湘軍與淮軍是清季兩支具有極濃厚“私軍”色彩的軍隊，均蹶起於剿攻太平軍時期，淮出於湘；但在太平軍底定後，曾國藩憂讒畏譏，而且顧慮到軍隊的暮氣已深及餉需難繼等因素，毅然將湘軍的絕大部份解甲歸田，因此，在同治四年（一八六五）後當剿撚軍事急需新派援軍時，保持完整建制的淮軍，即負起最大部份的責任；淮軍並未因太平軍的軍事告一段落而大事減縮，反而因撚亂而大大擴充；加以淮軍統帥李鴻章自初即有獨樹一幟建立以自己為中心的軍系的野心，在許多方面頗與老祖師的湘軍立異，最後竟青出於藍而勝於藍，於平定撚軍後，成為清季捍衛海防、江防重要區域的一支最重要的國防軍。而且由於李鴻章自同治九年（一八七○）八月後開始擔任直隸總督，坐鎮天津，以清廷的“看家犬”自任，又運用其縱橫捭閡的手腕，聯結京中權貴，操縱清廷的政治決策，並實際主持中國重大的對外交涉，權勢顯赫，其所倚恃的淮軍亦聲威鼎盛，在各省軍政方面的影響甚大，左宗棠稱淮軍集團“李瀚章（鴻章）一門，勳伐既高，依附者眾，當時隨從立功，身致富貴者，又各有其親友，輾轉依附，實繁有徒”。同時期內的湘軍，雖然已大部裁撤，但百足之蟲，死而不僵，數支重要的湘系軍隊，依然存在，其中最重要的一支即系追隨左宗棠西征陝甘（一八六八——八七八）攻剿西北回軍的“老湘營”，此支湘軍後來並西攻進入天山南北路，收復了淪陷幾達十四年的新疆。其他各支湘軍，也曾在攻撚各役中擔負一定的攻防任務；加之咸豐、同治後湘軍出身的督撫將帥遍佈京外要津，湘軍在軍事政治上的實力，除左宗棠所部在西北一支獨秀外，皂口在其他各省，亦隱然成為一股集團性的力量，與李鴻章的淮系軍政力量相頡抗。湘、淮軍在清季最後的五、六十年當中，毫無疑問的，是兩股重要的力量，在軍事方面固然如此，在政治上亦隱然為兩大集團，在京朝各省間各有其不可忽視的實力。本文所討論的範圍，不擬過於擴大，而只就十九世紀六十年代攻剿撚軍期間兩軍之間的合作與衝突，作一探討；其他涉及的事項，則暫不論及。
一
湘、淮軍大規模參與攻剿撚軍的戰事，是同治四年四月廿四日（一八六五、五、十八、）蒙古科爾沁博多勒噶台親王僧格林沁在山東曹州府荷澤西北戰敗被戕以後的事。僧格林沁是當時清廷最倚畀信任的一員八旗勇將，聲威最著，權位最高。他在咸豐十年（一八六○）秋英法聯軍退出北京後，因撚、教軍進攻濟寧，即奉命南下攻剿，轉戰直隸、魯西及登州、萊州等地；後又進入豫東，大殺反叛者五萬人。咸豐十一年（一八六一），因功進爵親王，世襲罔替，次年（一八六二）七月，並奉命總統山東、河南軍務，所有直隸、山東、河南、山西各省督撫提鎮及各團練大臣，均歸節制。僧軍直屬部隊雖只有一萬二千人，但其騎兵戰力驃悍，有戰馬五千餘匹，驍將如杭州將軍國瑞、都統富明阿、副都統恒齡等，皆隸麾下；步兵中總兵陳國瑞尤稱驍勇出眾，常能以少勝多。同治二年（一八六三）二月，僧軍翼長舒通額部直攻安徽亳州雉河集、尹家溝兩撚軍老巢，先擒撚軍總領袖“盟主”張洛（樂）行父子大殺十萬人；撚軍餘眾在張宗禹（總愚）、任柱（著，又名化邦）等統率下，西趨豫、鄂邊境南陽、棗陽一帶、稍後，僧軍即轉而再度進入山東，攻擊鄒縣教匪，大敗黑旗宋景詩。當時由於淮北練總苗沛霖又叛，僧格林沁親自從直隸大名督師南下，于同治二年（一八六三）三月，命令苗沛霖散練歸農，因苗藉口延宕，乃於是年十月，一舉擊潰苗軍，苗本人被殺，軍威大振。皖北宣告肅清。
不過，自蒙城、亳州老巢西趨的撚軍數千人，在張宗禹任柱的領道下，很快即在湖北與自陝西回救南京不及的太平軍餘眾遵王賴文光軍合併，採用太平軍的軍法部勒，各首領敢號稱王，如張宗禹為梁王，任柱為魯王，李允為衛（魏）王，牛洛（老）紅為荊王；遵王賴文光部下，則有懷（淮）王邱遠才、列王徐呂先、首王範汝增、宗王任三厭等；又吸引了苗沛霖的殘部，及在豫、鄂裹脅鄉民，實力因而大增，有馬、步軍六、七萬之眾，又在戰術上改采以騎兵為主的運動戰，聲勢再起；于同治三年（一八六四）六月，佔領湖北羅田，向南進攻黃安、麻城、蘄水，總兵石清吉陣亡，鮑超部霆軍留鄂之成大吉部被困蘄北，湖北的情勢緊急。僧格林沁率軍來攻，接戰不利，撚軍進攻廣濟，僧軍馬隊常星阿戰敗；僧軍先退光州，後退鄧州，大隊撚軍則轉而攻擊豫西南的魯山、南召，僧軍驍將恒齡、舒通濟、蘇克金等戰死，軍威再挫。當時湖廣總督官文駐軍鄂東黃州，檄令湘軍道員蔣凝學部進援羅田，因軍情緊急，清廷並命令剛剛克復南京的兩江總督曾國藩移駐安慶援鄂，又命令已赴皖北的湘軍劉連捷、朱洪章及淮軍劉銘傳等部改援湖北，並擬大調湘軍易開俊部西上接應。不過，僧格林沁本人對於戰事的發展，滿懷自信，於反敗為勝後，即在湖北、河南實行“威力追剽”的戰略，緊迫流動中的撚軍，覓求決戰殲敵，而拒絕湘、淮軍的增援，認為在戰力上，“皖軍為上，豫軍次之，楚軍為下”。
撚軍在僧軍的壓力下，則採取靈活的運動戰略，行動迅速，飄忽不定，分合無常，賴文光、張宗禹、任柱等運用大量的騎兵，在豫西、鄂北盤旋運動，“以走致敵”，而迅速集中兵力伺機反撲敵人。同治四年（一八六五）初，突然由河南鄢陵、汝陽之三河尖，大舉南竄，日夜不停，僧軍全順、陳國瑞、何建鱉等部踉蹤追逐；僧王本人因剿撚心切，尤冒進輕敵，曾自率數千親兵與十餘萬撚軍隔河對壘。而撚軍于同年二月突然再兵鋒一轉，回竄原駐地的鄢陵、扶溝、杷縣，北入睢縣，日行幾二百里，複東向由李八集越過黃河老堤，經考城進入山東曹、荷等縣。僧軍在後追趕，一個月之內，迴旋賓士不下三、四千里，凡撚軍所至，過一、二日或數日後僧軍必追至，接戰時或略有戰果，但總無法大量予撚軍以殲滅性的打擊。而且撚軍常佯敗退走，引誘僧軍不停地追趕，以疲累之，僧軍因帶乾糧數十日，不離鞍馬。此次追逐進入魯西南後，將士戰力己疲，士氣亦低落，手乏不能舉韁，乃以布帶系於眉上馭馬。最後在荷澤西南吳家店、李莊一帶遇伏，為大隊撚軍所包圍，僧格林沁本人被殺，所部大將內閣學士全順、額爾經厄及總兵何建鱉當均戰死，陳國瑞則受重傷。由於僧軍騎兵的戰馬五千多匹幾全為撚軍所俘，因而使撚軍的戰力更為增強。
二
僧格林沁全軍的覆沒，使清廷大為震動，不得不在剿滅太平軍之後再度依賴曾國藩來剿撚，因而在同治四年五月四日（西曆五、廿八、）任命曾為欽差大臣，以原任兩江總督的身份督辦直隸、山東、河南三省軍務，所有三省旗、綠各營及地方文武，均歸節制；而以蘇撫李鴻章署兩江總督。不過，曾氏所直轄的湘軍，在攻剿太平軍的末期，雖有八、九萬之眾，其中曾國荃部約五萬人，鮑超之霆軍約二萬人，另加水師等。但在克復南京之後，鮑超部即自安徽、江西南調，圍剿流竄於閩、粵的太平軍殘部；曾國荃部則被大量裁撤，先于同治三年七月即先裁二萬五千人，此後一年內陸續裁撤連同湘軍其他各部共達六萬人，除駐紮皖南、北的劉松山、劉連捷、易開俊等部一萬五千人不裁外，只留十六營約一萬人留守南京。曾國荃本人亦憤而請退，親率裁撤的湘軍返鄉。惟曾國藩在受命剿撚後，由於各裁餘駐紮南京附近的湘軍各部，不願隨其北征，乃再裁撤十二營六千多人，所以，曾氏直轄的湘軍合之新募之四營，也不過只有三千或四千人；合之願意隨曾剿撚的劉松山、張詩日等部，總數不過九千至一萬人。但李鴻章的淮軍五萬人，在太平軍戰事結束後，雖有減縮為三萬人的計畫，實際並未執行，只裁汰了老弱數千，因而保持完整。所以，曾國藩剿撚所依靠的兵力，除自己的湘軍劉松山、張詩日、易開俊為部（劉連捷部已調江西），主力實為淮軍。
事實上，在僧格林沁戰歿前，曾、李已調派淮軍精銳劉銘傳（銘軍）、張樹聲、張樹珊（樹軍）、周盛波（盛軍）等駐紮蘇、魯、皖邊境徐州一帶，但不與僧軍協同作戰，也不讓僧格林沁指揮其軍隊，而在僧軍苦戰于曹州附近時坐觀成敗。所以，曾氏首先調用的淮軍部隊即此劉、張、周三軍及即選道吳毓芬軍（在揚州）等共約二萬二千人；稍後，由上海航海調往天津而南下的潘鼎新部（鼎軍）及自蘇、松北上的楊鼎勳（勳軍）、郭松林（松軍）、劉士奇（奇軍）及劉秉璋、王永勝等部始參加作戰，合計約三萬六千人。淮軍的制式裝備，每營有洋槍多則四百桿，少亦三百餘桿，全淮軍合計有洋槍三、四萬桿，更有攻堅用的開花炮隊四營；湘軍每營則只裝備抬槍、小槍一百廿多桿；故兩軍的戰力，有相當的差距。
湘、淮軍都是私人色彩極濃厚的軍隊，雖然淮出於湘，但因曾、李各私其軍，事實上，雙方在攻剿太平軍的末期，芥蒂已深，如曾氏兄弟拒絕淮軍之參預進攻南京，稱李鴻章“氣燄頗大”，“淮勇騷擾驕傲”，而只徵調淮軍中之湘系郭松林部助攻，李鴻章則推詞拒絕；曾國藩又嚴令李鴻章召回程學啟、張樹聲新募駐紮蕪湖的淮軍，以水運運赴上海；李鴻章則堅決拒絕曾國藩調回原屬湘軍的淮揚水師黃翼升，因此，雙方發生衝突。曾國藩老謀深算，豈不知淮軍已成為李氏私家軍的事實，所以，為要倚重淮軍剿撚，即首先安排以李鴻章為署兩江總督，又以李瀚章代為江蘇巡撫，另帶李氏之弟昭慶（後曾帶武毅軍）、鶴章隨軍作戰，以李家作為指揮淮軍的媒介。又為協調淮軍諸將間的關係，並奏調淮軍中派系觀念較淺的劉秉璋（慶軍）為全軍襄辦，以利指揮作戰。但淮軍各將領仍然不甚聽從指揮，常對曾氏的命令陽奉陰違，各將彼此間又各不相下，劉秉璋亦無法協調。而李鴻章對於改隸曾國藩指揮的淮軍，則凡事干預，因劉秉璋與曾國藩密切合作，建議築長牆守運河一線，以阻止撚軍的騎兵，使不能渡過運河；李大表不滿，乃以江督的地位，藉口兵餉不能增加，事事干涉劉秉璋；又屢次奏陳剿撚的方略，用意在擾亂曾氏已在執行中的一些方案，建議“多練馬隊”，“令直、東、豫、皖各省堅璧清野”，使曾氏受到很大的困擾。
曾國藩奉命剿撚後的第一項步驟，即指令原駐魯、蘇邊境的銘軍進駐魚台、滕縣附近，盛軍駐徐州，樹軍駐韓莊。稍後，因銘軍在濟甯與原隸僧格林沁之陳國瑞軍，發生衝突，雙方死傷甚重，乃改調銘軍赴皖北。對於僧軍的殘餘部隊，則只收編其精銳三千人，餘均遣散。當時擊滅僧軍的撚軍張宗禹、任柱等已乘勝返回其亳州老巢，積極圍攻駐紮原撚軍根據地雉河集的安徽布政使英翰所部及駐紮蒙城的湘軍易開俊部，經銘、盛兩軍的增援，撚軍始敗走。曾國藩並實行“攔剿”戰略，在蘇、皖、魯、豫四省邊境地區，設置四大軍事重鎮，稱為“老營”，安徽以臨淮為中心，由老湘營之劉松山軍屯紮；江蘇以徐州為中心，以張樹珊（聲）的樹軍屯紮；豫東以周家口為中心，由劉銘傳的銘軍屯紮；魯西以濟寧為中心，由潘鼎新的鼎軍屯紮；“四路各駐大兵，多儲糧草子藥”，改僧格林沁原來的“追剿”戰略為“攔剿”戰略。曾氏本人則視各“老營”軍情的緩急，先駐徐州，旋移駐臨淮，最後則坐鎮于周家口。而在四大鎮之中，淮居其三，只有一鎮為湘軍。此外，又設立專負追剿的“遊擊”部隊，由各軍輪流擔任，專負尾追攻擊運動中的撚軍之責，先由銘軍擔任，後改由慶軍（劉秉璋）、王永勝（開字營）軍負責，再由鼎軍、勳軍及湘軍劉松山、張詩日等繼之，各軍輪流休息。為堵截撚軍在黃淮大平原東部自由向大平原西部的豫西與鄂北流動，曾國藩又在豫東沙河、賈魯河一線設立防線，自周家口以北經朱仙鎮至開封，主要為陸防，自周家口以南至正陽關及正陽關以南，主要為河防。所以，曾氏基本的戰略，是合“攔剿”、“圍堵”與“追剿”為一體，三者混合採用。
但撚軍很快脫離開黃淮大平原東部四鎮“圍堵”的區域，改竄往大平原西部。曾國藩為加強豫西、鄂北的防務，使其“攔剿”戰略奏效，又微調鮑超的霆軍自粵、贛入鄂，以為西路攻撚的主力。霆軍雖然亦為湘軍的一部分，所部官兵上下幾全為湘人，但因鮑氏本人為四川籍，而湘人的派閥觀念極重，故始終被排斥於湘軍的嫡系之外，在攻討太平軍的整個過程，霆軍立功雖大，但一直為曾氏兄弟所抑制，不准在太平軍末期參預進攻南京之後，故苦戰多而所受獎賞最薄；所以，鮑對曾國藩兄弟始終芥蒂在心。霆軍有馬隊十二營，步兵廿營，共約一萬六千人。受命後，鮑氏本人先于同治五年（一八六六）四月即到達湖北，先駐蘄春、黃安、麻城一帶，後北進至河南光州、固城，一度追逐撚軍至魯山、洛陽與陝州；不久，再南移駐紮于樊城、襄陽一帶。清廷又于同治五年一月，再度起用曾國荃，任之為湖北巡撫。曾氏到任後，即淘汰鄂省之原有軍隊，代之以湘軍六千人，由其原隸麾下之宿將布政使銜彭毓橘總率，在黃州、德安一帶駐紮。湘軍劉松山部此時也因追撚自鄂北進入豫西之汝陽、洛陽、陝州等地作戰。所以，至同治五年夏秋間，曾國藩所轄剿撚的軍隊，包括霆軍在內，已不下七、八萬人；外加湖北、河南、山東、安徽等省的地方部隊，合計又有五、六萬人。大致擔任東路作戰的主力軍，幾全為淮軍，西路主力則為湘軍（霆軍在內）。東路各軍中，以銘軍的戰力最強，士氣最盛，軍紀最好，最為得力；該軍自同治四年（一八六五）十二月以後即流動追逐撚軍於湖北、安徽、河南、山東四省之間，老湘營及鼎軍次之，盛軍、慶軍、勳軍、樹軍等又次之。
不過，撚軍所用的運動戰，相當有效，經常在黃、淮之間的大平原上，包括江蘇的淮、徐，安徽的穎、鳳，河南的汝、歸、陳，山東的曹、濮、濟、東、沂、兗，湖北的黃、德各府州地，東西馳騁，“到處擄人擄糧，此散彼聚”。雖然作戰多年，但其軍力總是有增無減。而且常避免與清軍作主力決戰，有時疾馳數百里，日行百餘裏，連數日不少停，有時盤旋於百餘裏之內，如蟻旋磨，忽左忽右，所謂“打圈”戰術以疲敵，“偶戰則兇悍甚，好用馬步包圍，正兵馬步夾進”。同治五年（一八六六）八月，適值大水沖毀開封以南的衛河堤防，撚軍遂一舉突破清軍經營年餘的河防，流動于魯西南各縣；惟因再渡運河不成，乃轉而西竄。同年九月，撚軍在河南開軍事會議，決定分全軍為兩部份：東撚以賴文光、任柱統率，初期有眾三、四萬人，繼續在原地區活動；西撚以梁王張宗禹、懷王邱遠才統率西竄，初期有眾二萬人，而騎兵相當強大，有馬逾萬匹，自中牟經許州、陝州、靈州入陝西，擬與陝、甘聲勢浩大的回軍相聯合。曾國藩因此也將剿撚軍分為東、西二部，東路以署江督李鴻章負責，駐徐州，與魯撫閻敬銘會辦；西路以鄂撫曾國荃負責，駐襄陽，與豫撫李鶴年會辦；曾氏本人則駐紮周家口，居中聯絡。不過，曾氏所碰到的最大問題，仍然是淮軍各將不聽調度的事，常常各將先向其過去統帥李鴻章處請示後，始接受指揮，甚至劉銘傳擬請假回鄉休息亦轉由李鴻章而提出，曾氏因此函責李氏，“目下淮勇各軍概歸敞處統轄，則閣下當一切付之不管，凡向尊處私有請求者，批令概由敞處核奪，則號令一而驅使較靈；以後敝人於淮軍除遣撤營頭必先商左右外，其餘或進或退，或分或合，或保或參，或添募或休息假歸，皆敝處逕自主持，如有不妥，請閣下密西見示”。由於東、西撚分道竄擾，各處同時告緊，曾氏又決定除設置四鎮及各處的固定防線之外，專設六支尾追遊擊之師，以劉松山、張詩曰軍合為一支，霆軍為一支，曾國荃新編的湘軍為一支，銘軍為一支，李昭慶的武毅軍為一支，劉秉璋與周盛波軍合為一支，大致湘、淮軍各占其半，計畫“六遊分進，梭織不斷”，“一戰之後，追逐二、三百里”，以俟“此賊任有窮時”。
但此時曾國藩的年齡雖只有五十六歲，而多年征剿太平軍，歷經艱苦之後，精力早衰，加之擔任主持攻撚軍事以來，已有十八個月之久，指揮淮軍各部總不順手，難得有與撚軍主力決戰的機會，而撚軍的實力則有增無減，所竄擾的地區也擴大甚多，因此氣憤成疾，乃于同治五年十月十三日（西曆十一、十九、）以“病難速痊”及“剿撚無效”為理由，情詞懇切，奏請開缺，請另派大臣接統軍事。清廷一方面對曾氏多方慰勉，著其“在營調理”，一方面則命李鴻章暫署欽差大臣，代曾主持全盤剿撚的重任。李鴻章覬覦指揮淮、湘軍立大功建大業的機會已久，受命後至曾氏軍中，當日即請移交欽差大臣關防視事，曾氏個性強項，至此亦不無遲暮落寞之感。半個多月後的十一月初一日，清廷又正式命令李鴻章代曾主持剿撚，曾國藩則回兩江總督本任，負責籌餉接濟李氏剿撚的軍需，曾、李易位，也代表著湘、淮兩軍主道地位的移替了。
總計曾國藩負責剿撚期間，其剿撚軍的主力實為淮軍，他本身倚以起家、成就功業的湘軍，已占少數，但名義上他以底定太平天國湘軍總帥的聲威指揮其本軍繁衍而出的淮軍，尚能維持湘軍的威望地位；但自曾、李互易主帥的地位身份之後，原來參加剿撚的湘軍卻反在李的統禦指揮之下，淮軍的聲威日超過湘軍，出藍勝藍了。對於派閥觀念極強、省界觀念極深的湘軍系統的袍澤，自然是隱痛在心；湘、淮兩方面的關係，雖然仍是合作剿撚，但在合作中彼此意氣上利害上的明爭暗鬥，實在是層出不窮的。
三
李鴻章接統剿撚軍事後的戰略，仍然是曾國藩原訂合“攔剿”、“圍堵”與“追剿”為一體，三者並用，但李氏尤特別著重于利用降撚及在徐州及皖北撚軍老巢一帶募練新軍以充實淮軍的戰力；其次，則著重於擴充騎兵，以輿撚軍的運動相追逐。此舉影響淮軍原來的素質甚大，在戰力上較前雖有增加，但因軍中份子浮濫，軍紀上卻更敗壞。新擴增的部隊，首先是李昭慶（鴻章之弟）的武毅軍，自原來的十營擴增為十九營；其他新增者有馬、步、水師等，淮軍總兵力迅速自四萬人擴增至七萬人。其中騎兵的增加，最為顯著，至同治六年（一八六七）秋，已有廿八營七千多匹戰馬，其中約十三營三千五百多匹馬隸屬銘軍，專任追撚之責；至次年（一八六八），淮軍總數當不少於八萬二千人之眾。
李鴻章“圍堵”戰略的要項，仍然是在東邊以扼守運河為界限，以“攔截”追逐來消滅運動中的撚軍。防守運河者包括魯軍、皖軍、甚正豫軍等地方部隊，而在東路擔任野戰追逐軍的，幾全為淮軍，尤以銘、鼎、奇（總兵沈宏富）、鳳（總兵董鳳高）為主力。西路之豫西與鄂北地區，負責攔堵追逐的，則主要是霆軍與曾國荃所編的湘軍，而以淮軍為輔。由於當時西撚張宗禹、邱遠才部已全部進入陝西境內，剿撚湘軍主力也奉調跟蹤入陝追剿；所以，在潼關以東廣大的平原上馳騁活躍與清軍對抗的，乃全為賴文光、任柱的東撚。東撚軍在賴、任、李允、牛洛紅等的領道下，自河南與西撚張宗禹軍分離後，即轉而東趨魯西南曹州、濟寧一帶，旋再改而南向，進入河南陳州周家口、歸德、羅山地區，稍作停頓，即兵鋒再轉，西趨而返湖北，一舉攻陷麻城，大隊則盤踞于德安、安陸一帶，逼近襄、樊；沿途擄掠裹脅，兵力遽增至十萬多人。在後面一直追趕的，為淮軍的銘軍、盛軍、慶軍。同治五年（一八六六）年底與同治六年（一八六七）年初，淮、湘軍群集于鄂北地區者亦達七萬多人。當時東撚軍擬分兵為三部份，以一支進向四川，開闢新天地；一支留屯湖北，備聲援；另一支則西北向進入陝西，以與西撚張宗禹部令合。鄂北地區的戰鬥，在雙方主力數度交鋒之後，湘、淮軍均受到相當嚴重的打擊；但撚軍自身的原訂計畫，亦被打破，兵力損失相當沈重，被迫再度向東流竄。
第一次主要戰後發生在京山、安陸間的丘陵地帶，時間是同治五年（一八六六）十二月初。當時曾國荃部湘軍郭松林部步軍九營、騎軍五營，共約七千人，於是年十一月，追撚抵安陸；因先在德安城外頗小勝，輕敵冒進，追逃撚至石牌、臼口之間的地區，突然在十二月初六日遭遇到大隊撚軍騎兵的襲擊，在附近羅家集被圍，傷亡慘重，而援軍不至，全軍只有四、五營夜半突圍出，其餘皆潰散。郭氏本人身受七傷，左足幾斷，餡俘虜群中。撚軍不知其為統將，有降率縱之出，乃逃歸；其弟郭芳診則戰死。郭松林雖為湘人，於攻剿太平軍早期，原隸曾國荃麾下，但于淮軍成立之初，即投效李鴻章於上海，統率松字營，後更發展成可以獨立作戰的松軍，為淮軍骨幹部隊中的一支。不過，此時郭松林所統率的，賞為鄂撫曾國荃所立新湘軍的一大支，與淮軍之松軍無關。因郭氏于同治五年秋冬間於請假回湖南原籍途中，為曾國荃截留固邀，命其在湖南招募訓練新兵，建立一部份新湘軍，駐紮鄂北唐縣一帶。此次郭軍的覆沒，對曾國荃新湘軍的計畫為一嚴重打擊。
郭軍敗績後的半個月內，淮軍大將廣西左江鎮總兵張樹朋親率的樹軍，亦在附近地區遭遇到相同的命運，此即同治五年十二月廿一日之德安王家灣、張家河戰役。樹軍在淮軍各獨立作戰的主力部隊中人數最少，只有步兵八營及騎兵一營，約四千五百人；而此役中張氏親率的步兵只有六營，約三千人。當時樹軍系配合盛軍作戰，兩軍東西分進，相距約二十裏，中隔一河，行軍至楊家河，突然遭遇到敗退折回的賴文光、任柱、牛洛紅、李允等的大隊撚軍數萬人的攻擊。因撚軍利用騎兵在天黑的掩護下猛衝，樹軍的前後隊被沖散，全軍被團團圍困。盛軍因阻隔一河，亦無法相救，張樹朋本人受傷墜馬，戰鬥力竭而死，親兵數百人傷亡殆盡，副將劉登朝、郭有容等皆戰死。此後為撚軍運用“詐敗退走”與步騎“包抄殲敵”、“速戰速決”等混合戰術的一大成功例證。
樹軍敗績後一個月內的同治六年（一八六七）正月十五日（西曆二月十九日），更發生淮軍與霆軍合作大戰撚軍精銳主力的尹（永）隆河戰役。此役為淮、湘軍攻剿東撚軍前期戰鬥中最重要的一場主力戰，雙方均以主力勁旅參加，影響此後戰局的發展最大。另外，此戰役也代表著湘（霞軍為湘軍之旁支）、淮軍合作與衝突的一次典型例證；左宗棠在此戰役發生後即說：“湘、淮軍各有長短”，又說：“少荃（李鴻章字）得淮軍之心，而湘人不甚附之”，湘、淮將領間“頗有彼此之見”，實已道出實情。從此次戰役也可看出湘軍內部不同派系之間的衝突與排斥，左宗棠所謂“鮑子（超）不能得湘人之心，亦並不得各軍之心，氣日益驕”，而鮑氏對曾氏兄弟顯分親疏彼此“終不能釋然”的憾恨情懷，亦於此戰役後接續發生的事件中見其端倪。
尹隆河戰役的爆發，系由於撚軍在羅家集、王家灣（張家河）兩戰大勝之後，仍然集結徘徊於襄河流域及附近德安、京山之間的地區，東迄天門、應城交界處，擁眾十萬多人，戰馬近萬匹，軍隊分佈綿亙百數十裏，正在作入川與入陝的積極打算；曾國荃與適正趕赴陝西剿回路經湖北的陝甘總督左宗棠因此建議集中清軍主力作一決戰，李鴻章也頗同意，在鄂北、豫南地區集中大軍達七萬人之眾。當時鮑超之霆軍自原駐之襄、樊一帶南紮天門之臼（舊）口，有兵力卅二營約一萬六千人；銘軍總兵力二十營約共一萬人，亦追撚自南陽、宜城抵達附近之下洋（沙）港，兩軍約會于同治七年正月十五日合攻屯紮附近的大隊撚軍。但兩軍統將鮑超與劉銘傳互逞意氣而各不相下，鮑自謂多年宿將，視劉為後輩新貴；劉則視鮑為一介武夫，有勇無謀。劉又想先期爭功，於是日約定時刻先一時之卯時先進，抵達京山縣尹隆河畔發現撚軍大隊即在對岸，劉自恃其軍隊的火力旺盛，又貪功心切，乃以五營留輜重，自率十五營分三路渡河攻擊。撚軍在遵王賴文光指揮下，亦分兵為三，左軍魯王任柱，右軍荊王牛洪，中軍則由賴自統率，以絕對優秀的騎兵大隊猛烈進攻。劉軍之左翼劉盛藻首先受不住任柱騎兵大隊的猛衝，敗退過河；任柱則轉而圍攻劉銘傳自率的中軍，將其團團圍住，銘軍右翼右江鎮總兵唐殿魁（為銘軍中第一員戰將）雖然勝，但因救援中軍主將，亦被敵軍沖亂，唐氏與副將李錫增、胡衡章、田履安、吳維章等皆戰死，所部兵升陣亡者六百餘人。當事急時，銘軍已接近于崩潰，劉銘傳與各營官及幕僚等皆冠服待死，全軍損失洋槍四百桿，其輜重及號衣敷千件與劉銘傳個人服用之瑪瑙紅項花翎，亦為撚軍擄去。
正在情勢危急時，霆軍依約定時間到達，即分兵三路猛攻撚軍：左路為提督唐仁廉與總兵徐連陞，右路為提督譚勝達與總兵張武，中路為提督宋國永與總兵陳田主等；另以提督曾成武為中路援兵，提督郭訓誥為左路援兵，總兵楊謙萬為右路援兵；另以總兵楊德琛率輕銳為遊兵，視各路之需要，以為支援。當鏖戰之始，霆軍即趁撚軍在搶掠銘軍輜重時的混亂時刻，銳進而前，並開放進步連環槍炮轟擊，而且因撚軍與銘軍大戰已久，軍力已甚感疲憊，賴文光、任柱等雖也再用三路騎兵，每路以數千騎猛衝而進，排列數十裏，但為霆軍截擊，很快即不支潰退。據鮑超自己的奏報，此役約共斃撚萬餘人，生擒八千多人，其中包括賴、任及李允之妻，另並救出被脅之難民數千人，奪騾馬數千匹；不只救援劉銘傳、劉盛藻及銘軍將士二千多人於重圍之中，所有銘軍所喪失的輜重、洋槍、號衣與劉本人服用的紅頂花翎等，均經霆軍奪回，俱於戰鬥結束後之次晨送達劉營。此戰後的連續五天之內，霆軍複繼續猛追敗敵，齕齕不舍，又另斃撚一萬數千，生擒四千餘，其中有天將、朝將、丞相、檢點等三百餘人；直追到鄂邊棗陽、唐縣境內，方才收兵。鮑超所奏報的戰績，雖然稍嫌誇大，但大部份均尚相當可靠，而此次尹隆河之役確為剿撚軍興十五年以來清方最大的一次軍事勝利，當無疑問。
檢討此戰役中銘軍戰敗的原因，主要是在決戰之前，撚軍在尹隆河地區已作了充份的備戰，以逸待勞，並且選擇該河畔作為戰場，引誘劉銘傳軍渡河作戰；而此一戰場，對於銘軍實極不利，因為一來“河岸地窄，人多不得逞”，二來銘軍之裝備雖優，但因不得不將輜重留在對岸，且須留駐五營兵力守護之，兵力因而分散；而且劉銘傳在渡河作戰後，又“恐後路力單失輜重，乃分前敵步隊三營、馬隊三營回顧後路，因此兵力更為分散，且有後顧之憂；自然易為撚軍所乘。而在此戰役中，賴文光、任柱再度發揮充分運用了“包抄殲敵”的戰術，先雖擬乘銘軍渡河時，“兵半渡而擊之”，及此計不行，即改變策略，於銘軍渡河後之背水作戰時，突以大量的騎兵猛攻其後路，以給予對方極大的心理威脅。此外，由於撚軍以馬步軍緊密配合，且分兵三路進攻，因此迫使劉銘傳也將其有限的約十五營的渡河後的兵力，分而為三，使兵力再度分散；而且在戰鬥之初，任柱即集中大量的騎兵猛衝劉之左軍，迫其在強大之壓力下，逃回河之對岸；加之劉又分兵六營保護河對岸之輜重，作戰力量更為減少，無法承受住賴文光、任柱等合攻的壓力，全軍因此受挫，幾告崩潰。幸賴霆軍的適時趕到增援，否則此一淮軍勁旅勢必重蹈樹軍全軍盡墨的覆轍。
淮軍劉銘傳部的慘敗，使李鴻章與清廷都大為震驚，而劉在淮軍中一向自視最高，戰績也最著，受此恥辱，不願承認自己爭功的過失，在約定的時間之前，孤軍先進，反而“以怨報德”，在報告李鴻章時誣稱“霆軍未能應時會師”，又稱其銘軍於塵戰時之再派軍渡河護衛輜重，系因不悉對河新到之軍為霆軍；甚至將霆軍的勝利，掠為己有，稱“我軍複與霆軍會合迎擊，遂全勝”。李鴻章對湘軍本有很深的成見，對於自己淮軍系統的銘軍更是曲意維護，因即照劉的報告奏陳清廷，而在奏招中更於鋪述銘軍過去的戰績之外，又特別說明此次之戰敗，系因“接仗過猛，又因鮑超期會偶誤，致有此失”。所以，鮑軍的大捷，不只並未得到應有的獎賞，反而銘軍之敗亦諉過於鮑，而且大捷轉成為鮑、劉兩軍的共同勝利。正好當時駐節湖北的左宗棠，頗有意攜帶霆軍入陝剿回，但鮑超治軍雖然勇猛善戰，為人則甚跋扈倔強，難於駕馭，左氏因此有意稍予抑制，曾在密奏中稱鮑氏驕橫，用意是希望清廷在諭旨中稍予規戒，俾鮑氏可歸為己用；但清廷在新任軍機大臣左副都禦史汪元方的主持下，竟誤會左氏之意，而在鮑超與李鴻章有關尹隆河戰役不同的奏報中，竟不察事之曲直，顛倒黑白，右李而左鮑，嚴旨責斥鮑超虛報戰功，並認尹隆河銘軍之敗，“鮑超更不得辭咎，姑念劉銘傳果敢有素，鮑超屢大勝，過不掩功，均加恩免其議處”。加之鄂撫曾國荃也根據降撚的供詞，在奏報中認為尹隆河之戰，撚軍有南、北隊之分，南隊以賴文光、邱朝貴為首，北隊以任柱、李允為首，北強而南弱；與銘軍交鋒的，為北隊，與霆軍接戰的，則為南隊，故戰績不同；此亦與實際的戰鬥情況不符。鮑超因此氣忿成疾，並堅決稱病請辭統率霆軍之責；雖李鴻章以欽差大臣剿撚總帥的地位六次咨催，五次函勸，亦皆拒絕再戰。
此事因為牽涉到戰場上基本是非真象的問題，處置不當，顯然極為危險，剛返回本任的兩江總督曾國藩因此出面，一方面馳函鮑氏慰解其怨怒，代其弟曾國荃向其負荊謝過；一方面則致函劉銘傳，勉其多作休息，並通函李鴻章、曾國荃說明其奏報之不符實情。李鴻章因再奏陳鮑超之善戰功高，請加獎護；曾國荃亦于奏中盛推霆軍的戰績；清廷才另頒諭旨賞賜鮑超人參，令其於疾愈後暫緩入陝，以留剿東撚。但鮑氏辭意堅決，絕對不肯再在淮軍李鴻章的指揮下效力，因霆軍為十餘年著名強悍的軍隊，李鴻章雖有淮軍的憑藉，亦不敢派人統率；最後霆軍竟遭受到被分解遣散的命運。銘軍則于尹隆河戰役後留駐河南信陽休整六個月，始再恢復銳氣，再度參加追逐東撚的戰鬥。從這項戰功是非的爭執，可以看出湘、淮軍間的軍系之爭，甚至在湘軍內部不同派系之間的衝突與恩怨。這些衝突與恩怨，最初雖與各統將的個人因素有關，但因各將各私其軍隊，最後竟發展為各軍系或各派系之爭，明的大的方面彼此雖是合作，但在個別和暗的方面衝突是相當激烈的。
尹隆河戰役後一個多月的同治六年（一八六七）二月十八日東撚賴文光，任柱部又在鄂東蘄水六神港之戰中，再度給予曾國荃部新湘軍大將記名布政使彭毓橘軍以嚴重的打擊，原來賴、任的東撚軍在尹隆河戰役中所遭受的損失雖大，但所部實力七、八萬人仍然相當雄厚。戰後先向棗陽、唐縣一帶退卻，後即盤桓于豫、鄂交界的桐柏、沁陽稍作休息，再向東進，從鄂、皖邊境轉而分道南攻湖北東部的廣濟、黃梅及鄂東北之麻城、黃安等縣，再前進入蘄水境內。當時鄂撫曾國荃駐德安武勝關，皖撫英翰駐六安、霍山、淮軍劉秉璋部慶軍則駐英山、太湖一帶，而曾國荃之新湘軍在彭毓橘的統率下，則駐紮黃州，以為攻防的準備。彭氏湘鄉人，久隸曾國藩部下，于攻克南京時曾立大功，後升授記名布政使。因自負多年宿將，富有作戰經驗，頗輕撚軍，乃親率提督羅朝雲、鄧春福、總兵彭光久等自黃州冒險輕進，至六神港一帶為賴、任所率的大隊撚軍所包圍，自後包抄猛擊，而彭氏尚不知敵軍為撚之主力，湘軍大敗，彭與提督羅朝雲、道員葛承霖皆戰死。至此曾國荃辛苦經營重新建立的新湘軍郭松林、彭毓橘兩部共六千人，均遭受到覆沒的命運。曾氏鬱鬱舊病復發，加以與湖廣總督官文相處惡劣，憤而奏劾官文貪鄙庸妄，官固然被清廷革調處罰，自己隨亦請辭開缺返湘休息。約略同時，淮軍周盛波部在應山，劉秉璋、楊鼎勳部在孝感，亦遭小挫。惟銘軍在同年（一八六七）四月十二日的黃安戰役中，曾擊敗賴、任部小股的進攻，擒殺數千人，奪騾馬千餘匹，贏得一場小規模的勝仗。
四
同治六年（一八六七）三月，東撚賴文光、任柱因陝西大亂已久，難於覓食，四川則道路騖遠，難有安全抵達的把握，決定改變原來入川、入陝的計畫，而改去山東濱海之登、萊、青三府發展；突然再度實施其“以走致敵”的戰術，自鄂東北的黃安附近，竄往豫西南的南陽、鄧州、鎮平，再向東北進入舞陽、葉縣，經過許州、洧川、中牟、尉氏，北折而入朱仙鎮。五月初七日，自朱仙鎮再度出發，東北向馳過陳州、杞縣、蘭封、考城，次日（初八日）即進入山東曹縣境內，初九、初十日越過定陶、城武，十一日即抵達钜野，日夜疾馳數百里，勢如飄發；五月十二日，即由鄆城梁山東北之戴廟突破東軍防守的運河防線，進入魯中萊蕪、博山；再東向進抵魯東青、萊、登三府地區。在後面自湖北、河南一直追趕不舍的，則為銘軍、鼎軍與盛軍。抵山東後，此批淮軍即分三路：中路的銘軍由濟寧、泰安、萊蕪進入青州；北路的鼎軍則於抵達青州後，再向濰縣、昌邑進向膠東半島的萊州；南路的徐州鎮總兵董鳳高、昭通鎮總兵沈宏富等馬步十五營，則經由魯南的鄆城、蘭山進駐莒州，作遠距離的圍堵之勢。
此次攻剿東撚的清方野戰部隊除去山東巡撫丁寶楨所統東軍卅一營一萬六千人之外，全為淮軍精銳。按照清軍統帥李鴻章的戰略計畫，此次東撚之直趨東三府，三面為大海所環繞，實是自投羅網，正可利用火力遠較撚軍為強大的淮軍，以蹙逼撚軍於一隅，使其喪失最擅長的“以走致敵”的戰鬥特長，在膠東狹隘的丘陵地帶聚而殲之。因此，他迅速在魯東膠萊河設置第一道防線，而以運河作為第二道防線。膠萊河連接山東半島南部的膠州灣與半島北部的萊州灣，為元代至元十九年利用原有的膠河與萊河而鑿通的運河，以通南北海上的漕運而避兗繞道膠東半島尖端成山角的風險，長度約為二百七十裏至三百里。其南端河口，名為麻灣，北端河口，名為海倉；自海倉之南的新河至麻灣為膠萊河的正河道，但其間多有淤淺至水深二、三尺甚至無水之處，而新河以北至海倉之段，水道尤淺，且在海水漲潮時雖為所淹，但在落湖時河道北端常可涸出沙陸九十餘裏；惟新河以西約三十裏有濰河，其入海處的水勢較深；因此清軍在膠萊河北段之防線可設在濰河西岸，以與膠萊正河道之防線相連貫。
按照李鴻章的佈置，防守此膠萊河防線的主力，為其淮軍銘、鼎、奇（沈宏富）、鳳（董鳳高）四軍四十六營約二萬三千人，再加上東軍卅一營約一萬六千人，分段由各軍負責於河之西岸築長牆防守，每營負責約三裏餘，南段自新河南至大成寺約八十裏，由銘軍防守，自大成寺至吳家閘約六十裏，由奇、鳳兩軍防守；自吳家閘至麻灣口約八十裏由東軍防守；北段自新河至濰河東岸一段，由潘鼎新軍防守；濰河西岸南自夏口北至辛安莊為東軍四營防守；但自辛安莊以北至海口尚有五、六十裏（或七、八十裏），因系海潮漲落地區，水僅尺許，名義上雖為東軍汎區，但因無法築牆，又無兵防守，只由鼎、銘軍派馬隊巡邏。除防線正面外，另有豫軍宋慶部十二營、淮軍王永勝（開字營）十營及銘軍一部，作為呼應支援的後備部隊。全部兵力約五萬人。
在第二道防線的運河，李鴻章除佈置了淮軍的盛（周盛波）、慶（劉秉璋）、勳（楊鼎勳）及武毅（此時尚為李昭慶統率）等軍之外，並另徵調豫軍宋慶（一部份）、張曜，皖撫英翰之皖軍的黃秉鈞、程文炳等部佈防，另又奏准調派直隸軍五千人、浙江軍五千人、湖北軍一萬二千人參加防守黃河與江蘇北境的六塘河，合黃河、運河、六塘河連成一道防線，分段在各河對岸築長牆固守，作為輔助性的圍堵之用。合計這兩道防線的總兵力約共十萬人之眾。
賴文光、任柱很快就看出李鴻章“圍剿”戰略的毒辣，所以他們在膠東地區稍作一個多月的休養整補之後，其間他們並曾在嶗山接晤過一百多名洋人，托其向外國代購西式槍炮以應戰鬥之需，即于同治六年（一八六七）七月初一日，再度開始其快速的運動戰，進攻清軍倉卒築成的膠萊河防線。當天，撚軍先攻擊防線南端即墨麻灣一帶的東軍防地，不克後，即迅速轉而北趨，自膠萊河北端濱海海潮漲落的海灘地帶，猛攻巡邏附近的宋慶軍，又被擊退，乃再馳而西向，於七月廿日，以精銳一部自濰河下游海神廟以北十餘裏外的海灘地帶，繞道濰河，南下猛撲東軍王心安部負責的防線，王軍不支而潰，霆軍主力乃一舉渡過濰河，向西南急進至濰縣境內。李鴻章所全力佈置的膠萊河防線遂告崩潰。
為了追究防線崩潰的責任問題，李與東撫丁寶楨之間發生非常激烈的衝突，都想將失事的過失推給對方。李堅認因東軍王心安之防地被陷，致全防線失去作用，因奏請將王軍前正法，以肅軍律；李並屢次嚴厲批評丁寶楨於軍事“實為外行”，東軍“疲弱渙散”，“將弁克扣”；丁寶楨則認為王心安的過失，決無若是之重，而淮軍潘鼎新應負膠防失事之咎：因為王心安原系負責防守該失事之海灘地段以南之一段，而該海灘地段應由鼎軍、銘軍的騎兵巡邏防守；惟於撚軍來襲之前，潘強令王軍北移守之；而且王心安早已奉丁氏之命返回膠州，而在激烈戰鬥時當東軍四營防軍傷亡過半時，潘鼎新雖然身任山東布政使，近在咫尺，卻絕不增援。故李鴻章雖已奏準將王斬首，丁氏則上奏極力為王力爭，改處以“革職留營”的較輕處分。清廷和解兩方而“切責鴻章”。為了應付撚軍流竄的新情勢，李鴻章一方面加強第二道運河防線的固守，自駐台兒莊督道嚴防，在南北長達三百五十多裏的沿河長牆上，以勳軍、慶軍、武毅軍、銘軍之一部及漕運總督所轄軍、皖軍及浙軍等嚴密佈防；一方面則嚴命銘軍與鼎軍沿撚軍所向的蹤跡窮追。稍後，因郭松林傷癒回營，李鴻章即以其弟李昭慶原統之武毅軍廿營交郭統率，與楊鼎勳的勳軍，共同參加追逐撚軍的追剿戰。合之原有的銘軍與鼎軍，共有四支追剿“遊擊”之軍，每支各有兵力萬人，均可獨立作戰。銘軍並擁有戰馬二千五百匹，鼎軍有約九百匹，武毅軍有一千一百多匹，另外，原霆軍編餘的唐仁廉馬隊（仁軍）亦有馬一千匹，以及其他各軍附庸的騎軍，合計淮軍共配有馬八千多匹，亦步亦趨，以與東撚相周旋。
五
賴、任軍進抵濰縣之後，即分路南下，經安邱、臨朐、莒縣、沂水，進入蘇北。銘、鼎兩軍追逐而南，也跟蹤南下至魯、蘇邊境的郯城、瀋陽。同治六年（一八六七）八月十三日，在沭陽城西之新河，銘軍與東撚曾有小規模的遭遇戰。據清方的報告說：撚軍死傷千餘，被擒者三百餘人。九月初四日，鼎軍在海州阿湖鎮則遭遇到一次相當大規模的戰鬥；當時實力萬餘人的一支撚軍在任柱的親自統率下，以二千五百多精銳向鼎軍反撲，戰鬥非常激烈，撚軍死傷甚多，屍體散佈迤邐五、六裏。鼎軍的傷亡亦多。
當時撚軍是想乘機搶渡運河西趨，受此打擊後，乃改而由郯城北上，經過嶧縣、滕縣，擬西向進攻濟寧。但因戰力強勁的豫軍宋慶部在東平、汶上一帶集結，準備迎擊，賴、任軍乃改而東向進入新泰、蒙陰，表面是企圖自沂水、莒縣北趨，實際則兵鋒東轉經過泰安以東的山區北向進攻章邱與齊河，有強渡黃河向魯北方面發展的意圖，但為防守黃河的水師所邀擊，戰而不利，乃改而東向馳入淄川、青州境內。是年十月十七日，東撚軍與緊追不捨的銘軍在濰縣松林山展開一場大戰。當時撚軍連營數十裏，為銘軍所追及，任柱、賴文光率領所部最精銳的主力分兩路向劉軍猛攻，但在劉軍強大的新式步槍火力的鎮壓下，被截為三段，損失二千多人，被迫向南竄往安邱，經高密、諸城，再向南面流動。此次正面的主力戰，使東撚精銳損失甚巨，因而元氣大傷。銘軍乘勝追擊，亦步亦趨，絕不放鬆，十月廿二日在日照境內發生的追逐戰中，任柱的右耳受傷。兩天后（十月廿四日），南竄中的東撚軍再度被銘軍追及，任柱因此決意集中其精選的馬、步數萬人，以與銘軍決一死戰。但即在此一次激戰中，任本人為己方己降清軍的舊部暗放冷槍所擊斃。一代撚軍最強悍善戰的一員戰將，就此生命告終。此役撚軍也另損失精兵千餘人。此後任柱所部敢由其弟任三厭統率，而併入賴文光軍中，繼續戰鬥。數天后，在海州上莊鎮的戰役中，撚軍再為鼎軍所擊，受到中等規模的損失。
稍後，全部東撚在賴文光的統領下，再度實行迅速而難於捉摸動向的運動戰，企圖設法擺脫淮軍追擊部隊的糾纏，另辟新戰場；先自海州沿海岸北走日照、諸城，然後再分為數股，以一部份留駐諸城、膠州境內，其大部隊則盤旋于壽光、昌邑、濰縣地區，動向不明，以混淆敵方的窮追趨向；但李鴻章除加強此區內地方防守的力量之外，嚴令淮軍之劉銘傳、潘鼎新、郭松林、楊鼎勳等四軍挾強大優勢的兵力，作強力的追擊，並大量運用騎兵，窮追不捨，賴文光仍然無法達到其預定的戰略目的。同治六年十一月廿日，武毅軍（郭松林）、勳軍與鼎軍在膠州小南溝之役中，大敗撚軍，秦王賴成龍戰死。九天后的十一月廿九日與二十日，第一次決定性的戰鬥在壽光境內南北洋河與巨彌河之間的地區展開。當時劉、郭、楊等三軍盡棄輕重，以輕裝裹乾糧分進急追敗撚，而撚軍則在河流的阻隔下，因運動困難，乃在賴文光的指揮下，背水一戰，馬步配合，排列十餘裏。但因淮軍先行炮擊，撚軍騎兵的戰力，首先受到損失，接著淮軍又分幾方面從不同方向以步騎協力猛衝，郭松林並親率小隊精銳包抄撚軍之後，作近身的肉搏戰，撚軍因而大敗，被殺者二萬多人，被俘者則達一萬多人，被奪騾馬兩萬多匹，任柱之親兄任定、列王徐昌光、首王範汝增等均戰死；賴文光本人亦幾斃于水中，亮河率殘部千餘騎兵南逃入江蘇境內。
但這殘餘的小部隊並不能逃脫銘軍騎兵在後面的窮追，賴文光因此被迫繼續南竄，最後在從蘇北邵伯南進入揚州境內時，于同治六年十二月十一日在揚州瓦窯鋪為淮軍華字營即選道吳毓蘭所擒殺。東撚軍的其他領袖如任柱之弟任三厭、魏王李允及牛遂子等西逃天長李世忠處，皖撫英翰命李世忠交出，皆被害。東撚軍至此乃全被消滅。
在攻擊東撚的後期戰鬥中，擔任追擊和主要作戰任務的，幾全為淮軍，無任何湘軍參加。但淮軍四萬至五萬人每年經常所需軍餉六百六十多萬兩的巨額中，約有百分之七十五以上卻為兩江總督曾國藩所一手籌措，其中尤以兩江地區的鹽、貨厘及江海關稅收的兩成為大宗（江海關稅收自同治六年四月至同治八年，均以所入之一成接濟淮軍，一成撥江南製造局製造軍火輪船，後者實際亦與淮軍軍火的後勤接濟有關）。過去曾國藩主持剿撚軍事時，李鴻章在兩江為其籌款，源源接濟；此後曾、李易位，曾對籌款支援淮軍剿撚，亦視為份內最要之事，並屢次稱剿撚當視為曾、李兩家之事。這也就是說：自同治四年四月至同治六年十二月之間，湘、淮兩軍在剿撚的軍事行動中，雖然存在著不少的矛盾，彼此疑忌，相互間的磨擦頻仍，但基本上和大的總的方面，兩軍和曾、李兩人之間，配合和協調的，還算相當順利，一切不愉快的暗鬥還能被表面上的和協掩飾下來。
六
當攻剿東撚的軍事行動進入尾聲時，西撚軍梁王張宗禹、懷王邱遠才、荊王牛洛（老）紅、張宗道、陳二坎、邱麻子等卻于同治六年（一八六七）十二月下旬自陝西北部的宜川乘冰凍渡過黃河，進入山西；然後很快地利用騎兵迅速運動的特點，轉而南趨河津，一路賓士，然後自晉南垣曲轉入河南北境的濟源，于同治七年（一八六八）正月初，沿太行山東麓進入直隸，在一周之內，自直隸南部即馳抵保定境內，使清廷大感恐慌，北京為之戒嚴。
張宗禹為皖北撚軍早期盟主張樂（洛）行之姪，賞如其子，外號“小閻王”，所部均為撚眾，較少太平軍摻雜其中。張之作戰為人，喜用詭智，“僄滑過於任柱”，強悍勇猛則稍次，大致任柱善戰如楚漢相爭之項羽，張宗禹則機智似劉邦。同治五年（一八六六）九月，張宗禹、邱遠才與賴文光、任柱分道流竄，形成所謂“西撚”、“東撚”，西撚之新軍即自中牟西進，經許州、陝州，越過靈州、潼關，在十月初進入陝西，暫休軍于華陰以西的敷水鋪。初期之西撚軍原只有二萬多人，較賴、任之東撚軍為少，但在運動途中，裹脅沿途丁壯，軍力繼續增加，入陝後已號稱有眾四、五萬，其中只騎兵即有一萬人，惟實際能作戰的騎兵不過六、七千人。
當時駐守陝西的清軍主力，為前陝西巡撫劉蓉所率的湘軍三十營約一萬四千人。劉蓉久參胡林翼、曾國藩幕府，與郭嵩燾齊名，後入四川贊襄駱秉璋平亂，升授四川布政使，同治二年（一八六三）奉命率兵入陝，旋晉任陝西巡撫。劉蓉所率湘軍在陝西歷經戰守，本屬全國精銳軍隊之一，惟劉氏于同治四年（一八六五）七月因軍務咎，後又屢受部吏的劾抑，負氣請辭，於次年（一八六六）被清廷革去陝西巡撫職；且其湘軍欠餉已久，故士氣低落，缺乏鬥志，而且劉氏又因新任陝撫喬松年，未接濟其軍隊，雙方齟齬，內心悲憤。但當接到西撚入陝的消息後，劉軍即奉命迅速自原駐隴州、邠州攻剿回軍的陣地，東下增援，在華陰與撚軍對峙。惟撚軍並不與湘軍作正面的戰鬥，仍采迅速的運動戰，於十一月初四日沿渭河迂回西上，前鋒直指西安週邊的灞橋，佯攻西安以誘敵。湘軍因在華陰撲空，乃急返西安防守，而張宗禹軍在湘軍回援省城後，則從壩橋折東南經籃田，再度東下，佯作進攻潼關之計。湘軍因此再度被引東趨，以援潼關；卻不料撚軍突然於十一月廿五日半夜向東南急進，循商城、雒州之小徑，轉由厚子鎮，北走渭南，然後再西向進至臨潼，再一次馳抵灞橋附近，逼攻西安。事實上，在此一個月之內，西撚軍一直在華陰、渭南、籃田、商、雒、臨潼等州縣範圍內打圈子，左右盤旋，以誘疲湘軍，俾給予決定性的一擊。此時鑒於湘軍已在西安、華陰間兩度往返，已經精疲力竭，張宗禹遂將其主力馬步三萬人埋伏於壩橋十字坡（又稱十裏坡）的村堡內，而全其前鋒與劉軍接觸，引誘其繼續追擊。同治五年（一八六六）十二月十八日，湘軍追至灞橋，西撚的誘敵部隊略與交鋒，即佯敗退往十字坡，湘軍不知是計，前隊即搶先上十字坡，後隊總兵蕭德揚、劉厚基及道員黃鼎等繼進，不料撚軍前鋒突然回軍攻擊，坡上兩旁伏兵盡出，並以萬騎分左右兩翼包抄，將湘軍團團圍住，又用步兵衝鋒陷陣，作近身肉搏。戰鬥剛開始，湘軍陣容已大亂，且適大雪驟至，湘軍多無冬裝，軍中乏食，而軍中所攜的槍炮又多無法使用，故不到半日即潰不成軍，漢中鎮總兵蕭德揚、記名提督楊德勝等皆戰死；卅營大軍竟很快全軍覆沒；副都統西們克西克所部騎兵也被完全擊潰。
稍後，撚、回軍又數次聯合圍攻西安，但均未得逞；同治六年六月，奉命負責攻剿陝西撚、回軍的欽差大臣陝甘總督左宗棠始抵潼關，原先曾國藩所派入陝剿撚的老湘營劉松山及皖軍郭寶昌部均敢隸左氏指揮。在左的計畫下，擬以陝中之渭河為防守的基線，壓迫西撚軍自北而南，以俟機一舉全殲之於徑河、渭河之間的地區；然後再全力痛擊回軍。但撚軍的流動迅速，先自渭南西竄三原、涇陽、咸陽，再北趨進攻鄘州，不逞後，又北攻甘泉、安寨，于同治六年（一八六七）十月廿七日，佔領綏德州。劉松山、郭寶昌兩軍則在後尾追，但無法作攔頭致命之一擊，消滅其戰鬥的有生力量。十一月廿二日，撚軍自陝北東向由宜川乘黃河冰凍渡過黃河進入山西。
西撚軍東趨進入晉、直的主要原因，一說是為了“圍魏救趙”援救遭受淮軍圍剿的東撚；另一原因則為覓食他處。因陝西自回亂糜爛後，漢回互相仇殺破壞，各處雕敞殘破，赤地千里而農產停頓，即使流動中的撚軍極力搶掠，亦難得基本的糧食供應，故不得不流竄他處，另覓出路。撚軍在陝西時，所部騎兵尚只萬人左右，入山西後，另又擄得良馬萬餘匹，在直隸境內所掠的馬匹數目亦相當龐大，故在流動中其騎兵遂激增至兩萬餘騎，老弱婦女亦乘馬助戰；遇清軍之步兵，則以兩萬多騎兵猛衝直闖，人挺長矛，腰挾長槍短銑落子如雨，平原曠野，步不敵騎，故常每戰必勝。遇對方為騎兵，則一隊十人中以一人視騎，九人曜下馬列陣而前，則敵之騎軍亦不敢逼攻。若清軍雲集，則揚鞭遠遁，實行運動戰，與東撚軍一樣，往往日夜行可達三、四百里，常奔竄盡馬力，馬斃即掠他馬易之。清軍的騎兵則速度較慢，因為顧惜馬力，故往往尾追不能及撚，任其飄忽來往，盡力追趕，亦必二日後始能及之。張宗禹尤喜用“以走致敵”和“旋磨打圈”之法，以疲清軍，嘗謂“敵能戰，應不與戰，專以走疲之，則可常活”。西撚軍在自陝西竄直隸的長途馳騁中，有時一日疾馳數百里，有時則只百餘裏，有時則盤旋於百餘裏的範圍內，如蟻旋磨，忽左忽右以誘敵。所以，西撚軍在進入山西境內後，只用了四十一天的時間，即馳抵直隸邊境；進入直隸邊境後，七日內，即開始進攻保定城了。
撚軍來勢之迅疾兇猛，使清廷為之震動：一方面嚴厲責斥負責剿攻陝、甘、撚、回軍的左宗棠“貽誤縱敵”，一方面嚴令甫經肅清東撚的李鴻章，迅速統帶所部淮軍北移，攻剿直隸境內的西撚。同治七年（一八六八）正月十二日，並因有關督撫未能有效截堵撚軍，將直隸總督官文、陝甘總督左宗棠“交部議處”，河南巡撫李鶴年革去頭品頂戴；李鴻章則因增援遲緩不力，更受到拔去雙眼花翎、遞去黃馬褂、革去騎都尉世職的嚴厲處分。左宗棠所率原擬用以在陝、甘剿攻撚、回的軍隊，除劉松山、郭寶昌兩部一萬四千人一直尾追撚軍，也隨之進入直隸，搶先一步截其北犯北京之路外，左氏也自率五千親兵，自陝西經山西迅速柬移，于同治七年（一八六八）二月初七日，抵達保定，保衛北京。李鴻章在左抵保定後之第三日，也抵達山東德州。左、李兩人，一湘一淮，無論在官職、威望、才智與能力各方面，均在伯仲之間，而相聚於合攻西撚軍的直、魯邊境的狹隘戰場上，彼此之間的合作與衝突是極為顯著的。
七
左、李兩人之出任獨當一面的疆圻地位，約略同時而左之出道實早于李，在咸豐十一年十二月廿四日（西曆一八六二、一、廿三）即被任命為浙江巡撫；而李之任江蘇巡撫，則在三個多月徑的同治元年三月廿七日（西曆一八六二、四、廿五）。而且，左宗棠的年齡較李鴻章長十二歲，當李鴻章在咸豐二年（一八五三）在北京尚擔任清貴的翰林院編修時，左已在湖南進入湘撫張亮基幕府，贊襄全面的軍政要務、實際掌握大權。此後當威豐五年（一八五五）李鴻章尚屈居皖撫福濟麾下統率團練與太平軍相周旋時，左宗棠已再在湖南巡撫駱秉璋的幕府內，軍政權力一把抓，出謀劃策，發令執行，皆由其一手包辦，如諸葛亮之于劉備，最為駱秉璋所倚畀與親任。左在仕途上最大的缺憾是在得舉人功名以後會試連續失敗，所以他雖然能實際掌權，但並不能居有任何高貴的官職；李則在考場上雖然一帆風順，中進士後，即由翰林院庶起士升授編修，然後返家鄉舉辦團練，但一時並不得意。此後兩人都是在曾國藩麾下，開始脫穎而出，一在浙江，一在江蘇，獨當一面；而且兩人都很快獨樹一幟建立起自己軍事與政治的力量，甚至與曾國藩分庭抗禮。在底定太平天國時，左部湘軍（又稱“楚軍”，以劉典、王開琳、蔣益澧三部為主力，惟王氏早死）的實力，已發展至五萬人之眾，而李部淮軍合淮揚水師在內，則達七萬人左右。
左宗棠與李鴻章兩人份屬等夷，各有專長，李是機敏權變、倔強自負的人物，左則為敢作敢為、有為有守的謀略家與行動家；但兩人早在同治六年（一八六三）時即已發生磨擦，主要是為了爭餉。當時，李鴻章以蘇撫地位在蘇浙邊境指揮攻剿太平軍，因常勝軍之助及本身淮軍之採用新式武器，軍事進展甚為順利；左宗棠則雖為浙撫，但因須以一部份楚軍主力兼顧後路糧餉通道的皖南與贛北，並護衛曾國藩大營的左翼，未能集中兵力直攻杭州，李鴻章因在浙境擅自撤免左氏所委派的嘉善縣令，又大抽外逃之嘉興、杭州、湖州富戶捐，並扣留湖北協濟浙江應由江海關撥發的軍餉不發，左氏因淮軍之餉按月照發而浙江湘軍已欠餉一年，大表不滿，認李“不顧大局”。此後，在南京攻克後，左軍跟蹤追擊南竄閩、粵的太平軍殘餘部隊，李則以蘇撫拒供協餉，奏請清廷強令左軍只發半餉。此後左宗棠奉命西征陝甘回亂，李則屢次在致函公務上有來往的友僚時，批評左氏之措置“西事非急切可以起色”，“秦隴劫運更長，楚勇（即左軍）過於穩慎，尤鮮驍將，惟左公志氣甚強，能不專信湘人，事猶可為”。李又認西撚張宗禹為勁敵，左宗棠“絕非敵手”，固左之所部大將如劉松山等“皆中材，不久必告疲乏”，只有自己淮軍大將劉銘傳“英姿颯爽”，“或有法制之耳”。從另一方面來看，左對李之把持淮軍；據為己有，故意使湘、淮軍各分彼此，也極為不滿，認“湘、淮軍各有長短”，“少荃得淮軍之心，而湘人不甚附之”；又時常抨擊淮軍軍紀敗壞，稱其“冗雜殊甚，其驕伕習氣實冠諸軍”，並認為劉銘傳軍于攻撚時，到處索糧以為軍食，如“五代藩鎮”，表示深惡痛絕。此外，左也猛烈攻擊李鴻章為個人權力私欲打算，使淮軍風紀敗壞：“淮軍以詐力相高，合肥又以牢籠駕馭為事，其事在取濟一時，正慮流毒無底”。左、李兩人的個人衝突，背後實際即代表著湘、淮兩軍既衝突又協調、明爭暗鬥的一種很複雜的關係。
事實上，至同治七年（一八六八）春，在直隸境內各方面援直勤王之軍，合計已不下十萬人。其中左宗棠所部直轄的軍隊，不過一萬九千多人，其中包括親兵五千人、劉松山之老湘營十九營與皖軍郭寶昌部十營合共一萬四千人及副都統喜昌之騎兵等；此外，臨時歸左氏指揮的，則有豫軍張曜、宋慶及皖軍程文炳等部約二萬人；合計左軍總數約為四萬人左右。李鴻章最早北調以剿西撚的淮軍為鼎、盛、勳、毅（郭松林）四軍及吳長慶之慶軍十一營，另有善慶、溫德勒克西及原霆軍唐仁廉之馬隊等，共約六十營三萬人。劉銘傳因與禁軍統將原隸僧格林沁軍的陳國瑞有仇，而陳則為恭親王奕訢與醇親王奕譞之愛將，劉懼為中傷，乃暫託病未赴直隸。此外，魯撫丁寶楨之東軍來援者三萬人，總部駐河間；豫撫李鶴年之豫軍二萬人，駐豫邊；三口通商大臣崇厚所統之禁軍五千人，附屬有由洋人教練管帶的洋槍隊一千二百人，並配備有新式大炮與輪船，駐守天津；另支禁軍一萬三千人由陳國瑞統率，則駐紮於北京以南的地區。由於各省軍隊麕集于直、魯、豫三省的邊界地帶，統率系統與軍隊的精神既相歧異，數百里內，竟有兩欽差大臣、一將軍、一直隸總督、兩巡撫（山東、河南）、一通商大臣、一神機營侍郎，“互相牽掣，更臨以兩邸（恭親王、醇親王），號令分歧”。清廷內本有人建議以恭親王或醇親王為各軍統帥，惟事不果行，最後上諒乃命盛京將軍都興阿為欽差大臣，總轄剿撚各軍；但實際剿撚主力軍的指揮者，仍然是湘、淮軍的巨頭左宗棠與李鴻章。左先被任命為欽差大臣總統直隸境內前敵追剿各軍；李鴻章則為欽差大臣總統山東境內前敵追剿各軍。稍後，為了劃清左、李兩軍的攻剿範圍，以左負責指揮西路，駐彰德府；李負責東路，先駐大名府，後駐紮開州、東昌府，後又移駐德州。後來因淮軍已成為剿西撚的主力，清廷為求事權統一，又于同治七年（一八六六）四月十四日任命李鴻章總統直隸境內各軍，所有追剿部隊，均歸指揮；左宗棠則只負責扼紮運河以西地區，原先歸其調遣的張曜、宋慶、程文炳、喜昌等部均撥歸李鴻章指揮；左在進攻西撚軍的最後階段，始稍居次要地位。
按照左宗棠的戰略構想，所有剿西撚的清軍，應區分為三大類，一為近防之軍，專司防守，而特重京畿以南的地區，以涿州、固安為最要；二為兼防兼剿之軍，則以保定、河間、天津為三大重心，可進可守；三為進剿之軍，專司追剿流動的撚軍，隨撚之所向而移動，鍥而不捨。李鴻章的想法也大致相同，但他尤其想重複他擊減東撚的老戰略，圍西撚軍于大河巨川之間或海隅之地而全殲之。李先擬圍困張宗禹軍於豫北懷慶、衛輝一帶，壓迫撚軍於太行山、衞河與黃河之間的地帶而殲滅之；但張宗禹甚為機警，在張曜、宋慶兩軍的強力追擊下，突然乘間自長垣、滑縣之間的清化附近南逃；滑縣一役，並擊斃銘軍馬隊記名提督陳振邦，一小規模的勝仗。張宗禹本想在此時再度西返山西，另辟新戰場，但為其部下各將所反對，乃繼續在此三省邊區逡巡流動。李鴻章又想先扼守住黃河與衞河兩線，而在兩河之間的地區猛追痛擊，指定負責尾追的主力部隊，淮軍主要為潘鼎新、郭松林二軍，左軍主要為劉松山、郭寶昌二軍，其他參加追剿的，尚有楊鼎勳（勳軍）、善慶、張曜、宋慶、唐仁廉、陳國瑞等軍。左宗棠之總部亦隨剿撚軍事情況的變動而移動，先駐德州附近直隸境內之吳橋，後移德州、連鎮，後再駐紮于景州；李鴻章則批評左“提偏師隨諸將後，到處尋賊，吾謂非計”。
同治七年（一八六八）三月廿五日，西撚軍突然自豫北東進，在山東東昌府渡過運河，北馳進入高唐境內。李鴻章因此即迅速建立起運河防線，嚴令各軍治河劃定專區固守，自黃河、運河交會的張秋鎮至東昌府，為東軍防區，自東昌府至壽張河口，為淮軍防區，臨清南北為皖軍防區，魯東北德州河段亦為淮軍防區，自山東邊境至直隸滄州則為左軍防區，天津以南則為崇厚禁軍防區；各軍均沿運河西岸築牆嚴守，以包圍撚軍於運河以東、黃河以北，東至大海的區域。李鴻章並督飭淮軍挑濬張秋鎮至臨清縣城段運河的淤沙，以引道黃河水入運河，以提高運河阻限撚軍活動所能發揮的作用。
張宗禹的西撚軍在強渡運河後則再度施展其運動戰的迅速特色，表面上作出想南下進向魯中的態勢，以吸引淮軍南趨，其實是想急進北攻天津，其前鋒一度進抵天津濠牆外僅十二裏之稍直口，並得到天津附近三千名配備有洋槍裝備的鹽梟集團的回應。惟此項攻勢迅速為北援天津的淮軍武毅軍郭松林部所粉碎，加之法國兵船與崇厚所倨洋槍隊總教官英人薄郎（Brown）亦率隊參加作戰，開槍炮轟擊，西撚軍不敢作孤注一擲的猛衝，改而南撤，再入山東境內。清廷一方面急令湘、淮、鄂、豫及蒙旗各軍增援天津，一方面則嚴責李、左“驅撚北趨”，各予以“降二級留任”的處分；後並予李、左一個月的限期，肅清所有張宗禹的西撚軍。
事實上，此時張宗禹已染有很重的吸食鴉片的惡習，每日所需甚钜，而且其得力部將張宗通（宗禹之兄）、陳（程）二坎、邱麻子等皆年事已長，銳氣漸消，無力作攻堅性的硬戰，打仗時亦不領先衝鋒；且其軍中輜重、婦女老弱甚多，累贅甚重，因此不耐苦戰，聞清軍追到，即思遠揚。加之運動戰的威力，必須在幅員廣大的地區始可有效展開，但在李鴻章“畫河圈地”的戰略下，東為茫茫大海，西為運河，南為黃河，北邊的新防線則為減河，西自滄州以南運河東岸的捷地壩，東至海濱牧豬港，計程一百餘裏，橫亙東西，自捷地壩道引運河之水以入減河，以阻截撚軍的流動。因此，大圈圈內撚軍所能活動的範圍，愈來愈小。李鴻章、左宗棠除督飭各軍強化各自的防區之外，並以勁旅在大包圍圈內追蹤撚軍痛擊，又令各防河軍“抽替進剿”，“輪番追擊”。張宗禹雖然屢次想在減河防線、東光、連鎮與山東荏平等處撲攻，擬突破清軍的防線北竄或西竄，但每次均為防守的淮軍、宋慶、張曜及丁寶楨的東軍所擊退。而在大包圍圈內專負追擊任務的淮軍武毅軍（郭松林）、鼎軍（潘鼎新）、盛軍（周盛波）、宋慶、張曜等部，則在後緊追不捨，左軍之劉松山、郭寶昌兩部與淮軍吳長慶部則在大包圍圈之北直隸境內的鹽山、吳橋一帶擔任截擊的任務。最後，西撚軍張宗禹的主力被驅逐于魯北黃河下游河道縱橫的臨邑、陵縣一帶。李鴻章更嚴令再將包圍圈縮小，以流經恩縣、夏津、高唐三縣的馬頰河，截長補短，作為大包圍圈之北裹圈，召集民團在河之北岸築長牆扼守；又由淮軍兵夫自臨邑、陵縣經恩縣至德州，挖築牆濠，以與馬頰河之長牆相連接。
同治七年五月廿七日，周盛傳部在吳橋附近的毛家莊戰役中，殺撚軍數千人，投降者數百人，擄騾馬二千匹；複乘勝尾追，在德州之楊丁莊夜襲疲困酣睡中的撚軍，再生擒數百，俘騾馬三千匹。六月初七日，郭松林、潘鼎新軍在沙河與商河間突擊撚軍，陣斃二、三千人，鏖戰時張宗禹親帶黑旗隊衝鋒，但被擊敗，受重傷而逃。六月十二日，宋慶、張曜、潘鼎新三軍合作，在濟陽河套地帶追及撚軍，在齊東縣玉林鎮一役中，大勝利，殺六、七千，擄騾馬達萬餘匹，張宗禹被清軍衝擊，被迫下馬於亂軍中脫逃。此時淮軍中戰力最強勁、武器最精銳的銘軍步騎生力軍，又已趕到加入戰場，在徒駭河、黃河、運河之間的三角河套地帶，張宗禹所率的西撚軍被劉銘傳（直隸提督）、郭松林（福建提督）、張曜（記名提督）、宋慶（湖南提督）、潘鼎新（山東布政使）、袁保恒（鴻臚寺少卿）等軍，完全包圍。張本想猛攻強渡運河，但不成功，部眾或死或降，只剩殘軍千餘人相隨，而郭松林、潘鼎新所部則在後追趕甚急；在此狹小的河套地帶，只劉銘傳、郭松林的騎兵即達五、六千人。張宗禹初退抵此區時，見當地各村未築寨堡，認為可便搶糧，以供軍食，甚喜，且張深知此處附近運河水淺，易於涉渡西竄；想不到連續陰天至一個月，大雨又連下數天，使黃河之水盛漲，灌入運河，東昌、臨清、張秋之間的運河水深竟漲至一丈五六尺，淮揚水師的炮船因此亦可在附近往來巡邏嚴守。甚至馬頰河亦為黃水灌入，河水亦深，平地竟也有水深數尺之處。撚軍騎兵因此無法再迅速馳騁，發揮運動戰的特長了。最後，在同治七年（一八六八）六月廿八日的荏平南鎮馮官屯之役中，殘餘的撚軍全被團團包圍，張宗禹投徒駭河自殺，其兄張宗道、弟張宗先等皆被擒斬。西撚軍至此乃全被消滅。
自咸豐二年（一八五二）撚軍領袖張洛行正式聚撚起事縱橫十四省歷時十六年餘的撚軍事變，至此算告一段落。戰後，清廷除重賞各有功將士外，左宗棠重新被派回陝、甘攻剿回軍，所部劉松山、郭寶昌兩部全軍西調；李鴻章則返回其湖廣總督本任。戰後李之淮軍也迅速裁撤，減縮至三萬人，分駐山東運河沿岸的東昌、張秋、濟寧，及江蘇徐州、長江下游與湖北武漢等地，作為鎮壓內部與長江江防的衛戍軍。
八
在攻剿西撚軍的末期，負責指揮前敵追剿重任的是李鴻章，左宗棠則因所部軍力較弱，只負責在減河以北攔截及部份運河河防的任務。但李、左間的關係顯然極壞，李鴻章在數次致兩江總督曾國藩西中，即痛攻左氏，稱其最初反對其沿運河築修長牆的建議，後見長牆使撚軍的運動受阻，始深信此說之有益。李雖口口聲聲推重曾氏為“師相”，以“及門弟子”自居，其實李之排斥湘軍，推重自己淮軍的派系極為明顯，李、左之間的齟齬，實帶有極濃厚的湘、淮兩軍爭鬥的意味。在剿撚後期的戰鬥中，左部老湘營劉松山軍立功甚偉，自陝西追撚直抵直隸，及時保衛京畿，免受撚軍的攻擾；且追撚軍年餘，曾未請求休息；但李鴻章則特別倚重自己的淮軍，抑老湘營的戰功而不賞；即其明證。張宗禹自殺後，撚軍殘餘小股仍在到處流竄，左宗棠下令搜捕，暫不撤軍，並無不當，李則詆之為“到處騷擾”，痛罵其“阿瞞本色，于此畢露”，並惡毒地攻訐說：“不知胡文忠（林翼）當日何以如此推重”。李鴻章甚至造謠說：左宗棠自己表示不願再回陝、甘剿回，因與四川總督吳棠不協，難得四川的協餉，而清廷對之亦不太信任；又想盡辦法，以挖左宗棠的牆根，致函安徽巡撫英翰，唆使其收回由皖供餉而由左氏指揮的皖軍郭寶昌部的指揮權，函中說：“郭部實為貴部勁旅，久假不歸，既非人情，我公疊次奏明，與程（文炳）、牛合隊，更有至理，左公悍然不顧，而必與之爭，恐失和衷之誼”。
左宗棠對於李鴻章自然也是以牙還牙，“多方搜剔”，對李鴻章的所作所為，不表苟同。左氏對於淮軍的印象尤惡，認其“桀黠者多”，“冗雜殊甚，其驕佚習氣實冠諸軍”；而在比較各軍之後，則特別推崇自己的老湘營與皖軍郭寶昌部的風紀嚴肅，“唯我軍士馬一萬九千餘，未至大壞耳”。因此，左氏拒絕在其重返陝、甘攻剿回軍時，徵調任何淮軍前往。由於撚亂平定後，曾國藩事實上已未老先衰，對於軍政權力的掌握與運用，採取持盈保泰的態度，以黃老清靜無為為主，其用意是避免清廷的疑忌，克保晚節；湘軍實際上的軍力重心，實在手握重兵效力于大西北的左宗棠的身上；左、李交惡，即隱然代表著湘、淮之爭。大致而言，在平定撚軍之後，特別是同治九年（一八七○）李鴻章被任命為直隸總督以後，湘軍的軍力重心在西北，淮軍則以直隸與數沿海、沿江、沿運河的省份為重心；清廷則對兩軍左右操縱，維持兩者間的平衡與適度的控制。這在此後以李、左為首的海防與塞防的大辯論當中及光緒九年至十一年（一八八三——一八八八五）間中法戰爭的期間，許多事實都表現的非常明顯。 | 
