同治年间，陕甘回民起义爆发，左宗棠以陕甘总督奉调入甘，经理西北事务，十余年间，对近代甘肃社会的治理与开发做出了重要贡献。
入陇之初，甘肃烟毒泛滥，吸食日甚，危害深重。在与时任陕西布政使王思沂的书信中，左宗棠这样描述：“弟自入关度陇以来，目见鸦片流毒之甚，膏腴之地，遍植罂粟，粮食奇缺，军民乏食”，问题的严重，实“甲于各行省”。当时，“甘肃所产烟土，名曰‘西土’”，因“其味浓厚”，品质可与国内上品鸦片“广土”、“南土”并媲美，且价格又较为低廉，在当时乃“一宗畅旺之货”，陇境百姓吸者众多，有些地区吸食者竟占“十之六七”。甘肃农民素以“彪悍”著称，却因溺食鸦片导致生产力大减，整日“黄槁奄奄，不任操作”，“昔之农夫，浸假变而为惰农矣”。其时，关陇民风已然“积弱成风，暗懦不可言状”。思其根源，左宗棠认为“实鸦片流毒有以致之”。正是由于鸦片的泛滥，导致了甘肃社会民风乏力，终酿成社会矛盾激化，战乱之“浩劫不能尽”。因此，左宗棠立志“示禁罂粟，免税土烟，窃以此入手，可无烦扰之虑，而饥饿垂尽之民，亦当所缓急也”。
1869年，左宗棠发布《禁种罂粟四字谕》，始禁鸦片。告示以易于理解的四字韵文形式写成，列举了吸食鸦片的恶果，及禁烟对百姓和社会的利处，在城镇、乡村广为张贴传布。主要内容如下：甘肃“恶卉繁滋、废我嘉谷”，以致“农辍耒耜，士休卷轴，工商游嬉，男妇瑟缩”，甚至“家败人亡，财政命促”。因其危害深重，特此言明“种烟、吸烟之人，罪不可赦”，各县务必“罂粟拔除，祸根永”。考虑到“訾俗难于化诲，成效难于骤睹”，左宗棠又专以“烦词聒之，危词动之”，期望可以让“聋者为之一耸”，以达到“芟除妖卉，广植嘉禾”的目的。同时，他下令“为农者不准栽种罂粟”，“如有抗违种莳者，将地充公”，以禁境内种植：“为商贾者不准贩运鸦片”，以防止烟毒流入。这些告示在禁烟之初宣传了烟毒的危害和政府厉禁的决心，为具体措施的实施创造了舆论基础。
但由于此时回民起义尚属高潮，左宗棠忙于军务，对于禁烟事宜，虽有其志，却乏实举，对于鸦片种植仅是“稍为敛戢，然乡村偏僻地亩，偷种者尚多。其杂植豆麦间，图免查拔者，尤复不少”；各府州县所报查烧外来烟土，也是“为数不多”；至于销售、吸食鸦片者，则几乎无所触动。1873年9月，随着回民起义的失败，左宗棠遂将经营的重点转向对战后社会秩序的恢复和建设上，其中重要一项内容就是对甘肃烟毒的治理，先后采取了以下几项措施：
首先，严禁外来鸦片销入甘肃。当时，甘肃境内鸦片除自产自销外，也经外地输入，陕西、四川、云南等省皆是贩运地。兴盛的烟土贸易使本已严重的烟毒问题，雪上加霜。故左宗棠特颁禁令：“为商贾者不准贩运鸦片”，“如有川滇客民贩土入境者，当众焚烧，薄与责惩，令其改图贸易”。另外，由于鸦片较贵重，且易于保存、携带，常为各地赶考的士子充作货币以支付路上的食宿费用，这也成为鸦片传输的一大重要途径。为此，左宗棠严申禁令，规定“赴省乡试士子，如敢夹带贩卖，希图渔利，则获咎尤重”。此外，对于外国商人贩烟入境，一律勒令折回，如已卸货，则由官府查封，先归其自行看管，后限期出境。如再将烟土偷运入它处贩卖，必追出焚毁。各厘卡对于过往西北的货物，查出夹带烟土，也一律焚毁，不准抽厘放行。
其二，在力图切除鸦片流入渠道的同时，左宗棠更加重视对于甘肃境内“自产”烟土的禁除。他命令陕甘各府州厅县官员，会同当地驻防清军明察暗访，“随时轻骑赴乡搜查，月凡数至。遇（种植罂粟）整段地亩，一律翻犁灌水，其杂植豆麦间者，亦且锄且拔”，务必做到“根株净绝”。“查拔不力者，随时撤任撤委，或从严申饬，其趋势勤奋，随予存记，以示激劝”。同时，他还要求各地必须按月据实报告查禁罂粟的情况，并重申，凡种烟地亩，一律充公，种烟民户亦要受到“杖责枷号”。另外，为了方便禁烟政策在各地顺利实施，特给予各府厅州县官员因地制宜、自制禁烟规章的主动权。如抚彝厅采取“联保”形式，先集结境内三十六渠农民代表，划分地段，命其各自对所在区域负责，再以十户为一个联保单位，互相监督，至来年春天再巡视查报，如再发现烟毒，一并严惩。这一措施，将地方基层组织结构的特点与禁烟相结合，收得奇效。再如秦州知州谭继询根据鸦片的种植时间，分冬、春两季逐户严查，在当地成绩显著，被左宗棠称赞“志在有为”、“不多得者”。
其三，鼓励种植草棉以代替罂粟。左宗棠看到“甘肃百姓趋利贪种罂粟，已成积习”，非一夜而成，亦非几道禁令便可彻底禁除。“禁”只是手段，“治”才是最终目的。而要兴利除害，首先应该“审时势、顺人情”。禁烟是利民之事，但也只有采取百姓所易于接受的方式，才能达到事半功倍的效果。经过慎思，左宗棠最终提出了一套因地制宜“以草棉代罂粟”的替代种植计划。在与时任陕西巡抚谭种麟的书信中，他就此办法的必要性和可行性进行了阐述。他认为“欲禁种罂粟，必先思一种可夺其利，然后民知种罂粟之无甚利，而后贪心可渐塞也。弟之劝种草棉，以其一年之计，胜于罂粟，固其明而牖之，不欲用峻法求速效，致格不行，高明必能鉴及。农民好种罂粟，不过是“贪利”而已，要使其自觉放弃罂粟种植，最好是“以利动之”，找到一种与罂粟利益相当，使其有利可图又无害社会的替代作物。经过调查，左宗棠得知甘肃地势较高，阳光充足，宜种棉花，而其经济利益并不低于罂粟。因此，以草棉代替鸦片种植，从而达到治理的目的，具有可行性。
为此，左宗棠刊行了《棉书》及《种棉十要》，详细介绍了种棉的基本步骤和注意事项，并“分陕、甘两省谆饬官吏士民一律经理”，“劝谕农民广种草棉，设局教习纺织”。同时，为了了解农民对种棉技术的掌握情况，左宗棠又亲自到田间地头考察，与农民攀谈种棉收益。“路过各处，正值棉熟时，每停车，父老聚观，辙传令近前，与谈一切，皆知棉利与罂粟相，且或过之。一亩之收，佳者竟二十余斤，每斤千文，其费工力翻省于罂粟果刮浆也”，故“近凉、甘之民亦知务此”。此外，为鼓励百姓改种棉桑的积极性，左宗棠专门规定：“若以前犯种罂粟之人，以后能报种稻谷、棉、桑，该州县验看确实，即着将原充公地亩仍还该地主管业”，并在各地“一并晓示”，让农民真正体会到“兴利除害之至意”。
以宁夏府为例，本素以“塞上江南”著称，但由于“沃土之民狃于恶习，视罂粟为利源”，侵占上等农田大量种植，导致农业大面积减产。1877年，陕甘大旱，左宗棠本欲从宁夏借粮振灾，却发现曾经的“产粮大户”如今早已自身难保，这也使他再一次深刻体会到鸦片“流毒无穷”，若继续置若罔闻，恐“民粮、军粮尤虞不继”，对于刚刚稳定的西北政局亦有威胁。故决心从“课心”入手，对于百姓先“以利动之”，让他们知晓“凡宜罂粟之地，最宜草棉，棉花之利，与烟土相若。时值大旱成灾，粮价异常翔贵，百谷之利，亦略与烟土之利相等。种谷与棉，可以获利，且不犯禁，种罂粟则犯禁，必遭查拔，将并所图之利而亦失之”。如此一来，百姓自己比较其中利害，亦知孰可为，孰不可为。
自从提出“以草棉代罂粟”的方略后，左宗棠始终把它当作“敦崇本业，力挽颓风，于陕、甘民生尚不无小补”的惠民之策来办，其效果也较为明显。宁夏府在经过几番整顿之后，“阖境罂粟根除，一律锄拔净绝；又幸时雨普沾，渠流畅注，改种杂粮，均极繁茂，丰稔可期”。此后，“匪特闾阎储峙渐丰，民食、军粮均有攸赖，而民生既厚，民俗亦端，长治久安之效，肇于此矣”。这正说明了切实从百姓利益出发，运用经济手段，因地制宜地从改变其种植习惯入手，远比简单、强制的行政手段更能从根本上解决问题。
其四，加强吏治，保证禁烟措施的落实。在禁烟的过程中，左宗棠非常强调“课吏”，即将是否认真查禁罂粟作为考核各级官员的重要标准，对于“官绅士庶有能实力奉行，著有成效者，准予择尤奖叙”。宁州知州杨大年、正宁县知县黄绍薪，“于地方新复之时，委权斯篆，履任至今，百废具举，而于奉檄禁种罂粟、改种草棉一条，尤不惮烦劳。时巡乡野，亲为劝导，并远购棉种，栽莳成秧，分布民间，因时树艺。又购觅纺车织具，雇请民妇教习纺织，已有成效”，1874年3月，左宗棠特上奏朝廷，请奖励这二位官员，“以劝循良”。而对于那些查禁不力，对于烟毒“视若缓图”、“虚词掩饰”的官员，左宗棠则严惩不贷。1874年5月、1878年7月，左宗棠先后三次上奏朝廷，要求对于禁烟失察的官吏分别给予革职、降职的处分。其中以1878年对宁夏府“禁种鸦片官员失察”一案处理最为严厉。经调查，左宗棠发现宁夏官员“未严禁于先，复未查拔于后”，反与当地驻军暗中勾结，包庇种烟农民，以获取私利。事发后，又以“地方辽阔，民间栽种罂粟，久已相习成风，一时难以禁尽”为借口，自我开脱，“若不严密查办，何以肃功令而儆效尤”。于是，奏请朝廷将知府李宗棠以下官员，悉数给予撤职或留任察看的严厉处分。经此整顿，吏风大转，甘肃其它地方官员亦以此为鉴，对于禁烟一事再不敢敷衍了事了。
从左宗棠禁烟的具体措施来看，其政策的重点还在于对鸦片种植的禁除，而对于百姓吸食鸦片，从未有任何规制严令禁止。究其原因，左宗棠认为“鸦片一握兼金，价重质微，易于隐匿。吸烟之徒闭居密室，难于搜寻。查办疏固无异于弛禁，查办密又适开需索包庇之端”，具体实施的阻力较大，而反观查禁鸦片的种植则更易操作，也具有一定效果。因此，他以“先易后难”为基本策略，以禁止种植作为治理烟毒的出发点。而对于烟民，主要以劝导为主，也曾经多次寻访民间戒烟药方，“详加考订，取其简明易知，刊刻成本，颁发陕甘各府州厅县，转给绅耆，广为传布”，而对于官员、士绅之中“能损资合药，照方施治，全活多人者，准由地方官核明，照捐振章程一律请奖”。但是，对于军队和官吏则一律严禁吸食，凡有官员嗜食鸦片，即以“烟瘾甚重”为名，予以参革。清军将领王仁和、潼关守将恒泰伊均因此而被左宗棠弃用，楚军上下“兵丁绝食鸦片，营规严肃异常”。
光绪初年后，禁烟政策在甘肃日现成效。1879年6月，左宗棠上奏《复陈边务折》，对经营西北十余年的作为做一总结，其中提及禁烟一事，自认“著有成效”，“据司道详称，先后据府厅州县禀报，印委各员躬亲巡历，不惮劳苦，民间奉令惟慎，实已根株净绝”。虽然“根株净绝”未免夸大其词，但鸦片在甘肃的种植确实得到了控制。1879年，陕甘烟土价格大跌，“前年每土百两，需银六七十两”，而“今年每百两仅需三十余两”。最初，左宗棠以为是“外来之土入境者多”所致，调察后发现“其实戒烟者多，土贩以获利无多，跌价出售也”。此外，粮食产量也有了显著增加，“种者绝而吸食者亦少。昔栽罂粟之处，今为艺稻之所，近来大有收成。陕甘一带，现在粮食甚贱，面粉每斤十三四文，杂粮更贱也”。1880年，左宗棠由新疆哈密入关，经河西走廊至兰州，沿途察看“民物安阜，较五年以前大有起色。耕垦日广，民食渐充，白面一斤值钱十文，杂粮市价渐减，窑藏甚多。罂粟即禁，以其腴地人种草棉，向之衣不蔽体者，亦免号寒之苦”。而那些烟民、“瘾君子”竟也有不少彻底戒除毒瘾，“其继绝者竟获如平人矣”。左宗棠不禁感叹，“回忆入关度陇时城郭人民萧条荒寂之状，不意乃有今日也”。
早在初入西北筹划平定大计时，左宗棠便清楚地认识到“陕甘事势与各省情形各别”，要想“奠此一方，永弭后患”，则“不敢急旦夕之效，而忘远大之规也”。对于禁烟一事，亦是如此。他认识到关陇一带虽天寒地广、土地贫瘠、水少人穷，财赋远不及东南，但此地又因为地理、气候等原因，不仅矿产丰富，农业、畜牧业亦有其自身优势。陕西“关中草棉桑拓地无不宜”，而甘肃虽“山高气寒”，但“向阳之地未尝不可栽种”，种棉、育蚕适宜在陇东、河西一带大量推广。左宗棠将这些自然条件与经济利益相结合，综合运用到禁烟的具体环节中。概其手段之精要可以用三个字总结：“禁”、“倡”、“导”。“禁”，即禁止种植罂粟；“倡”，即倡导种植草棉以代替罂粟；“导”，即于一禁一倡之间的疏导、劝勉，将“夺其利”与“与其利”相结合，因势利导。这比单纯的禁令更能从根本上堵塞毒源而移易风气，是一举多得、综合治理的典范，对于后来清末“新政”时期各地相继兴起的禁烟运动提供了良好的范例。
