。”奉旨报可。又奉上谕：“曾国藩、塔齐布运筹决胜，戮力同心，麾下将士，率皆转战无前，争先用命，皆由曾国藩等调度有方，览奏之余，实堪嘉尚。曾国藩著恩赏穿黄马褂，并发去狐腿黄马褂一件，白玉四喜搬指一个，白玉巴图鲁翎管一枝，玉靶小刀一柄，火镰一把，交曾国藩祗领，以示优奖。钦此。”
十二月初一日，水陆官军合攻九江城，贼坚守不能下。奉上谕：“我军自肃清浔江，进扼湖口以后，满拟九江郡城乘胜可克，乃连日焚毁贼船，蹋破贼垒，而该逆死党仍负固坚守，殊属凶悍。贼情变幻靡常，着曾国藩、塔齐布相机筹画，不可稍有孟浪，致误事机。钦此。”
初六日，胡林翼、罗泽南破贼于梅家洲。水师大捷于湖口破其木簰贼卡。十二日，水师舢板驶入鄱阳湖，追贼至大姑塘，贼筑垒断其后路，遂与外江水师隔绝。二十五日，贼以小艇夜袭我营，公座船陷于贼，文卷荡然无存，急掉小舟驰入罗泽南营以免。公欲以身殉国，草遗疏千余言，罗泽南力谏乃止，因上疏自劾。奉上谕：“水师锐气过甚，由湖口驶至姑塘以上，长龙舢板各船与外江师船隔绝，以致逆氛顿炽，两次被贼袭营，办理未为得手。曾国藩自出岳州以后，与塔齐布等协力同心，扫除群丑，此时偶有小挫，尚于大局无损。曾国藩自请严议之处，著加恩宽免。钦此。年终恩赏福字、荷包、银钱、银锞、食物等件。
咸丰五年正月，皖贼大举犯湖北，总督杨霈退守德安。公遣胡林翼、王国才、石清吉等率六千人回援武汉，李孟群率舟师四十号援蕲、黄。初四夜，东北风大作，师船泊九江者多被撞损。公饬外江炮船西赴鄂之金口，命李孟群、彭玉麟领之，而另设船厂于新堤镇，添制修补，以为后劲。其陷入内湖之水师，驶赴南昌。
公自督陆军攻九江未克，因疏陈办理错误之处，一在武汉既克，未留霞兵防守；一在九江未克，遽攻湖口。目前筹办之法凡四条：一添修炮船，以固荆洲门户；一饬胡林翼等军回援武昌；一亲至同昌修整内湖水师；一围攻九江，陆军有进无退，浔城既克，仍当直捣金陵。奉上谕：“览奏殊深悬系。所称办理错误之处，如水师冲入内湖，以致声势隔绝，诚不免锐进贪功，至武汉收复，未留后路声援一节，则其势本有不及，水陆两军全数追剿，犹恐兵力单弱，若彼时即分剿武汉，兵数愈少，刻下更不知如何棘手。曾国藩等既定直捣金陵之计，即着迅速设法攻克九江，合军东下，毋得再存顾虑。钦此。”
十六日，公抵南昌。筹画添制船炮之制，内湖水师于是复振。胡林翼率师援武昌，驻军沌口。石清吉继之。贼由富池口渡江而南，连陷兴周、通山、崇阳、通城、咸宁等州县，武昌戒严。巡抚陶恩培飞书告急，公檄促王国才由武宁转战而西。奉上谕：“楚北贼焰复燃，于曾国藩等剿贼机宜大有关系。此时惟有会合各兵，使曾国藩等军无腹背受敌之患，方为妥善。钦此。”
公遣内湖水师进驻康山。贼由都昌陷饶州府，分犯乐平、景德镇、祁门、徽州、广信等处，遣罗泽南由南昌绕出湖东迎剿。胡林翼退驻金口。二月十七日，贼陷武昌省城，湖北巡抚陶恩培等死之。贼溯汉而上，由岳家口、仙桃镇窥犯荆襄。诏授胡林翼为湖北布政使，署理湖北巡抚。时总督杨霈驻军德安，屡蹶不振。胡林翼扼扎金口，屏蔽荆襄。李孟群、彭玉麟、王国才等水陆堵御。上游赖以粗安。三月二十日，罗泽南破贼于贵溪。次日遂克弋阳县。二十三日，贼陷广信府，罗泽南追剿破之。二十七日，克广信府。
公进驻吴城镇。奉上谕：“自师船陷入鄱湖，贼匪再扰，武汉广饶一带复有贼踪窜突，该侍郎水陆两军自有不能不分之势。该侍郎所谓千里驰突不如坚扼中段，所奏不为无见。当此上下皆贼，总宜计出万全，勿以浪战失机，勿以迟回误事，一切机宜，朕亦不为遥制。塔齐布攻剿九江情形，未据奏及，岂为贼氛阻隔声息不通耶？钦此。”
四月，公疏称湖北兵勇不可复用，大江北岸，宜添劲旅。”奉旨交杨霈、胡林翼办理。公又屡书与胡林翼论东南大势，以武昌据金陵上游为必争之地，宜厚集兵力为恢复计。林翼深韪其言。罗泽南剿贼于景德镇，贼窜徽州。泽南因移军饶州，以图湖口。
十三日，公进驻南康。二十一日，水师大捷于马家堰，追及于都昌城下，焚贼船百数十号。湖北之贼由兴国、崇、通等州县窜江西，陷义宁州。五月初八日，水师搜贼于都昌。十三日，大捷于青山，追贼至鞋山。三十日，败贼于青山，获贼船甚伙，夺回拖罟大船，即前失公座船也。
初，杨载福国病回湘，湖南巡抚骆秉章檄令添募水师，赴鄂助剿，至是由岳州出大江剿贼于蒲圻，驻军金口。六月，公疏参江西巡抚陈启迈，劣迹较多，恐误大局。奉旨：“陈启迈着即革职，按察使恽宸先行撤任，交新任巡抚文俊奄办。钦此。”
先是，万载县知县李□，与其县举人彭寿颐以团事互相揭。刘蓉适在江西，廉得其情，颇谓寿颐才气可用。召至营，公亦器之，即檄令管带一营。启迈不允，益收系之。郭嵩焘为之解说，启迈意亦释，南昌府知府史致谔遂释寿颐，启迈怒其遽也，拘寿颐急，臬司恽光宸因执寿颐扑之。公既与启迈抵牾，于是应解营饷军火，启迈辄与留难驳斥。公积愤久，故有此奏。
水师破贼于徐家埠，毁贼船八十余号。塔齐布破贼于新坝。湖北之贼陷德安府。杨霈退走襄阳，奉旨革职。诏以荆州将军官文为湖广总督。罗泽南军抵义宁州，连破贼于梁口、乾坑、鳌岭、鸡鸣山等处，斩馘六千。萧捷三破贼于鞋山。十六日，罗泽南克义宁州。十八日，湖南提督塔齐布卒于军，公驰赴九江抚其众。李元度破贼于苏家渡，遂会水师攻湖口，破贼垒数座，焚贼船几尽，炮船驶出大江。萧捷三战殁，公驰赴青山抚其众。二十五日，公回驻南康。
八月，罗泽南上书陈利病，以为东南大势尤在武昌，得武昌，乃可控制江皖，江西亦有所屏蔽。株守江西，如坐瓮中，日与贼搏战，无益大局。请率所部由义宁出崇、通，进援武昌，引军东下，以取建瓴之势，而后内湖水师与外江声息可通，进攻九江，始有把握。此时但留周凤山一军驻江西以缀贼势，必俟武昌克复，大军全注九江，东南大局乃有转机。公深韪其言。泽南因自义宁单骑诣南康谒公，面陈机宜。适刘蓉在座，谓公曰：“公所赖以转战者，塔、罗两君。今塔公亡，诸将可恃独罗公，又资之远行，脱有缓急，谁堪使者？公曰：吾固知其然，计东南大局宜如此。今俱困江西无益，此军幸克武昌，天下大势犹可为，吾虽困犹荣也。”
是时江西郡县惟九江、湖口未克，梅家洲、下钟山两贼垒未下。泽南谓湖口诸军，但当坚守，不宜数攻，乞公戒诸将坚持弗动，公悉从之，檄宝勇千五百人助泽南西行。刘蓉亦偕郭嵩焘送至柴桑村，因言江西三面距贼，此军去必不能支，计将安出？”泽南曰：“曾公所治水师，幸能自立，但留曾公一人在，均无足计。”嵩焘曰：“曾公意求有益于天下大局，其视此身如鸿毛，不自今日始也。”泽南曰：“天苟未忘本朝，此老必不死。”相与叹息而别。
胡林翼由金口渡江，军于奓山。杨载福、彭玉麟率水师进驻沌口，毁贼船数百号。李孟群师溃于金口，贼大举援汉阳。胡林翼师亦溃，因退军新堤，以图再举。罗泽南部署援鄂之师，自领中营，刘蓉领左营，以李续宾领右营，以彭三元、普承尧分领宝勇营，合为五千人，由义宁趋通城。
九月初五日，公进驻屏风。疏称师久无功，请交部严议。奉上谕：“曾国藩督带水师，屡著战功。自到九江，虽未迅即克复，而鄱湖贼匪已就肃清。所有自请严议之处，着加恩宽免。钦此。”
初六日，罗泽南克通城县。十四日，克崇阳县。适湖南援鄂之师溃于羊楼司，江忠济死之。泽南遣李续宾进剿羊楼。彭三元进剿濠头堡，三元战殁。二十六日，泽南亲督军至羊楼，击贼破之。湖北巡抚胡林翼进军六溪口。诏以公为兵部右侍郎。公弟国荃中是科优贡。十月初三日，罗泽南大破贼于羊楼司。二十一日，罗泽南克蒲圻县。刘蓉之弟蕃首先臀城，中炮死之。杨载福破贼于金口。
初，贼酋石达开由崇、通等县窜江西，陷新昌县，而粤东匪徒窜吉安者，连陷安福、分宜、万载等县，与石逆合，于是赣水以西乱民响应，瑞临、袁同时告警。十一月初十日，贼陷瑞州府。十一日，陷临江府，袁、吉二郡被围，南昌戒严。十五日，公檄周凤山率九江全军回南昌，以为剿办西路贼匪之计。奉上谕：“石逆贼党虽多，一经罗泽南痛剿，即连次挫败。可见兵不在多寡，全在统领得人。著曾国藩激厉在事文武，奋勉图功，殄此巨寇。至九江一路能否足资堵御，倘有疏懈，不特江西内地堪虞，并碍长江大局，该侍郎不可顾此失彼。钦此。”
罗泽南克咸宁县，乘胜至金口。与胡林翼会攻武昌，大破城外贼垒，驻营洪山。三十日，贼陷袁州。彭玉麟前乞假回衡州，闻江西紧急，问关徒步行七百里抵南康。公见大喜，派领水师，赴临江扼剿。贼既踞临江，分股踞樟树镇。十二月初四日，周凤山克樟树镇。初十日，周凤山克新淦县。贼攻吉安，江西按察使周玉衡入城守之。年终恩赏如例。
咸丰六年，正月初二日，贼犯樟树镇，刘于浔以水师击却之。周凤山自新淦回援樟树镇，遇贼于瓦山，击破之。初七日，彭玉麟大破贼船于樟树镇。初九日，攻临江贼垒，又破之。十六日，林源恩等击贼于九江，破之。二十五日，贼陷吉安府，按察使周玉衡死之。
奉上谕：文俊甫经到任，于该省地势军情，一时未能周悉，现当万分棘手之时，倘布置稍疏，难免贻误。曾国藩自抵江西，为时已久，贼情亦所深悉。此时江西匪踪几欲蔓延全省，既不能处处调兵，义不能顾此失彼，自应择其最要之处先为攻剿。着曾国藩与文俊妥速会商驰奏，以慰廑念。钦此。”
江西官军溃于乐安，贼犯抚州、建昌，城邑多小守。十八日，周凤山师溃于樟树镇，南昌戒严。公亟回省助守，人心始定。湖南巡抚骆秉章遣刘长佑、萧肩江分道赴援。皆募死士，蜡丸隐语，间行入省城，旬月始达。是时江西八府五十余县皆陷于贼，所存者南昌、广信、饶州、赣州、南安五郡耳。三月，遣彭玉麟扼扎吴城镇。邓辅纶、林源恩进剿抚州，周凤山、毕金科等助之。初八日，布政使衔，宁绍台道罗泽南卒于军。泽南自驻洪山，武昌城外贼垒铲除殆尽，殄灭有日矣，忽以雾中博战，中枪子，伤创甚，卒于洪山营次。湖北巡抚胡林翼檄李续宾统其军。
十一日，邓辅轮、林源恩克进贤县。彭玉麟御贼于吴城，却之。二十日，李元度克东乡县，邓辅纶、周凤山率师来会。二十三日，彭玉麟、黄虎臣克建昌县。二十七日，李元度、林源恩击贼于抚州，破之。四月，刘长佑攻万载县，尽平城外贼垒。二十日，刘于浔克丰城县。二十八日，杨载福率水师由鄂东下，搜毁沿江贼船，耀兵九江城外而还。十三日，贼犯吴城，彭玉麟击却之。十五日，毕金科破贼于油敦。十九日，贼援抚州，李元度击却之。六月初二日，黄虎臣战殁于建昌。初五日，贼陷饶州府。公弟国华湖南间关走武昌，乞师拯江西。湖北巡抚胡林翼以国华为总统，而刘腾鸿、普承尧、吴坤修等副之。国华率师五千人，连克咸宁、蒲圻、崇阳、通城四县。转战而东，克新昌、上高备城，遂抵瑞州府。
七月初四日，贼犯南昌省河西岸，官军渡江击破之。初九日，彭山屺、李新华赴瑞州助剿，贼屡出扑营，官军击却之。公弟国华因病来南昌就医。八月，贼大股援瑞州城，贼亦悉锐出犯，官军力战走之。吴坤修收复靖安、安义二县。公弟国华由南昌回瑞州。
公弟国荃募勇于长沙。时长沙黄冕新授吉安府知府。吉安府县均陷于贼，冕知国荃有奇略，就商防剿之策。国荃曰：“方吾兄战利，事事无所须于我，我亦从未至营相视。今坐困一隅，我义当往赴，然苦无资力募勇。君但能治饷，我当自立一军，以赴国家之急。”冕请于巡抚骆秉章，募勇二千人，以周凤山副之。以其始攻吉安，号其军曰“吉字营”。公弟国荃以一军立功天下，自此始。
九月初三日，公至瑞州劳师。初四日，李元度复宜黄县，初九日复崇仁县。元度久攻抚州不下。贼悉锐出城，与城外援贼合，官军大败，林源恩死之，元度走崇仁。南昌戒严。公由瑞州回南昌。二十八日，瑞州贼出城扑营，公弟国华击破之。国华攻瑞州，贼之出入接济者，屡被官军截击。刘腾鸿毁瑞州南城，筑新垒二座，以劲兵五千守之，贼援始绝。二十五日，江西官军、福建援军大溃于建昌，副将陈上国等死之。贼陷新淦县，刘于浔攻克之。
奉上谕：“曾国藩、文俊自八月奏报瑞州、建昌胜仗之后已及月余，未见续报。前闻贼匪多回至金陵，而江西失陷，各郡尚无一处克复。据浙江各省奏报，皆言金陵内乱，恐石逆不得志于皖楚，必窜入江西。该逆于诸贼之中最为凶悍，若令回窜江西，战据数郡，煽惑莠民，其势愈难收拾。着曾国藩乘此贼心涣散之时，赶紧克复数城，使该逆退无所归，自不难穷蹙就擒。若徒事迁延，劳师糜饷，日久无功，朕即不遽加以贻误之罪，该侍郎何颜见江西上民耶？又闻石达开与韦逆不睦，倘向曾国藩处乞降，应如何处置之处，亦当预为筹画。钦此。”公疏称石逆若归命投诚，当令献城为质，不敢贪招抚之虚名，驰防剿之实务。奉朱批：“尔等主见甚属允妥。剿抚宜并用，先剿后抚，可随时审其机宜好为之。钦此。”
十一月初一日，刘长佑、萧启江攻克袁州府。十三日，公弟国荃克安福县，进攻吉安。江西巡抚文俊奏保公弟国华。奉旨以同知选用。胡林翼攻克武昌省城。官文克汉阳府。武汉既克，胡林翼与官文商筹东征，以都兴阿统马队，李续宾统步军，杨载福统水师，而李孟群、王国才、石清吉等隶都必阿部下，连克武昌县、黄州府、兴国、大冶、蕲州、蕲水、广济、黄梅各城，耀兵九江城外。十二月，公至九江劳师，旋回南昌。年终恩赏如例。
咸丰七年，正月初五日，吴坤修克奉新县。毕金科战殁于景德镇。十七日，公赴瑞州视师。二月初四日，公父竹亭封翁薨于里第。十一日讣至营。公与弟国华自瑞州奔丧，公弟国荃自吉安奔丧，并奏陈丁忧回籍情形，湖南巡抚骆秉章亦代奏丁艰日期。奉上谕：“该侍郎现在江西督师，军务正当吃紧。古人墨绖从戎，原可夺情，不令回籍。惟念该侍郎素性拘谨，前因母丧未终授以官职，具折力辞。今丁父忧，若不令其奔丧回籍，非所以遂其孝思。曾国藩着赏给三个月回籍治丧，并赏银四百两，由湖南藩库给发，俾经理丧事。俟假期满后，再赴江西督办军务，以示体恤。钦此。”
三月，奉上谕：“曾国藩奏丁忧回籍，请派员督办军务一折，业经降旨赏假三个月回籍治丧。所有曾国藩前带水师兵勇，著派提督衔湖北郧阳镇总兵杨载福就近统带，广东惠潮嘉道彭玉麟协同调度，所需兵饷，并着官文、胡林翼、文俊源源接济，毋使缺乏。该侍郎假满后，着仍遵前旨，即赴江西督办军务，以资统率。钦此。”
四月，公奏假请在籍终制。奉上谕：“曾国藩奏沥情恳请终制一折，据称假期将满，葬事未毕，吁请在籍终制。曾国藩本以母忧守制在籍，奉谕帮办团练，当贼氛肆扰皖鄂，即能统带湖南船勇，墨绖从戎，数岁以来，战功卓著，忠诚耿耿，朝野皆知。伊父曾麟书因闻水师偶挫，又令伊子曾国华等带勇远来援应，尤属一门忠义，朕心实深嘉尚。今该侍郎以假期将满陈情终制，并援上年贾桢奏请终制蒙允之例。览其情词恳切，原属人不得已之苦心。惟现在江西军务未竣，该侍郎所带楚军素听指挥，当兹剿贼吃紧，亟应假满回营，力图报效。曾国藩身膺督兵重任，更非贾桢可比，着仍遵前旨，假满后即赴江西督办军务，并署理兵部侍郎，以资统率，俟九江克复，江南肃清，朕必赏假，令其回籍营葬，俾得忠孝两全，毫无遗憾。该侍郎殚心事主，即以善承伊父教忠报国之诚，当为天下后世所共谅也。钦此。”
五月，葬竹亭封翁。六月，公疏请开兵部侍郎署缺，仍沥请终制。奉上谕：“曾国藩以督兵大员正当江西吃紧之时，原不应遽请息肩，惟据一再陈请，情词恳切，朕素知该侍郎并非畏难苟安之人。著照所请，准其先开兵部侍郎之缺，暂行在籍守制。江西如有缓急，即行前赴军营，以资督率。此外，各路军营设有需才之处，经朕特旨派出，该侍郎不得再行渎请，致辜委任。钦此。”
八月，奉上谕：昨据给事中李鹤年奏，曾国藩自丁父忧后，叠蒙赐金给假，褒奖慰留。此后墨绖从戎，宜为天下所共谅，岂容以终制为守，经再三渎请，请饬仍赴江西及时图报等语。”军务夺情，原属不得已之举，朕非必欲该侍郎即入仕途，然如该给事中所奏，亦可见移孝作忠，经权并用，公论自在人心。现在江西军务有杨载福统带，虽无须曾国藩前往，而湖南本籍逼近黔粤，贼氛未息，团练筹防，均关紧要。该侍郎负一乡重望，自当极力图维，急思报称，所有李鹤年原折，着钞给阅看。钦此。”
九月，公复奏：“两奉谕旨，江西军务办理得手，自可无庸前往，湖南全省肃清，臣仍当在籍终制。”奉朱批：“江西军务惭有起色，即楚南亦就肃清，汝可暂守礼庐，仍应候旨。大臣出处，以国事为重，抒忠即为全孝。所云惧清议之訾，犹觉过于拘执也。钦此。”
湖北巡抚胡林翼奏请起复水帅统将，以一事权。奉上谕：“曾国藩丁忧后，奏派杨载福总统内湖外江水师，彭玉麟协同办理。业经明降谕旨，允其所请。朕因该侍郎恳请终制，情词恳切，且江西军务渐有起色，是以令其暂守礼庐。钦此。”
江西巡抚耆龄，奏请起复公弟国荃，治军吉安。奉旨敦促。先是，国荃奔丧回籍，所部吉字营勇交文翼、陈湜统带。五月，石达开大股援吉安，王錱击走之。七月，王錱破贼于广昌乐安。贼回窜吉安，周凤山败绩，惟文翼、陈湜统带吉字全军退守安福。于是王錱、刘腾鸿相继沦丧，湘军连失健将。巡抚耆龄奏派公弟国荃为总统。公念国事方艰，勉弟速行。十月，国荃抵安福，进兵薄吉安城。十一月，伪翼王石达开由饶、抚疾趋吉安，众号数十万。国荃迎击于吉水县之三曲滩，大破之。城围遂合。十二月，楚军克临江府年终恩赏如例。
咸丰八年。三月，公弟国华出赞李续宾军事于九江。
四月初七日，李续宾、杨载福会克九江府。二十日，萧启江、刘坤一克扶州府。王开化建昌府，贼窜入浙江境。五月，奉上谕：“前因江西贼匪窜入浙江，恐周天受资望较浅，未能统率众军，复谕和春前往督办。和春现在患疾未痊，刻难就道。东南大局攸关，必须声威素著之大员督办各军，方能措置裕如。曾国藩开缺回籍，计将服阕。现在江西抚、建均经克复，止余吉安一府，有曾国荃、刘腾鹤等兵勇足敷剿办。前谕耆龄饬令萧启江、张运兰、王开化等驰援浙江。该员等皆系曾国藩旧部，所带兵勇得曾国藩调遣，可期得力。本日已明降谕旨，令曾国藩驰驿前往浙江办理军务。着骆秉章即传旨，令该侍郎迅赴江西，督率萧启江等星驰赴浙，与周天受等力图扫荡。该侍郎前此墨绖从戎，不辞劳瘁，朕所深悉。现当浙省军务吃紧之时，谅能仰体朕意，毋负委任。何日起程，并着迅速奏闻、以慰廑念。钦此。”
六月，公治装由湘乡至长沙，奏报起程日期。奉朱批：“汝此次奉命即行，足征关心大局，忠勇可尚。抵营后，迅将如何布置进剿机宜，由驿驰奏可也。钦此。”七月，公由武昌历九江、湖口以达南昌。援浙诸军俱集于河口镇。公由南昌进发河口途，次奉上谕：“前因浙江军务紧急，谕令曾国藩赴浙剿办。现在衢州解围，处州等州县相继克复，境内余匪不难克日肃清。惟闽省浦城、崇安、建阳、松溪、政和等处贼势蔓延，亟应赶紧剿办。和春等现饬周天培于援浙兵勇，内挑选精锐三千数百名，由龙泉一带进剿；饶廷选带漳州兵勇亦驰往浦城。曾国藩业已奏报起程，即以援浙之师由江西铅山直捣崇安，相机进剿，迅将闽省各匪一律扫除，毋少延误。钦此。”
八月，公抵河口营。闽贼窜扑广丰、玉山两县，官军击却之。公弟国荃攻克吉安府，江西全省肃清。奉旨：“曾国荃以知府遇缺即选，赏加道衔。”闽贼陷安仁县，公遣张运兰克其城。刘长佑败贼于新城，贼退入闽境。九月，公驻建昌府。弟国荃率师来会，旋回湘。
十月，李续宾偕公弟国华战殁于三河镇。先是，八月间，李续宾督兵入皖，连克太湖、潜山、桐城、舒城，军锋甚锐，当者披靡，遂以孤军深入，为贼所围，全军六千殉焉。国华英略盖世，李续宾尤中兴名将，于是全楚大震。湖广总督官文、湖南巡抚骆秉章并奏请公移师援皖。奉上谕：“皖北贼势鸱张，楚省边防吃紧。此时闽省之贼南趋漳、泉，距江西渐远，若照骆秉章所请，令该侍郎移师赴皖，而留萧启江所部四千余人防守江西，亦未始非权衡缓急之计。惟曾国藩所部各军多染疾疫，前奏尚须休息，且景德镇尚有大股逆匪，随剿随进，亦非计日可到。著曾国藩豫为筹度。如果闽省兵勇足资剿办，而江西边境防剿有人，自以赴援皖省尤为紧要，不独庐州省城可收南北夹攻之效，即上窜湖北之路，亦可借资堵扼。倘因江州等处尚须兵力，一时不能移军，或须俟景德镇股匪歼除再回楚北，亦着斟酌具奏。钦此。”公复奏：“论大局之轻重，宜并力江北，图清中原；论目前之缓急，宜先攻景德镇，保全湖口。”旨如议。年终恩赏如例。
咸丰九年正月，奉上谕：“曾国藩奏伊弟曾国华殉难情形一折。候选同知曾国华在三河镇殉难，当经降旨追赠道员，从优议恤。该故员历著战功，一门忠义，著加恩赏给伊父曾骥云从二品封典，以示褒嘉。钦此。”又奉上谕：“曾国藩奏遵筹全局、请添马队进取一折。该侍郎统筹全局，意在并力大江两岸，为节节进剿之计，所见甚是。汝弟曾国华在三河阵亡，可悯可嘉，该员之子例有应得世职。本日复明降谕旨，赏给伊父曾骥云从二品封典，以示褒奖矣。钦此。”
公疏称“胞叔曾骥云，臣在侍郎任内恭遇两次覃恩，貤封正一品光禄大夫，兹复渥荷褒嘉，诰轴则祗领新纶，顶戴则仍从旧秩。”奉上谕：“前因曾国华殉难，赏给伊父曾骥云从二品封典。本日曾国藩谢恩折内声明曾骥云曾邀正一品封典等语。所有曾国华之子曾纪寿著加恩，俟及岁时，由吏部带领引见，以示朕褒崇忠节，有加无已之至意。钦此。”
二月初三日，萧启江攻克南安，收复崇义县。是时闽省肃清。公移驻抚州。四月，公弟国荃到抚州营，偕公行释服礼。旋派国荃统湘军五千八百人赴景德镇助剿。时湖南宝庆之贼图窜四川，湖广总督官文奏请饬公带兵入蜀。奉上谕：“官文奏请饬曾国藩迅赴夔州一折。详览该大臣所奏各情，实为通筹大局起见。本日已谕令有凤派兵扼要严防，惟该省兵力恐不能当此悍贼。曾国藩前派萧启江带兵援剿湖南。现在湖南吃重，此一军自末能调回。此外如江西、湖北等兵素称得力，着曾国藩即日统带，由楚江前赴夔州扼守，以据两湖上游之势。倘贼踪窜至，即可有备无患。至江西景德镇之贼，尚未剿平，着曾国藩斟酌情形，咨商耆龄妥为布置，俾得迅扫逆氛，不至顾此失彼。钦此。”
六月，公弟国荃至景德镇，三战皆捷。十四日，克景德镇，贼窜浮梁县，国荃追败之。十五日，克浮梁县，贼窜徽州。江西肃清。公疏称“曾国荃系臣亲弟，不敢仰邀议叙。”奉上谕：“现在江西全省一律肃清，剿办甚为得手。曾国藩调度有方，交部从优议叙；在事出力之道衔候选知府曾国荃，着免选知府，以道员用。钦此。”
七月，公弟国荃率师至抚州。公由抚州至南昌。公弟贞于原名国葆从军于黄州，湖北巡抚胡林翼奏留赞助军事。公疏称臣拟先驻湖北宜昌等郡，如贼果入川，再行酌量前进。”奉上谕：“该侍郎所称驻扎宜昌等处即可稳占上游，但为镇守湖北起见，尚未筹防蜀省。该侍郎当熟思大势，详悉驰奏。钦此。”又奉上谕：“曾国藩虽先驻宜昌等处，仍当侦探贼情，如宝庆一带未能邀其入川之路，即当亲督兵勇赴蜀，以便调度堵剿机宜，未可迁延贻误。钦此。”旋又奉暂留兵勇赴徽会及酌拨兵勇留防江西之命。
八月十一日，公至黄州。途次奉上谕，官文奏皖省贼势日张，筹议由楚剿办一折。皖省粤匪与捻匪勾结，蔓延日甚。官文以宝庆解围，败贼悉数南窜，川省已有备无患，请饬曾国藩缓赴川省，暂驻湖口，分军四路进剿皖省，所筹实于大局有益，曾国藩如已起程赴鄂，着与官文商酌。如湖南大局已定，川境可保无虞，即暂驻湖北，调回湖南各军，为分路进剿皖省之计。钦此。”
二十三日，公至武昌。胡林翼委公弟贞干回湘募勇。九月，公回驻黄州之巴河。漕督袁甲三奏两淮糜烂，请饬公军由河南光固进剿，遏贼北窜。奉上谕：“袁甲三等所虑不为无见，着官文、曾国藩、胡林翼再行悉心筹酌。此次官文等会筹大举，关系全局利害，总须计出万全，不妨稍迟时日也。钦此。”
十月，公弟国荃率所部吉字营至巴河，请假回籍。公弟贞干领所招湘勇至鄂。公献四路进兵之策。略云：第一路，由宿松、石牌以窥安庆，臣国藩任之；第二路，由太湖、潜山以取桐城，多隆阿、鲍超任之；第三路，由英山、霍山以取舒城，臣林翼任之；第四路，由商城、固始以窥庐州，调回李续宾任之。复因旋因目疾请假。奉上谕：“曾国藩赏给一月，在营调理。该侍郎一路兵勇，即待另筹，而李续宾亦系独当一面，母病给假，是四路中已有二路急难进征，于皖北待援情形实有缓不济急之势。至所称先围安庆兼捣庐州等语尚属周妥，但恐言之易而行之难。所有前谕派出一军取道光、固、颍州，绕出怀、蒙以北之处，仍着悉心筹酌办理。钦此。”十一月，公由黄梅移驻宿松县。十二月，胡林翼进军英山，公弟贞干从之。年终恩赏如例。
咸丰十年正月，伪英王陈玉成犯小池驿，多隆阿、鲍超合击破之，毁贼垒七十余座，克太湖、潜山等县。捷闻。诏公交部优叙。二月，公叔父高轩封翁讣至，公请假四十日。三月，李续宜假满来皖会议，以公所部攻围安庆，多隆阿攻围桐城，李续宜驻军青草塥以为援。闰三月，公弟国荃自湘来营，率师攻安庆，驻扎集贤关。是为规取安庆之始。江南大营溃败，和春、张国梁死之。两江总督何桂清退走常熟，苏、浙戒严。
四月，奉上谕：“江浙安危在于呼吸。曾国藩现扎安庆，若与杨载福率领所部水陆各军迅由东流、建德一带分剿芜湖，并入宁境，以分贼势而顾苏、常，于东南大局实有裨益。惟安庆贼势颇重，曾国藩能否舍安庆而东下，着酌量情形，相机办理。有人奏左宗棠熟悉形势，运筹决汁，所向克敌，现在贼势披猖，东南蹂躏，请酌量任用等语。应否令左宗棠仍在湖南本籍襄办团练等事，抑或调赴该侍郎军营，俾得尽其所长，以收得人之效，并着酌量办理。钦此。公疏荐“左宗棠刚明耐苦，晓畅兵机，请破格录用。”奉旨：“左宗棠以四品京堂候补，襄办公营军务。钦此。”
是时苏常相继失守，巡抚徐有壬殉难，总督何桂清逮问。诏假公兵部尚书衔，署理两江总督。并谕军情紧急，务当兼程前进，保卫苏常，收复失陷地方。于是公悉以围攻安庆之师，命弟国荃任之。且疏称“围攻安庆为克复金陵张本，此军断不可撤”。因献三路进兵之策。奉上谕：“曾国藩奏统筹全局一折甚合机宜，着照所拟办理。胡林翼奏保之左宗棠一员，已有旨赏给四品京堂，令其襄办曾国藩军务矣。钦此。”五月十五日，公自宿松进发祁门，奏报起程日期。并疏陈预筹淮扬、宁国、太湖三支水师，荐保彭玉麟任事勇敢，励志清苦，有古烈士风，堪胜总办水师之任。旨报可。六月十一日，公至祁门县。奉上谕：“曾国藩现已抽兵万人进驻祁门，俟鲍超、张运兰李元度到后即行分路进兵，具见胸有成见，谋定后战。惟苏省待援迫切，该署督惟当催今鲍超等迅速来营，会筹进剿。但能援师早到一日，即早一日救民水火，实深殷盼。该署督兵勇，未可轻率前进，宜加持重为要。”又奉谕：“徽、宁等府本国藩兼辖地方，该处国务，并由该署督督办。自觉事权归一。钦此。”盖皖南督师张芾被人弹劾也。廿四日，奉上谕：“两江总督著曾国藩，补授为钦差大臣，督办江南军务。钦此。”七月，奉谕：薛焕僻处海隅，兵力单弱，苏、常无重兵攻剿，都兴阿尚在英山，江北各军无人总统，深恐贼势北趋。曾国藩现授为钦差大臣，事权归一，著即飞催左宗棠各军由池州、广德分路进取，规复苏常。其江北一带，尤为紧要，应如何布置之处，著先行筹画。钦此。公具疏谢恩。奉朱批：“卿数载军营，历练已深，惟不可师心自用，务期虚己用人，和衷共济，但不可无定见耳。钦此。”
是时江浙遍地皆贼，纷纷请援。或请救援宁国，或请由严州进援浙江，或请统师南下，规复苏常。朝旨日相寻问。公疏称“左宗棠、李元度、鲍超、张运兰均未到皖，皖南危乎其危，何能屏蔽浙江，更何能规复苏、常？目下惟有急援宁国而已。”八月，奉上谕：“张芾着来京，皖南军务统归曾国藩督办。周天受著交曾国藩差委。钦此。”
张运兰、李元度、鲍超相继到祁门。十二日，贼陷宁国府，周天受死之。遣李元度接办徽州防务，任事十日而城陷。贼趋祁门甚急。适左宗棠军次南昌，公檄赴乐平、婺源之间，以备截击。又闻夷氛犯阙，銮舆出狩热河。公与胡林翼疏诸带兵入卫，日夜筹商北援之策。寻和议成。奉上谕：“皖南北均当吃紧，该大臣等一经北上，难保逆匪不乘虚窜，扰完善之区，江西湖北，均为可虑，曾国藩、胡林翼均无庸来京。该大臣甫接皖南防务，连失两郡，虽属饷绌兵单，究属策画未密，著振作军心，再接再励，勿以一挫之后即损军威。李元度谋勇兼优，此次失衂，殊属可惜，人材难得著即迅速查明下落。钦此。”
十月，贼由羊栈岭陷黟县，鲍超、张运兰击走之。左宗棠军次景德镇，大破贼于贵溪，连克德兴、婺源二县。十一月，贼陷建德、东流两县。杨载福击贼于南陵县，拔出难民十余万人。贼犯湖口，彭玉麟击却之。贼屡次窥犯祁门，鲍超、张运兰邀击于卢村，大破之。贼出羊栈岭，公营始安。是月，伪英王陈玉成大举援安庆，公弟国荃击走之。年终恩赏如例。
咸丰十一年正月，贼由石埭县分两路趋祁门，江长贵败之于大洪岭。贼犯景德镇，左宗棠、鲍超迎击于洋塘，大破之。贼之窥祁门者，屡被官兵击退，遂悉锐再犯景德镇，冀绝官军饷道。二月，陷之。公度粮路已断，惟急复徽州，可通浙江之米。三月，亲至休宁，督攻徽城。不克，仍回祁门。而贼之环攻者不已，誓以身殉国，自书遗嘱二千余言寄其家。公生平艰苦之境，以靖港、鄱湖、祁门三处为最。左宗棠大败贼于乐平，三战皆捷，斩首数万。贼攻建昌、抚州不下，围攻不下，遂陷吉安府，官军旋复之，乃陷瑞州府踞之，于是祁门之路始通。
四月，公移驻东流县。疏称三品京堂左宗棠迭破巨寇，勋绩甚伟，请御赐珍物，以示旌异。又清左宗棠改为帮办军务，俾事权渐属，储为大用。旨均报可。左宗棠追击贼于广信府，贼窜入浙江境。瑞州踞贼分扰武宁、义宁、奉新等县，遂窜入湖北，连犯兴国、大冶、通山、崇阳等州县。胡林翼遣军堵剿之。
五月，贼由羊栈岭陷黟县，朱品隆、江长贵、张运兰等攻克之。十四日，张运兰克复徽州府。二十二日，左宗棠收复建德县。六月，胡林翼自太湖回援武昌，遣兵收复武昌所属各城邑。伪忠王李秀成犯南昌，公遣鲍超驰援之。六月，胡林翼遣军克德安府。鲍超追击贼于丰城，大破之，斩首万人。公疏称鲍超盛暑鏖兵，所向克捷，请颁珍物，以示旌异。旨报可。
八月初一日，公弟国荃攻克安庆省城。先是，公弟国荃围攻安庆甚急，伪英王陈玉成屡援不利，乃由英霍上犯湖北，连陷黄州、德安各郡县，派其党守之，牵制鄂军，而自率悍贼三万东援安庆，扎营菱湖中段，隔断国荃与其弟贞干之师。公遣杨载福助守营濠，而另调多隆阿邀击于桐城之练潭，斩首万计，以分援贼之势。陈玉成于三月十八日至安庆，扑攻二十余日。国荃凭壕堵御，贼百计弗能犯。四月初八日，陈玉成遁至桐城。十一日，国荃偕鲍超分攻菱湖、赤岗岭贼垒，弗克。国荃掘长壕以困之。菱湖贼垒十九座，并包于长围之内。四月，鲍超、成大吉攻赤岗岭贼垒，七日始下之，尽歼其众。
六月，国荃大捷于菱湖，毁贼垒十九座，斩级八千。七月十六日，陈玉成率伪辅王、伪章王、伪于王众十余万，以少半驻桐城，牵制多隆阿一军，以多半趋安庆，拊官军之背。攻扑六昼夜，国荃力战却之。廿二日，贼复悉锐来犯，国荃破之，贼党大溃。八月初一日，国荃用地道轰裂，克其城，城中悍贼无一漏网者。于是安庆陷贼九年矣。公弟国荃昼夜围攻，克此雄都。是为肃清东南之始。初七日，公至安庆受俘。
初十日，接赞襄政务大臣咨文，惊闻七月十六日文宗显皇帝宾天。公自以十余年来受大行皇帝知遇，值四方多难圣心无日不在忧勤惕厉之中。今安庆克复，不及以捷报博玉几末命之欢，伏地恸绝。十八日，接奉哀诏，设次行礼。又奉赞襄王大臣寄奉上谕：“曾国藩驰奏克复安庆省城等语。据称即用道曾国荃爽称官军用地雷轰倒安庆北门城垣，逾壕登城，杀毙长发捻逆二万余人，该逆赴江内湖内凫水遁窜，又经水师截杀，城内悍贼无一得脱，逆首陈玉成胆落退去等情，洵足以伸天讨而快人心。所有详细情形，著官文等查明速奏。钦此。”又谕曾国藩调度有方，著赏加太子少保衔；曾国荃于围攻安庆时智勇兼施，著赏加布政使衔，以按察使记名，遇缺题奏，并赏穿黄马褂。候选训导曾贞干，著免选本班，以同知直隶州知州选用，并赏戴花翎。钦此。”又谕：“候选同知曾国华，前在三河殉难。今其兄曾国藩、其弟曾国荃、曾贞干率师剿贼，克复安庆，一门忠义，深堪嘉尚。曾国华着加恩予谥，以彰忠烈。钦此。”子谥愍烈。
于是，杨载福克池州府、铜陵县，多隆阿克桐城、舒城、宿松、黄梅四县，鲍超追贼于抚州处，大破之。江西肃清。凡公部诸军所向皆捷。二十六日，湖北巡抚胡林翼卒于武昌军，诏以李续宜为湖北巡抚。
九月，公弟国荃进军庐江县，连克泥汉口、神塘河、运漕镇、东关等城隘。军威所至，势如破竹，駸駸有直捣金陵之势矣。十月初六日公弟国荃回湘募勇。旋奉旨赏给头品顶戴。十八日，奉上谕：“钦差大臣、两江总督曾国藩，著统辖江苏、安徽、江西三省，并浙江全省军务，所有四省巡抚提镇以下，悉归节制。浙江军务著杭州将军瑞昌帮办，并著曾国藩速饬太常寺卿左宗棠赴浙剿贼，浙省提镇以下均归左宗棠调遣。钦此。”又谕：“本日已明降谕旨，令曾国藩节制四省军务，该大臣自不能不统筹兼顾。至都兴阿在江北剿办粤匪，袁甲三在皖北剿办捻匪，遇有紧要军务，著该将军等会商曾国藩办理。钦此。”
公上疏力辞，且荐左宗棠前在湖南赞助军谋，兼顾数省，其才实可独当一面。请明降谕旨，令其督办浙江全省军务。奉上谕：“曾国藩奏沥忱恳辞一折。该大臣谓遥制浙军，不若以左宗棠专办浙事，请收回成命等语，具见悃忱真挚，有古大臣之风，深堪嘉尚。惟左宗棠业已降旨，令其督办浙江军务，并准其自行奏事。江浙军情本属一气相关，该大臣思虑所至，谅无不协办同心，相资办理。节制一事，该大臣无得固辞。钦此。”
十一月，多隆阿收复三河镇。二十六日，奉到大行皇帝颁赏遗念御衣一箱。二十八日，贼陷杭州省城。张玉良战殁，将军瑞昌、巡抚王有龄等死之。十二月，鲍超破贼于青阳，朱品隆破贼于徽州，左宗棠分兵破贼于大鳙岭。诏授左宗棠为浙江巡抚。彭玉麟为安徽巡抚。玉麟两疏力辞巡抚之命。公疏称玉麟素统水师，舍舟登陆，用违其长。且江面太长，照料匪易，请另简皖抚，俾得仍领水师，于南北大局两有裨益。奉旨，彭玉麟以兵部侍郎候补。旋授兵部右侍郎。以李续宜调授安徽巡抚，严树森调授湖北巡抚。
同治元年正月初一日，诏授公以两江总督、协办大学士。初四日，诏授公弟国荃为浙江按察使。公因浙江失守，自请严议，并与左宗棠通筹全局，以图补救。疏入。奉上谕；“曾国藩、左宗棠各奏浙陷徽围，通筹全局，以图补救，并请调各路兵饷各折片，当即降旨，均照所请矣。曾国藩自请严议之处，前因浙省失陷，已将该督交部议处，毋庸更议。当兹时势阽危，该大臣受国重任，惟当与左宗棠同心戮力，以挽东南全局，方为不负委任，不在区区小节，引咎自责也。浙苏两省膏腴尽为贼有，全浙所存尚有湖部、海宁州两城，又孤悬贼中，独衢州一府尚可图存。左宗棠当如该大臣所议，择要于衢、徽、广信三府之间相机调度，以固江西、皖南边防。一俟徽围得解，调齐各军，分路进取浙江。浙江按察使曾国荃回籍募勇，即可到营。该员久历戎行，与该大臣讲求亲切，庶足与左宗棠指臂相联，以期有济。左宗棠虽经简放浙抚，一切进兵机宜，仍着与曾国藩通筹大局，不可因身任地方为职守牵制，稍涉拘泥。曾国藩节制四省，昨又简授协办大学士，其敷乃腹心，弼予郅治，朕实有厚望焉。钦此。”
大学士翁心存奏称，“苏常绅民结团自保，盼曾国藩如慈父母，请饬该大臣派一素能办贼之员驰赴通泰，由江阴常熟进捣。”奉旨：“曾国藩能否派员前往，着迅速筹办，以慰民望，以纾朕南顾之忧。钦此。”又谕“贼匪陷杭城后，势将窥伺淞沪。曾国荃募勇是否回营，著曾国藩催令统带老勇八千人赴沪助剿，既可防守上海，兼可乘虚袭攻青浦等处，为规复苏、常之计。毋失事机。钦此。”公疏荐“福建延邵建道李鸿章，才大心细，劲气内敛，堪膺封疆重寄，拟酌拨数千人，驶赴下游，以资援剿。俟该员到镇江后，请明降谕旨，令其署理江苏巡抚。奉旨谕允。先是，李鸿章赞公幕府，公疏请简放江北地方实缺，兴办淮扬水师，事未果行。
咸丰十一年十月，江苏举人钱鼎铭等赍吴中官绅书函，御轮船来皖乞师。公以鸿章才足办贼，且淮南风气刚劲，欲另立一军，以为中原平寇之用。而是时公弟国荃屡建奇功，威望大著，朝意欲其由沪图苏。公以商之国荃。国荃谓金陵为贼根本，急攻金陵，贼必以全力援护，而后苏、杭可图，公壮其谋。因以围攻金陵属之国荃，而以浙事属左宗棠，苏事属李鸿章，于是东南肃清之局定矣。
贼攻镇江甚急。奉上谕：镇江为江南北枢纽。冯子材等堵剿未能得手，业经都兴阿派詹启纶前往救援，现在贼势趋重镇江，而金陵苏常各匪，图援江北，李鸿章所统水陆各军六七千人，如能早到，不独镇江可资保卫，亦可壮江北声援，著曾国藩催令该员迅即起程，毋稍延缓。钦此。”
江苏巡抚薛焕奏，江浙两省逆匪纠众数十万，并力东趋，窜陷奉贤、南汇、川沙三厅县。宝山、吴淞口情形吃重，松江、上海危急万分。奉上谕：“逆贼李秀成悉众东趋，垂涎松沪。上海兵力不厚，岂能当此大敌？著曾国藩飞催曾国荃，将所募湘勇留防安庆，克日督带老营八千救援上海。倘曾国荃尚无实在消息，即著该大臣另派劲兵前往援应要。钦此。”金陵援贼渡江，都兴阿击贼于天长获胜。奉上谕：“都兴阿奏进攻天长获胜一折。楚师进规金陵，必由天六为进兵之地。该逆踞守天长，金陵援贼渡江，已抵仪六，声称攻扑淮扬。都兴阿兵力不厚，曾国藩节制两江，自当统筹兼顾。惟该大臣分兵援浙，防剿徽宁，又筹进剿苗练及沿江列戍之兵，为数已属不少，恐致兵分力薄。前因谕令将江南北等处饷需通筹协济，并谕派员整顿两淮盐务，若得此巨款，不必专仰给湖北、江西饷项，自可裁汰疲弱，添募新勇，拨给都兴阿统带。至上海关税，每岁可得数百万，昨谕曾国荃带勇八千赴沪，力保该大臣饷源，且可进攻苏常，牵制贼势。现在江浙遍地贼氛，只有镇江一隅为进兵适中之地，著催李鸿章迅速赴镇，迟则此着又恐落后。该大臣身任统帅，事非越俎，不必稍避嫌怨，总期于事有济。江浙军务，朕惟该大臣是赖。钦此。”
是时众论纷歧，多以图浙图苏，期效旦夕。公力主持重，扼上游以固根本，不敢为轻易进兵之谋，亦不敢以末来之事率尔入奏。奉上谕：“曾国藩、左宗棠、李续宜均负时望，卓著战功，迭经先后任督抚，畀以重任，原冀合力通筹，挽回东南大局。前经曾国藩等奏称克复漕镇、无为，方冀东征之帅可以直下江南，乃自去冬以来，该督抚等奏报甚稀，几于月仅一至，而浙省府县叠次报陷，苏省松沪警报频来，皖北则苗练与发逆交乘，围颍甚急。朕以冲龄践祚，荷蒙两宫皇太后孜孜求治，举贤任能，每于该大臣等所陈规画，言听计从，而该大臣等章奏寥寥，南服倦怀，殊深廑念。现在曾国荃是否到营，李鸿章是否到镇？鲍超进规宁国是否得乎？多隆重阿等曾否分攻庐、寿？杨载福何时销假，与彭玉麟并图东下？著分别速奏。钦此。”
公分务复奏：一、曾国荃新募湘勇，二月底右抵安庆。回湘后，因辰沅有贼，留湘防守，已催令二月回营。一、李鸿章新募淮勇五营，另拨湘勇数营，二月可以成军，拟由陆路赴镇江。一、进攻金陵，必俟脚跟已稳，而后可图进取。一、颍州被围，李续宜已派兵赴援。一、谋浙宜从衢严之间下手。现在左宗棠屡获大胜。一、松沪告急，拟借洋兵防守。并陈奏报甚少，盖亦有故：一则不轻奏谣传之言；一则不轻奏未定之事；一则不轻奏预计之说。嗣后拟十日奏事一次，有急则加班具奏。
奉上谕：“前因该大臣奏报稀至，寄谕垂询。兹据历陈所以奏所较稀之故，不欲以未定之事、预计之说及谣传等词遽行入告，系属敬慎将事，各路军营往往以游移无据等词轻率驰奏，本属近来军营陋习。曾国藩自前次寄询之后，业已两次奏到军情，已属不少。此次奏称，拟定十日奏事一次，有警则再加班，转觉近于拘滞，况军营报奏原定无期，其疏数视军情之缓急。该大臣仍当毋失常度，力求实济，正不必变更前辙也。原折存留备览。钦此。”
公屡疏力辞力制四省，二月，奉上谕：前因江浙军务统帅需人，令曾国藩节制四省，以重事权。旋据该大臣奏陈，自受任两江总督，于皖则无功可叙，于苏则负疚良深。并称用兵之道贵得人和，而勿尚权势；贵求实济，而勿争虚名。恳请收回成命。当谕令仍遵前旨，节制四省，以收实效。兹据该大臣奏称接奉恩谕，再陈下情。现在诸道出师，将帅联翩，权位太重，恐开斯世急权竞势之风，兼防他日外重内轻之渐，恳仍收回成命各等语。在曾国藩远避权势，自应如此存心，方不至启骄矜之渐，而国家优待重臣，假以事权，从前本有成例。曾国藩晓畅戎机，公忠体国，中外咸知。当此江浙军务吃紧，生民涂炭，我两宫皇太后孜孜求治，南望增忧，若非曾国藩之悯忱真挚，亦岂能轻假军权，该大臣务当力图攻剿，拯生民于水火之中，毋许再行固辞。钦此。”
适值三载考绩，朝廷举行黜陟钜典，奉上谕：“协力大学士两江总督曾国藩督军剿贼，勤劳罔懈，于江皖地方，叠复名城，战功卓著，甄拔所部将，行贤能称职，前经简授协办大学士，仍着交部从优议叙。钦此。”同时疆臣膺上考者，大学士湖广总督官文、四川总督骆秉章二人而已。
公疏称谋浙之事，必俟左宗棠进攻严州，蒋益澧进驻衢州，鲍超进抵宁国，乃有下手之处，不敢过求速效，以至债事，并报徽州解围情形。奉上谕：“曾国藩所筹浙省进兵情形，虽办理稍形迟缓，然舍此别无可筹之策，已照该大臣所拟，谕知左宗棠妥筹办理。徽郡解围，则朱品隆一军自可节节进剿，与鲍超会攻宁国。鲍超前已赏穿黄马褂，昨又简放浙江提督，自当益加奋厉，疏通入浙之路。其余将弁中有勇往直前者，该大臣不妨先行奏请，以鼓其气。操纵驾驭，全在该大臣调度得宜，不必稍涉嫌疑。前谕该大臣保奏闽省督抚及江浙等省司道，谅已斟酌有人。如有堪膺封疆之任者，该大臣仍当访察，具奏朝廷。黜陟之权，原非封疆大吏所能侵越。第该大臣简任纶扉，督师江皖，膺股肱心膂之任。朕畴咨岳牧，询访甚殷，该大臣图济时艰，不当稍有避嫌之见，方合古大臣知无不言之义。嗣后如有所知，不妨密封呈进，以备采择。钦此。”
初九日，左宗棠克遂安县。十五日，公弟国荃率新募湘勇六千抵安庆。诏授国荃为江苏布政使。并谕该员系两江总督曾国藩弟，例应回避。惟该省军务紧要，需员办理，无庸回避，以资得力。钦此。”公具疏谢恩。且云，“臣弟国荃暂不接印视事，饬令攻取巢县、含山、和州、西梁山等处，冀与袁甲三、都兴阿各军粘连一片，庶金陵有规复之期，大局有转旋之势。”
二十四日，公弟国荃率师东下，前锋陈湜、萧孚泗等破贼于铜城闸。三月初十日，李鸿章师次上海。初八议定鸿章一军取道巢含，前赴镇江，朝旨敦促者屡矣。适江苏绅士钱鼎铭、潘馥等备银十八万两，雇轮船来皖迎师。公遂檄鸿章初八日开行。湘淮各军分起下驶，径抵上海。
鸿章部将程学启者，桐城人。自贼中自拔来归，旧隶公弟国荃部下，最称骁猛。郭松林者，湘潭人。始以亲兵随公弟国荃攻安福县，首先登城，遂为国荃所知。厥后克吉安府、景德镇、浮梁县，无役不从。国荃之克安庆也，学启与松林战功尤多。二人者，皆湘军之良也。淮军之兴，肇端于六安李元华，一时名将，如刘锦传，潘鼎新辈，多半为元华旧部。鸿章之赴上海也，择湘淮军中之精者挟之以行。初至时，洋人见我军衣冠朴陋，辄讥笑之。鸿章曰：“兵贵能战，岂在华美？迨吾一试，笑未晚也。”旋奉旨以李鸿章署理江苏巡抚。
十三日，公弟贞干破贼于荻港、旧县、三山夹等处。十五日，公弟国荃破贼于望城冈。十五日，鲍超克青阳县。十八日，国荃破贼于铜城闸，遂克雍家镇、巢县、含山县。二十一日，贞干克繁昌县。二十二日，国荃克和州。鲍超连克石埭、太平二县。二十三日，国荃克裕溪口，遂克西梁山。沿江北岸贼垒悉破平之。二十七日，贞干破贼于鲁港。二十八日，鲍超克泾县。三十日，贞干克南陵县。此次公弟国荃贞干分南北岸东下，浃旬之内，连克名城要隘。西梁山古称天险，逆贼恃为金陵门户，竟以轻兵夺获雄关。而左宗棠之军连获胜于江山、常山之境，声威大振。公疏称“曾国荃、曾贞幹系臣胞弟，不敢仰邀议叙”。
奉上谕：“曾国藩调度有方，本当再沛恩施，用彰殊眷。惟该大臣民前次疏称一门之内，数月之间，异数殊恩有加无已，感激之余继以悚惧，恳求金陵未克以前不再加恩等语，应即俯如所请。至曾国荃等宣力戎行，连克要隘，洵足以褫贼魄而快人心。曾国荃着交部从优议叙。曾贞干著赏给迅勇巴图鲁名号。朝廷赏功罚罪，一秉大公，非独在厚于该大臣也。该大臣惟当督饬曾国荃等乘胜进攻，尽歼丑类，同膺懋赏，毋再固辞。钦此。”
四月初二日，张运兰克旌德县。初五日，彭玉麟率水师进攻金柱关。十五日，多隆阿克庐州府。伪英王陈玉成遁入寿州，苗沛霖缚献胜保军前，斩之。二十日，公弟国荃引军南渡。会彭玉麟克太平府，遂克金柱关、东梁山、为锁钥尤以芜湖县。
奉上谕：“逆匪窜踞金陵，以芜湖为屏障，以东、西梁山、金柱关为关锁。彭玉麟、国荃定计水陆会攻。国荃率马步十五营近逼金柱关下，玉麟派水师从上游环击，该逆我军牵制，曾国荃乘间疾抵太平府北门。该逆骇走，闭关不及，我军拥进，斩首三百余级，遂将府城克复。彭玉麟瞭见曾国荃绕出三汊河，遂分水师为三队，以二队守险，以一队攻金柱关。贼于烈焰中冲突而出，积骸满渠，即时攻克金柱关，并将三汊河、上驷渡数十垒一律毁平。彭玉麟另派黄翼升袭破东梁山，进次芜湖。曾贞干率所部遁江而进，与黄翼升会攻，群贼溃奔，立将芜湖克复，并克烈山石垒二座。曾国藩调度各军，叠克名城要隘。现在九洑洲亦将得手，指日可抵金陵。惟江北都兴阿一军尚形单薄，宜如何添兵布置，以防逆匪北窜，该大臣亦须妥筹兼顾。钦此。”
五月初一日，公弟国荃进攻秣陵关。秣陵关者，金陵之雄镇，亦大胜关之古辅也。维时贼备未严，官军掩至，守关贼酋举关降。官军绕出三汊河后进逼大胜关，编木作桥。初二日，国荃派军先伏桥边，而以后队六营掩旗疾进。贼见我军抄后，惧为长围所困，乘夜纵火，弃巢而走，官军追击败之，遂夺大胜关、三汊河两垒平之。
时彭玉麟驻金柱关，闻国荃悬军深入，恐为贼乘，急调水师策应，由烈山驶近头关。彭适国荃亦于初三日昧爽整旅而来，水师于狂巨浪之中排炮仰击无少休，陆军乘之，立拔头关。彭玉麟进攻江心洲。洲有石垒双峙，屹若坚城。水师飞炮入垒，贼亦穴墙还击。战至日晡，水师挟火具登岸，蛇行芦苇中，逼垒纵焚，火光烛天。我军跃入贼墙烧难，群丑扑火溺水，横塞江流。水师乘胜鼓枻飞行，立夺蒲包州，遂泊金陵之护城河口。国荃由陆路倚护水师，驱军直入，逼扎雨蓊台，距城仅四里耳，公弟贞干驻三汊河江东桥一带，傍水筑垒以保西路梁道。是为规取金陵之始。
初四日，鲍超攻寒亭、管家桥逆垒，悉破平之。十二日，贼纠众二万犯营，公弟国荃设伏击却之。十五日，鲍超击贼于抱龙关，进攻宁国府。奉上谕：“都兴阿奏上游水陆各军乘胜东下，将沿江各郡县及各要害次第攻克，现已进攻雨花台。都兴阿派兵由瓜州起椗，进攻观音门，踹平贼卡，并将燕子矶贼垒踏毁，期与楚军声势联络。办理甚属认真。所称金陵逆首，现在飞调伪忠逆，由苏、常统带大队援救金陵，一经官军剿败，势必铤走下游。所虑不为无见。李鸿章驻军上海，近因嘉定复被贼踞，沪城军情又紧。该署抚能否抽身赴镇，着曾国藩兼权缓急，酌量办理。钦此。”
于时李鸿章初受兵事，令程学启、刘铭传郭松林、滕嗣武、潘鼎新、韩正国进南汇县之周浦镇为北路，而英德兵自松江进金山卫为南路。四月十九日，常胜军会英德兵克奉贤县，遂克柘林。学启迫贼至南汇县城。值李庆琛军溃，太仓贼悉锐攻青浦、嘉定，洋兵败走，嘉定复陷。贼规上海，鸿章遣学启等扼守虹桥，大破之。时南汇踞贼吴建瀛、刘玉林送款于周浦守将刘铭传、潘鼎新。五月初一日，鸿章令南汇令邓贤芬入城受降，部署其众，遂收复南汇县城。贼率众万余来争，建瀛等以降众击却之。
初四日，复合川沙贼来犯。铭传督建瀛等固守，而以伏兵夹击之，贼始遁，乘胜收复川沙厅。贼既围松江青浦，复以大队分屯广福、林塘桥，而厚集于泗滨以拒我军，距学启新桥营十余里。新桥距上海三十里，贼狃官军难猝进，增垒为踞计。鸿章亲督各军深夜疾行，黎明入贼卡毁之，复以劈山炮毙贼数百。伪听王陈炳文、伪纳王郜云官以数万人分十二支围学启营，纵火周麾而呼，填壕拔鹿角。学启以枪炮御之，不及则掷砖石击，贼尸平壕。将藉以登，学启开壁门大呼，贼稍却。而贼之分股已逾新桥十余里，势且逼上海。李鸿章自统七营往援，遇贼徐家汇，奋力击之，贼乃骇散。学启瞭见旗帜，大呼出营，贼大奔。是役也，斩首三千人，解胁从数千人，夺获器械无算，于是洋人皆服鸿章之英伟，翕然听命。鸿章因疏陈助防洋兵之难恃，舍沪赴镇之非便。诏许之。遂不复议移师镇江矣。
二十二日，公弟国荃败贼于六郎桥。六月，公子纪鸿补县学生员。初六日，贼犯雨花台，公弟国荃击却之。初十日，贼复来窥营，官军复击却之。十五日，鲍超克宁国府。贼酋洪容海以宁国县城降，超用其众，克广德州。〈奉〉上谕：“曾国藩奏，踞守广州德之伪保王洪容海自诣鲍超军乞降等语。洪容海投诚后，率所部攻取广德州城，将守城悍贼阀天义，马桂功擒杀，收其众六七万人，一律剃发，呈缴伪印三百余颗，伪官照九百余张。其被胁良民，经曾国藩饬令宋国永发给护照、川资遣散。洪容海自拔来归，计取坚城，着赏给游击衔，即鼓励。此外如有献城自赎，杀贼立功者，该督抚及统兵大臣即不准过事苛求，一经奏闻，无不予以自新，恩施立沛也。钦此。”
十六日，金陵援贼大举扑营，分二十余支牵制各垒，而以悍党猛扑雨花台长壕。公弟国荃凭壕拒守，互有损伤。部将刘连捷等拔卡而出，阵斩二千余人，伪对王歼焉。贼奔溃，国荃冒雨修墙。而宁国余贼啸聚于雄黄镇者约二万人，二十四日夜勾通城贼谋袭我营。二十五日国荃遣部将易良虎、刘连捷等击走之。
七月，诏授安徽巡抚李续宜为钦差大臣。时李世忠投诚已久，扼守江北，与贼相距。钦差大臣袁甲三因病求去，朝廷许之。世忠向受甲三节制，甲三既去位，诏世忠归公节制，并谕李续宜接办后，亦应妥为驾驭。值续宜丁艰，公兼署安徽巡抚，代请赏假数月，回籍治丧，并请袁甲三暂缓交卸督师之任，均奉俞允。
十五日，李鸿章克青浦县。鸿章之图青浦也，令程学启等屯北竿山，郭松林等屯塘桥，其弟鹤章督之，连毁城外三贼卡。洋人华尔以轮船大炮助攻，城裂毁十余丈，军士咸登，贼夺路而逃，官军复截杀之，遂拔其城。鸿章遣往宁波之常胜军，亦会张景渠军攻克余姚县。捷闻。得旨嘉奖。十七日，左宗棠破贼于油埠。
八月，苗沛霖献寿州城及正阳关，李续宜命凝弟学等入守，续宜力请回籍终制，奉旨赏假百日，以唐训方署理安徽巡抚。伪慕王谭绍洸率十余万众犯上海之北新泾，李鸿章遣程学启、郭松林等分路堵御，大破贼于七宝卫。绍洸走野鸡墩，纠众复围北新泾。鸿章督军至虹桥，贼方凭河据垒，松林以五百人击破之，贼始遁。淮扬水师败贼于澱山湖。洋将华尔克慈溪县，创甚死之。左宗棠克处州府，复大捷于龙游县。
闰八月，贼犯宁国府，鲍超入城守之。蒋益澧军至浙江，克寿昌县。
公疏陈“大江以南疾疫盛行，请简派在京亲信大臣驰赴江南会办军务。”奉上谕：“大江南岸疾疫盛行，前据该大臣奏到，即深轸念，曾经寄谕进攻金陵，不必争求速效，惟求有以自立。伤亡战士并须加意拊循。兹居疏称，近日秋气已深，而疫病未息，宁国、金陵、徽、衢、上海、芜湖各军皆以疠疫死亡相继。猛将姐黄庆、伍承瀚等先后物故，鲍超、张运兰、杨岳斌等均各抱病军中，甚至炊爨寥寥。此时战守均无把握，自属实在情形。惟恳请由京简派亲信大臣前往会办，以分责任之重大，挽气数之艰难，谅该大臣亦为忧劳焦灼所迫。朝廷信用楚军，以曾国藩忠勇发于至诚，推心置腹，倚以挽救东南全局。自诸军进逼金陵，逆匪老巢已成阱槛，惟以艰难时会，诚不易得。叠经寄谕，总以毋徒求效旦夕，惟当立足不败之地，以俟可乘之机。矧兹疾疫繁兴，各军将士疲病之余，讵忍重加督责？该大臣惟宜愈矢忠诚，拊循加意，使军心益固，渗气潜除。各营疾疫将士，其各传旨，优加存问。本应明降谕旨慰劳，诚以事关军务，或恐人心疑惧，且致奸宄从而生心，贼人转益张其凶焰。我国家深仁厚泽二百余年，当此艰危时势，又益以疾疫流行，将士摧折，深虞隳士气而长寇氛。此无可如何之事，非该大臣一人之咎。意者朝廷政事多阙，足以上于天和，惟当齐心默祷，以祈上苍眷佑，沴戾全消我君臣当痛自刻责，实力实心，勉图禳救之方，为民请命，以冀天心转移，事机就顺。至天灾流行，必无遍及各营将士既当其扼，贼中亦岂能无传染？想该大臣郁愤之余未遑探询，刻下在京固无可简派之人，环顾中外，才力气量如曾国藩者，一时实难其选。该大臣素尝学问，时势艰难，尤当任以毅力，矢以小心，仍不容一息少懈也。钦此。”
是时士卒死亡大半，而伪忠王李秀成率苏、常悍贼二十余万人援金陵。十九日，围攻公弟国荃大营。贼用西洋落地开花炮前后轰击，声动天地，我军百道堵御，贼更休迭进，历十五昼夜，迄未休息。我军以大炮火球击之，烧贼无算，抵死勿去。
九月初三日，伪侍王李世贤自浙江率众数十万继至，攻扑愈猛。我军伤亡甚众，而贼之死者倍之。初五日，官军出濠击贼，破逆垒十三座，斩首数十级。十二日，贼埋地道，两穴同时轰发，土石上飞，贼众逾墙而进。前者既殪，后者复登。官军抛掷火球，间以枪炮，抢险三时，堵塞缺口，击毙悍贼数千。贼焰少衰，白昼不甚环攻，夜间仍轮班逼扑，连扎百余营于官军营壕之外，相距仅二十丈，仍暗开地道，冀乘雨夜轰裂。国荃命各军修内壕、内墙以御之，分兵连破其地洞七处。十月初五日，我军出壕，破贼垒数十座。贼悉众奔溃，自相践踏，死者无算。伪忠王、伪侍王计穷遁去。金陵大营之围始解。
是役也，忠、侍两逆悉锐合扑，志在必逞。而鲍军之在宁国者，为悍酋杨辅清、黄文金所围，不能赴援金陵，公所调浙军之蒋益澧、苏军之程学启皆以有故不得至。公弟国荃坚守四十六日，公弟贞干力战以通饷道，前后破贼垒数十，斩首数万。营中火药用尽，乃告贷于湖北、江西。将士狞目髹面，皮肉几尽。国荃左颊为洋枪所伤。军兴以来，未有如此之苦战也。
贼分股窜江北，攻九洑洲，连陷含山、巢县，国广、德州之贼陷绩溪县。国荃遣军分守东西梁山以御之。公疏陈金陵战状。奉上谕：“此次逆目李秀成等乘我军疾疫之时纠众来犯，情形危险。该大臣调度合宜，曾国荃等水陆各军均能裹创血战，转危为安，深堪嘉尚。第回思从前危迫之际，我君臣尤当同深儆惧。以迓天庥。宁国虽偶尔小挫，鲍超谋勇兼优，谅能支持。金陵援贼，经曾国荃等斩杀数万，逆胆已寒。该藩司兵力本不甚厚，顿兵坚城之下，进退两难，恐日久逆党复生诡计，非鲍超之军由东坝驰往会剿，则成相持之势。故宁防甚关紧要，非独逆贼内犯南陵，掣动大局为可虑也。钦此。”
又谕：“苏浙诸贼酋因官军逼攻金陵老巢，大举来援，号称数十万众，明攻暗袭，意图吞噬各营，台犯上游，贼计甚为狡恶。经曾国藩饬令曾国荃督率各营将士，以孱病之余，当穷凶之寇，苦战力守四十余日，以寡敌众，出死入生，竟能力挽危机，保全大局，伪忠、侍两逆渠计索鼠窜而去，金陵大营危而复安。详览折中所叙战状，各营将士坚忍奋力，谋勇兼施，深堪嘉尚。全营立脚已定，仍应严密防守，徐图进攻之策。苏州等处援贼经此惩创，自不复敢正视。惟伪忠逆回苏之后，分党留守金陵，并分股力攻九洑洲，李世忠未知能否堵御？宁国、旌德同时吃紧，鲍超、张运兰、朱品隆诸军尚属羸病之余，著曾国藩照所拟各策分兵往援。旋奉旨，江苏布政使曾国荃着赏给江绸黄马褂料一件，小卷江绸袍料一件，白玉喜字翎管一枝，白玉柄小刀一把；曾贞干着中恩以知府用。钦此。”
当李秀成围犯金陵大营之时，谭绍洸、陈炳文复纠苏、杭、嘉兴贼十余万，分道自昆山、太仓东犯。李鸿章遣弟鹤章败贼陆军千，郭松林败贼方泰镇，刘士奇、郑国魁会程学启破贼三江口、四江口等处。贼连营数十里，大河支港俱设浮桥，遂犯黄渡。鹤章会学启分道击贼，松林逾桥败之。贼筑卡以阻我师，松林值其半渡而击之。贼大溃，追此至安亭河。时四江口守将刘士奇等被围已久，鸿章亲督军至黄渡，绍洸部贼屯吴淞江北，炳文踞南岸。九月二十二日，鸿章令刘铭传当其中，松林当其左，学启当其右。自辰至未，鸿章望贼旗益无际签删，督战益急，松林、铭传皆逼贼营，拔签逾濠伏而前，毙黄衣贼酋数人。贼少动，乃冒烟直入。学启胸中炮子伤，裹创疾前。贼由南岸溃而北，我军三路掩杀，四江口之围始解。
十月，洋将白齐文闭松江城索饷，遂至上海大哗，李鸿章夺其兵捕治之。裁常胜军为三千人，以戈登、李恒嵩领之。十一月初一日，贼陷和州。初二日，唐义训、王文瑞克绩溪县，贼陷祁门县。初十日，唐义训、王文瑞复之。十八日，公弟候选知府贞干卒于军。十九日，水师破贼于三汊河。二十七日，官军破贼于护驾墩，毁贼船二百余号。鲍超击贼于马头镇杨柳铺，大破之。是月，左宗棠遣官克严州府。李鸿章克常熟县。伪忠王李秀成自金陵回苏州，悉锐争常熟，鸿章遣军援之。程学启败昆山贼于蟠龙镇，李鹤章、郭松林等破贼太仓境。
十二月初五日，贼陷青阳县。初九日，公弟贞干柩至安庆，公抚棺大恸，入城受吊。奉上谕：“前因知府曾贞干击退援贼，降旨询问该知府所营何处。兹据曾国藩复奏，该知府自五月驰赴江宁大营，秋间遘疾，适值援贼大至，力疾督战，解围后积劳身故等语。曾贞干自赴江南军营，屡著战功，朝廷早欲擢用，因曾国藩三恳辞，拟俟江宁克复后从优奖励。兹以力疾督战，积劳病故，悼惜殊深。虽未经曾国藩奏请给恤，而曾贞干系效力疆场、战功卓著之员，著追赠按察使，照按察使军营立功后病故议恤，以示优异。钦此。”
李鸿章胪陈贞于生前战绩，恳请逾格优恤。奉上谕：“已故知府曾贞干随同伊兄曾国藩从事戎行，治军有纪律，善拊循战士，履危蹈险，坚固不摇。咸丰十年克复太湖县城，十一年克复安庆省城，本年肃清江北各城，进攻金陵，曾贞干立功甚多。八九月间，援贼数十万人围扑雨花台，屡争官军饷道，该故员力战苦守四十余日，使贼卒不能逞，被创遁去。乃因劳苦忧思，遂致一病不起，可嘉可悯。曾贞干著照二品例议恤，并准其予谥，于本籍及死事地方建立专祠，仍宣付史馆立传，以彰忠荩。”钦此。予谥靖毅。
二十一日，公弟国荃破贼谷里村六郎桥。二十二日，萧庆衍败贼铜城闸。二十五日，朱品隆收复青阳县。都察院奏江苏监生周同珏条陈分兵攻剿常州，略云：金陵大营自曾国荃力战解围后，贼胆已寒。惟忠逆剽狡善战，必更征调援贼，并力抗拒。我军顿于坚城之下，兵家大忌，若饬都兴阿一军，速由靖江潜渡，袋取常州，使贼首尾不能相顾，金陵孤立无援，必有擒首逆以献者。”奉上谕：“现在江南大股贼匪，连陷和、含、巢三城，并欲分股宿窜仪、扬，江北万分吃紧，都兴阿断无撤令理靖江进兵之由。第苏常千里陆沉，百姓惨遭荼毒，果有机势可乘，则早复一城即早脱一日之涂炭。且奇正相生，制胜之长策，顿兵坚城，兵家之大忌。该监生所论亦不为无见，著曾国藩酌筹办理。钦此。”年终恩赏如例。
同治二年正月，贼大股围攻泾县，易开俊击却之。鲍超自宁国援泾县，攻附城贼垒，悉破平之。贼解围去。公搜获伪文，内称伪忠王李秀成调集群贼围攻常熟，拟率二十万众再犯江北，下扰扬州，上窥皖楚等语。朝廷饬公先事筹防，并饬李鸿章进取太仓，援应常、昭，俾该逆回顾苏、常巢穴，不暇径趋江北。时李鸿章遣谍密书，谕常熟死守，面檄潘鼎新、刘铭传、张树珊以三千人乘轮船赴福山。树珊营芦蒲港西；铭传营其南，跨海塘为垒；鼎新由同观山继进。垒未就而贼至，铭传、树珊击却之。鸿章遣常胜军往助铭传，复大捷。是时，浙江左宗棠之军连克金华绍必两府，汤溪、龙游、兰溪、永康、武义、浦江、桐庐各县，浙东肃清。江浙军事駸駸日有起色矣。
二十八日，公自安庆东下视师。二十九日，抵池州府。二月初一日，闻芜湖金柱关军情吃紧。初三日，驶至芜湖。初四日，周历城垒。旋赴裕溪口，侍郎彭玉麟来会，南东西梁山赴金柱关。初五日，抵乌江水营，与提督杨岳斌同至金陵之大胜关。初六日，入雨花台营。初七日，偕弟国荃周察营垒。十五日，由大胜关赴九洑洲。十六日，回舟西上。十八日，入金柱关小河，查阅龙山桥、三汊河、查家湾等处。十九至二十二日等日，由东、西梁山入裕溪口小河，查阅雍家镇、运漕镇、石涧埠、无为州等处。二十三日，由神塘河出江。二十七日，次大通。
二十八日，回至安庆。疏陈巡阅诸军详观贼势情形。奉上谕：曾国藩奏由金陵回皖，沿途查阅近日军情及密陈可惧可喜数端各折片。逆贼续由江浦县新河口营垒迤逦西窜巢、含、全椒之间，九洑洲逆垒尚未攻克，贼踪纷窜江北，时切忧思。南岸则金柱关、徽州、休宁纷纷告警。该大臣已令鲍超等军分道驰援，著即与左宗棠所派刘典之军合力攻剿，保全徽境，其刘连捷、毛有铭等营分扎地面甚宽，务与西梁山、运漕镇及无为州、庐州竭力固守，俟李续宜、江忠义到皖，兵力较厚，再行相机进取。至池州两岸及西梁山、大胜关等处，难民编苇而栖，析骸以食，死亡灰烬之余，不堪目击等情，阅之殊深悯恻。如有可为倡率捐赈之处，著该大臣酌量办理。钦此。
当公之东下视师也，贼攻常熟益急。李鸿章遣军攻太仓、昆山，冀分贼势，而另遣戈登助剿福山，遂破其城，擒贼首孝天义、朱衣点，常熟解围。三月初二日，贼自江浦上犯，围刘连捷、毛有铭于石涧埠。公弟国荃遣彭毓橘援无为州以御之。初十日，芜湖水陆各军克黄池贼垒。十一日，悉收内河要隘，毁贼舟净尽。贼遁走溧水、丹阳一带，金柱关防务解严。刘典等破贼于休宁。十七日，萧庆衍、彭毓橘、毛有铭、刘连捷合击贼于石涧埠，大破之。刘典等克黟县。十五日，李鸿章克太仓州。郭公林破贼茜□支塘。十九日，贼犯庐江县。二十一日，贼犯舒城县，蒋凝学击却之。二十二日，朱品隆破贼于石埭。二十四日，贼围六安州。二十五日，刘典破贼于黟县，贼遁入浙江界。
诏授公弟国荃为浙江巡抚，左宗棠为闽浙总督兼署浙江巡抚。并谕闽浙两省军务兵勇均归左宗棠节制。耆龄所部广勇，着左宗棠拣员统带。曾国荃即着仍统前敌之军，驻扎雨花台，一意相机进取，以图金陵，毋以浙事为念。东南军务，惟在该督抚等戮力同心，共图挽救，国家异数酬庸，谅能兼矢公忠，以副委任也。
公与国荃交疏恳辞，略云：功名之际，终之殆难，消长之机，盈则必缺。臣与臣弟函商两次，欲固辞，则颇涉矫情，思立异于当世；欲受事，则不自量力，惧贻讥于将来。不如稍安愚拙之分，徐图尺寸之功，恳乞天恩，收回成命，俯准以开缺藩司效力行间。”疏入。奉上谕：“曾国藩奏为伊弟国荃恳辞巡抚恩命，并曾国荃奏恳收回成命各折。曾国荃自统师南下以来，复沿江名城要隘。驻军雨花台，连破逆垒，与彭玉麟、鲍超等水陆诸军为规取金陵之计。朝廷以曾国荃勋绩卓著，擢授浙江巡抚，并令仍统前敌之军，一意进取，论功行赏，国家自有权衡。兹览该大臣及该抚所奏，深以金陵未复，兵顿坚城，而该大臣兄弟异数频邀，既荣授以封圻，复令驻军江南，遥领疆寄，深虞陨越，弗克负荷。在该大臣受宠若惊，固辞恩命，洵属至诚，而朝廷懋赏懋官，权衡悉当。现在军事主亟，时局孔艰，凡在臣工，正宜黾勉效忠，共期宏济。该大臣惟当督率曾国荃忠诚报国，以副委任，正不必渎辞朝命也。钦此。”
四月初二日，鲍超、刘连捷等击贼于六安州，贼解围去。初七日，公弟国荃、彭玉麟会克东关贼垒，遂克铜城。时公弟国荃围攻金陵已久，贼百计欲解围，分股由徽、宁窥伺江西，由和、含一带图犯湖北。而由湖北下窜之捻匪，自蕲水分为两股，一股回窜黄州，一股窜扑宿松，越潜、太以扑庐、桐，发捻两逆联成一片。公搜获伪文，有由舒、六面窜英、霍分道援鄂之语，因疏陈逆谋甚狡，而规画甚大情形。奉上谕：“此时曾国荃雨花台之军自不能辄自移动，堕贼诡计。湖北为数省枢纽，诚不可稍有疏失，严树森出驻团风，当不至任贼窜入。群丑蓄谋纷窜，曾国藩所部各军几于应接不暇。该大臣素能镇定，惟当毅力精心，以图万全。其浙、沪两军事机尚顺，左宗棠以杭城不难即克，而难于杜贼分窜，是以不急旦夕之效，固属老谋，此时贼既纷窜北岸及长江上游，浙、沪两军如能一克富阳以取杭州，一克昆山以取苏郡，则金陵之贼腹背受敌，或可即收捣穴擒渠之效。该大臣等必能因时审势，以赴事机也。”
又谕：“曾国藩现驻皖省，为中权扼要。其北自巢、含、舒、桐以至英、霍，贼氛密布，发、捻交乘。又值苗沛霖复叛，颍、寿、六安逆练纷纷扑扰，凶焰顿张。金陵逆党自九洑洲北渡，声言就食，不即扰及里下河等处，而直上和含，且与捻苗各匪均相勾结，殊恐贼之蓄谋，故为此包抄大举，势将围裹安庆，以解金陵之围。曾国荃之军逼城为阵，不能遽撤，曾国藩所部桐、舒守将仅能自固，鲍超一枝劲旅，往来策应，兵力已不甚厚。恐贼乘兵分备单之时，麇集群丑，四面围逼。该大臣驻扎江浙，实为东南大局安危所系，南顾弥增廑念。刻下皖事孔亟，许惟浙军尚属切近，左宗棠务与曾国藩声息相通，缓急可为援应，方为妥善。钦此。”
二十二日，鲍超军克巢县，遂克含山、和州，皖北之贼遁去。而皖南之建德，亦被官军收复，贼焰稍衰。李鸿章克昆山县。鸿章之图昆山也，部将程学启，郭松林献策曰：“昆山环城皆水，上有阳澄、巴城两湖，下有清阳江，皆阻绝不能飞渡。由陆路至苏州必道正义镇，旧有四贼营，苏州援贼屯焉。我夺而据之，断其援而绝其窜路，贼胆堕，破之易，且歼其众。”鸿章从其谋，命松林会程学启等攻正义，斩首三千余。戈登率常胜军继至，贼尽溃。伪慕王谭绍洸率众四万来争，并力败之。松林、滕嗣武扼守隘口，学启会诸将极力攻城，绍洸遁去，遂克昆、新两县。时刘铭传驻常熟之鹿苑，闻昆山既克，进攻杨舍泛，克之。
公弟国荃攻克雨花台伪城，及聚宝门外石垒九座皆下之。初，伪忠王李秀成自六安败后率众东窜，声言回救苏州。李鸿章函商公弟国荃，力攻上游，以分贼势。国荃度忠逆不回援苏巢，即窜犯扬州里下河，计莫如急争金陵老巢，攻其所必救，使城中之贼不暇远趋苏郡，而北岸之贼亦不敢专注扬州。乃于四月二十七日激励各军：先登者赏，退后者诛。漏甫二下，齐队出濠，六路并进。各路以一营为前锋，两营为策应。令李臣典、赵三元、武交清等专攻雨花台，何玉贵等攻东卡石垒，又令陈湜出中路应之，萧孚泗出右路应之，易良虎出左路应之。
前锋各营于三更时匍伏蛇行，偷近石城石垒，束草填壕，架梯欲上。贼遽惊觉，燃炮外击，我勇中炮而踣者五人，众勇辟易。李臣典立斩二卒，搴旗直前，军中无敢少后者。群以火箭火球盘空飞掷，悉入石城。天渐向明，赵三元率中军亲兵从炮台下蚁附而升。李臣典、武交清率所部从中右两路肉薄齐登。维时敌楼火发，贼方争相奔救不断，烟霾中人声鼎沸，乱锋交下，我军已夺伪城一座矣。
诸将乘胜猛攻东西南各卡，九垒皆克，群贼溃奔。萧孚泗、易良虎、陈湜追击于长干桥，蹙逼入水者无数。国荃以雨花台地段辽阔，近接城闉，贼所必争，乃抽四营驻守石城，增修六新垒以接各营之气。未几，城贼大出，潜匿附郭屋舍以诱敌，我军蓄锐不发。贼不得逞，遂绕雨花台，乘我新营未定，悉锐猛攻，抵死不退。我军四面抟击，死者大半，余贼负创，鼠窜入城。是役也，俘获二百余名，歼戮六千余人，夺获炮械无算，贼势从此衰减矣。
五月初三日，太平、石埭贼分窜林、泾县，易开俊击败之，斩首千级。初五日，江北贼由九洑洲南渡。初十日，杨岳斌以水师入浦口，复江浦县。鲍超、刘连捷等率陆军沿江进剿，与水师夹击，贼之未渡者歼焉。伏尸数万，江北肃清。十三日，公弟国荃、彭玉麟、杨岳斌会克下关、草鞋夹、燕子矶贼垒；杨岳斌、彭玉麟会刘连捷等攻九洑洲贼垒，大破之，杀贼二万人。十五日，克九洑洲，长江上下一律肃清。易开俊、刘松山连破贼于泾县。十八日，公弟国荃攻长干桥贼垒，破之。二十三日，朱品隆连破贼于青阳。
是月，伪忠王李秀成渡江至元锡，率五伪王水陆号数十万冀援江阴，窜常熟。李鸿章遣弟鹤章、郭松林、刘铭传等分御之。松林败贼陈市，铭传败贼华墅。鹤章登顾山，吹角趣诸军。贼势厚，我军多伤亡。松林越南溷，趋长泾，贼大骇愕。松林戴板挥刀荡贼阵，血染衣尽赤，贼乃溃，追至祝塘。而北溷贼援长泾，断我归路。鹤章约铭传携板曳柴潜设浮桥，以火器攻贼营，而伏大队隘口杀贼，贼大乱。是役也，铭传破北溷贼营二十七，松林破南溷贼营三十五，滕嗣武等破麦市桥贼营二十三，杀贼数万，擒伪王朝将数百酋，获贼马五百匹，船三十艘，伪印二百颗。自顾山以西贼皆尽。
六月初二日，鲍超移扎金陵神策门。初四日，苗沛霖陷寿州，知州毛维寿死之。十四日，李鸿章遣军攻吴江县，贼以城降。十六日，石埭贼陷黟县，刘典攻克之。二十二日，金陵城贼出仪凤门，犯鲍超营，又出太平门犯刘连捷营，我军皆击却之。七月初一日，贼以西瓜炮攻下关石垒，李成谋、刘连捷力战却之。初七日，江忠义等攻贼于湖口之文桥，克之。贼沿江下窜，江西肃清。初八日，公弟国荃攻克印子山贼垒。李鸿章攻克太湖贼垒，进军苏州。十七日，吴坤修破贼双斗门。三十日，公弟国荃攻上方桥贼垒，克之。
奉上谕：“金陵逆匪聚集，悍党坚守老巢，时复伺隙出战，并有白齐文投入贼中，广置炸炮，分解金陵。曾国藩务饬各营预为布置，以防轰扑，并着李鸿章于沪上及沿江隘口严密搜查，毋令洋人卖给粤匪枪炮，以断该逆接济。逆首毕萃金陵苏常，为步步进逼之计。”又谕：“金陵贼势穷蹙、官军攻剿吃紧之际，该逆困兽犹斗，势必拼死抵拒。曾国荃所奏旬日间战守各情，诸军将士皆能奋勇倍加，喋血苦战。曾国荃现在调集江浦、浦口之萧庆衍七营过江，驻扎七瓮桥河边，扼守秣陵关小河进城之路，并以金陵城大，尚须添募万人，以冀合围，克期扫荡。惟江浦、浦口街道上防兵，亦不可过于单弱，著曾国藩与曾国荃妥筹，相机办理，仍须某出万分，以期必胜。钦此。”
八月初一日，李鸿章遣军克江阴县。初刘锦传攻江阴，伪护王陈坤书来援，屡战未克，乃召郭松林会剿。松林破祝塘、横塘贼巢，追逐四五十里，遂抵江阴。贼方傍河筑木城自守，铭传出队诱贼，松林军突自山岭下，大呼曰“斫贼”，铭传益奋击，贼大溃，遂克其城。程学启破贼于宝带桥，毁其石垒一，土垒三。郭松林大捷于无锡，夺贼船百余艘，贼死者万人，失两伪王。李秀成痛哭，弃无锡而遁。
奉上谕：“李鸿章奏官军会攻苏州获胜，并踏平无锡贼垒各折。苏州宝带桥勾水陆要区，现经我军攻克，则规取苏城已成破竹之势。至无锡一路，经郭松林等协力进攻，东南两城门贼垒一律踏平，攻剿甚为得手。伪忠王李秀成已于八月十一日由金陵回苏，所带贼党甚众，金陵老巢势必空虚，我军正可乘此机会迅图攻取。著曾国藩督饬曾国荃乘机进捣，俾金陵之贼首尾不能兼顾，庶我军于该二城或有可以得手之处。钦此。”
十一日，易开俊、刘松山击贼于泾县，破之。十二日，公弟国荃攻江东桥贼垒，克之。十八日，贼袭宁国府，刘松山破之。二十四日，易开俊败贼于泾县。
是时，金陵城东尚有数隘未下。近城者曰中和桥、曰双桥门、曰七瓮桥，稍远者曰方山、土山、曰上方门、高桥门，迤南则为秣陵关，以至于博望镇，亦金陵之外辅也。公弟国荃以东路未平，不能制贼之死命，遂令萧庆衍、彭毓橘、萧孚泗等择小河纡曲之处架桥结筏，谋东渡立营拒贼。贼已先据河东筑数垒以拒我，萧庆衍迭用巨炮隔河迎击。
九月十八日，派朱吉玉、李祥和在西岸修三营为进兵之计。贼复列洋枪数千枝干堤埂，与我军对击，相持不下者两昼夜。二十日四更，李祥和等率队从下游渡河，萧孚泗等率队从上游渡河，破五土垒，歼贼甚众。俄而城贼蜂拥来争。萧庆衍一面抢筑营垒，一面麾军环进，挫贼前锐，逾时却走，而东岸之营垒已成。二十四日，贼又诸道并出，锐不可当。陈湜、彭敏橘、萧孚泗派兵扼驻其中，使双桥门以东不能通城贼之气。萧庆衍率部进取中路，战入垓心。我军小却，将士愤甚，相排竞进，贼乃靡然返窜。萧庆衍以骑队邀断归路，遂克上方门、高桥门诸石垒。而右路方山、土山之贼经熊登武等分道驰剿，亦各弃垒而奔。于是七瓮桥踞贼惶遽欲遁，萧孚泗、彭毓橘扼定东岸之左，李臣黄等遮击西岸之前。正谋前后合围，城中忽出大股，抵死来援，两军相搏，互有死伤。萧孚泗等急督各军击退援贼，仍复逼垒环攻。二十四日夜，令死士前往纵火，贼众冒烟突出，遂将七翁桥攻克。由方山而南为秣陵关，关以南为博望镇，贼环镇设卡者二，筑垒者七，上可应水阳，旁可控金柱关。守关者为朱南桂，亦国荃部将也。
九月十八日，闻鲍超将有事于水阳，朱南桂约会朱洪章、武明良等进次小丹阳，谋袭博望镇，使不能为水阳之援。夜漏四下，朱南桂衔枚疾进，以武明良为右翼、朱洪章为左翼。十九日昧爽，各军齐抵博望卡。卡贼负固死守，枪炮横飞，猝不得进。朱洪章俟贼少懈，舁巨炮至左卡，克发而殪数贼。武明良又用火箭攒射，燔及右卡，群贼骇惧，扑火争窜，我军正乘胜杀人，毁其坚卡，而垒内之贼倾巢骤至，朱南桂往来猛扑，未能略挫其锋。武明良阴率哨勇绕出头垒，逾墙而登。贼闻后路人声若沸，反顾群垒，已易官军旗帜，错愕不知所为。朱南桂等纵兵夹剿，追贼至长流嘴地方，堕河而溺者强半。乃引军回驻博望，夺获米二千石。
国荃以博望既得，则秣陵关之势孤，七瓮桥既得，则中河桥之势孤。二十五日派赵三元、伍维寿共带马步九营南略秣陵关，又派陈湜、黄润昌出七瓮桥之西，与熊登武等会师于中和桥，一战克之。而秣陵关之贼见我马步驰至，即弃釜奔溃。各营追至河干，深不町涉，仅斩尾贼二百余人而还。自是紫金山西南无一贼巢矣。
二十七日，公弟国荃亲督萧庆衍、萧孚泗、李臣典傍城抄入。鏖战方酣，俄有一酋指麾督阵。公弟国荃知为巨目，乃匿洋枪队于山麓，伺其近而击之。该酋中枪堕马，贼阵乱，有败往城中者，有不及回城转向淳化镇大路而逸者，萧庆衍、陈湜等率骑兵追至三十里外，俘获百数十人。伪章王、伪顺王仍退入城，不敢复出矣。公疏称金陵一城面面布置，据有重险，为洪逆坚不可拔之基。自克九洑洲、江东桥数隘，而西南一面已为我有。兹又克七瓮桥、秣陵关等隘，而东南一面又为我有。现令萧庆衍进扎孝陵卫，经营城北，渐成合围之局。”得旨嘉奖。
二十八日，石埭贼酋古隆贤率众降，官军收复石埭、太平二县。易开俊克旌德县。彭玉麟克水阳、新河庄等垒。
李秀成之自无锡而遁也，仍图大举，聚贼八九万踞金匮之后宅。李鸿章令弟鹤章营大桥角。秀成犯安镇，郭松林击却之。贼麇集西路，意在保无锡以援苏州。鸿章令程学肩、戈登逼齐门，击破城中援贼。而松林设伏安镇、兴隆桥，贼至伏发，骇而奔，遂毁后宅贼十一营，复进毁梅村贼营十余。秀成由麻塘来援，松林邀击走之。是月，奉到，颁赏文宗显皇帝御制诗文集。
十日初一日，彭玉麟克沧溪、长乐贼垒，遂复高淳县。
初三日，易开俊复宁国县。初七日，彭玉麟、鲍超克东坝。初九日，程学启克浒墅关。十二日，鲍超克建平县，遂复溧水县。二十五日，李鸿章克复苏州省城。先是，程学启攻苏州，累月未克。鸿章亲至学启营，周察城东南，益下令破贼。十六日，夜漏四下，军士衔枚设浮桥猛攻之，贼伏断桥下以洋枪狙击战，已达其垒矣；而常胜军伤亡多，不得进。伪忠王李秀成方由间道入城，助谭绍洸为守。十九日，我军尽出，炸炮二十余轰其垒，学启援南岸，戈登援北岸，鸿章亲督之。日过午，墙倾十余处，贼当者辄碎，伏窟中，秀成、绍洸率万人突出娄门拒战。学启令骁将王永胜、陈忠德、陈有升、周良才、龚生阳、朱宝元等分应之，稍却。常胜军肉薄以登长城，石垒皆破。秀成、绍洸遁入城。陈东友水师由黄天荡登岸，击贼娄葑门外，贼二十余营悉尽。
二十日，齐门贼自惊扰，黄翼升、况文榜水陆乘之而溃。而嘉善守将杨鼎勋以洋枪队千人会张遇春克盘门贼垒，于是我军水陆三面薄城，贼汹惧。谭绍洸最名凶急，所部粤贼皆悍党，至是犹死守。而郜云官等有贰心，密款于副将郑国魁乞降。学启单舸见云官等于城北洋澄湖，备得其要领，命斩秀成、绍洸以献。诸酋不忍于秀成，诺图绍洸。二十一日，秀成微觉之，顾事已无可为，涕泣握绍洸手为别，乘夜出胥门，由灵岩木渎水道以去。官军攻益急。
二十四日，绍洸以事召云官，携伪天将汪有为往，即坐刺杀绍洸，并杀其党千余人，夜开齐门迎降。学启令郑国魁以二营入城。二十五日，献伪慕王谭绍洸首请验，学启入城抚视。时降之列名者八人，精壮犹逾十万。方插血誓生死，乞学启请于鸿章，要总兵副将官，署其众为二十营，仍屯阊、胥、盘、齐四门，云官且未剃发。学启密白鸿章恐不可制，必诛之以定众。二十六日加午，伪纳王郜云官、伪比王伍贵文、伪康王汪安均、伪宁王周文佳、伪天将范启发、张六洲、汪怀武、汪有为并出城，请鸿章受谒，察其状诚叵测，乃骈戮焉。各军搜戮拒命者复二千余人。
二十七日，鸿章整部入城。捷闻。奉上谕：“李鸿章奏克复苏州省垣一折。览奏曷胜欣慰。本日已明降谕旨，将曾国藩交部优叙，李鸿章赏加太子少保衔，并赏穿黄马褂矣。逆匪盘踞苏城，与金陵、杭州互为犄角。此次苏城得手，他处自不难迎刃而解。惟忠逆率部万人出胥门，由光福灵岩一带小路搭船而去。此路系前次该逆由浒关潜入苏城之路，恐复自立一帜，拥众据我要隘，或窜出重围，纷扰他处。着李鸿章迅即查明忠逆下落，具奏。该逆不得志于苏，必将肆毒于浙。左宗棠务饬蒋益澧严行防剿。苏城既克，杭城贼势渐孤，著即奋力攻克，以成破竹之势。金陵至苏之路已断，恐该逆仍思铤走。曾国荃须加意慎离，乘隙图取石城。曾国藩总统诸军，尤当督饬各处带兵大员，慎益加慎，以成全功，同膺懋赏。钦此。”
十一月初二日，李鸿章遣弟鹤章、郭松林克无锡县。松林擒伪潮王黄子漋及其子黄德懋，斩之。捷闻奉上谕：“李鸿章奏，忠逆李秀成自十年春间迭陷苏杭各处，尽得东南财赋之区，日益强悍。至去岁贼势屡挫，各城反正，精锐散亡，洪逆惊惶失措，犹赖忠逆回援金陵，主持守局。该逆以苏州为分地，事急仍须反顾。其部众逆酋尤以谭绍洸、郜云官、陈炳文、邓光明、黄子漋等为尤众且悍。此次苏、锡两城之克，剿除逆酋殆尽，解散逆党数逾亿万。李秀成之巢穴既失，党羽亦孤。该抚据获贼供称，该逆踉跄西走，随行仅止两万余人，将赴金陵解围，计不得施，则挟洪逆并其母妻眷属，由浙皖交界窜走江闽，以寻回粤之路。李鸿章自入苏城，遍察贼中规画守御，颇饶贼智，深以此酋逸出江闽，仍恐蔓延为患。其常州护逆陈坤书不甚耐战，杭州之陈炳文、邓光明闻忠逆势败，思归多不愿从，惟溧阳侍逆李世贤战守俱悍，且与忠逆同恶相结，而陈、邓两逆以嘉、湖蓄粮甚多，必须死守。幸而官军各路布局皆稳，金陵、杭州再有一处得手，贼更瓦解。该抚拟即日驰赴锡城，筹布进取，令程学启等军由平望、太湖兜剿，冀与左宗棠、蒋益澧之军前后夹击，李鹤章、刘铭传等军进图常州、宜兴兜剿苏城之贼，冀与曾国荃、鲍超之军前后夹击，所筹均极周至。即著曾国藩饬令曾国荃及左宗棠联络进取，与李鸿章相为策应。该督抚等务须随时函商，层层进逼，万不可稍涉迟延。钦此。”
初五日，公弟国荃治地道轰城，未克。十二日，金陵城贼扑营，国荃击却之。十六日，贼于城外修筑营垒，又击破之。贼大股犯建平、溧水，官军力御却之。十二月，奉上谕：“据冯子材奏，接据曾国荃函称，忠逆已于十一月十一日带马队数百人，潜入金陵，步贼仍扎句容等处。现在金陵业经合围，着曾国藩饬令曾国荃密速围攻，断不可令忠逆乘隙他窜。钦此。”
十四日，郭松林、刘铭传破贼奔牛镇。先是，公林、锦传偕张树声进攻常州城外贼垒，所向皆捷，遂克盂河镇。伪章王自句容赴援，合伪护王、治王众五六万遮蔽城西南隅。周盛波等率千人绕其外，松林益击南门贼卡，贼各道受敌，乃大溃。陈坤书乞救于丹阳踞贼，城卒难下，于是松林、铭传由西门至奔牛。贼严阵以待，铭传以炸炮击其西桥前营，松林由上游攻贼东南，犄角而进，冒烟突入，斩贼数百。贼皆乱，咸夺门走。松林以马队数十突贼阵，驰骤纵横斫贼，贼奔丹阳。是役也，以官军各摧悍贼数万，将士咸称快焉。
时苗练反侧淮上，而江南之广德亦吃紧。公疏陈李世忠、蒋凝学在正阳、寿州等处启衅情节，并言鲍超只能力扼东坝，暂难分攻广德，成大吉、石清吉两军已由官文凋赴鄂省防剿，其余未可轻动。奉上谕：“览奏均悉。即着照该大臣所拟妥筹办理。惟苏常一带军情正在得手，贼势趋重丹、句、金陵，意图突围上窜，冯子材兵力苦单，鲍超之军又不能分攻，只是相持局面目久，终虑变生。该大臣仍当于慎重之中力求出奇制胜之策，方为妥善。钦此。”年终恩赏如例。
同治三年，正月初六日，宁国之贼陷绩溪县，唐义训击走之。二十一日，公弟国荃攻克天保伪城，分兵扼扎太平、神策两门，金陵城围遂合。奉上谕：“曾国荃亲督诸将攻破钟山石垒，夺回天保伪城，金陵城北之围自此始合，所办甚合机宜。惟是官兵不满五万，分布地段太长，深虑困兽犹斗，亟思一逞。曾国荃稳慎进攻，昼夜严防，必须就地殄除，毋任窜突他处，以竟全功，而膺懋赏。钦此。”
二十四日，李鸿章军克宜兴、荆溪二县。初，鸿章令郭松林徇宜兴，洋将戈登欣然请从。十九日，松林率队侦贼，败贼北门，焚其卡，东、西、北三门出贼，欲困官军，水陆分道迎击之，擒斩贼数百。松林被创。二十一日，常胜军进河东，松林等陆军进河西，水军溯流上。二十三日，东门及上湖桥贼垒俱破。伪代王黄靖忠由张渚达西氿登陆，分犯城东两，水陆军官击败之。自东氿至西氿追四十里，夺贼船行余艘，余众涕泣请降。次日，遂克宜兴、荆溪县城。是月，左宗棠军克桐乡县。
二月初一日，李鸿章克溧阳县。鸿章檄郭松林，由宜兴徇溧阳沙棠港。贼二千来降，松林受之。遂败贼于建渚，攻毁张渚贼十营。伪侍王李世贤踞溧阳久，其下吴人杰、梁柏和等思反正，未得闻。及是世贤由张渚败归，人杰等誓众闭城不纳，粤贼悉从世贤于外，乃遁湖州、泗安。人杰迎降，松林入收其城。遂进军金坛，尽毁城外贼垒。初九日，席宝田克金溪县。
十六日，李鸿章军大捷于常熟。初，常州贼陈坤书合丹阳、句容踞贼众十余万绕出常州城北，筑营数十，日犯我军，刘铭传屡击退之。鸿章弟鹤章令杨鼎勋、周盛波由南门移营城西，坤书率万余贼来争，我军力战竟日，贼始退。贼觇围城之师无可乘，乃图绕窜腹地。值阴雨旬日，贼卷旗剃发，冒雨奔驰至江阴之南闸，遂犯常熟、福山。于是苏州以西皆震。鸿章檄郭松林弃金坛勿攻，倍道归援，饬常州诸军坚壁勿战，令弟鹤章守无锡，杨鼎勋、张树声横截江阴之焦店、青旸，以阻其归，而调嘉兴、无锡、苏州各军赴常熟助守。贼方并集江阴、无锡、常熟间，而围攻常熟尤急。官军分门御贼。贼渐蔓延张泾桥，东亭，直趋无锡。鹤章登陴督守，松林援军适至，击贼于堰桥、贼始退。而贼之分犯江阴者，我军复力击败之。贼遂并趋常熟，北至杨舍、福山，南至顾山、王庄数十里皆贼。我军越虞山而下，并出东北门击贼，松林援军复由严家桥至，贼出不意，惊怖，乃大破之，毁其营。松林方过王庄，伪滕王、利王众三万踞焉。松林军突贼阵，黄式寿死之。贼旋败溃，追杀二十余里。顾山、陈市贼皆尽，常熟围乃解。
十八日，李鸿章军克嘉兴府。程学启攻嘉兴急，以洋炮毁城垣百余丈，贼负土堵城。学启挥旗，诡欲登城。俟贼益聚，乃燃炮，所中辄死数百。贼亦凿城根，实炮于中以拒我。而湖州贼伪诸王黄文金由新胜犯我后，学启遣张家瑜等击走之。城贼渐不支，学启促将士梯而登，死者相枕藉。学启愤，跃逾浮桥，肉薄登城，贼枪子中左脑，昏绝，舁归营。其下益裹创冒死争进，贼始乱。潘鼎新、刘秉璋率水陆登城，城乃破。学启创重，归苏州，旋卒。公闻而痛惜之。
是月，闽浙总督左宗棠攻克杭州省城，遂克余杭县城。余贼窜入湖洲。奉上谕：左宗棠奏攻克杭州并余杭两城一折。本日已将左宗棠赏加太子少保衔，并赏穿黄马褂矣。杭州败匪窜向德清，余杭败匪亦窜踞瓶窑镇。左宗棠既须剿办瓶窑之贼，又须赴杭城布置，兼须进剿湖郡，用兵处所甚多，且距浙省边界渐远。所有浙江及江西交界边防，着曾国藩、左宗棠会商兼顾，严断贼匪窜越之路，断不可为其所乘，致掣全局。钦此。”
三月初七日，鲍超克句容县，擒伪汉王项大英、伪列王方成宗。金陵城贼自入春以来常放妇孺出城，以为节食之计，官军两次穿掘地道，又用云梯猛攻，均未得手。自句容克复，贼已成槛兽，不能复振矣。李鸿章督军破贼于杨舍、沙山、华墅、三河口等处。鸿章既克嘉兴，檄刘士奇、王永胜统程学启旧部，会郭松林循福山进击。鸿章自赴江阴、长泾督战。贼方自杨舍至华墅、夹山为营绕至江阴，会张树声等自北击之。士奇、永胜驻周庄，邀击杨舍贼。鸿章率水陆疾抵青旸，杨舍贼惶遽，夜窜云亭，欲过三河口而西。鸿章令诸军绝其窜路，贼益致死，我军横截之。松林大破三河口贼营，贼争道，浮桥尽断，尸积水不流。树声击其已渡者，贼号泣就缚，斩获近二万人。沿江窜贼乃尽。
十五日，奉上谕：“协办大学士、两江总督曾国藩督军剿贼，节制东南数省，尽心区画，地方以次削平。举贤任能，克资群力。着交部从优议叙。”同时疆臣膺上考者，湖广总督官文、四川总督骆秉章、闽浙总督左宗棠、江苏巡抚李鸿章凡五人。
二十日，鲍超克金坛县。公弟国荃遣军在朝阳、金川、神策等门，开挖地道十数处，贼于附城筑月围以拒之。二十二至一十六等日，官军攻破月围，焚其火药，歼贼数万，我军伤亡近三千人。是月，左宗棠军克武康、德清、石门三县。
四月初六日，李鸿章攻克常州府。初，鸿章至常州督诸军攻城，时城西贼营犹二十余里夹运河环列左右。鸿章令刘铭传攻西北贼六营，尽破之。郭松林、杨鼎勋攻陈渡桥贼大营，又破之，余十营皆溃。张树声、郑国魁、周盛波等会击河干贼二十营，又尽平之。于是贼西道皆绝。惟小南、西门附城十余营，官军复击破之。陈坤书恐官军蹑败贼入城，闭门拒不纳，悍贼尽死城下，乃合围。三月二十二日，坏城垣数十丈，遣列士树梯登，坤书率悍贼悉力堵缺口，火药杂砖石俱下，官军与贼皆死枕藉。会天雨，弗克。鸿章益缮攻具，筑长墙，伏奇兵出击，顾久雨不霁。四月初六日加午，天大霁，反风，烟焰扑城头，水陆炮声发如雷，旧坏城复倾数十丈。贼以人塞缺，直炸炮，则手足、旗帜、砖石纷激起天际。然旋死旋集，终不退。鸿章挥军登城，刘铭传、王永胜、刘士奇接刃趣队，携藤牌、喷筒薄城。贼倾火药，以长矛格刺，军土十堕六七，不顾，卒拥而登，接刃战城头，久之，贼始溃。坤书率伪烈王费天将巷战，松林生擒坤书，周盛波擒费天将。松林、铭传令于城：“弃械者免！”于是跪而降者万人。官军亦亡千余人。常州以咸丰十年四月初六日陷，越四年而复，月日时皆不爽，亦奇矣。
十四日，鲍超击贼于丹阳，大破之。常州余贼窜徽州，唐义训、毛有铭、金国琛截击破之。余匪窜江西。公以徽州失利，自请严议。奉旨宽免。初八日，富明阿、冯予材收复丹阳县。时郭松林、刘铭传将徇丹阳，师至奔牛，闻丹阳已克，乃还。
伪侍王李世贤、伪康王汪海洋、伪听王陈炳文先后由安徽休歙、祁门、绩溪等县分窜江西。公檄鲍超自句容赴援，而咨李鸿章遣军代防。鸿章檄刘铭传屯句容，郑国魁屯东坝，周盛波屯溧阳之南渡定埠，于是江苏所属之六十余郡县皆平，惟金陵未克。五月初八日，奉上谕：“李鸿章所部兵勇攻城夺隘，所向有功，炮队尤为得力。现在金陵功在垂成，发捻蓄意东趋，迟恐制动全局，李鸿章岂能坐视。著即近凋劲旅数千及得力炮队前赴金陵，会合曾国荃相机进取，速奏肤功。李鸿章如能亲督各军，与曾国荃会商机宜，剿办尤易得力。曾国藩身为统帅，全局在胸，尤当督同李鸿章、曾国荃、彭玉麟和衷共济，速竟全功，扫穴擒渠，同膺懋赏，总以大局为重，不可稍存畛域之见。钦此。”公疏称苏、常克复之后，臣本拟咨请李鸿章前来金陵会剿，特以该抚系封疆将帅之臣，又值苦战积劳之际，非臣所敢奏调。函询臣弟国荃，亦以师久无功，不敢更求助于人，近于畏难卸责、始勤终怠者之所为。乃两月以来，百计环攻，伤亡至四千余人，所挖地道已被该逆从内掘出三洞，此外诸洞亦难奏效，而曾国荃焦劳致疾，饮食渐减，饷项奇窘，尤为可虑。臣已恭录谕旨，加函催请李鸿章亲来金陵。使仅派将前来，其知者以为怜该抚之过劳，信苏将之可恃，不知者以为臣弟贪独得之美名，忌同列之分功，尤非臣兄弟平日报国区区之意。”旋两次奉旨催李鸿章助攻金陵。公疏称“李鸿章平日任事最勇，此次稍涉迟滞，盖绝无世俗避嫌之意，殆有让功之心，臣亦未便再三渎催矣。”
奉上谕：据曾国藩奏称，曾国荃焦劳致疾，饷项奇绌，尤为可虑等语。前据李鸿章将轮船经费五十万两解赴大营，曾国藩何时收到，即行具奏。曾国荃积劳致疾，闻之深为谨念。现在大暑炎蒸，该大臣即传知该抚善为调摄。金陵城大而坚，贼悍且众，困兽之斗，不可不防。该抚务当拊循士卒，严防窜突，先为不可胜，以待敌之可胜。钦此。”
二十二日，李鸿章遣郭松林等军攻克长兴县。三十日，公弟国荃攻克龙膊子山石垒，贼所称地保城电。我军自得天保城后，城中防守益密，地保城扼在要害，百计环攻不下。国荃遣李祥和等攻克之，遂筑炮台其上，日发大炮击贼。居高临下，城中形势皆在掌握矣。
六月十六日，公弟国荃攻克金陵伪都，伪幼主洪福□遁走，伪忠王李秀成及洪仁达等就擒。先是，四月二十七日，伪天王洪秀全见势穷援绝，服毒身死。群酋私瘥伪宫内，必不发丧。而内外喧传已遍，乃立其子洪福□为幼主。官军自六月朔日轮流苦攻，昼夜不息。国荃度城内贼粮足支数月，我军地道三十余穴，俱未奏功，将士疲惫，恐生他变，益誓师督战，饬李臣典率吴宗国等从贼炮极密之处重开地道；萧孚泗、黄润昌、熊登武、王远和等距城十余丈筑炮台数十；令诸军积湿蒿，复以沙土，肉薄相逼，死亡枕藉。
十五日，国荃率了臣典亲诣地道洞口，指挥士卒埋药。忠酋李秀成突出死党数百人，由太平门傍城根，直犯地道大垒，别从朝阳门出数百人，装官军号衣，持火蛋延烧各炮垒及附近湿芦蒿草。官军久劳之余几为所乘，赖伍维寿、彭毓橘，等左右分击获免。
十六日向明，国荃饬各营稳站墙濠，严防冲突，而另军力攻太平门、龙膊子一带。至午刻，李臣典报地道封筑口门，安放引线。国荃悬不赀之赏，严退后之诛，各将士誓死报国。登时火发霹雳一声，轰开城垣二十余丈，烟尘蔽空，砖石如雨。李臣典等率官军蚁附争登，直冲倒口而入。贼以火药倾盆，烧我士卒，大队稍却。彭毓橘、萧孚泗等手刃数人，由是弁勇无一退者。群贼抵死巷战，我军分路齐进。王远和、王仕益、朱洪章、罗雨春、沈鸿宾、黄润昌、熊上珍等进击中路，攻伪天王府之北。刘迮捷、张诗日、谭国泰、崔文田等进击右路，由台城趋神策门一带，适朱南桂、朱惟堂、梁美材等亦从神策门地道之旁梯攻而入，兵力益厚，直鏖战至狮子山，夺取仪凤门。其中左路则彭毓橘、武明良等由内城旧址直击至通济门；右路则萧孚泗、熊登武、萧庆衍、萧开印等分途夺取朝阳、洪武二门，守陴之贼诛戮殆尽。而罗逢元等从聚宝门西旧地道缺口仰攻而入，李金洲等从通济门月城缘梯而上，陈湜、易良虎等猛攻旱西、水西两门月城。伪忠王李秀成方率党狂奔，将向旱西门夺路冲出，适为陈湜大队所阻，乃转回清凉山，隐匿民房。黄翼升率水师攻夺中关拦江矶石垒，乘胜至旱西门，遂与陈湜、易良虎等夺取水西、旱西两门。由是全城各门皆破，日已暝矣，而贼犹守伪王城。朱洪章与贼搏战，沈鸿宾等从左路卷旗疾趋，绕伪城东迤逦而南，三更时，伪天王府及各伪王府同时举火，突出悍贼千余人，手执洋枪，向民房街巷而走。其时伪城火已燎原，不可向迩。其伪宫女缢于前苑内者不下数百人，死于城河者不下二千人。夺获伪玉玺二，金印二方。伪幼主洪福□率死党二千余人，乘官兵夜战之时由缺口遁走。国荃传令闭城，分段搜杀，三日夜火光不绝，毙贼十余万人。凡伪王、伪主将、天将及大小酋目约三千余名，死于乱军者居其半，死于水火者居其半。十九日，提督萧孚泗搜获伪王兄洪仁达、伪忠王李秀成等，于是各营救火，掩埋贼尸，拔出难民数十万人。公弟国荃驰驿报捷。
奉上谕：“杨岳斌、彭玉麟、曾国荃驰奏克复金陵大概情形一折。逆首洪秀全等以数十万逆众久踞金陵，负嵎死守。曾国荃等督兵围攻，所部不满五万，两载以来将城外贼垒悉数扫荡。兹于炎风烈日之中，伤亡枕藉之余并力猛攻，克拔坚城，非曾国藩调度有方、曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋。披览之余，曷胜欣慰。此次立功诸臣将伪城攻破，巨憝就擒，即行渥沛恩施，同膺懋赏。其洪秀全及著名巨酋，必须悉数擒获，毋使免脱。此外被胁难民仍着设法安插，以示宽大之仁。金陵巢穴已复，各路余匪自必闻风丧胆，着左宗棠、李鸿章乘此声威迅克湖郡，杨岳斌计已行抵南昌，即著迅将江右逆氛扫荡，俾东南数省成就肃清，登吾民于衽席，有厚望焉。钦此。”
公以大功不易居，乃让湖广总督官文居首连衔入告。略云：臣等伏查洪逆倡乱粤西，于今十有五年，窃据金陵亦十二年，流毒海内，神人共愤。我朝武功之盛超越前古，屡次削平大难，焜耀史编。然如嘉庆川楚之役，蹂躏仅及四省，沦陷不过十余城；康熙三藩之役，蹂躏尚止十二省，沦陷亦第三百余城。今粤匪之变，蹂躏竟及十六省，沦陷至六百余城之多。而其中凶酋悍党，如李开方守冯官屯，林启容守九江，叶芸来守安太，皆坚忍不屈。此次金陵破城，十余万贼无一降者，至聚众自焚而不悔，实为古今罕见之剧寇。然卒能次第荡平，剿除元恶，臣等深惟其故，盖由我文宗显皇帝盛德宏谟，早裕戡乱之本。宫禁虽极俭啬，而不惜巨饷以募战士；名器虽极慎重，而不惜破格以奖有功；庙算虽极精密，而不惜屈己以从将帅之谋。皇太后皇上直守此三者，悉循旧章而加之。去邪弥果，求贤弥广，用能诛除伪僭，蔚成中兴之业。臣等忝窃兵符，遭逢际会，既恸我文宗不及目睹献首告成之日，又念生民涂炭为时过久。惟当始终慎勉，扫荡余匪，以苏子黎之困，而分宵旰之忧。
疏入。奉上谕：“本日官文、曾国藩由六百里加紧红旗奏捷，克复江宁省城一折。览奏之余，实与天下臣民同深嘉悦。发逆洪秀全自道光三十年倡乱以来，由广西窜两湖三江，并分股扰及直隶、山东等省，逆踪几遍天下。咸丰三年占据江宁省城，僭称伪号，东南百姓遭其荼毒，惨不忍言。罪恶贯盈，神人共愤。我皇考文宗显皇帝赫然震怒，恭行天罚。特命两湖总督官文为钦差大臣，与前任湖北巡抚胡林民办肃清楚北上游；胡林翼驻扎宿松一带，筹办东征。复特授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣，东征江皖。号令既专，功绩日著。”
十一年七月，我皇考龙驭上宾。其时江浙郡县半就沦陷，遗诏谆切，以未能迅殄逆氛为憾。朕以冲幼，寅绍丕基，祗承先烈，恭奉两宫皇太后垂帘听政，指示机宜，授曾国藩协办大学士，节制四省军务，以一事权。该大臣自受任以来，即建议由上游分路剿贼，饬彭玉麟、杨岳斌、曾国荃等水陆并进，叠克沿江城隘百余处，斩首外援逆匪十数万人，合围江宁，断其接济。
本年六月十六日，曾国荃率诸将克复江宁外城，杀贼数万，逆首仍踞内城，抵死抗拒。三更时，伪天王府及各伪王府同时火起，洪逆冲出伪殿，前往南门窜至民房。四更后，贼股千余人假装军官号衣，向太平门缺口冲出。经曾国荃亲讯李万材，供称城破后，伪忠王之兄巨王、幼西王、幼南王、定王、崇王、璋王乘夜冲出，被官军马队追及，将各头目全行杀毙。又据城内各贼供称，首逆洪秀全实于本年五月服毒而死，瘗于伪宫院内，伪幼主洪福□重袭伪号。李秀成一犯城破受伤，匿于山内民房，经萧孚泗亲自搜出。并搜擒伪王次兄洪仁达。其余两广两湖等处多年悍贼，经各将士于十七八日搜杀净尽。三日之内毙贼十余万人，伪王、伪主将、伪天将及大小酋目三千余名无一得脱者。此皆仰赖昊苍眷佑，列圣垂庥，两宫皇太后孜孜求治，识拔人材，用能内外一心，将士用命，成此大功。上慰皇考在天之灵，下孚薄海臣民之单。自惟藐躬凉德，何以堪此！追思先皇末竟之志，不克亲见成功，悲怆之怀，何能自己！此次洪逆倡乱粤西，于今十有五年，窃据金陵亦十有二年，蹂躏十数省，沦陷百余城，卒能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勋。
钦差大臣、协办大学士、两江总督曾国藩自咸丰二年在湖南首倡团练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，由宿松克潜山、太湖，进驻祁门，叠复徽州郡县。遂拔安庆省城以为根本，分檄水陆将士规复下游州郡。兹幸大功告蒇，逆首诛锄，实由该大臣筹策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜。曾国藩著赏加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。
浙江巡抚曾国荃以诸生从戎，随同曾国藩剿贼数省，功绩颇著。咸丰十年由湘募勇，克复安庆省城。同治元、二年连克巢县、含山、和州等处，率水陆各营进逼金陵，驻扎雨花台，攻拔伪城。贼众围营，苦守数月，奋力击退。本年正月克钟山石垒，遂合江宁之围，督率将士鏖战，开挖地道，躬冒矢石，半月之久未经撤队，克复全城，殄除首恶，实属坚忍耐苦，公忠体国。曾国荃着赏太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。
记名提督李臣典于枪炮丛中抢挖地道，誓死灭贼，从倒口首先冲入，众军随之，因而得手，实属谋通过人。着加恩锡封一等子爵，并赏穿黄马褂，赏戴双眼花翎。萧孚泗督办炮台，首先夺门而入，并搜获李秀成、洪仁达巨逆，实属勋劳卓著。着加恩锡封一等男爵，并赏戴双眼花翎。钦此。”
“其余文武一百二十余员，论功进秩有差。又奉上谕军兴以来，各路统帅、疆臣，公忠体国，共济时艰。现在红旗报捷，东南军务即可从此底定。各路统帅疆臣，允宜特加异数，以昭恩渥。钦此。”
于是钦差大臣、科尔沁亲王僧格林沁加赏一贝勒；钦差大臣、大学士、湖广总督官文锡封一等伯爵，世袭罔替，并将本支内务府旗籍抬入满洲正白旗，赏戴双眼花翎；江苏巡抚李鸿章锡封一等伯爵，赏戴双眼花翎；陕西总督杨岳斌、兵部右侍郎彭玉麟，均赏给一等轻车都尉世职，太子少保衔；四川总督骆秉章赏给一等轻车都尉世职，并赏戴双眼花翎；浙江提督鲍超赏给一等轻车都尉世职；西安将军都兴阿、江宁将军富明阿、广西提督冯子材均赏给骑都尉世职；署京口副都统魁玉赏给骑都尉世职；漕运总督吴棠赏给头品顶戴。惟闽浙总督左宗棠、杭州将军国瑞、江西巡抚沈葆桢，但奉优旨褒奖状，俟浙江、江西肃清再行加恩。
又奉上谕：“粤逆久踞江宁，负隅抗拒，实为从来未有之悍寇。此次水陆各军于溽暑炎蒸之际猛力环攻，迅克坚城，悍党悉除，渠魁就缚，非曾国藩运筹决策，督率有方，曾国荃躬冒矢石，鼓勇先登，未由建此奇功，成乃丕绩。朝廷嘉悦之怀实难尽述。除曾国藩等已加恩锡封外，发去银牌四百面，著曾国藩、曾国荃等择其功绩最著者先行颁给，以励戎行。各路贼匪皆视金陵为趋向，此时巢穴既覆，其余窜逸之匪自必闻风丧胆。逆首李秀成、洪仁达等均系内地乱民，不必献俘。第该逆等罪恶贯盈，自应槛送京师，审明后尽法惩治，以泄神人之愤。钦此。”
又奉上谕：“咸丰三年，洪逆窜陷江宁省城，窃据者十有余年。百姓遭其荼毒，或被裹胁而锋刃频罹，或转徒他乡而沟壑难免，蚩蚩何辜，罹此残酷。著曾国藩、李鸿章查胆江宁地方应征钱漕，分别应蠲应缓，候旨施恩。钦此。”
二十四日，公由安庆御轮船东行。二十五日至金陵，慰劳将士。二十八日，巡视城垣。二十九日，亲讯伪宫婢黄氏。始于伪宫中掘出洪秀全尸首，遍体皆用绣龙黄缎包裹，头秃无发，须已间白，遵尚邪教，不用棺木。因戮而焚之。七月初二日，一等子爵李臣典卒于军。初四日，设善后局赈难民。
公亲讯逆酋李秀成、洪仁达、洪仁发等。秀成书亲供四万余字，历述贼中兴败始末，冀贷一死。公以其逆罪大，骈戮之。因疏陈处治逆酋、粗筹善后事宜。略云：臣抵金陵，周历各营，接见诸将，均有憔悴可怜之色。盖自五月三十日攻破地保城后，连攻十五昼夜，但出行队，未支帐棚，昼则日炙，宵则露处；又出入地洞之中，面目黧黑，虽与臣最熟之将，初见几不相识。其论功最首之李臣典因冒暑受伤，一病不起。诸将亦伤病山积，死亡相属。臣弟曾国荃，前病业已痊愈近因随众露处过久，又复遍发湿毒。臣带兵多年，克城数十，罕见如此次之劳苦者。
臣宣道皇仁，多方抚慰，既奖其可悯可敬之功，复勖以忘死忘劳之义，至伪王洪秀全逆尸，将士积愤之余，皆欲得而甘心。直至六月二十七日始从伪宫内掘出。二十八日扛至营次，臣与臣弟国荃验看。暨各文武公同相验。该逆尸遵尚邪教，不用棺木，遍身皆用绣龙黄缎包裹，虽缠脚亦系龙缎。头秃无发，须尚全存，已间白矣。左股右膀肉犹未脱。验毕戮尸，举烈火而焚之。有伪宫婢者，系道州黄姓女，即手埋逆尸者也。
臣亲加讯问。据洪秀全经年不见臣僚，四月二十七日因官军攻急，服毒身死；秘不发丧，而城内群贼、城外官兵喧传已遍，十余日始行宣布等语。伪幼主洪福□绕室积薪为城破自焚之计，众供皆合。连日在伪宫灰烬之中反复搜寻，茫无实据，观其金玉二印皆在巷战时所夺，又似业已逃出伪宫者。李秀成之供，则称曾经挟之出城，始行分散。然此次逃奔之贼，仅十六夜从地道缺口逸出数百人，当经骑兵追至湖熟，围杀净尽。自十七日后，曾国荃即将缺口封砌，关闭各城，搜杀三日。洪福□以十六龄童呆，纵未毙于烈火，亦必死于乱军，当无疑义。所有伪玉玺二方、金印二方，臣当专差赉送军机处，俾修方略者有所考焉。
李秀成之被擒也，各营之降卒、附城之居民人人皆识，观者如堵。臣甫至金陵，亲讯一次，旋派委员鞫汛累日，令写亲供多至数万字，叙发逆之始末，述忠酋之战事，甚为详悉。臣复询以江西李世贤、湖北马融和、湖州黄文金各股贼情。据李秀成供，湖州、广德之贼即可不攻自遁。马融和一股，本由陕西调援金陵，因长江阻隔，久无来信；李世贤系李秀成堂弟，与之约定，八月以前则掳江西之粮以救侍逆之饥，八月以后全数回窜，图解长围，则掳宁国之粮以救金陵之饥等语。又力劝官兵不宜专杀两广之人，恐粤匪愈孤，逆党愈固，军事仍无了日，其言颇有可采。日来在事文武皆请将李秀成槛送京师，即洋人戈登、雅妥玛等来贺者亦以忠逆解京为快。臣窃以为圣朝天威灭此小丑，除僭号之洪秀全外，其余皆可不必献俘，陈玉成、石达开既有成例可援。且自来元恶解京，必须诱以甘言，许以不死，李秀成自知万无可追，在途或不食而死，或窜夺而逃，翻恐翻逃显戮而贻巨患。臣与臣弟国荃熟商，意见相同。又李逆权术要结，颇得民心。城破后窜匿民间，乡民怜而匿之。萧孚泗生擒李逆之后，乡民竟将亲兵王三清捉去杀而投诸水中，若代李逆发私忿者。李秀成既入因笼，次日又擒伪松王陈德风到营，一见李逆即长跪请安。闻此二端，恶其民心之未去，党羽之尚坚，即决计。就地正法，以绝后患。遂于初六日行刑。其洪仁达一犯系洪秀金之胞兄，与其长兄洪仁发皆暴虐恣横，多行不义，为李秀成所深恨。且如醉如痴，口称天父不绝，无供可录。因其抱病甚重，已于初四日先行处死矣。”
奉旨：“所办甚是，著即将洪、李二逆首级传示被扰地方，以快人心而儆凶顽。钦此。”
鲍超破贼于杭州许湾，斩首四万。十一日，鲍超克复东乡、金溪两县。十二日，江忠朝等范复崇仁、宜黄两县。十三日，公札撤湘勇二万五千人，留万人防守会陵，留万五千人为皖南北游击之师。十七日，巡视贡院，榜示金陵房屋章程八条。二十五日，鲍超克南丰、新城二县。
二十七日，左宗棠、李鸿章会克湖州府。湖州西南倚丛山，东北多水道，险固可守，故赵景贤搘拄贼中，而陷亦独后。伪堵王黄文金犹拥众十万踞之。浙军既克孝丰，遂进安吉。宗棠方注意安吉，图截贼窜道，并令总兵高连升、王月亮，降将蔡元吉、邓光明等进湖州东南。五月初，攻克菱湖、东林、山，进营妙喜镇。鸿章以苏、湖接壤，命郭松林杨鼎勋屯长兴、吴毓芬屯夹浦口、为湖西之师，松林分军会潘鼎新，屯平望、吴溇、南浔为湖东之师。浙师蔡元吉方军长超山，贼围攻之急。统领浙军布政使蒋益澧函嘱鼎新攻晟舍。鼎新以炸炮隔水击坏其营。贼布桩水中，鼎新以小火轮船驶入，尽拔其营桩。浙军张景渠亦出师。次第毁其石垒，乃大破之。而湖州之西，吕山、尹隆桥、大德桥皆达四安、广德之地。
六月二十二日，郭松林由长兴南进跨塘桥，自至吕山察贼势。二十三日往攻之。先拔山腹贼营，山巅贼亦溃，追杀千余人，贼遁尹隆桥。二十七日，刘士奇、王永胜、杨鼎勋皆率师至，进扼尹隆桥、大德桥，与贼隔水而军。二十八日，松林、士奇、鼎勋分道败贼。鸿章察知贼困窘，必将西趋，益促松林等进军。贼先于尹隆桥立十数营，临桥筑石卡，围以月墙，外濠二重，引河水灌之可灭顶。于是松林等亦筑长墙，置炸炮。七月十五日，炮毁其月墙，湖州贼来援。十六日，松林等令潜拔其濠外木桩。十七日，军士奋而登，松林督之。已抵内濠，会松林中枪，复遇雨，火药尽湿，乃退。二十日，贼自尹隆桥至白龙洞袤延二十余里来犯。松林令易用刚迎贼，自督李长乐等断后，士奇、永胜由吕山夹击败贼，擒斩数千人。二十六日夜，松林等衔枚趋大德桥，渡河围攻贼营，贼大骇愕，悉破之，并破沿山贼十余营。士奇率所部移屯焉。广德、四安之道遽灭。
二十七日，城贼倾剿出争，松林等约各路军疾攻城，分伏六营于尹隆桥、八字桥河干伺之。黄文金挟悍贼数万至，势甚骤。松林率水师军迎其左，永胜由山径迎其右。文金袒而衔刀，狂突数回，枪炮密格之不得前。我军益奋呼斫贼，乃反奔，追之横塘渡、尹隆桥伏起，松林继至，守贼亦溃，尽破其营。鼎新遂会浙军夺府城。败贼奔安吉，松林追至梅溪镇，逼之山谷间，歼毙无算。文金犹逸去。二十八日，公回至安庆。左宗棠克安吉县，浙江平。二十九日，李鸿章遣刘铭传克广德州。伪昭王黄文英方挟伪幼主洪福□踞广德，闻铭传军至，挟福□出走宁国山中。余贼犹迎拒，铭传追至广德西门，贼由南门逸。遂收其城。
是时江苏、浙江皆肃清，惟江西、皖、楚尚有余匪。公既撤湘勇二万五千人，而朝廷恐散勇啸聚为乱。御史陈廷经条陈勇补兵额，寄谕垂询。公前后具疏，略云：臣初到金陵，拟令将士休息一月即派剿广德等处，乃诸将盛暑鏖兵，病者甚多，纷纷禀请撤勇回籍。臣以皖、浙未靖，本不欲遽撤多营，惟念近岁以来，但见增勇，不见裁撤，无论食何省之饷，所吸者皆斯民之脂膏，所损者皆国家之元气。前此贼氛方盛，万不得已屡募屡增，以救一时之急。今幸老巢既破，大局粗定，裁一勇即节一勇之糜费，亦即销无穷之后患。诸将之愿遣散归籍，盖未始非臣之幸，未始非大局之幸。臣弟曾国荃困惫殊甚，彻夜不寐，以似怔忡。据称心血过亏，欲请回籍调理。一面亲率遣撤之勇，部勒南归，求可为善聚不如善散，善始不如善终之道。湘勇招募之初，选择乡里农民，有业者多，无根者少，但使欠饷有着，当可安静回籍，不至别生枝节。至挑补兵额之说，近多建此议者，臣窃不以为然。盖勇丁之口粮一倍于马兵，三倍于守兵。马粮之缺檄少，守粮月支一两，不足供衣食之需，谁肯于数千里外补一衣食不敷之缺？欲以湖南朴实之勇补三江绿营之兵，必不情愿。其愿补者，皆游惰无归者也。臣愚以为勇则遣回籍，兵则另募土著，各返本而复始，庶为经久可行之道。
奉旨均照所议办理。惟据称曾国荃因病回籍，部勒散勇南归等语，该抚所见虽合于出处之道，而于荩臣谋国之谊，尚未斟酌尽善，况遣散勇丁只须分派妥靠之员沿途照料。现在江宁、安庆等城均须督兵镇守。该抚正宜驻扎江宁，安心调理，一俟就痊，即可帮同曾国藩分任其劳，即著曾国藩传旨存问，毋庸遽请开缺回籍。钦此。”
公复疏言国荃病状，力请开浙抚缺，回籍调理。奉上谕：“曾国荃自随同曾国藩剿贼以来，迭克名城，勋绩卓著。本年亲督将士苦战数月，攻拔江宁省城，歼除巨逆，厥功尤伟。乃以连年办理军务，心力交瘁，遂致忧劳成疾，请假开缺回籍，情辞极为恳挚。若不俯如所请，惟恐为职守所羁，未能从容静摄，转非体恤功臣之道。曾国荃著准其开缺，回籍调理，并著赏给人参六两，交该抚只领，用资保卫。该抚系有功国家之臣，朝廷正资倚畀，尚其加意调治，一俟病痊，即行来京陛见。钦此。”
又谕：“曾国荃督兵数载，伟绩丰功，朝廷甚资倚畀。第节风沐雨辛苦备尝，致病日剧，已明降谕旨，准开缺回籍，并发给人参六两，以资调理。所有江宁善后事宜，即著曾国藩驰往江宁斟酌机宜，妥筹办理。钦此。”
八月初一日，湖州余贼窜宁国，刘松山迎击于钱村铺，降四千余人。贼窜歙县。初七日，唐义训、易开俊夹击，大败之，擒斩三千有余。开俊乘胜逐北，连捷于六甲岭、胡须岭等处。义训连捷于豹岭、佛岭、镇口等处，歼酋目九人，伪幼孝王毙焉。左宗棠击贼于昌化、淳安之境，大破之，斩贼目黄文金。余匪挟洪福□窜入江西之广信境。
于时金陵克复历两月，朝旨询问善后事宜甚多。公分条复奏；其一，江宁省城贼踞最久，居民流亡殆尽。此次官兵克复，群酋纵火焚烧，昔年巨室富家改造伪府，微有存者。此外房屋极少，街市尚未复业。臣尝至贡院履勘一次，号舍一万六千余间，尚完好，惟监临主考房官及各所片瓦无存。现经委员广集工匠，赶紧兴修，拟于十一月举行乡试。庶冀士子云集，商民亦可渐次来归矣。其一，驻防旗营亟宜修理。抉俟巩院工竣，次修江宁旗营，次修京口旗营。工作有先后之分，庶筹办有措手之处。昔岁贼陷金陵，旗营三万余人几同一烬，被害之惨甚于京口，殉节之烈甲于天下。十余年来陆续增添，现存不过八百余人，筹饷甚易为力。至挑闲散京旗以宴江宁兵额，亦俟修盖营房规模粗定，续奏办理。其一、御史陈廷经条陈疆域略为变通。臣查苏皖未分之时，跨江淮而为省。古人经画疆里具有深意，我朝圣君贤相未尝轻议更张。若必画江而分南北两省，则亦宜画淮而为南北两界。淮北如苏之徐州、皖之颍州，将割隶何省乎？唐之十道，宋之十五路，其如于江南江北皆截然分而为二，与该御史所奏大指略同。然唐自中兴以后，号令并不行于江北。画疆太明，未必果能久安。论形胜控扼之道，守江南者必须先固淮甸，弃淮则江南不可保。昔人如吴师道、胡安国、杨万里暨赵范、叶适辈言之详矣。臣愚以为疆吏苟贤，则虽跨江跨淮而尤损于军事、吏事之兴；疆吏苟不贤，同蝇画疆分治而无补于军事吏事之废。此等大政，似不必轻改成宪。奉旨如议。
九月初八日，公至金陵。二十日，公弟国荃遵旨诣明孝陵致祭。江西浙江官军会破贼于广信府，洪福□遁走石城。二十五日，席宝田追擒洪福□，送南昌斩之。鲍超破贼于宁都州。贼窜闽、粤境，江两平。闽浙总督左宗棠锡封一等伯爵；葆桢一等轻车都尉；提督鲍超锡封一等子爵。贼窜广东者攻扑南雄州。其窜闽者陷武平县，张运兰死之。贼遂遍扰江州属境，陷漳州府而踞之。
十月初一日，公弟国荃回湘。时捻、发各匪庸集湖北，扰及皖之六安、英山、太湖。公遣蒋凝学、刘连捷分道堵御。贼败退入蕲水、罗田，依山据险，绵亘几二百里。石清吉阵亡。僧亲王由商城进驻黄冈之上巴河。吉军解围，贼窜英山等处，经僧格林沁等督师进剿，拎斩首逆。又以逆酋陈得才、马融和、倪泷、吴义汰人数尚众，非楚、皖、豫三省通力合作不能歼灭。于是余公前赴皖、鄂交界督兵剿贼，而以李鸿章暂署两江总督，吴棠暂署江苏巡抚。
十七日，李鸿章至金陵。公与商裁退楚军，进用淮军之策。又以蕲、黄四百里之内公与僧亲五，官文钦差三人萃于一隅，恐启贼匪轻视将帅之心，拟仍驻安庆、六安等处。上疏陈状。奉上谕：“前因楚、皖贼势甚众，僧格林沁、官文均未得手，是以谕令曾国藩督师剿贼。嗣据僧格林沁等先后奏报，蕲水获胜，成大吉军解围。贼窜英山等处，经僧格林沁等督师进剿，擒斩首逆多名，降者十余万众。昨又据乔松年奏报，扶逆陈得才自戕，发逆剿除净尽，皖省一律肃清。是楚、皖近日军情，较这半月以前大不相同。现在楚境余贼由黄州窜德安一带，逆数无多，楚军可敷剿办。曾国藩无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵妥筹调度。李鸿章现在入闱监临，俟出闱后仍回江苏巡抚本任。江苏各郡县新复，一功理财用人、抚绥安辑诸事，宜非老成硕画、真能视国如家者不克胜此巨任。曾国藩惟当仰体朝廷倚畀之重，次第经车，奠安黎元。饮此。”
十一月初八日，改殓前总督陆建瀛遗骸，公亲诣祭吊。二十二日，会考拔贡优质。十二月十五日，乡试揭晓，取士二百七十三名。是月，左宗棠督师入闽剿贼。湖北捻匪由襄阳窜河南，僧亲王追击之。年终恩赏如例。
同治四年正月，昭忠祠成。设粥厂以食饥民。二月，饬各属置积谷，定收养贫民，挑补绿营章程，葺钟山、尊经两书院。时公弟国荃回湘已久，散勇归农，俱各安堵。奉上谕：“上年江宁克复后，曾国荃因病陈请开缺回籍，当经降旨，令该抚病痊即行来京陛见。迄今已及半载，该抚病体当渐次就痊。朝廷以该抚功绩昭著，且年力盛强，正可借资倚任。著曾国藩传知曾国荃，如病已就痊，即行来京陛见。现当勤求治理，需才孔亟之时，该抚慎勿遽萌功成身退之志，以副期望。钦此。”公疏称：“臣弟国荃病尚未愈。钦奉寄谕，已恭录传知。”公复札饬各军大裁湘勇，驻金陵着仅存四营耳。
三月，李鸿章檄郭松林率军四千人航海赴福建，助剿漳州贼。松林破贼于东山、恒仓社、东岳庙等处。四月二十一日，左宗棠督军攻漳州府，郭松林率师助剿，克其城。遂克云霄、诏安两厅县。松林剿平同安土匪，福建平。贼窜广东。中兴将帅锡封侯伯者，奉旨锡以美名，公曰“毅勇侯”，公弟国荃曰“威毅伯”，官文曰“果威伯”，左宗棠曰“恪靖伯”，李鸿章曰“肃毅伯”。
二十四日，科尔沁亲王僧格林沁战殁于曹州。诏公携带钦差大臣关防，赴山东督师，以李鸿章署两江总督。刘郇膏护理江苏巡抚。
五月初九日，奉上谕：钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇候曾国藩，现赴山东一带督师剿贼，所有直隶山东、河南三省绿旗各营及文武员弁均著归曾国藩节制，如该文武不遵调度，即日该大臣指名严参。钦此。
公疏言潘鼎新一军由轮船驶直天津，可以壮畿辅之威，可以补臣迂缓之过。至于节制三省，臣实不能肩此巨任，即才力十倍于臣者，亦不必有节制三省之名，恳乞收回成命。奉上谕：“曾国藩恳辞节制三省之命，具见谦抑为怀，不自满假。该大臣更事既多，成效夙著，若非节制直、东、豫三省，恐呼应未能灵通，勿再固辞。钦此。”
二十五日，公由金陵启行。闰五月初八日，公抵清江浦。复具疏辞节制三省之命。奉上谕：“曾国藩因节制三省任大责重，复恳收回成命，具见谦抑为怀。第贼氛猖獗，时事孔艰，事权不专，则一切调度事宜深恐呼应不灵。该大臣惟当力任艰巨，与三省督抚和衷筹画，将此股贼众克期殄灭。彼时三省军务既平，自可无庸该督节制。即为其实，毋避其名，万不可稍存过虑之心，再有渎请。钦此。”
二十二日，公由清江溯淮西上。二十九日抵临淮驻营。十三日，公弟国荃简授山西巡抚。二十四日，奉上谕：“曾国荃已简授山两巡抚，曾国藩当嘱该抚勉图报效，作速赴任，勿以病辞。钦此。”七月初八日，公具疏谢恩，并陈明弟国荃病状，未知现在是否痊愈？已恭录谕旨，嘱其勉图报效。公弟国荃具折辞山西巡抚之命。
八月初四日，公抵徐州。十五日，捻匪陂辛家集，徐州戒严。是月，福建官军进克广东镇平县。贼踞嘉应州，左宗棠督兵围攻之。十月初九日，徐州官军击贼获胜，贼窜山东。十二月二十二日，左宗棠克嘉应州，粤匪剿灭净尽，东南底平。年终恩赏如例。
同治五年。正月，二十八日，公遣刘锦传克湖北黄陂县。捻贼窜河南。公弟国荃简授湖北巡抚。奉上谕：“刻下捻匪窜扰湖北边境，防剿正当吃紧。曾国荃素娴军略，朝廷为地择人，正资倚任，且由湘赴鄂，相去甚近。著曾国藩、李鸿章即行知照该抚，迅赴新任，力图报称，不得稍存推诿，致负属望。钦此。”
二月初九日，公自徐州拔营启行。十五日，宿邹县，谒孟子庙。十六日，次曲阜县，谒至圣先师庙。十七日，偕衍圣公孔祥珂出谒圣林。十九日，至济宁州驻营。四月初七日，公偕山东巡抚阎敬铭巡视运河，初九日直隶总督刘长佑来会。十一日公渡黄河至张秋镇。十六日，登岱岳，十九日，回济宁拔营。舟行查视运河堤墙。七月初八日入淮。十五日，发五河县，途遇大风，公舟几覆，幸风将船篷吹去，始获安。十六日，至临淮驻营，患病。二十八日，力疾登舟。八月初九日，至周家口驻营。九月，公疏请李鸿章视师徐州，公弟国荃视师襄阳。旨如议。
十月十三日，公疏称病，难速痊，请开协办大学士两江总督实缺，并请另简钦差大臣接办军务，自以散员留营效力。奉上谕：“该大臣勋望夙著，积劳致疾，自系实情，著再行赏假一月，在营安心调理。就痊即行来京陛见，以慰廑系。朝廷赏功之典，自有权衡。该大臣援古人自贬之义，请注销候爵，著无庸议。钦此。”
十一月初六日，奉上谕：“曾国藩著回两江总督本任，暂缓来京陛见，江苏巡抚、一等肃毅伯李鸿章著授为钦差大臣，专办剿匪事宜。钦此。又奉上谕：曾国藩即遵前旨，将军务交与李鸿章接办。该督即回两江本任，办理饷需军火，源源筹解，俾李鸿章得离江境，统兵追剿。则筹饷与剿匪之功，均为国家倚重，正不必到开缺赴营，始足为朝廷宣力也。钦此。”
公疏称病体难胜重任，若离营回署，又不免畏难取巧之讥。请仍在军营照料，维系湘淮军心，庶不乖古人尽瘁之义。奉上谕：“曾国藩请以散员仍在军营自效之处，具征奋勉图功不避艰险之意。惟两江总督，责任綦重，湘淮军饷，尤须曾国藩筹办接济，与前敌督军同为朝廷所倚赖。该督忠勤素著，且系朝廷特简，正不必以避劳就逸为嫌，致多顺虑。著遵奉前旨，仍回本任，以便李鸿章酌量移营前进，并免后顾之忧。钦此。”
十二月初三日，公再疏力辞，奉上谕：“曾国藩为国家心膂之臣，诚信相孚已久。当此捻逆未平，后路粮饷、军火筹办，岂能无误事机。曾国藩当仰体朝廷之意，为国家分忧，岂可稍涉疑虑、固执己见。著即懔遵前旨，俾李鸿章得专意剿贼，迅奏肤功。该督回任以后，遇有湘淮军事，李鸿章仍当虚心咨商，以期联络一气，毋许再有固请，用慰廑念。钦此。”公复奏疏称遵旨，暂接两江总督关防，驻扎徐州。御史穆缉香阿劾公督师日久无功，请量加谴责。奉上谕：“年余以来，曾国藩所派将领驰驱东、豫、楚、皖等省，不遗余力，歼贼亦颇不少，虽未能遽蒇厥功，亦岂贻误军情者可比。该御史所奏，著毋庸议。钦此。”年终恩赏如例。
同治六年正月初六日，公自周家口启行。十五日，抵徐州府。十九日，接篆与钦差大臣李鸿章商筹兵饷大计。奉上谕：“曾国藩既经接受两江督篆，所有察吏、筹饷及地方应办事宜均关紧要，且金陵亦不可无勋望素著大员坐镇，著即回驻省城，以资镇摄。该督公忠体国，自当仰体朝廷倚畀之隆，勉为国家宣力。一切军情调度，仍着李鸿章随时咨商，以资裨益。钦此。”诏授李鸿章为湖广总督。二月初三日，李鸿章前赴河南督师。
十六日，公由徐州启行，三月初六日，抵金陵节署，居民焚香跪道以迎。奉上谕：“协办大学士、两汀总督曾国藩公忠素著，保障东南，著交部从优议叙。钦此。”五月奉上谕：“曾国藩著授为体仁阁大学士，仍留两江总督之任。钦此。”十月，公弟国荃奏请开湖北巡抚之缺，回籍调理。奉旨报可。
十二月，李鸿章剿平东捻。奉上谕：“大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩，著加恩加一云骑尉世职。钦此。”年终恩赏如例。
同治七年。四月二十四日，公自金陵启行。二十六日，至扬州查运库。二十九日，登金山，观苏文忠玉带，为诗纪之。旋登焦山。闰四月初三日，抵苏州省城。奉上谕：曾国藩著授为武英殿大学士。钦此。初十日，至上海县，驻铁厂，查阅洋炮轮船工程。十五日，公乘轮船回金陵。七月，李鸿章剿平西捻，奉上谕：曾国藩筹办淮军后路军火，俾李鸿章克竟全功。著交部从优议叙。钦此。诏以公调补直隶总督，马新贻调补两江总督，公疏请陛见。
十一月初四日，公自金陵启行，士民攀送，填塞街巷，为诗歌以饯者数十百人。十二月十三日，抵京，寓东安门外贤良寺。奉旨赏紫禁城骑马。
十四日，昧爽趋朝，见军机大臣于朝房。已正叫起，公山带领入养心殿之东间，皇上向西坐，两宫皇太后在后黄幔之内，慈安太后在南，慈禧太后在北。公入门跪奏，称臣曾国藩恭请圣安，旋免冠叩头，奏称臣曾国藩叩谢天恩毕，起行数步，跪于垫上。
慈禧皇太后问：“汝在江南，事都办完了？”对：“办完了。”
问：“勇都撤完了？”对：“都撤完了。”
问：“遣散几多勇？”对：“撤的二万人，留的尚三万。”
问：“何处人多？”对：“安徽人多。湖南人也有些，不过数千；安徽人极多。”
问：“撤得安静？”对：“安静。”
问：“汝一路来可安静？”对：“路上很安静。先恐有游勇滋事，却倒平安无事。”
问：“汝出京多少年？”对：“臣出京十七年了。”
问：“汝带兵多少年？”对：“从前总是带兵，这两年蒙皇上恩典，在江南做官。”
问：“汝从前在礼部？”对：“臣前在礼部当差。”
问：“在部几年？”对：“四年。道光二十九年到礼部侍郎任，咸丰二年出京。”
问：“曾国荃是汝胞弟？”对：“是臣胞弟。”
问：“汝兄弟几个？”对：“臣兄弟五个。有两个在军营死的，曾蒙皇上非常天恩。”碰头。
问：“汝从前在京，直隶的事自然知道。”对：“直隶的事，臣也晓得些。”
问：“直隶甚是空虚，汝须好好练兵。”对：“臣的才力怕办不好。”旋叩头退出。
十五日，辰初趋朝，已正叫起，六额附带领入养心殿东间，即叩头，奏称臣曾国藩叩谢天恩，起行数步，跪于垫上。
皇太后问：“汝造了几个轮船。”对：“造了一个，第二个现在方造未毕。”
问：“有洋匠不？”对：“洋匠不过六七个，中国匠人甚多。”
问：“洋匠是那国的？”对：“法国的，英国的也有。”
问：“汝的病好了？”对：“好了些。前年在周家口很病，去年七八月便好些。”
问：“汝吃药不？”对：“也曾吃药。”退出。
十六日，辰正趋朝，巳正叫起。僧王之子伯王带领入见，进门即跪垫上。
皇太后问：“汝此次来，带将官不？”对：“带了一个。”
问：“叫甚么名字？”对：“叫王衍庆。”
问：“他是什么官？”对：“他是记名提督，是鲍超的部将。”
问：“汝这些年见得好将官多不？”对：“好的倒也不少。多隆阿就是极好的，有勇有谋，此人可惜了。鲍超也很好，勇多谋少。塔齐布甚好，死得太早。罗泽南是好的。杨岳斌也好。目下的将官就要算刘铭传、刘松山。”每说一名，伯王在旁叠说一次。
太后问：“水师的将。”对：“水师现无良将。长江提督黄翼升尚好可用，但是第二等人才。”
问：“杨岳斌他是水师的将，陆路何如？”对：“杨岳斌长于水师，陆路调度差些。”
问：“鲍超病好了否，他现在哪里？”对：“听说病好些。他在四川夔州府住。”
问：“鲍超的旧部撤了否？”对：“全撤了。本存八九千人，今年四月撤了五千人，九月间臣调直隶时恐怕滋事，又将此四千人全行撤了。皇上如要用鲍超，尚可再招得的。”问：“汝几时到任？”对：“臣离京多年，拟在京过年，朝贺元旦，正月再行到任。”
问：“直隶空虚，地方是要紧的，汝须好好练兵；吏治也极废弛，汝须认真整顿。”“但是臣之精力现在不好，不能多说话，不能多见属员。这两年在江南见属员太少，臣心甚是抱愧。”
太后说：“汝实心实力去办。”伯王又帮太后说：“直隶省现无军务，去办必好。”
太后说：“有好将，尽管往那里调。”对：“遵旨竭力去办，但恐怕办不好。”
太后说：“尽力竭力，没有办不好的。”又问：“汝此次走了多少日？”对：“十一月初四启行，走了四十日。”退出。
十八日至内阁，到大学士任。先至诰勒房更衣，在公案一坐，次至满本房公案一坐，次至大堂一坐。横列六案，满东三案，汉西三案，公在西之第一案一坐，画稿两件。侍读中书等数十人来三揖，公答揖。旋至翰林院到任。先在典簿厅更衣，次至昌黎庙大堂一坐，次至至圣庙行礼，次至典簿厅更衣，次至昌黎庙行礼，次至清秘堂一坐。学士、编检等以次来三揖，公答揖。年终恩赏如例。
同治八年。正月初一日，寅初一刻，趋朝，卯初一刻，至景运门，旋过隆宗门，捧庆贺皇太后表文，进至慈宁门之东阶案上，内监接入。同事者阁学宋晋从内阁捧表，礼侍温葆深、李鸿藻前引也。旋在工部朝房等候，辰初随同皇上行庆贺皇太后礼。皇上在慈宁门行礼，一二品大臣在长信门外行礼。毕，至太和殿。辰正，皇上升殿受贺。公与大学士朱凤标在殿门正中外展表，太常寺司官宣读表文。皇上退，诸大臣补行三跪九叩礼。
十六日辰初二刻趋朝。是日赐廷臣宴，午正，入乾清门内。由甬道至月台，用布幔帐台之南，即作戏台之出入门。先在阶下东西排立，大学士倭仁在殿上演礼。午正二刻，皇上出，奏乐升宝座。太监引大臣入左右门。东边四席西向：倭仁首座，二座文祥，三座宝鋆，四座全庆，五座载龄，六座存城，七座崇纶，皆满尚书也；西边四席东向：公列首座，朱相次之，三座单懋谦，四座罗惇衍，五座万青藜，六座董恂，七鹰谭廷襄，皆汉尚书也。桌高尺许。升垫叩首，旋即盘坐。每桌前有四高装碗，如五供之状；后八碗亦鸡、鸭、鱼、肉、燕菜、海参、方饽、山楂糕之类。每人饭一碗；杂脍一碗，内有荷包蛋及粉条。唱戏三出。皇上及大臣各吃饭菜毕，将前席撤去。皇上前之菜及高装碗，太监八人轮流撤去；大臣前之菜，两人抬出一桌，抬毕另进一桌。皇上前之碟不计其数；大臣前之每桌果碟五，菜碟十。重奏乐，倭相起，众皆起立。倭相脱外褂，拿酒送爵于皇上前，退至展中叩首，众皆叩首。倭相又登御座之右，跪领赐爵，退至殿中跪。太监易爵，另进杯酒，倭相小饮叩首，众大臣皆叩首。旋各赐酒一杯。又唱戏三出。各赐奶茶一碗，汤圆一碗，山茶饮一碗。每赐皆在垫上叩首。旋将赏物抬于展外。各起，出至殿外谢宴谢赏，一跪三叩，依旧排立东西阶下。皇上退，奏乐，蒙赏如意一柄，磁瓶一个，蟒袍一件，鼻烟一瓶，江绸袍褂料二副。各尚书之赏同一例也。
十七日，辰初二刻，趋朝。是日请训。午初召见皇太后问：“汝定于何日起身出京？”对：“定二十日起身出京。”
问：“汝到直隶，办何事为急？”对：“臣遵旨以练兵为先，其次整顿吏治。”
问：“汝打算练二万兵？”对：“臣拟练二万人。”
问：“还是兵多些，勇多些？”对：“现尚未定，大约勇多于兵”
问：“刘铭传之勇现扎何处？”对：“扎在山东境内张秋地方。他那一军有一万一千余人，此外尚须练一万人。或就直隶之六军增练，或另募北勇练之，俟臣到任后察看，再行奏明办理。”
问：“直隶地方也不干净，闻尚有些伏莽。”对：“直隶、山东交界地本有枭匪，又加降捻游匪，处处皆有伏莽，总须练兵，乃弹压得住。”
问：“近来外省督抚也说及防海的事不？”对：“近来因长毛捻子闹了多年，就把海防的事都看松些。”
问：“这是一件大事。”
对：“这是第一件大事。兵是必要练的，那怕一百年不开仗，也须练兵防备。兵虽练得好，却断不可先开衅，讲和也要认真练兵，兵也要认真。二事不可偏废，都要细心的办。”问：“也就靠你们替我办一办。”
对：“臣尽心竭力去办。凡有所知，随时奏明请示。”
问：“直隶吏治也疲玩久了，你自然也都晓得。”对：“一路打听，到京又问人，也就晓得些。属员拿无畏惮，臣到任后，不能不多参几人。”
问：“百姓也苦得很。”对：“百姓也甚苦。年岁也不好。”
问：“你要的几个人，是跟你久了的？”对：“也跟随臣多年。”太后顾带见之惠郡王云：“叫他就跪安。”起身走数步，复跪奏云：“臣曾国藩跪请圣安。”退出。
二十日出都。二十一日，巡视永定河堤工。二十七日，抵保定省。二月初二日，接篆视事。三月初五日，刊发隶清讼事宜十条。四月初六日，验收河工。初八日回署。公疏称直隶练兵，当参用东南募勇之法，仍须户部筹饷，然后营务方有起色。旨报可。二十三日，永定河复决，公自请议处。十月初十日，公出省验收河工。二十三日，回署。十二月，公疏称畿南各属灾歉较重，拟于来春以贷为赈，请于天津存储项下拨制钱十万串，解至大名，预备散放。年终恩赏如例。
同治九年。正月，核练军马队章程。二月初二日，公疏称清理积案，计审结及注销之案四万一千余起，请将勤奋之员酌奖。三月，公右目失明。四月二十一日，公患眩晕，请假一月调理。公子纪泽赴荫生试。奉旨以员外郎分部行走，签分户部陕西司。五月二十二日，公因病尚未痊，展假一月。
二十三日，天津民教相讧。奉上谕：“曾国藩奏遵旨复陈一折另片所陈善全和局，以为保民之道，预备不虞，以为立国之本。甚属曲当事理。即著该督坚持定见，悉心经理，用全大局。钦此。”七月，奉上谕：“该督至津后，统筹全局，次第办理，其中委曲求全，万不得已之苦衷，在稍达事理者自无不谅。刻下府县一层坚持定见，当可就我范围；如能将为首滋事及下手之人严拿务获，讯取确供，按律议抵，大局似可粗定。钦此。”
是月两江总督马新贻为刺客张汶祥所害。诏以公调补两江总督，李鸿章调补直隶总督。公具疏恳辞。奉上谕：“曾国藩奏沥陈病目情形，请另简贤员，畀以两江重任一折。两江事务殷繁，职任綦重。曾国藩老成宿望，曾在两江多年，情形熟悉，措置咸宜。现虽目疚朱痊，但能坐镇其间，诸事自可就理。所请另简贤员之处，著毋庸议。钦此。”九月，天津民教之案办结。
是年，公寿六十。奉旨赐寿。御书“勋高柱石”匾额一面，福寿字各一方，梵佛铜像一尊，紫檀嵌玉如意一柄，蟒袍一件，吉绸十件，线绉十件。公具疏谢恩，并恳请陛见。奏旨着来见。
二十五日入都。二十六日趋朝，巳正三刻，入养心殿之东间，叩谒皇太后、皇上圣安，旋即叩头恭谢天恩。
慈禧皇太后问曰：“你何日自天津起程？”对：“二十三日自天津起程。”
问：“天津正凶曾巳正法不？”对：“未行刑。旋闻领事之言，俄国公使即将到津，法国罗使将派人来津验看，是以未能遽杀。”
问：“李鸿章拟于何日将伊等行刑？”对：“臣于二十三日夜接本鸿章来信，拟于二十五日将该犯等行刑。”
问：“天津百姓现尚刁难好事不？”对：“此百姓业已安谧，均不好事。”
问：“府县前逃至顺德等处，是何居心？”对：“府县初撤任时并未拟罪，故渠等放胆出门，厥后遣人谕知，业已革参交部，该员等惶骇，始从顺德、密云次第回津。”
问：“你右目现尚有光能视不？”对：“右目无一隙之光，竟不能视，左目尚属有光。”
问：“别的病都好了么？”对：“别的病算好了些。”
问：“我看你起跪等事精神尚好。”对：“精神总未复原。”
问：“马新贻这事岂不甚奇？”对：“这事很奇。”
问：“马新贻办事很好。”对：“他办事精细和平。”退出。
二十七日，辰初三刻，入朝已初三刻后蒙召入对，巳正三刻进见。
皇太后问：“你在直隶练兵若干？”对：“臣练新兵三干，前任督臣官文练旧章之兵四千，共为七千。拟再练三千，合成一万，已与李鸿章商明，照臣奏定章程办理。”
问：“南边练兵也是最要紧的，你们好好的办去。”
对：“现在海面尚平安，惟当设法防守。臣拟在江中要紧之处修筑炮台。”
问：“能防守便是好的，这教堂就常常多事。”对：“教堂近年到处滋事，教民好欺不吃教的百姓，教士好庇护教民，领事官好庇护教士。明年法国换约，须将传教一节加意整顿。”
问：“你几时出京？”对：“万寿在迩，臣随班行礼后，再行跪安请训。”退出。
十月初一日，奉派入坤宁宫吃肉。寅正一刻入朝。卯正二刻传入乾清宫，与众王大臣立谈。三刻入，过交泰殿，至坤宁宫。皇上坐西南隅榻上，背南窗北向而坐；各王大臣以次向西而坐，以南为上。第一排南首为惇王、恭王，以次而北；第二排又自南而北；公坐第五排之南首一位。初进钉盘、小菜、酱瓜之类一碟，次进白肉一大银碟，次进肉丝泡饭一碗，次进酒一杯，次进奶茶一杯。约二刻许退出。
初九日，召对于养心殿，慈禧皇太后问：“你几时起程赴江南？”对：“臣明日进内随班行礼毕后三两日即起程前赴江南。”
问：“江南的事要紧，望你早些儿去。”对：“即日速去，不敢耽搁。”
问：“江南也要练兵。”对：“前任督臣马新贻调兵二千人在省城训练，臣到任当照常训练。”
问：“水师也要操练。”对：“水师操练要紧。海上现造有轮船全未操练，臣去拟试行操练。长江之中拟择要隘处试造炮台。海面虽安静，也须设法防守。”
问：“你从前用过的人，此刻好将尚多么？”对：“好将现在不多。刘松山便是好的，今年糟蹋了。可惜！”
问：“实在可惜。文职小官也有好的么？”对：“文职小官省省都有好的。”
问：“水师还有好的么？”对：“好将甚少。若要操练轮船，必多求船主。”
太后少停未问，旋告六额附曰：“令他即可跪安。”公立起，退至帘前，复跪请圣安，旋即出。
十月十一日，公六十初度，湖广同乡京官称觞于湖广会馆。十五日出都。闰十月二十日，抵金陵，住巡道署。二十二日，接篆视事。年终恩赏如例。
同治十年正月，公与钦差郑敦谨奏结张汶祥行刺马新贻一案，该犯实无主使，应凌迟处死。疏陈河运艰难，请旨饬各督抚通筹运道全局，为可久之规。二月，疏复淮南盐引碍难增价。又奏永州、宝庆引地，未便改运粤盐，并川盐侵占淮南引地，宜议规复。
六月初八日，公泛舟城北元武湖，游历秦淮诸胜。见画舸往来，笙歌杂还，大有承平之象，公为欣然。七月，公与李鸿章会奏派刑部主事陈兰彬，江苏同知容闳，选带聪颖子弟赴泰西各国肄习技艺。从前斌椿、志刚、孙家谷等奉使海外，亲见各国军政、船政，皆视为身心性命之学，中国宜规仿其意。查照和约，先赴美国学习，计程月余可到。所需经费，请饬下江海关按年指拨，毋使缺乏。
八月十三日，出省大阅。十九日，至扬州。二十八日，至清江浦。九月初三日，至徐州。十五日，回清江舟次。二十月，至丹阳。二十二日，至常州。二十六日，至常熟，登福山，以望洋面。二十八日，至苏州。十一日，至吴淞口。校阅已毕，因演试轮船。凡四号：曰恬吉，曰威靖，曰操江，曰测海，皆公所命名也。十五日，回金陵。十一月十二日，移届新修督暑，即承平时督署故址也。年终恩赏如例。
同治十一年。正月二十三日，公病肝风。右足麻木，良久乃愈。二十六日，前河道总督苏廷魁过金陵，公开城迎候。舆中背诵《四书》，忽手指戈什哈，欲有所言，口噤不能出声，遂回署。
二十九日，公自书日记云：“余病患不能用心。昔道光二十六七年间，每思作诗文，则身上癣疾大作，彻夜不能成寐。近年或作诗文，亦觉心中恍惚，不能自主。故眩晕、目疾、肝风等症，皆心肝血虚之所致也。不能溘先朝露，速归于尽。又不能振作精神，稍治应尽之职，苟活人间，惭悚何极。次日又曰：余精神散漫已久，凡遇应了结之件，久不能完，应收拾之件久不能检，如败叶满山，全无归宿。通籍三十余年，官至极品，而学业一无所成，德行一无所就。老大徒伤，不胜悚惶惭赧。”
二月初二日，公方阅案牍，执笔而手颤，欲言而不能出声，有顷复愈。因告公子纪泽，丧事宜遵古礼，勿用僧道。初三日，阅《理学宗传》中《张子》一卷，又有手颤心摇之象。初四日午后，公周历署西花园，公子纪泽从。游毕将返，忽呼足麻，扶掖至厅事，端坐而薨，是日戌刻也。城中惊传火起，救视无见，他处皆见大星陨于金陵城中。士民巷哭野祭，如丧慈母。事闻，上震悼，辍朝三日。
奉谕曰：“大学士、两江总督曾国藩学问纯粹，器识宏深，秉性忠诚，持躬清正，由翰林蒙宣宗成皇帝特达之知，洊升卿贰。咸丰三年间，创立楚军，剿办粤匪，转战数省，迭著勋劳。文宗显皇帝优加擢用，补授两汀总督，命为钦差大臣，督办军务。朕御极后，简任纶扉，深资倚任，东南底定，厥功最多。江宁之捷，特加恩赏给一等毅勇侯，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。历任兼圻，于地方利病尽心筹画，老成硕望，实为股肱心膂之臣。方冀克享遐龄，长承恩眷，兹闻溘逝，震悼良深。曾国藩著追赠太傅，照大学士例赐恤，赏银三千两治丧，由江宁藩库发给。赐祭一坛，派穆腾阿前往致祭。加恩予谥文止，入祀京师昭忠祠、贤良祠，并于湖南原籍、江宁省城建立专祠。其生平政绩事实宣付史馆，任内一切处分，悉予开复，应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。其一等侯爵，即着伊子曾纪泽承袭，毋庸带领引见。其余子孙几人，着何璟查明具奏，候旨施恩，用示笃念忠良至意。钦此。”
十八日，奉上谕：“前据穆腾阿等并梅启照同日奏到。曾国藩因病出缺，当降旨优予恤典，并于湖南原籍、江宁省城建立专祠，生平政绩事实宣付史馆。一等侯爵，即着伊子曾纪泽承袭。其余子孙几人，令何璟查明具奏，候旨施恩。兹据何璟历陈，曾国藩公忠体国，懋著贤劳，览奏尤增悼惜。何璟原折着暂行留中，即将该故督之孙何名、年岁若干查明具奏，再降谕旨。钦此。”
四月二十八日奉上谕：“大学士两江总督曾国藩于本年二月间因病出缺，当降旨优予恤典，并于湖南原籍、江宁省城建立专祠，生平政绩事实宣付史馆。一等侯爵，即令伊子曾纪泽于承袭。其余子孙几人，令何璟查明具奏，候旨施恩。旋据何璟、英翰、李瀚章先后胪陈曾国藩历年勋绩，英翰、李鸿章并请于安徽、湖北省城建立专祠。又据何璟遵查该故督子孙详晰复奏，披览之余，弥增悼惜。曾国藩器识过人，尽瘁报国。当湘、鄂、江、皖军务棘手之际，倡练水师，矢志灭贼，虽屡经因厄，坚忍卓绝，曾不少渝。卒能万众一心，削平逋寇。功成之后，寅畏小心，始终罔懈。其荐拔贤才如恐不及，尤得以人事君之义，忠诚克效，功德在民。允宜迭沛恩施，以彰忠荩。曾国藩着于安徽、湖北省城建立专祠。此外立功省分并着准其一体建祠。伊次子附贡生曾纪鸿、伊孙曾广钧均着赏给举人，准其一体会试。曾广镕着赏给员外郎，曾广铨着赏给主事，均候及岁时分璟、英翰、李瀚章折三件均着宣付史馆，用示眷念勋臣，有加无已至意。”
又奉御赐祭文，曰：“朕惟功懋赏，信圭表延世之勋；思赞赞襄，雕俎厚饰终之典。爰申斝奠，用贲丝言。尔原任大学士、两江总督、一等毅勇侯、赠太傅曾国藩，赋性忠诚，砥躬清正。起家词馆，屡持节而抡才；洊陟卿曹，辄上书而陈善。值皇华之载赋，闻风木而遄归。忽乡邻有斗之颇惊，潢池盗弄；懔战阵无勇之非孝，墨绖师兴。奇功历著于江淮，大名永光于竹帛。俾正钧衡之位，仍兼军府之尊。一等酬庸，锡侯封于带砺；双轮曳羽，飘翠影于云霄。重锁钥而任北门，百僚是式；还敬戒而惠南国，万众腾欢。方期硕辅之延年，岂意遗章之入告。老成忽谢，震悼良深。颁厚膊于帑金，遣重臣而奠醊。特易名于上谥，赠太傅之崇阶。列祀典于昭忠、贤良，建专祠于金陵、湘清。彝章载考，初祭特颁。於戏！天不慭遗一老，永怀翊赞于元臣。人可赎兮百身，用寄咨嗟于典册。灵其不昧，尚克歆承。”
又奉御赐祭文曰：“朕惟位兼将相，仗经文纬武之才；气壮山河，懋崇德报功之典。爰陈芳奠，用奖成劳。尔原任大学士、两江总督、一等毅勇侯、赠太傅曾国藩，学有本原，气成远大。忠诚体国，节劲凌霜。正直律躬，心清盟水。初联班于玉署，芸省蜚声。旋献贼于銮坡，芝坊晋秩。叠司文柄，先蜀郡而后洪都。频进谠言，因疾风而知劲草。卿阶超擢，荷先朝特达之知；忠悃弥摅，笃臣子靖共之谊。乃乘轺而奉使，旋持服以去官。值粤逆之纷来，遂楚军之创立。援墨绖从戎之义，俾移孝以作忠；励丹心报国之诚，每出奇而制胜。选将不拘常格，募壮士于三科；分军屡拔逆巢，慑长城于万里。秩隆总制，节授专征。泊朕宝祚诞膺，皖江告捷。特晋钧衡之位，仍持旄钺之权，扫穴擒渠，告成功于建业；酬庸锡爵，膺懋赏于通侯。叠翠羽以增辉，贲黄裳而耀彩。未几畿疆移节，藉修三接之仪；既因南服需才，仍莅两江之任。方冀长承湛露，恩眷优隆。何期遽陨大星，老成凋谢。览遗章之入奏，震悼良深。予恤典以从优，哀荣是备。谕重臣而致奠，给国帑以治丧。崇阶赠太傅之衔，秩祀永贤良之誉。并专祠之分建，宜世爵之钦承。特沛丹纶，增光青史。谥为“文正”，允副嘉名。於戏！日赞黄扉，勋业永思夫补衮；风凄丹旐，怆怀倍切于骑箕。歆是苾芬，荣兹俎豆。”
又奉御赐入祀贤良祠祭文曰：“闻鼓鼙而思将帅，每深良弼之怀；治馨香而感神人，用永明禋之报。崇祠载列，元祀攸隆。尔原任大学士、两江总督、一等毅勇侯、赠太傅曾国藩，学蔚儒宗，忠全令德。早入承明之选，玉尺提衡。洊跻卿贰之班，冰壶洁操。历华省而谠言屡上，议礼制而正论无阿。迨奉讳以旋湘，乃尽哀于庐墓。值戎车之告警，奋集乡兵；爰墨绖以誓师，恪遵朝命。勇呼爪士，率长沙子弟以先来；捷奏肤公，挽半壁河山而永定。纶扉懋赞，总制仍兼。双轮扬上将之华，辉增翠羽；一等锡通侯之贵，服称黄褂。延爵赏于后人，畀宫衔于太保。节制甫资于北道，旌旄转于南方。歌遵渚而人望鸿飞，奠长江而民争蛾伏。范希文以天下自任，志事终酬；李西平为社稷而生，身名俱泰。江淮流惠，草木知名。方倚元老以图功，忽怅台星之敛耀。披章轸侧，厚礼饰终。晋太傅之崇封，易嘉名于上谥。念经天而纬地，斯谓之文；医辅世而长民，尔身克正。允表贤良于京国，惓怀耆旧于湖湘。庙貌聿新，丞赏罔替。有功德于民则祀，尚念典型；俎豆之事常闻，载颁芬飶。昭兹休渥，式克钦承。”
又奉御赐碑文曰：“朕惟台衡绩懋，树峻望于三公；钟鼎勋垂，播芳徽于百世。宠颁紫綍，色焕丹珉，尔原任大学士、两江总督、一等毅勇侯、赠太傅曾国藩，秉性忠纯，持躬刚正。阐程朱之精蕴，学茂儒宗；储方如之勋献，器推公辅。登木天而奏赋，清表风规；历芸馆而迁资，诚孚日讲。屡持使节，兼校春闱。洊擢卿班，允谐宗伯。溯建言之直节，荷殊遇于先朝。凡兹靖献之丹忱，早具忠忱之素志。乃突来夫粤匪，俾训练夫楚军。拔岳郡而克武昌，功如破竹；靖章江而平皖水，威振援袍。两江尊总制之权，九伐重元戎之命。朕丕承基绪，眷念成劳。荣衔特畀以青宫，峻望更登诸黄阁。辞节于三省四省，弥见寅恭；精词度于湘军准军，务严申令。联苏杭为犄角，坚垒同摧；倚昆季为爪牙，逆巢直捣。金陵奏凯，慰皇考知人善用之明；玉诏酬庸，褒元老决胜运筹之略。既析圭而列爵，亦叠翠以飘缨。既而畿辅量移，因之阙廷展觐。汲黯近戆，实推社稷之臣；杨震厚遗，无惭清白之吏。惟是疮痍未复，每廑念乎天南；锁钥攸同，仍遄归于江左。方谓功资坐镇，何期疾遽沦殂！赠太傅而阶崇，祀贤良而誉永。专祠遍祭，世赏优颁。易名以表初终，核实允孚文正。於戏！松楸在望，倍怀麟阁之遗型；金石不磨，长荷鸾纶之锡宠。钦兹巽命，峙尔丰碑。”
薪宁刘长佑印渠
德清俞 樾荫甫
嘉兴钱应溥子密
南昌梅启照筱岩
西乡李文敏捷峰
瑞安孙衣言绍闻
中江李鸿裔眉生
歙县程桓生尚斋
临桂王必达霞轩
泾县洪汝奎琴西
宁乡陈济清云卿
平江李元度次青
湘阴郭嵩焘意城
桐城吴汝纶挚甫
阳湖赵烈文惠甫
无锡薛福成叔耘
武昌张裕钊廉卿
忠州李士棻芋仙
遵义黎庶昌莼斋
东湖王定安鼎丞
湘潭王闿运壬秋
浏阳贺宏勋云舲
长沙杨书霖商农
善化黄维申笏堂
石埭杨文会仁山参校
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