一、
清同光年間，左宗棠西征軍中老湘營總統領劉錦棠，因太平軍興父參加王錱老湘軍，戰沒嶽州。咸豐九年（1859）十五歲，乃赴江西從其叔父劉松山軍，幫辦營務，悠遊幕帳、參劃方略，輒得機要。而劉松山亦以“錦棠常為前鋒”。其後轉戰齊、魯、豫，“撚亂”平，旋又毅然出入陝、甘、青、寧、新，平定“回亂”、驅逐阿古柏入侵政權及抗拒英俄外勢力，一生功業，多在西北。雖其于陝甘（含青、寧）間的軍事戡定，功過爭辯殊異，但他收復新疆並為首任巡撫，對新疆建省與開發，戮力奮謀，爍有偉烈。茲以中華民族整體發展之立場闡明其在西北之軍功事蹟與所作的貢獻，客觀論述之如下：
二、關隴危急，毅然西行
劉襄勒公，自江西入伍，開始了他一生戎伍生涯，其後“由江西轉戰安徽，同治四年（1864）以堅守甯國府城功，擢知縣，賞藍翎。尋皖南肅清，加同知銜並賞換花翎。”咸豐三年（1853）撚軍據眾華北，並與太平北伐軍結合，氣焰高漲，曆袁三甲、武隆阿、勝保、李續賓等督辦無功，僧格林沁雖于同治二年（1863）擒斬張樂行，大敗黑旗宋景詩並解決叛練苗沛霖，但孤軍久役而于同治三年戰歿山東曹州。四年曾國藩“剿”撚，獨劉松山、劉錦棠率老湘軍請從屯軍臨淮。時湘軍“久役思歸，又不習北方水土，皆不願從，惟松山投袂而起，立率所部渡江，有嘩餉者，誅數人而定”，曾國藩認為“楚軍將士矜自足，真氣日衰，獨劉松山驕厲興奮，有旭日初生雲象”（《曾文正公全集》奏稿卷二十八），然時湘軍大部已裁，曾國藩所領者，大多為李鴻章所創之淮軍，指揮上不無困難，終於同治五年（1866）十月十五日以“病速難痊”及“剿撚無效”而“情詞懇切，奏請開缺”，改由李鴻章接統剿撚軍務，而撚軍亦于同年在河南議決分二路，“東撚以賴文光、任柱統領”，“西撚以梁王張宗禹、懷王邱遠才統率西竄”，擬自“中牟經許州、陝州、靈州入陝西，已與陝甘聲勢浩大的回軍相聯合。”
東撚于同治六年（1869）被殲，西撚則于同治五年十月初進入陝西，十二月灞橋十字坡敗劉蓉清軍，因此，清政府以左宗棠代病辭的楊嶽斌赴陝甘。初為忙於募兵籌餉，也一時無法入陝，在曾國藩有見於陝甘局勢緊急，欲調鮑超霆軍赴援，卻“遷延不至”下，只得改派其得力部隊劉松山、劉錦棠的老湘營，“時議遣援剿之師，因陝境殘破，諸將皆觀望，惟松山毅然自任，率師西行，曾國藩尤重之。”故劉松山以“錦棠常為前鋒”率所部，“不辭艱苦，慷慨入關”，至同治五年除夕夜抵西安。曾國藩常為此密折其“忠勇樸實，堪以平寇”，從而使得劉松山、劉錦棠的老湘軍成為當時與左宗棠（同治六年入陝）進擊西撚於陝、晉、冀、魯的清軍主力，並于日後追隨大帥開展其叔侄在西北爭戰及劉錦棠經略新疆的一生功業。
陝甘為中國最大伊斯蘭教徒聚居區，由於其所具伊斯蘭教外來濃厚宗教色彩與邊陲文化本質，加上嘉道以還軍政廢弛、社會經濟殘破，鹹同時回漢關係不睦，地方官吏腐敗、民族宗教政策失調下，引起教爭進而演變成回民的反清武裝變作，尤其同治元年（1862）陝西華州小張村砍竹事件後，又受太平軍、撚軍入陝的影響，終道致爆發大規模西北“匪回”抗清起事運動。同治六年正月，“錦棠隨松山躡剿”西北，“入陝，複同州、朝邑、釋省城圍，巡守道”，直至同治七年（1867）六月撚首張宗禹敗溺魯北，“錦棠無役不從，欽差大臣陝甘總督左宗棠錄其功”，西撚平，“錦棠功冠諸軍”，左帥保奏他以道員即選並加按察使銜。左宗棠受命督軍西北，兵分三路以先陝後甘原則，同治七年軍事大本營設西安後，對陝北“剿匪”之責，則委在剿西撚戰爭中之主力，善於山谷作戰，且“以堅忍耐勞，戰鬥力強韌著稱的老湘營劉松山萬餘人，輔以皖軍郭保昌、楚軍高連陞、劉厚基等合計五、六時營由劉松山為指揮。”此時，劉松山的老湘營尚駐節洛陽，並遣“道員劉錦棠回湘募勇”。十一月由平陸縣境的茅津渡過黃河入山西，經汾州（今汾陽）永寧軍渡至陝北綏德，自十二月三日至次年二月，采“先掃週邊，集中圍殲”辦法由榆林大小理川鎮靖定邊，使董福祥等“率眾乞歸款，迺減其精銳者編為董字三營，俊居左，雙良居右”。
歸劉松山、劉錦棠節制（劉松山、劉錦棠所率清軍降服陝北董福祥等部民回戰況簡圖如附圖一）。期間劉松山所部營勇雖有因哥老“會匪”譁變於綏德情事，但旋經鎮壓。故左宗棠對之以先前既平西撚而“保垂危之秦，救不支之晉，速衛畿甸，以步當馬，為天下先”保奏外，更能不以小眥掩其大功的盛讚其“雄師所指，如勁風掃籜，擒斬解散，各以數萬計。不但榆邊內外即可肅清，而軍官易客為主，全股可期軫滅”，說：“貴軍門威略高遠，機神敏速，雖王壯武（筆者按：指王錱）當年，何以過之？”至是陝省北路民回經松山、錦棠“剿撫兼施，節節掃蕩，未及一載，降其眾十七萬，榆、綏、延各部一律肅清”，而劉“會前功議獎，加錦棠布政使銜，賞給法福淩阿巴圖魯名號”隨其叔父松山依左文襄公三路度隴計畫，北赴花馬池，近規甘肅最大回民抗清軍據點的靈州、金積堡。
三、金積河湟底定居首功
甘肅為雍州故地，宋明勢衰，幾淪為西北邊域，直迄清朝統有蒙新後，才又成為西北腹裏。康熙問陝甘分省，民國十七（1928）年前，尚領有青寧之大部分。同治五年冬，陝回經官軍圍剿，退居隴東饒沃之區的董志原，號稱“十八大營”，至八年三月被清軍攻克，陝回所餘大部遂與金積馬化龍合流，少部分依附河州、西寧、肅州等地。其中金積堡位於“靈州秦、漢兩渠間，即唐之靈武，地險城堅，貿易通西北及北五省、蒙古各部落，擅茶、馬、鹽之利，富可敵國。”馬化龍又為新教“哲赫忍耶”（Al-Jahryyah）第五輩教主，病危納捐為千總，集宗教領袖、地主、富商、官吏于一身，且嘗自稱大總戎，而十次佯降求和，撫而複反，成為甘肅反清回民最大根據地，故為左宗棠心目的“陝甘必討之賊。”因此，清軍北路劉松山、劉錦棠自八年八月進軍靈州、吳忠（劉松山、劉錦棠所率清軍攻佔吳忠堡之役戰況簡圖如圖二）至同治九年（1870）十一月馬化龍投降為止，前後戰鬥近十六個月，是清軍西北平回戰事中最激烈和最艱難的一次戰役。期間，官軍調動共七十一營約三萬多人，以老湘營為主攻，除首領劉松山受傷陣亡（同治九年正月十五日）外，其他提督、總兵等高級將領傷亡累累，誠如左宗棠所說：“僕十餘年剿發平撚，所部傷亡之多，無逾此役者。”而當時劉錦棠以二十六歲之齡，接統其叔舊部，並指揮其他清軍，在諸將恃功自傲，“事權不一，軍中為之奪氣”下，幸賴他的沉著應戰，終能克翦大敵（劉錦棠所率清軍攻佔金積堡馬家河灘之役戰況簡圖如附圖三）。同治十一年（1872）六月，劉錦棠扶劉松山靈櫬歸葬，並募兵度隴時，河州土回馬占鼇等以于新坡路激戰勝後降清，而當時西寧為花寺門宦第六輩教主，人稱“四方頭”，並“捐納侯選同知”馬桂源、馬本源兄弟所據，因曾被西寧辦事大臣玉通議撫“以為心腹”，然未料以其陰助馬文義“攻陷大通”、“犯貴德”之後，又有“陝回踞西寧府大小南川”而“與土回陽乞撫”，故左宗棠檄錦棠往剿，所以八月，劉錦棠率馬部十八營約六千多人，由碾伯（今樂都）經平戎驛、大小峽口攻西寧，而馬桂源則以此斥責清軍破壞撫局，因此“據撫回閻興春等探報，馬桂源八月初十日在西寧東關私宅密約禹得彥、白彥虎、崔三等共議抗拒官軍，一面調集各土回助逆”，並“馬本源自稱統領陝湟兵馬大元帥，馬桂源仍稱西寧知府，在關外調集土回，盡帶城中回兵以出”，於八月十二日至十月二十日，“錦棠以孤軍投賊巢，窮數十晝夜，滾營進取大小五十餘戰，半皆夜不收隊，露立風雪窖中，戰擊之聲與號寒之聲相雜，而軍士無一怨者，賊渠於是始識兵威，土回馬福壽、冶福興等迎馬首降，崔偉、畢大才相率自西川來降”，西寧攻克，“宗棠奏言劉錦棠敏銳善戰、謀勇兼優，耐苦耐勞為一時統將之最。”至同治十二年（1873）正月初四日進向陽堡和大通縣城。而西寧陷後逃巴燕戎格（今化隆）的馬桂源、馬本源兄弟並在劉錦棠、沈玉遂、陳湜及馬占鼇合圍下，於二月初四日降清後被誅于蘭州（劉錦棠所率清軍攻佔西寧地區之役戰況簡圖如附圖四）。陝回白彥虎于向陽堡、大通縣陷落時率所部回眾二千餘人由永安、南山、草灘一帶向西逃走至肅州與馬文祿合會。因該處乃河西走廊西通新疆要道，回民力量本不甚強，及至金積堡、河州、西寧等處相繼失利，大部分“反清意志堅強之士，陸續集中於肅州，且關外援軍一再到達數起，因之肅州形勢為之一振，對清軍抵抗日益頑強。”十二年九月十日，左宗棠以肅州城久攻不下，乃檄劉錦棠率兵西向，配合徐占彪、金順、宋慶等合力圍攻，劉錦棠向左宗棠提出“心戰與兵戰結合”的看法說：“得城反掌耳，然不可力取，吾將不戰而屈之，既退，呼崔偉曰：若嘗許吾頭，吾欲今若單騎說馬文祿，言未卒，崔偉唯唯，錦棠諭以朝廷威德，不聽當速決戰，因勒兵以待。”因此令“陝甘軍功崔偉、禹中海、畢人才，甘回軍功法鏡泉、馬福壽等日馳馬城下，時馬四及各賊目告以死期已至，善自為謀，馬四自知生路已絕，哀懇出城乞撫，十五日親詣節帥大營，泥首乞命”，肅州以平。（劉錦棠所率清軍肅州之役戰況簡圖如附圖五）而白彥虎仍被遁走出關，進入新疆。肅州之役劉錦棠敘功第一，同治十三年（1874）十月被任命西寧兵備道，不料同年十一月河州降回閔殿臣，以南鄉複叛，因此他又奉命由西寧風塵僕僕馳赴河州“剿辦”。錦棠由初二日至二十三日，“連戰破之，斬閔福一（筆者按：為閔殿臣子）及黑裏布，丁未，蹙之買家集，騰山而上，火賊巢，閔殿臣僅以身免，降回馬占鼇獲之檻，送蘭州，並所浮斬萬餘，旬日之間，河回復定。”（劉錦棠所率清軍平定河州南鄉閔殿臣之役戰況簡圖如附圖六）至此，陝甘境內回民變作初平，河湟局勢大致底定，而劉錦棠在西北追逐太平軍北伐軍及西撚，無役不從，降服陝北董福祥部，每為前鋒，平金積堡一役，繼劉松山後，接統老湘軍為北路清軍統領，西寧攻佔又居首功，肅州久攻不下，以其智不以力，攻心為上，終使馬文祿授首，河州閔殿臣之“複叛”，更“迅赴戎機”，其“才識卓越，殊異常流”，軍功赫赫，故能為清軍出關西征，翼輔左宗棠于前敵總指揮的不二人選。
四、新疆收復的行營營務總統人
同治三年，新疆各地的回民變作，在清朝統治勢力衰退、民族關係惡化及受到陝甘回民運動的影響下，由庫車的黃和卓拉開了序幕，並席捲了全疆，“四月間庫車的漢回馬龍等謀亂，殺庫車辦事大臣薩淩阿等”，而盤居南疆東四城。六月，原籍西寧的阿洪妥明與參將索煥章（其父索文，在張格爾事件中，因功擢甘州提督，後被當時甘州知縣以縱兵殃民上奏，作壽時奉旨賜死。）踞北疆及吐魯番一帶，建立“清真王國”。八月，“喀什回目金相印糾結布魯特頭目迪克叛踞喀什城。又馬福迪、哈比布拉亦據和闐”。
十月，邁孜木雜特（卸任回屯阿奇木伯克）踞伊犁；四年伊瑪木亦起塔城。新疆割據政權林立，一時風起雲湧。當同治三年十月二十七日，喀什回族頭目金相印和布魯特首領思迪克久攻清軍據守的喀什噶爾漢城不下，遂遣使至塔什干請求讓大小和卓後裔返喀什，以便利用其聲望，號召“纏回”並請浩罕（Khokand）給予軍事援助。而浩罕當時正與沙俄交戰，都城塔什干（Tashkend）已陷，僅剩安集延（Andijan）城，無力幫助，所以當時浩罕攝政者阿裏姆•庫裏（Alim Kuli），派只會給他帶來麻煩的穆罕默德阿古柏（Mahomed Yakoob），“阿古柏伯克奔赴奇姆肯特，對俄國人英勇作戰，他的名氣也就更大了。堅毅果斷，享有盛名的阿古柏伯克可能成為競爭者，這使阿裏姆•庫裏深感苦惱”和張格爾之子布素魯克（Busuluk）一起共“六十八人在那裏做了最後的準備，於1865年一月初，這幫冒險家就越過浩罕邊界，進入了東土耳其斯坦（即南疆）。”阿裏姆•庫裏並對布素魯克說：“我任命你為喀什噶爾汗，但是一切行政均由阿古柏執掌，他人不得干預。”喀什噶爾居民以布素魯克和卓為“噶查後裔，無不出郭相迎”。
同治四年二月，阿古柏嗦使布素魯克和卓與之爭吵，而排擠的了思迪克後，控制了喀什噶爾回城，三月克英吉沙爾，七月攻陷喀什漢城，同治六年又並葉爾羌，阿古柏軍政大權在握，“布素魯克坐享其成沉溺於聲色之中，浸成萎靡之徒，布素魯克惡阿古柏專權，二人齟齬日甚，阿古柏迫布素魯克參謁天方，自立為汗”，自封為“巴達吾來特哈孜（Badaul-et Qazi）”（即漢文史籍上的“畢調勒特”意即“洪福之王”）並鑄錢開市。
同年夏天，攻克阿克蘇和庫克之後，更建立了“哲德沙爾”政權。同治十年（1874）五月藉口保護僑民，追捕逃犯為由，悍然出兵佔領，並于七月曾向清廷聲明“無久占伊犁之意”，一俟新疆之亂平“即當交還”外，其餘地區均為阿古柏所掌控，清軍僅握守東部的哈密、八裏坤及北疆塔城、精河一線，根本無力收拾殘局。阿古柏政權的建立，也引起英俄勢力在新疆的介入，由於英俄兩國在中亞利益衝突，亦使得阿古柏以在其夾縫中圖利。儘管阿古柏對沙俄向無好感，但自忖無力與之對抗，所以與其在同治十一年五月初訂約，允俄人來新疆通商，俄亦承認阿古柏為“東土耳其斯坦”的“阿塔勒克哈孜”。而英國與阿古柏的接觸要晚於俄國，直到同治十二年才“與阿古柏定商約十二條”，其中亦承認阿古柏為回疆的“愛彌爾”。因為英國所得通商權力大於俄國，所以後來“清兵征伐阿古柏時，英國百計撓之”，甚至根據郭廷以的《近代中國史事日誌》得知，光緒二年（1876）七月底，英國駐華公使威妥瑪面晤李鴻章時，還代阿古柏乞降，以新疆作為屬國；並於光緒三年（1877）八月，英國屢為阿古柏調處照會三條，請趁機妥定章程，保境息兵，以喀什噶爾為保護國，但遭左宗棠覆奏，力持不可而作罷。清政府對新疆問題，本備極關注，然而同治十三年三月，因日本出兵臺灣，而引起李鴻章與左宗棠所謂的海防、塞防爭議，幾經波折，最後在軍機大臣，總理各國事務衙門大臣文祥的大力支持下，才于光緒元年（1875）三月二十八日命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務，左宗棠也“檄西寧道劉錦棠率老湘軍，四川提督徐占彪率蜀軍出關西征。
明年二月，左宗棠在蘭州祃旗啟行，進駐肅州，飾劉錦棠率湘軍，出星星峽，向哈密進發”，因此，在左宗棠付以“總行營營務”的重任後，作為收復新疆前敵總指揮的劉錦棠，就在這種複雜的情勢下，充分施展了他的軍事長才。當左宗棠詢及出關作戰需要多少人馬時，劉襄勤公答以：“勝兵萬人，足以橫行，不在多也”，足見他對新疆之戰，有充分制勝的決心與膽識。同時也因此而贏得左文襄公的賞識和信賴。劉錦棠在左宗棠“相機辦理，不為遙制”的充分授權下與其“備細告知”，並“地圖指示”協商，取得共識後，於光緒二年三月，“簡軍肅州”，絕幕前進，同年閨五月會師古城，輕騎至濟木薩（舊稱金滿城）與都統金順議進軍，以“不備不虞，不可以師，……前史用兵西域，軍每饑苦，今自北路進，宜先據阜康為儲糧屯師之地，料敵形勢，進可以攻古牧地，撤烏魯木齊之藩屏，退可以折其沖，兵法致人而不致於人，濟木薩去古牧地四百里，非所以便我而待賊也。”所以劉錦棠與金順會合後，率師進抵阜康駐軍九營街，並采引水誘敵，聲東擊西襲擊黃田策略，對古牧地發動攻勢，擊敗白彥虎，首戰告捷，同時在“拾回漢文各一通”，知“烏城精壯已悉數遣來，現在三城防守乏人”，而“南疆之兵，不能速至”情況下，趁烏城空虛之際，居踞高臨下，“一炮成功”的繼克烏魯木齊的滿漢及偽王城等三城（劉錦棠所率清軍收復新疆北路之戰經過圖如附圖七），馬人得退守瑪納斯，劉錦棠以金順與署伊犁將軍的榮全久攻不下，乃派譚拔萃、羅長祐增援，得戮清真王妥明，而肅清北疆，以便西可取伊犁，南可下回疆。但此時阿古柏坐鎮托克遜，馬人得又退守吐魯番，而阿古柏又派大通哈（大總管）愛伊得爾呼裏及馬明守扼通南疆門戶的達阪城，白彥虎于探悉劉錦棠欲攻達阪城後，由烏魯木齊南山小東溝複占古牧地，劉錦棠為免背腹受敵，回頭再攻白彥虎，白彥虎不敵方退守托克遜。光緒三年三月清軍由劉錦棠、張曜（嵩武軍）、徐占彪（川軍）兵分三路，直搗南疆阿古柏老巢，達板城地處天山要隘，戰略地位極為重要，劉錦棠與董福祥軍直趨追擊，劉錦棠甘冒敵人炮火之危險，身先士卒，不料“馬被炮斃易馬而前，從騎者下馬步戰，斬首百餘，餘虎恩馳敗山後援賊，城中悔懼，謀宵遁，軍中列燧守之，炮中城中火藥房”，並趁敵亂，一舉攻下達阪城（劉錦棠所率清軍收復達阪城之役戰況簡圖如附圖八），使阿古柏失去了天山屏障，這是清軍收復新疆的關鍵性一仗。也是劉錦棠靈活運用左宗棠“緩進速戰”作戰指道原則的體現。達阪城克復，為了瓦解敵人軍心，劉錦棠對所俘獲回民，“均給以衣糧，縱今各歸原部，候官軍前進，或為內應，或道引各酋自拔來歸。”但阿古柏次子海古拉擔心俘虜被釋的消息，會削弱追隨回眾的戰鬥意志，於是按照他父親的命令，處死了一些逃出達板城的，人其餘又逃投清軍陣容。如此措施，也改變了回民對阿古柏的忠心，更加速了他的敗亡。因此清軍於三個月間繼克托克遜、吐魯番兩城，馬人得降，阿古柏次子親英的海古拉敗走庫車後為其兄弟伯克胡裏（Beghuli）所殺，而阿古伯于四月十七日以眾軍敗死“不可複戰，奔庫爾勒仰藥死，其子海古拉負之西走庫車，其兄父伯克胡裏殺之，自立為新帕夏，安集延自此遂弱。”三城既克，劉錦棠因功賞戴雙眼花翎，按清制，雙眼花翎，不是貝子貝勒是不能戴用的，可見劉錦棠以監司受戴，“恩與督撫無異，朝廷眷注之隆，為二百年來所未有。”南八城門戶既開，劉錦棠本欲趁勝追擊，無奈師行絕域，餉源涸竭，加之火州盛夏，溽暑難耐，所以一面整補，一面待糧，俟八月天氣轉涼後再行展開新的攻勢。此時，留駐喀刺沙爾一帶的白彥虎棄城先走，九月三日提督余虎恩收庫爾勒，白彥虎又敗走庫車，九月十八日清軍抵阿克蘇，白彥虎敗走烏什，二十一日清軍追至烏什，白彥虎已竄走，月底至喀什噶爾東北一百八十多裏的卡裏他亞以兩克時，據《光緒朝東華錄》上說，已“人不滿百，肌疲殊甚”，這次殲敵行動劉錦棠“一月中馳三千餘裏，收復南疆東四城”，左宗棠稱其“決機神速，古近以來實罕其比”，劉錦棠因此恩授三品京堂候補的獎賞。
收復東四城後，劉錦棠原擬定阿克蘇整補糧草彈藥後再行進攻，但伯克胡裏的陣容因遭清軍沈重打擊，出現分崩離析的局面，依附伯克胡裏的尼牙斯在和闐反正，伯克胡裏率軍圍攻，致使阿古柏派駐喀什噶爾城原清軍降將守備何步雲，亦趁機佔領喀什漢城，卻遭伯克胡裏於打敗和闐後返軍進擊，劉錦棠本“念西四城形勢，當先規葉爾羌，而喀什噶爾被陷員弁據漢城反正，機不可失”所以提前行動，清軍冒寒冬霜雪，分兵數路，日夜急進，十二月十七日，發動拂曉攻擊，一舉拿下喀什噶爾城，伯克胡裏、白彥虎倉惶西竄，由俄軍之助，先後逃抵俄境塔什干，再入納林河。清軍亦隨即收復和闐、葉爾羌，“董福祥亦收復和闐，錦棠會兵喀什噶爾，議大舉入俄境未得，朝命遂止。”至光緒四年一月，除沙俄仍踞伊犁外，淪陷于阿古柏手中達十三年之久的新疆，全境光復。（劉錦棠所率清軍收復南疆西四城之役戰況簡圖如附圖九）清軍出關西征，整個新疆之戰事，從光緒二年七月至光緒四年一月結束，前後不到一年半的時間，這是清朝政府自道光二十年（1840）鴉片戰爭以來，少有的一次偉大勝利，究其原因，固然很多，但做為這次戰役前敵總司令的劉錦棠而言，其沈著鎮靜，指揮正確，“非凡的深謀遠慮”與“神速巧妙的攻擊”是功不可沒的。
五、新疆建省與開發的具體落實者
清軍收復喀什噶爾後，敗逃俄境的伯克胡裏和白彥虎，在俄國的庇護下，仍不斷竄邊侵擾，甚至有勾結張格爾兄弟玉素普之孫艾克木汗“條勒”、阿希木汗條勒和艾買堤和卓等人，以為阿古柏復仇為名，沿途裹脅布魯特人入寇。從光緒四年至光緒五年（1879）止，經劉錦棠“五次剿辦邊寇，師行絕塞，多系自來人跡不到之處，其險阻艱難又十倍于新疆腹地……非剿辦得力，回疆大局將不堪設想”才使阿古柏的殘餘，再也無力寇邊。但他仍以“獨白逆竄伏俄境，不能窮搜，常自引為大恨”。
光緒五年八月十六日，崇厚與沙俄在裏幾第亞（Livadia）簽訂了十八條“返還伊犁條約”後，朝野譁然，清廷決定除宣稱不予承認並嚴懲崇厚誤國外，也一面改派曾紀澤赴俄，重定條約，一面積極準備以武力收復伊犁。左宗棠建議委任劉錦棠幫辦新疆軍務，“六年（1880）正月，奉命幫辦新疆軍務，會朝命曾紀澤約俄人歸我伊犁，要脅無厭，新軍汰疲弱，逐日訓練，令士氣常新，天山南北有警，即分軍喀什噶爾，張深入俄境之勢。”正因有此武力為後盾，終迫使俄人讓步，而於光緒七年（1881）正月二十六日議定了“中俄改定條約”。所以馬士的《中華帝國對外關係史》第二卷中即有時人譚繼詢謂：“率使俄人歸伊犁者，公（指劉錦棠）之力也”的說法。因此，不可否認的，曾紀澤伊犁外交的勝利，實在有著劉錦棠在新疆辛勤備戰的因素在。
光緒六年八月，時年六十九歲高齡的左宗棠，清廷以“時事孔艱，正須老於兵事之大臣，以備朝廷顧問”為由，奉詔回京陛見。劉錦棠獲薦，署理欽差大臣，督辦新疆軍務，並“哈密及鎮迪道所屬文武地方官，均歸統轄。”新疆自乾隆二十四年（1759）統一天山南北路以來，由於歷史與地理特殊，采軍府統治為主，初期有著一定的作用，但隨著清政府國勢中衰後，弊病叢生。其間曾經發生過幾次變作，埋下了不穩因素。
有關清代“新疆設省之議，發自襲自珍，定于左宗棠，成于劉錦棠。”雖龔自珍在他的〈西域置行省議〉中，首先發其端，但以其人微言輕而石沉大海。當時與他齊名的魏源在其《聖武記》卷四中亦有“追天順時，列亭障，置郡縣”的主張，也同樣沒有得到清政府的重視。
直到同治三年，新疆大亂，舊制蕩然無存，萬難再圖歸複，當時劉錦棠即奏稱：“欲為一勞永逸之計，固舍增設郡縣，別無良策，種種緣由，經大學士前任陝甘督臣左宗棠壘次奏明在案”，這才迫使清廷對整個新疆政治體制的改革做重新調整的考慮。在光緒初年間，一些有遠見的大臣們，雖也開始紛紛提出新疆設省必要的看法，但其中尤以左宗棠、劉錦棠態度最堅決。光緒三年六月，清政府為如何處理新疆善後問題，要左宗棠通盤籌畫，他在月底即呈奏〈統籌新疆全局疏〉正式提出新疆設省的建議，並說明“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者，所以衛京師”的重要，最後提出“為新疆劃以安長治之榮，紆朝廷西顧之憂，則設行省，改郡縣，事有不容己者”的急迫看法。光緒四年十月二十二日，又在〈覆陳新疆情形折〉中就新疆收復後的軍經民政及建省利弊進行深刻的分析。六年四月十八日更于〈覆陳新疆宜開設行省請先簡督撫臣以專擢〉中，提出了建省的具體方案，擬以“烏魯木齊為新疆總督治所，阿克蘇為新疆巡撫治所”，下設五道五府四州二十一縣（左宗棠新疆設省建置表如附表一），且為了不引起滿族官員的反彈，在提議建省的同時，也提出了“治外則軍府，而安攘有籍”的折衷方案。他的建省主張，是由上而下，先設督撫，把新疆從甘肅省分離開來，成為一個行政獨立的省份，然後再由督撫簡放道、府、州、縣官員。只因當時伊犁尚未規複，左宗棠又不久奉命返京，所有他的設省計畫，後來均在接替他督辦新疆軍務的劉錦棠手中具體落實。
光緒七年一月，伊犁收復，當時任陝甘總督的譚鍾麟，也對新疆建省於次年四月提出了他的新疆“即設行省，亦當從州、縣辦起”的見解。也就是說他主張自下而上的設建程式，如此一來，新疆省要不受陝甘總督的節制，可能還需一段時日，這充分說明譚鍾麟有不願放棄對新疆操控的本位主義想法。對於左宗棠與譚鍾麟所提的岐異建省方案，清廷進一步徵求對新疆形勢較為清楚而且已擔任欽差大臣、督辦新疆軍務的劉錦棠的意見，事實上左宗棠對新疆雖早有研究，而他在新疆為時不到半年，足跡所在，僅及哈密一地，對新疆的認知為間接的。而譚鍾麟等則從未到過新疆，對新疆的認識更是一知半解，所以劉錦棠以“自曩歲出關辦賊，泊於今日已曆七載，熟度關外情形，所以長治久安之道，固舍郡縣易舊制別無良圖”的認知，提出“經野建官之道，必量其地之民力物產，足以完納國課又可供官吏胥役而有餘，然後視其形勢之沖僻繁簡置官以治之，非從寬預為計畫，則官困而民必受其害”的這個意見，顯然與左宗棠、譚鍾麟等不同，左宗棠要新疆完全脫離甘肅省而獨立行政，但因新疆地廣人稀，區區二十餘州縣孤懸絕域，恐難自存，尚且歷來新疆財政均靠內地協餉，如果“向使甘肅大吏，稍存畛域之見，則邊事已不堪問。”而譚鍾麟所提只在原鎮迪道編制的基礎上，南路諸域各設一官，統歸欽差大臣節制的主張（譚鍾麟新疆設省建置表如附表二），則又未免過於簡單，且欽差非常設，凡地方“錢糧刑名升遷調補諸事，又無藩皋兩司可專責成。似茲窒礙難行之處，未可枚舉。”所以他在左宗棠、譚鍾麟兩種意見的基礎上，加上它自己對實際情況的瞭解，提出了將新疆仍歸陝甘總督節制，且擬“添設甘肅巡撫一員，駐烏魯木齊，管轄哈密以西，南北兩路各道廳州縣。並請賞加兵部尚書銜，俾得統轄全疆官兵督辦邊防，並設甘肅關外等處地方布政使一員，隨巡撫駐。舊有鎮迪道員擬援福建、臺灣之例，賞加按察使銜，令其兼管全疆刑名譯傳事務。改迪化直隸州為迪化縣，添設迪化府知府一員、治迪化城，管轄迪化、昌吉、綏來、阜康、奇台五縣。”的合乎時宜主張。
南疆方面，在正式建省前，也以各地戰時所設善後局為基礎，先行在東四城設阿克蘇道，下轄喀喇沙爾、庫車、烏什直隸廳及溫宿直隸州並轄拜城縣；西四城則設喀什噶爾道，下轄英吉沙爾直隸廳，疏勒直隸州即疏附縣，沙車直隸州及葉城縣，和闐直隸州及於闐縣，另設水利撫民通判於瑪喇爾巴什（Maral Bash即今巴楚）。伊犁將軍只管伊犁、塔爾巴哈台兩地防務。並將原屬甘肅安肅道的哈密通判，劃歸鎮迪道管轄，使“哈密劃隸新疆，形勢始合”，遇事由該道核轉新疆巡撫。使哈密鎮迪道與新疆其他地區更為緊密結合。所有各地原參贊、辦事、領隊大臣一律取消。（劉錦棠新疆設省建置表如附表三）。伯克制度、在新疆籌議設省縣時已建議廢止，“臣於光緒八年七月間，奏請將阿奇木等伯克裁去，仍准戴用翎頂。”唯可“視其品級之崇卑，分送道、廳、州、縣衙門充當書吏鄉約”，但規定死後不再遞補。而哈密、吐魯番、庫車三回王，只保留名號，給予一定俸銀，不准再干涉地方事務，將各地軍政大權歸地方官吏而由巡撫統轄全權，一政以往“治軍之官多，治民之官少”的軍府統治流弊。
劉錦棠的設省方案，既保證了新疆建省的確實可行，也照應到譚鍾鱗、金順等人間的關係，雖用心良苦，但因事涉軍政、社經各層面的許可權調整，曾不僅遭到新疆地方官金順、錫綸等人極力反對，且在清廷內部，也遇到了極大的阻力，但新疆設省乃時勢所趨，再經左宗棠加劉錦棠的重申設省的重要性于新疆的各省建設更是不遺餘力，其於光緒十二年（1886）與魏光燾所制定的〈新疆屯墾章程〉，對新疆生產力的恢復與實業發展，奠定良好的基礎。同時舉凡應興應革，自興修各項工程以來，閭閻水旱之憂，與迫切性，因此終使清廷於光緒八年（1882）十一月十五日批准了劉錦棠上述建省的折中方案，諭示他“統籌全局，原定新章”並“即著次第舉行，以垂久遠。”劉錦棠於光緒十年十月二日正式奉命為第一任甘肅新疆巡撫，仍以欽差大臣督辦新疆軍務，並于同日任命魏光燾為甘肅新疆布政使。光緒十一年（1885）四月由哈密抵省會烏魯木齊，開始設府辦事，從此新疆軍政中心由伊犁轉移到烏魯木齊，使新疆長期以來一直處於由理藩院所屬藩部地位，一躍而成為隸屬內閣的行省，這對我國維護西疆的統一，有其積極的意義。劉錦棠走馬上任，“行旅忘跋涉之苦，轉輸文報無慮遲延，田賦稅釐漸有起色”的成就，使新疆在他十餘年來的苦心經營下由亂後到處“地畝荒蕪，人民離散”的荒涼殘破景象，為之一新。其落實建省的成功，開府新疆使新疆地方史邁入新的紀元，同時陝複並發展新疆文化教育與社會經濟生產建設，對新疆的開發更有莫大的貢獻。
六、西北任事軍政功過的爭辯
儘管“共同歷史記憶，凝眾人群的認同；相反的，歷史失億或是再造成歷史，道致認同變遷。”尤其對龐大如漢族而言，“除了本身的歷史凝眾本民族認同之外，他還經常關心邊緣人群的歷史，以維持或改變漢族邊緣。”雖說“近年來臺灣社會上，歷史失憶與重塑歷史記憶的現象相當明顯。”但如以整個中華民族歷史發展的立場來看，國家統一則富強，民族交流融合而安定的這一過去不變的軌跡，若衡之現今區域結盟大行其道的國際環境事實而言，也可能是將來時勢所趨的大方向。因此，我們可說中國歷史上傳統治邊政策，也正是對這一多民族國家統一形成具有重要的催化作用，而“傳統治邊思想，則是各歷史時期邊疆政策制度的思想理論基礎，他不僅表明有關王朝（或政權）對於當代邊疆管轄方面的政治意向和行動，而且向後世統治者展示了歷史的經驗和教訓，提供了多方面選擇的可能性。”
中國陝甘地區，本是個多民族聚居區，其民族宗教關係複雜，尤其近代西北史上，穆斯林的角色地位是與其歷史發展息息相關的。而清鹹同年間，陝甘回民大規模反清事件，雖說有因當時政經社會矛盾因素所致，但“作為當時回族全民信仰的伊斯蘭教也起了一定的積極作用。”故對伊斯蘭教在清代回民事件中的作用，誠如著名回族史學家白壽彝氏所說：“伊斯蘭教雖也曾被利用為號召和組織反壓迫的工具，他往往只能指向‘真理的彼岸’的‘幻想的要求’，只能指向為宗教而死，而不能把門爭引向‘人間真理’，指出現實鬥爭的正確方向。”惟其有如此深刻的闡明，才能使歷史上“回族人民的鬥爭”得以“嶄新的面貌出現”，而不致落入民族偏見的泥淖。雖說引起陝甘穆斯林新舊教爭的源頭是門宦制度，其在回族發展史上固有其特殊的複雜關係，但若因之“把回族和伊斯蘭教等同起來，這顯然是不符合事實的。”而傳統以來所謂‘天下回回是一家’、‘回回見面三分親’、‘穆斯林是兄弟’等等都是阻礙階級覺悟的民族觀點和宗教觀點，是不符合階級關係的歷史實際的，所以由“以宗教鬥爭形式出現的”回族內部“新舊教爭”之實質與外部回、漢聯合或爭鬥都是民族關係史的主流。歷史上回、漢民族糾紛“主要是來自兩個方面，一個方面是來自統治階級的民族壓迫及大民族主義的影響，這是大家所熟知的。另一個方面是來自民族中剝削階級階層的挑撥，他們為了便於對人民群眾進行剝削和壓迫，就以製造或擴大民族糾紛為達到目的卑鄙目的的工具”，所以對於“回族史上出現的民族糾紛是具有不同性質的”，如果“把一切與回民有關的暴力活動都說成是回民起義是錯誤的，歷史工作者應針對不同問題進行具體的分析”，如此才能實現地、實事求是的評價歷史事件與歷史人物的功過是非。而清季陝甘回民起事，固然有歷史、政經社會及民族宗教的區域與時代局限性，清政府為免陝甘社會持續不斷的惡化及人民生活之塗炭，派出軍隊去平定，其間不免有宗教認知及民族關係的不平等與偏見，但基於整個中華民族發展及國家主權的統一性而言，對當時歷史事件與人物的評論，應予“階段化”或“歷史條件化”及視其“對當時社會和整個人類社會生產發展和歷史進步，起了推動促進作用，還是起了阻礙和破壞作用，若兼而有之，則分別情況給予恰如其分的判定”且應將其“生前成就或身後影響加以區別”對待。
劉錦棠的一生事業，基本上除早期從叔父劉松山隨征太平軍于安徽、山東、江蘇、河南等地外，其對撚回之征戰，大多在西北一帶，其收復新疆抗拒外力之軍功及首任巡撫經略開發新疆之貢獻，歷來自無疑義，而其在陝甘的軍事底定過程之是非功過，亦各有認定，莫衷一是。然其于同治五年在西北時局劇變下，眾軍以陝境殘破觀望不前的緊要關頭，隨其叔父劉松山毅然自任，率師西行，每為前鋒，陝北降撫董福祥並編為董字三營，西寧收撫崔偉等編為旌善馬隊五旗同隨清軍效力，不只在甘肅等地與老湘營並肩作戰，掃除清軍西進出關的障礙，同時奉命新疆立下汗馬功勞，甚至有謂“劉錦棠之軍民為湘軍，實多隴西壯士”，其“不只在對內消除反側，鞏固清廷統治方面有其貢獻，對維護國家領土主權完整，尤有其正面而不可磨滅的勳績。”同治元年至十二年的陝甘回民事變是清季繼太平天國、撚軍的中原大亂之後與西南回民起事相關聯的又一次持續最久、犧牲最重且影響最深遠的一次事變。它戰火波及今日西北各地並牽動原已呈現不穩的天山南北路，甚至引發國際爭端、動搖國家領土主權完整的根本。
同治七年六月西撚肅清後老湘軍奉命為北路追擊殘“回”主力。八年二月董志原陝回以受創甚深合歸四大營，並北依金積堡，在馬化龍十次佯降複勾通洋人屢叛，“關隴諸回率視金積堡為向背，其狡謀凶酷實異尋常”，經歷圍剿至同治十年正月始將馬化龍及其子嗣馬耀邦等親屬淩遲並予平定。而對於馬化龍之抗清一事論者，偶或有謂甘肅回民視其為“善人”，頗得回民之敬重，且其人“善於思索，甚至是足智多謀”，當回軍佔領寧、靈後，尚自稱“總理甯郡兩河等處地方軍機事務大總戎”，到處張貼告示。當劉松山、劉錦棠初克時，有“撫回周斌來營密稟，謂陝回敗竄至此強踞，甘回各莊回民畏其兇悍不敢與交，松山於是主張只剿陝回，裨將董福祥聞而諫曰：回情反覆公初到此尚未深知”並向其建言說：“甘肅有一句俗語說：回回飯吃得，話萬萬聽不得，望劉松山留意。”馬化龍在金積堡除有千總之職外又是新教教主身分及富甲一方，並未經許朝廷准許，偽派官吏“似乎已建立了臨時性的政權”，居心叵測。而“每有機會，即行求撫”，其實質為緩兵或有其他緣故，所以說：“馬化龍的乞撫是有限度的、有條件的，它不是真正的投降。”故劉松山即曾稱：“靈州甘回素聽馬化龍之命，地方公事及徵收錢糧，向皆馬化龍主持，在城文武各官薪糧亦皆由馬化龍發給，回眾藐視官長，不受約束。”而且事實上，馬化龍並未呈繳全部軍械，也未交出金積堡，其名為投降，實力仍保存，並對劉松山聲言“只剿陝回，甘回之就撫者各安居無恐。”將計就計的“一面暗地裏支持陝西回民軍對抗清軍，一面自居勸道之名，為陝西回民軍求撫。”
同治八年九月二十三日，劉松山等在馬家寨，“搜出馬化龍給偽參領馬三重等偽劄一封，偽銜刊刻統理寧郡兩河等處地方軍機事務大總戎馬字樣”，又“稱官兵為敵人，頻年陝甘各回擾攘不寧，均此逆為崇也。”可知馬化龍“陰狡之謀，已經敗露”，且“以劉松山濫殺激變為言，猶思借詞聳聽情形，殊為可惡”，故經左宗棠“察其情偽”後，要劉松山、劉錦棠予以“痛剿”，“以規久遠。”所以由此可證，劉松山在攻金積保的馬化龍過程中所謂濫肆屠殺無辜，似非屬實，即或激戰下之“痛剿”也可能因馬化龍在乞撫同時，又積極組織回軍以抗清軍有以致之。至同治九年元月十五日，劉松山陣亡于馬五寨，劉錦棠二月三日接統老湘營時，“馬化龍計無所施”，“具稟乞撫以春耕緊要為詞”，劉錦棠尚“許其耕墾，不許退兵”之後，雖又多次“哀詞乞撫”，但仍執意未肯悉繳軍械。故劉錦棠“深知其亂心未厭而詭謀叵測”情形，直迄同年十一月在金機堡已無法力守下方求“僅以罪民一人抵罪”，於十一年正月十三日與其子弟眷屬馬耀邦等才一併被“淩遲處死”。
由以上分析可知，“馬化龍的乞撫幾與起義相終始，他在不利的情況下乞降，在有利的情況下也乞降，然而卻沒有真正的投降，只是在最後不得不親赴清營一人抵罪。”又有論者或稱馬化龍常說：“吾本念經人，遭逢亂世，為眾推戴，不得不維持桑梓，苟延殘存，俟東南軍務平定，甘肅重見天日，必有賢明長官主持西北大局，屆時吾即投誠當一個太平百姓于願足矣。”此正是他“反對清統治者對回民的殘殺和迫害”，而不以“推翻清朝的統治”為目標之“思想的真實表露。”然他乃寧夏回民起事之核心人物，“靈寧回眾視馬化龍為去就”，尤其當同治九年劉松山戰死，大煞清軍氣焰，而劉錦棠在諸將“自負其才武且新失主將，事權不一”情況下接統老湘軍，他正可見好即收，一如河州馬占鼇然，但馬化龍所領道的回軍卻趁此大舉反攻，奪取峽口，切斷清軍西路糧運，又派馬正和、馬萬春等攻李旺堡、預旺城，致使陝回鐵正國、崔偉等進陝西乾縣，白彥虎攻固原，威脅平涼，一時隴東、陝北及關中處處告急，左宗棠被清廷嚴責以“金積堡一隅之地，至今日之未下，逆首稽誅，軍務安有了期？”甚至有改派李鴻章以代之主張，因此更印證了左宗棠“金積堡為陝甘必討之賊”的看法，加深了劉錦棠奮力一搏的決心。
金積堡馬化龍的被平定，使陝甘回民起事勢力大為削弱，雖無足夠史料證明馬化龍有建立獨立政權的企圖，但就其在陝回起事前，即以金積堡為哲赫忍耶的傳教中心，再加上其軍事上的準備而成為回民起事的領道地位以聯絡陝甘各地的穆斯林來看，“似乎可以說明他的宗教政治野心”。且其以哲赫忍耶教主的身分參與抗清行動而言，“也可視為馬明心新宗教運動的延續”，尤其如前敘所稱，望“賢明長官主持西北大局”後，而願“投誠當一個太平百姓”的說法，至多或可認為是“隱約說明穆斯林希望自治的要求”罷了。有關左宗棠在同治十年正月二十五日《平毀金積堡各巢首要各逆伏誅寧靈肅清》一折中記載馬化龍就擒後“助掘堡牆勇丁於堡掘或洋槍二百餘桿，旋於堡內又掘出洋槍一千另數十桿”乙事，民間記載頗有出入，如單化普《陝甘劫餘錄》中曾說：“劉錦棠打金積堡的時候，馬化龍恐回民傷亡太多，所以一人出來投降，劉錦棠為其父（筆者按：應為叔）松山報仇想把他殺了，把金積堡北城牆挖開，說裏邊有槍數百枝指為投降不誠呈報左官保核辦，宮保全然不信，派了陳皋台（湜）去調查，陳皋台受劉錦棠賄錢銀十萬兩，所以回來呈複左宮保說：馬化龍為人不好，人民都恨他，宮保還有點不信，又問投降的回民馬順清，馬順清原是雲南的回民，不服馬化龍，順清說他是邪教，並說他怎樣不好，於是左宮保殺馬化龍始決。”又慕壽祺，《甘寧青史略》正編卷二十三亦載，引〈慶防紀略〉雲：“馬化龍投誠後左侯欲貸其一死，劉錦棠力爭至是行刑，蓋出於不得已耳”。同書同卷又載“〈從戎草〉（筆者按：為從雷正綰軍征金積堡的陳慕霄所著）紀，錦棠致左侯啟有警句雲：義不共天，雖效寬宏之量”，故慕壽祺對此感概的說：“大軍之圍金積堡也，馬化龍以無糧故，屢遣其子至湘軍統領劉錦棠營門乞降，最後一次許其繳械投誠矣，既許之而又殺之，以失信於西戎，至是複殺馬化龍之家屬，何殘忍一至此乎!或曰為已故提督劉松山復仇，宗棠亦出於萬不得已，言之誠是也。”而高文遠對馬化龍等人之死甚至說：“馬化龍、馬九二人活剖胸挖心致祭劉松山之靈後，馬化龍、馬九二人用棉花裹屍後燒以油質，引火點燃，然後高高懸起名曰點燃天燈。”以上對於馬化龍降後而仍被勇丁由堡根掘獲洋槍乙事，乃據單化普訪之回民鰭老所敘，說是劉錦棠為其叔父報仇故意栽贓，又以“錢銀十萬兩”賄賂陳湜，配合雲南降回馬順清謊報致令被殺乙事，吾人認為：
（一）、口述史料，本需篩選，耆老之所言，其口述者之“信用度”、“能力”亦非“專家見證人（EXpent witness）”之真確，加上“學術應不帶感情”而言，若無鑑別考證，其真實陸頗足商榷。
（二）、左宗棠對之若存疑，何以其奏摺載此事甚詳，且稱“知其隱藏尚多”，並“密飭各統領將堡回勒限遷徒”，以便“清釐堡逆，分別首從辦理，以斃後患”，此雖有謂“回軍‘勾結外國勢力’說法不妥”，並稱“馬化龍‘交通洋人情事’乃清軍得到的傳聞”，其“未獲任何證據”者，姑且不論是否屬實，但其所部大量洋槍如何得手？要不，私藏大量軍火，存何居心？亦屬不法。
（三）、依左宗棠對金積馬化龍為“國家必討之賊”及“不留根荄”認定與馬化龍一再“詭詞偽降”的陰謀作法，已致“罪不容赦”地步。再加上劉錦棠時任攻金積之總指揮，除了左宗棠之命令外，實無賄賂陳湜之必要。設若左宗棠對之不信任，而派一個他足以信賴的陳湜去調查，則陳湜又何敢於陣錢受賄？再則劉錦棠於兵馬總倥傯之際，臨危受命于左宗棠必然為左宗棠信任，故劉錦棠當不致會去為一左宗棠本欲翦除的“首逆”去賄賂區區之陳湜。當然劉錦棠有為其叔父劉松山對馬化龍有“義不共戴天”的憤慨在所難免，但松山為剿金積而死，實乃為國捐驅，當時清軍主力老湘營諸將領莫有不為老統領之死而報仇雪恨之決心，這又豈只是劉錦棠一己親情之私得了？然不可諱言的，清季諸名將大臣之殺降，左宗棠、劉錦棠之對待西北回民俘虜如此，李鴻章之對待太平軍降將也是如出一轍，諸如此類失信於人的處置本令人難以苟同，況對之淩遲甚或如高文遠氏所言“活剖挖心致祭”等有違人性的殘忍作法，更不足取。且清廷對馬化龍的殘酷殺害，也激起回民對其一家深切懷念，為了追悼他，哲派教眾“尊稱為十三太爺（即同治十年正月十三日被害之意）”，並將其頭示眾全國十年之久，收葬“張家川瓦泉溝清真寺的‘滿格費’窯內（清真寺大殿中阿匍領拜之地），再‘遷葬于張家川的北山’，清光緒年間始建拱北取名宣化岡，而‘馬化龍的屍身埋在寧夏吳忠’此事頗值吾人深思。
金積堡平定後，甘肅東部平涼、慶陽、涇州、鞏昌、秦州、階州等各州縣零星土回各“寇”皆已肅清，左宗棠移大營至靜甯，大軍西指河州，時劉錦棠“懇請給假六個月，扶劉松山遺櫬並帶撤回傷殘疲病將弁勇丁回籍，一面在籍選募有根著的保勇丁來營補額，庶免遊勇混雜致壞軍律”，左宗棠“以寧、靈大局既定，各軍宜酌量撤遣，湘軍湘軍傷病弁勇較多，宜即時修養，勇丁宜就原籍選募”而照準，故“事劉錦棠先將傷病將弁勇丁分起資遣”，並以“蕭開章統帶分駐金積、吳忠、靈州、寧夏各處，以資鎮壓，劉錦棠即扶劉松山忠襯回湘，道出平涼”，而與之“商布一切，並飾令到籍選募假滿即來，擬備西北一路之用。”
河州馬占鼇于左宗棠以“客回宜巢，其中亦必有可撫者；土回宜撫，其中亦必有應剿者”的“分別剿撫，自不致受其蒙惑。偏主剿，固無是理，偏主撫必有後患”的“寓剿於撫”政策號召下，在太子寺之役戰後降清，也給時聚河州附近的“土回之叵測者，陝回之觀望者”一個何去何從的思索空間。而馬占鼇、馬永端同治十一年四月正式投誠的“實能剿賊自效”，除了可免河州倖免兵燹及一如馬化龍金積敗後，慘遭族誅的悲劇重演外，其家族也因此恃清政府之庇蔭，而成日後影響西北政局的豪門，“官至補用總兵督帶鎮南馬步全軍，常被派遣平定和處理甘、青一帶蒙藏部落起事和糾紛多起，光緒十二年（1886）二月二十日因病去世”，同時也給稍後西寧之役崔偉等人受撫提供了借鏡與機會。
西寧回民起事，早在同治初花寺門宦第六輩教主馬桂源反清之前，即有當地花寺穆夫提等門宦教爭，後隨著受回民抗清風潮影響再由教爭演變成一致抗清的革命行動。而回民反清的領袖為馬文義（即馬尕三）起事，當時一昧主撫的西寧辦事大臣玉通以循化回紳馬桂源兄弟與馬文義關係，恢復蘭州西寧交通，故保舉馬桂源為西寧知府，馬本源為西寧鎮標遊擊，並代行總兵職務，而馬桂源兄弟取得了西寧軍政大權後，名為清廷官員，暗為回軍領袖，除陰助馬文義“攻陷大通”縣撫彝廳（今臨澤縣），擴張勢力西至高臺而通肅州，使“一意主撫”的王通陷於其掌控之下而不自知。雖在其替目睹馬占鼇繳械情形曾赴安定大營向左宗棠呈交各回軍領袖而“乞撫稟詞”，但在金積回民起事失敗前夕，白彥虎、崔偉等陝回轉移到西寧後，又強化了他抗清的決心，終至與陝回聯合而與劉錦棠老湘軍為主力的清軍對壘，走向敗亡的道路。西寧之役，劉錦棠等清軍雖遭遇凶狡著稱之白彥虎與生性狂野之撒拉回的頑強抗清，誠如左宗棠所言：“白彥虎狡詐非常，遇勁軍則給他賊拒敵，自率黨夥先逃；過尋常之軍則設伏陷之，此其常態非曾與周旋者不知也。”又說：“該逆回族均撒拉一種，生性獷野，兒時即揉習叉子槍，技最精煉，平時較獵能于百步之外取飛鳥，百不失一，所居一山瀕河，地勢險惡，乾隆中調隨征金川番族及石峰逆回，官兵倚為軍鋒，猛駑可想。”
至於收復西寧後劉錦棠對回民之安置，左宗棠奏稿中記載，劉錦棠克大小峽口後，于同治十一年十九日抵西寧東關時除對“城內難民男婦老弱三萬餘名，望塵迎拜，喜極而涕，劉錦棠宣佈皇仁，逐家撫諭”外，對“其城外老弱回民約千餘口，籲乞曲貸生命，亦令免死安插，並諭土回被裹屍者准其歸正安插。”他的此一寬大舉措，雖被左宗棠以“河湟之事”由於“從前大東鄉應誅戮稍少，遂不免煩兵力”為例，說明“見在西寧之於土客各回均不免恩多威少，將來流弊滋多”，告之即使“來書縱窮而乞撫，亦必重繩以法，寧耽延時日，終不敢規之目前”之訓示而未蒙苟同，但劉錦棠仍確實對西寧城外老弱回民千餘口，未再辦理善後，且得免死安插，其此一德政頗足稱許。然于大通一役，劉錦棠以董福祥留守向陽堡，他親率各營攻之，時大通縣城由“叛並馬壽之党千長馬長忠、韓喜文、王成宗，偽軍師袁滿拉等及其死黨，仍誓死抗拒”，初九日，劉錦棠軍環攻，令撫回“冶復興、馬福壽繞城而呼：‘獻城迎降者免死，擒賊者重賞’，忽見回民數百，開西門奔出，羅拜馬前。劉錦棠整隊入城，逆賊嗾眾下城巷戰”，城克後，“劉錦棠下令撫諭降眾，飾令道引軍官覓擒賊目”斬之，並“提叛弁馬壽礫于市，漢民爭摘其心肝啖之立盡，並擒其死黨馬長忠等一百八十餘名，駢戮之。”對此高文遠曾批評說：“人民反抗政府，政府出師命將平亂，是正常之政治運作，擒其首惡，繩之以法，亦為法律之必定程式，行刑之後，任令亂民摘其心肝啖之立盡，為毫無法度的行為，實有失戰爭的道德與原則。戰事結束，首惡必懲脅從罔治，一俟繳械輸誠一律還為齊民，仍為朝廷赤子，首惡繩之以理，左宗棠之所以在奏疏中列為可陳之功，不翠是一種認可之方式而且有鼓勵作用。”
對此吾人以為，雖說敵我對陣本失理性，尤其處於當時戰爭紛亂的情境，對待戰俘的方式，固有其時代的局限，但以此殘烈血腥實不足取。當然西寧一役，白彥虎經大通而出扁都口，遁逃肅州；而崔偉、禹得彥、畢大才、馬鎮國、李金良等被劉錦棠收撫，編為旌善五旗馬隊追隨劉錦棠助剿向陽堡、肅州及撫而複“叛”的河州閔殿臣之役，並為光緒初年劉錦棠麾下出關西征新疆的一支重要力量。
肅州馬文祿之抗清，“廣泛的聯合穆斯林鬥爭，他是一個突出的特徵”，且馬文祿曾被烏魯木齊“妥得璘偽封元帥”，以“西寧獵戶糾聚撒拉回番即西寧、河州劇盜偷兒于此，以通關內外花門消息”，並“妥逆曾遣股賊四千來援”，因此吾人可謂，“肅州及河西回民起義起了溝通關內外各族穆斯林起義的橋樑作用，陝甘同新疆各地的各族穆斯林起義是互相聯繫，戚戚相關的，行成了以回族為主體西北穆斯林大起義。”肅州在徐占彪等清軍久攻不克後，終經左宗棠親自坐鎮，一面調集大軍合攻，一面由劉錦棠所帶撫回崔偉、禹中海、畢大才及甘回法境泉、馬福壽等至城下勸降，以極慘重的代價，方使馬文祿于同治十二年九月十五日開城投降，而“此役雙方戰鬥的猛烈與規模，實為在整個陝甘回變中僅次於金積堡之役。”因此左宗棠對其頑強抵抗尋戶常痛恨，加上馬文祿初佯降，實曾將“城內漢民三萬餘口，該首逆殘殺其精壯，擄辱其婦女”，至清軍克復時“僅存老贏男婦千一百餘口”，故秉“首要各逆及土客各悍賊一律殲滅淨盡”原則，將已降馬文祿及其重要部屬，“馬永福、馬照、馬金龍、馬良臣即禿鄉約、王得勝即王大漢、馬金才即貴德老四、馬梁城、阿渾”等八人“礫之軍中”，且飭徐占彪、劉錦棠等“立將各起兇悍客回一千五百七十三犯悉數誅。”至此惟白彥虎料肅州城必破，西竄入新疆外，“甘州、涼州各回，死亡始盡，一無遺種”，使延宕十二年的陝甘回民抗清事件即告落幕。
陝甘回民大規模起事抗清自同治元年開始至五年陝甘總督楊岳斌請辭，左宗棠臨危受命之際，蘭州饑民有相率殺人而食或攜子女投河自盡者，只剩秦州、寶雞、鳳翔、西安一線尚保持內外交通，其間經歷在陝之西撚、陝北“土寇”及甘肅寧夏之董志原、金積寧靈、河州、西寧、肅州等幾次大戰役，清廷以劉松山、劉錦棠所率領老湘營及左宗棠親率領楚軍（軍制源於湘軍）為主，加上張曜、金順、徐占彪為輔之清軍，總結昔日之西北用兵剿撫失敗教訓，以“辦他賊，必先剿後撫，辦回賊必以撫為先；蓋回之所以為亂端者，漢回有異視也，非佈告朝廷德意，分良莠，不分漢回，則賊有詞以脅其眾，將剿不勝剿，然一主於撫，賊則乞撫于我，陰集其党，蠶食漢民，又將撫不勝撫”的認知，為免一昧求撫，致令撫而叛又剿，剿不成又撫，“叛回”以此求撫以必剿，用必剿以為惡，所以采“必我能剿，然後伊肯甘心就撫；必我誠心就撫，然後伊之就撫亦出誠心，否則我以此聊事羈糜，一亦以此故相悔弄而已”的剿撫兼施辦法，並先陝後甘，先撚後回，精兵後餉，緩進急戰策略而予以一一克復，尤其每一役即辦之善後，對已降回眾之妥為安插，必使其有生存機會而後已，“陝甘頻年兵燹，孓遺僅存，往往百數十裏，人煙斷絕，新複之地，非供給牛種賑糧，則垂斃之民，勢將盡填溝壑。各省克復一郡縣收一處丁糧釐稅，甘肅克復一郡縣即一發處牛種賑糧，非是則有土無民，朝廷亦安用此疆土。”
如此以剿定後而能安之，使不復再叛。並飭地方宮，回漢公平對待以保護之，且嚴禁土劣訛詐，故“至今甘肅居民追念左德威，每逢一事不決，尚說：‘左宮保的章程一劈兩半’蓋左宗棠平亂時過漢回之爭均采折衷辦理，又宗棠更有‘左阿衡’之綽號，以其受護回民因得回教教師之稱也。”因此有視“不分回漢，只問良莠”為分化，更有謂善後安插為“分而治之”、“分割其勢”、“渙其群，孤其勢”者，殊不知戰爭若以不可避免，為別忠奸與敵我，不以民族偏見，公平對待，將可減少殺掠或波及無辜。而善後措施乃戰後政務救急賑濟、穩定社會為優先之要務，即或對投誠者發給“良民門牌”、編制戶口花名清冊報官，以為約束，“使之永守法度”，此均戰後必要措施，且尚“在安置之處允建清真寺”以慰難民心靈，則更為貼近民心之舉措。
所以陝甘亂後新定，苟非左宗棠、劉錦棠等之慘澹淡經營，則當時糜爛已極之西北大局恐將不堪聞問。又有論者所謂：“事實上，清軍通往從河西通往新疆的道路沒被切斷”，“是成祿之流受命而不願出關，並不是‘西進咽喉要道’被切斷無路出關”，以排除回民軍“封鎖了河西走廊的西大門”，即所謂“收復新疆必先平定陝甘回民起義觀點”的這個“障礙”說與“攘外必先安內”之議，殊不知“從來經營西北，要控制西域必先把握河西走廊；要把握河西走廊必先鎮定河湟，這是一定之理”，且試想清軍出關西征，陝甘若煙火彌漫，西征新疆縱尚有他路可通，然肅州已與妥明有往來，甘新地緣、宗教關係密切，若不先予以平定則清兵出關有繞道不利速赴戎機之難，尚有背腹受敵之慮，此豈乃用兵之道？當然金積與河州之役，“分明指出兩個特顯的榜樣：當剿則剿是馬化龍，可當撫則撫是馬占鼇”，即清軍能攻堅，也能納降。像西寧的馬桂源、馬本源兄弟，肅州的馬文祿誠意求撫還想取巧圖存定要自蹈金積堡覆轍，左宗棠、劉錦棠等“也就毫不躊躇，攻剿到底叫他們做馬化龍第二，既能用兵克復西寧和肅州，其能攻下河州，不問可知。但文襄公自認應付河州一案，不免失之寬大，未能使當地一般回民認識兵威，至不久更有小小叛變”，幸賴劉錦棠予閔殿臣以有力打擊，致使亂事得以及時敉平。
至光緒二十一年的河湟大亂，以地方官處置失當、武備廢馳加上中日戰爭發生，軍隊抽調赴京，兵力空虛，時隔二十年，似乎不能歸咎左、劉等人，然而平定此一亂事卻得利於劉松山、劉錦棠所降服的董福祥部隊，這使左、劉“原要以甘肅的武力，維持甘肅的治安這個佈置，在二十年後收效了。”又“大抵西北的每一次變亂之後，必發生或擴大于當地武力不足控制之時，而每一個武力平定變亂之後，必不久又複腐敗衰落，以致引起第二次變亂。所以要確保西北地方安謐，在建設沒有完成或政治沒有清明之前，任何武力怕不能永保其不會腐敗衰落。”故為使西北永保安康，政經建設與吏之知清明才是最根本的解決之道。然不可諱言的，清季陝甘回民大規模抗清，乃“長期以來，穆斯林社群在漢族強勢文化下所受到的誤解與壓制，包括漢人的歧視與偏見，政府的防範措施限制以及打壓新教，形成政策性的壓迫與剝奪穆斯林的宗教自由，皆使伊斯蘭教的發展受到層層阻礙，而穆斯蘭也幾乎是處於次等公民的地位”所道致的一次民族關係不良、教派之零星衝突而演變成經年累月且具轉捩歷史事件之伊斯蘭教“吉哈德”聖戰性質，涉及民族眾多，聲勢之大、波及地域之廣、戰事之激烈，為西北歷史上少有的戰爭，對清廷西北統治打擊沉重，且幾乎動搖國本，它是“太平天國起義的延續”，也是“全國反清起義的一個組織部分，對於加速清朝的分崩離析”有著重要的影響。然其白壽彝氏的所謂回族至今都是一個“戰鬥的民族”之事實與馬霄石在《西北回族革命簡史》中突顯清代西北回族抗清事變在整個“西北的穆斯林起義”史中的主體地位，都再再說明“回民起義”性質除有社會、經濟及革命因素在（如太平天國、西撚等）緣由外，更強調民族的矛盾、壓迫等不平等的民族運動本質。其中尤其對重要的清政府將帥人物的功過看法及著名“起義領袖”的降撫，甚至與敵對勢力合作的作為與伊斯蘭教在起事中的角色功能，各具有不同立場的評價，然吾人對歷史人物與歷史事件的論析，總應設身處地的投射在歷史的時勢下，運用歷史想像，全面科學的，以文化多元、相對平等且實事求是的去理解，方不致於對歷史真象與歷史人物的評論有所偏頗。
七、結 語
清代同治年間陝甘回民大規模抗清事件，是清代嘉道中衰以來內憂外患局勢影響與衝擊下，吏治、軍政敗壞，民族文化、宗教衝突及社會經濟惡化等複雜因素所形成的西北統治失序現象，甚至進而以陝甘情勢沸騰波及新疆引發外力入侵的結果，使當時西北成為“平涼戎馬充斥，關外亭堠斷絕，天山南北幾成異域”的嚴重慘狀，清政府在此危急存亡之秋，所派左宗棠、劉錦棠入陝甘鎮壓，甚至光緒初，排除眾議與來自國際的壓力而毅然出關西征，一舉收復失控已達十四年的新疆，左宗棠延續高宗朝打擊甘肅新教抗清勢力的傳統嚴厲手段，為使西北政局達到“百世相安”目的，並使“三秦有難，必花門首禍”的歷史不再重演，雖在平定過程採取罕見的嚴厲武力征伐，使已身受連年天災之禍的西北社會與人民遭受殘酷的破壞與打擊，但左宗棠、劉錦棠等人力行清政府平定政策的舉措，不僅保全清朝西北領土主權完整，同時也為日後新疆建省開發奠定了良好基礎，這無疑是左宗棠、劉錦棠一生功績最顯赫的部分，而尤其劉錦棠在陝甘的早期作為是與左宗棠緊密連在一起的，正由於他在平定陝甘回民起事中所表現出來的軍事才華，所受到左宗棠之賞識與推薦，金積一役二十出頭的年紀接統老湘一軍，並獨當西寧之役的清軍總領道，即使其後平定河州閔殿臣及肅州馬文祿都發揮了關鍵性的角色，其在陝甘平定民回起事有一定軍事貢獻與功過爭辯殊異的一面。
新疆設省，百廢待舉。劉錦棠臨危受命，成為開府新疆的第一人。俟建置略定，急欲引病辭歸，且以祖母老病，陳請終養，奏章累上，均被清廷溫旨慰留。至光緒十三年（1887）二月，“複申前請，上以情詞懇切，予假回籍，旋以祖母病劇，先呈請湖南巡撫代奏，懇請開缺，仍優詔不許……諭令錦棠弟河南候補道劉 ，回籍侍養”而未果。十五年（1889）正月，劉錦棠才因一再請求回籍，離開了他生活十三年（1876～1889）的新疆，回鄉途中，新疆“所過，黃童白叟，望風相攜負以迎，往往擁車，數日不得走。”劉錦棠侍母至孝，後以丁祖太夫人憂，亦必欲還母歸養而不得，“襄勤思母不已，日必至王家一行，惟兩宅之間，有一水相隔，襄勤乃獨資建石橋，以為探母之便，額之曰陟彼屺兮，瞻望母兮之義，橋在山側三裏許。嗚呼!若襄勤者可為純孝者也。”二十年（1894），中日甲午戰爭爆發，奉召赴京振軍，劉錦棠六月啟程，行至縣城，怱左體中風，臥病不起，七月逝世，謐襄勤。
劉錦棠以監生，因痛其父岳州殉難，而投老湘營。其後，隨叔父劉松山，轉戰大江南北，至太平軍滅。嗣以撚、回亂起，更趨北上，出入齊、魯、冀、豫間。縱橫陝、甘，一戰降服董福祥，再戰底定河湟。金積堡一役，劉松山陣亡，忍痛節哀，崢露頭角。從此獨當一面。左宗棠賞識其才，翼輔出關。新疆之役，更充分施展其軍事稟異，月馳千里，睥睨天山，籌辦軍務，處理善後，理論與實際極其得宜，所以籌備建省，舉凡建置新革，完善制度，面面兼顧。撫巡西疆，治內禦外，不亢不卑，實乃我國近代治疆名將，西北長城。
