1865年，中亚浩罕国（今苏联费尔干纳盆地地区）军事头目阿古柏，在英帝国主义的支持下，乘我国新疆回、维吾尔等少数民族举行反清起义之机，率兵入侵新疆，勾结当地民族分裂分子，于1867年建立“哲德沙尔”政权，并自称“可汗”，对新疆各族人民实行残暴的统治。1871年，沙俄以“保障边境安全和对抗阿古柏”为由，出兵占领伊犁地区（今伊宁一带）。1872年和1873年，阿古柏以“独立国君主”的名义先后和俄英订立条约。这样，中国的新疆面临着被帝国主义列强肢解的危险。

清政府残酷镇压了陕甘回民起义之后，于1874年10月授命左宗棠督办新疆粮饷；5月3日，正式任命左宗棠为钦差大臣，全权运筹收复新疆的一切军务。左宗棠受命后，首先全力进行了以粮运为中心的战备工作，于1876年4月起，开始指挥收复新疆的战争。

当时，阿古柏的军队（以下简你阿军）共约五六万人，主力约四万余人，部署在以托克逊为中心的天山以南地区。其中约二万人驻扎在以乌鲁木齐为中心的北疆地区。左宗棠从敌我态势和新疆地理条件的实际出发，采取了“先北后南，缓进急战”的作战方针，先后进行了如下三个战役：

（一）北疆战役（1876年8——11月）。北疆的阿军是民族分裂分子马人得、白彦虎、马明等部约2万人，分守古牧地、乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯等地，其主力（6000余人）部署在乌鲁木齐东北角的古牧地，企图以天山为依托，以乌鲁木齐为中心，以古牧地为外卫，阻止清军西进。左宗棠针对敌人的企图，决心集中刘锦棠、金顺两部（3万余人）首攻古牧地，再取乌鲁木齐，尔后以刘锦棠部留守乌鲁木齐，准备对付阿军可能的反扑；以金顺部西取昌吉、呼图壁、玛纳斯，肃清残敌。1876年8月上旬，北疆战役打响。在刘锦棠的指挥下，清军于17日攻克古牧地，18日，攻占乌鲁木齐，昌吉、呼图壁之敌即弃城而逃。11月6日，清军攻克北疆之敌的最后一个据点玛纳斯，收复了除伊犁外的整个北疆。白彦虎、马人得率残部南逃。

（二）天山战役（1877年4月）。阿古柏在北疆失守之后，在天山地区组织防御，主力约3万人分守达坂、吐鲁番、托克逊，以遏制清军南下和西进。左宗棠制定了“三路并进”的作战方案。以刘锦棠部为北路，从乌鲁木齐南下进攻达坂；以张曜部为东路，从哈密出发，向盐池推进；以徐占彪部为东北路，从巴里坤出发，出木垒河，越天山南下，与张曜部在盐池会师后，合攻吐鲁番。最后三路大军（2万余人）合击阿古柏政权的心脏——托克逊。1877年4月20日，刘锦棠部攻克达坂城，25日，徐、张两部攻克吐鲁番。26日，刘锦棠进占托克逊。是役，歼阿军主力2万余人，打开了通往南疆的门户。

（三）南疆战役（1877年9月——1878年1月）。天山战役结束后，阿古柏眼见大势已去，遂于5月下旬服毒自杀，残部在其子伯克胡里和北疆南逃的白彦虎等人的率领下，据守南疆8城（喀喇沙尔、库车、乌什、阿克苏、喀什、英吉沙尔、叶尔羌、和田）。左宗棠决心乘胜追击，彻底消灭阿古柏匪帮的残余势力。以刘锦棠部为“主战”之军，首先发起进攻；以张曜部为“且战且防”之军，稍后出发，接防已克之城，清剿残敌，防敌回窜；以易开俊部为“防军”，填防阿克苏以东各城。三部合计2万余人。南疆战役于1877年9月23日发起后，刘锦棠部率先攻击，阿军慑于清军的强大攻势，有的不战而逃（降），有的一触即溃（降），10月7日起，连克喀喇沙尔，库车、阿克苏、叶尔羌、英吉沙尔、乌什、喀什诸城，次年1月2日，再克和田，伯克胡里、白彦虎率残部逃往沙俄。清军收复了除伊犁以外的新疆地区，粉碎了英俄企图肢解我国西北地区的阴谋，使受殖民统治达13年之久的新疆各族人民重新回到祖国的怀抱。

清军所以能迅速收复新疆，除了战争的正义性，人民群众的积极支援、广大官兵的英勇奋战和阿古柏作战指导的失误等原因外，左宗棠对战争的正确指导是一个至关重要的因素。这主要表现在以下几个方面：

第一，选择了最佳的战略打击方向。这场战争共有三个战略打击方向可供选择，一是南北并进，二是先北后南，三是先南后北。左宗棠经过分析比较选择了“先北后南”的最佳打击方向。这是因为：一是北疆之敌为投靠阿古柏的民族败类白彦虎、马人得、马明等部，政治上不得人心，人数也只有2万。二是地形条件有利。新疆被天山分为南北两部，清军在收复北疆后，就可利用天山限制南疆敌人机动，缩小其活动范围。另外，陕甘地区汉族群众较多，清政府在这个地区的统治基础也相对稳定，阿古柏不敢轻易东窜。如果清军首攻南疆，敌人既可向北、向西勾结沙俄，又可东窜蒙古，给尔后清军迫剿带来很大的困难。乌鲁木齐是新疆的总要之地，清军一旦收复该城，声威必然大振，为南下创造有利条件。三是战前清军控制了东疆许多军事要点，提供了良好的进攻出发阵地和后勤补给基地。四是有利于保护清军的后勤补给线。当时左宗棠在归化（今呼和浩特）设立了采运总局，在包头、银川等地设分局，采购粮食，经由蒙古南商道运往巴里坤、古城等地，先北后南，清军就可以很好地兼顾这条粮道。先南后北，清军这条后勤补给线一旦被阿古柏切断，就会因无粮而退。五是利于切断阿军与俄军的联系，既制止俄军东侵，又防止阿军北窜。

第二，从战略的高度解决粮运问题。新疆地广人稀，戈壁茫茫，荒漠无际，雨量稀少，产粮不多，交通不便，加上阿古柏的殖民统治，更是民不聊生。因此，用兵新疆，既不能就地征粮，也无法取之于敌，军粮问题基本上要靠从外地采运解决。依据当时当地的运输条件（车运、马驮），要把几千万斤粮食（据左宗棠的统计，用兵新疆一年，约需口粮5千万斤），从几千里、上万里的地方运到新疆前线，没有足够的时间不行，仗打久了，粮运问题更加困难。在这种情况下，粮运问题便成了决定战争成败的关键。左宗棠对这个问题有十分深刻的认识。他说：“粮、运两事为西北用兵要著，事之利钝迟速，机括全系乎此”。基于上述认识，左宗棠把粮、运问题置于战略的高度，提出“缓进急战”作为解决这个问题的战略方针。其实质就是：一要有充足的时间来采买和运输；二要速战速决以减少军粮消耗。他把粮运问题作为战备工作的中心。经过战前一年又八个月的努力，把2000多万斤粮食运到新疆的哈密、巴里坤、古城等地，解决了清军半年的作战口粮。

第三、用将得当。他任用刘锦棠指挥诸军。刘锦棠“英锐果敏，才气无双”，又“深明缓进急战之义”，指挥灵活机断，巧用奇正，能攻善迫，每战皆能速决，以小的代价换取大的胜利，为整个战争的胜利作出重大的贡献。在古牧地之战中，从济木萨通向古牧地有两条道路：一条是大道，但途中汲水困难，一条是小道，敌人已有设防。敌人企图引诱清军从大道前进。刘锦棠因势利导，故意派人掘井挖渠，佯装从大道进攻，而实际上把主攻方向选在小道上。8月10日夜，刘锦棠突然率部从小路接敌，首先打乱敌人部署，尔后分兵两路，以数倍干敌的优势兵力两路突击，迅速攻占古牧地，全歼守敌（清军仅伤亡608人），拔掉了这个乌鲁木齐的外围据点。天山战役中，刘锦棠仅用四天时间就攻克达坂城，打开了通向南疆的门户，尔后大胆地率部直捣敌人心脏——托克逊。天山战役结束后，清军本打算在做好更充分的准备之后再逐步西进，但发现敌人企图逃跑时，刘锦棠当机立断，挑选精壮、发起长途追击，以迅雷不及掩耳之势，二举克复南疆8城，取得了整个战争的胜利。实践证明，使用刘锦棠担任主攻任务十分正确，他完成任务的情况，比左宗棠预料的还要好。