大约在公元前八至五世纪的春秋时期，郡县制就已经在我国出现了。秦统一六国后，郡县制在全国得到推广和实行，成为我国历代相沿的政治制度。随着中原王朝势力的发展，郡县制逐渐推广到西域地区。但是，由于西域所处的地理位置和特殊的民族关系，县郡制在西域始终没有能够得到全面的推行和持续的发展，总是随着中原王朝政治势力在西域的盛衰而消涨。1762年（乾隆二十七年），清朝乾隆皇帝在平定准噶尔和大小和卓木叛乱后，在新疆设置总统伊犁等处将军，总理新疆军政事务。将军以下，各地分设参赞、办事和领队大臣，兼辖乌鲁木齐都统，实行军府统治。对不同民族地区，则采取“因俗施治”的统治政策进行统治。在蒙古族游牧区与哈密和吐鲁番的维吾尔人中，实行分封五公、台吉、贝子、贝勒等世爵的札萨克制度；南疆的维吾尔族聚居区则主要实行伯克制度；唯有在汉人居住较多的乌鲁木齐、巴里坤一带设置了郡县，为镇迪道，隶属于甘肃省，由乌鲁木齐都统兼辖。哈密虽地归新疆，却隶属于甘肃省的安肃道。军府制与“因俗施治”统治政策实施之初，对于稳定民心，巩固边防的确起了一定的作用。但是，随着时间的推移，这种一域之内政令不一的弊端就逐渐显露了出米，“因俗施治”地区的民族上层人物，利用他们的合法地位，鱼肉人民，愚弄官吏，使当地的阶级矛盾和民族矛盾日益尖锐，逐渐成为影响清朝政府在新疆统治地位的不稳定因素。因此，清军收复新疆后，如何加强、巩固清朝在新疆统治地位的问题，就被提到了清廷的议事只程之上。从而引起了一场关于新疆政治体制变革的剧烈辩论。
一、新疆建省
新疆政体不同于内地而引起的一系列问题，早就引起了许多有识之士的注意。他们针对新疆的具体情况，深入探讨，分析研究，最后提出了在新疆设置郡县的主张。
清季首先倡议新疆建省的是嘉庆末年的进步学者龚自珍。他在其名著《西域置行省议》中，提出了在西域建立行省，推行郡县制的主张，并且具体提出在伊犁设总督，乌鲁木齐设巡抚，天山南北两路共设三十四个府州，其中除镇西、迪化两府州已有五县外，其它十二个府州设置四十六个县，“夺伯克之权”，安置少数民族首领的建议。他的建议尽管涉及到新疆政治体制改革的重大问题，但由于他只是个小小的京官，人微言轻，并没有引起清廷的足够重视。与龚自珍齐名的魏源也提出新疆应“追天顺时，列亭阵，置郡县”的主张，同样没能打动清廷。1832年（道光十一年），扬威将军长龄镇压南疆玉素普叛乱后，也奏请在南疆各城设立同知、巡检等文职官员，管理民政。对长龄的这一动议，道光皇帝开始还说，“自以不必添设文员更为妥善，”似有考虑的可能。然而，时隔不久就明确表示“其前清添设文员一节，断不可行，”完全否决了他的提议。
1864年（同治三年）爆发的新疆各族人民大起义及其后的战乱，使清朝在新疆的旧制荡然无存，已难再图规复。这就迫使清朝政府不得不重新考虑，收复新疆后，采用什么措施和办法来治理新疆。1877年（光绪三年六月），尚在清军进兵收复疆之际，清廷就如何处理新疆善后事宜问题，命西征军统帅左宗棠通盘筹画，一气呵成。左宗棠在其呈奏的《统筹新疆全局疏》中，正式向清廷提出了在新疆建省的建议。他说：“立国有疆，古今通议。规模存乎建置，而建置因乎形势，必合时与地通筹之，乃能权其轻重，而建置始得其宜。”希望清廷能够顺应新疆形势需要，制订妥善的治新政策。接着，他就新疆所处的地理位置，指出了保卫新疆的重要性，即“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北指臂相联，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕甘山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山亦将无晏之日。”最后他提出，“为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省，改郡县，事有不容已者。”指出了在新疆建省的紧迫性。
新疆收复后，清政府内就新疆善后问题展开了激烈的争论。“疆臣朝臣有言宜郡县者，亦有言不宜郡县者。其言宜郡县者，谓汉回杂处，非地方官为之控制，无以销争夺之萌；其言不宜郡县者，谓土旷人稀，徒设官以糜巨费，以成旦夕之效，朝廷两存其说，”犹豫不决。南疆平定后，清廷再次命左宗棠“将如何省费节劳，为新疆计久远之处与拟改行省郡县，一并通盘筹画，妥议具奏。”左宗棠为此，又一次陈述了自己的建省主张。但是，对于这种涉及体制改革的重大问题，清廷始终下不了决心。1878年10月25日（光绪四年九月三十日），清廷就有关建省事宜向左宗棠提出了一连串的问题。“郡县之制，以民为本。……除旧有各州县外，其余各省改设行省，究竟合宜与否？倘置郡县，有无可治之民？不设行省，此处有无良策？”并要他“求一可进可退之计。”11月16日（十月二十二日），左宗棠在《覆陈新疆情形折》中，就新疆收复后的经济发展，流民复业，军府弊端，以及在新疆建省的利弊等方面进行了深刻的分析，认为此时“南北开设行省，天时人事均有可乘之机，失今不图，未免可惜。”尽管清廷对他的分析表示赞同，但仍以“新疆议设行省，事关创始……刻下伊犁未经收还，一切建置事宜尚难遽定。……俟诸事办有眉目，然后设官分职，改设郡县，自可收一劳永逸之效”为借口，将其搁置起来。
1880年5月26日（光绪六年四月十八日），左宗棠在《覆陈新疆宜开设行省请先简督抚臣以考责折》中，提出了新疆建省的具体方案。拟以乌鲁木齐为新疆总督治所，阿克苏为新疆巡抚治所。下设五道、四府、五州、二十一县。为了不引起满族官员的反对，他在提议建省的同时，提出了“治外则军府，而安攘有籍”的折衷方案。尽管如此，清廷仍以伊犁尚未收回为借口，拒绝实施这一方案。
1880年8月（光绪六年七月）左宗棠奉命回京陛见。清廷即以通政使司通政使刘锦棠署钦差大臣，督办新疆军务，广东陆路提督张曜署帮办新疆军务。这样，新疆建省这件未竟之事就落到了他的继任者刘锦棠的身上。
刘锦棠（1844—1894），名显谟，职名锦棠，字毅斋，湖南省湘乡县人。他十五岁投湘军，随叔父刘松山镇压太平军、捻军和陕甘回民起义，由知县升任署西宁兵备道。1876年（光绪二年），刘锦棠率军西征。他挥师穷追敌寇，行程数千里，历时一年半，摧毁了阿古柏反动政权，收复了除伊犁地区之外的新疆所有失地。至此，治理新疆善后工作的重任就落在了他的肩上。
1882年（光绪八年），伊犁收回后，新任伊犁将军金顺即率军进驻办公。尽管他看到伊犁地区经过战乱和沙俄的占领，旧有营制已荡然无存。但仍“以为旧制未可尽行更张”，在伊犁地区逐渐恢复了原有的统治秩序。因此，在新疆恢复军府制还是实行郡县制，新疆“黄童白叟拭目而观新政”。清廷内部的有识之士都认为，新疆“郡县之设，时不可失”。这就促使清政府再不能不面对现实，认真考虑这一问题了。
1882年5月（光绪八年四月），陕甘总督谭钟麟对新疆建省也提出了自己的看法。他主张，新疆建省应当从州县官办起。如果地方日渐富庶，再递设督抚进行统辖，这样“其势亦顺而易”。至于设置，新疆北路自哈密到精河一带，镇迪道所属州县各官已经恢复。伊犁既已收回，即可派官前往署理。由于该地战乱之后地旷人稀，现有官员已经足够使用，不需要增设新的官僚机构。惟独南疆收复后，只有吐鲁番设同知一员，辟展设巡检一员，其余各地清丈地亩，稽查户口，征收赋税诸事宜，都由各善后局官员办理。他们以空名办实事，实际上已成为地方官，如果就此改置郡县是比较方便的。因此，他建议刘锦棠先就南疆各地，“分别地方广狭繁简，设立丞卒牧令等官”。南疆八城各设官员一名，喀什噶尔和阿克苏各设巡道一员，仿镇迪道之例，归钦差大臣管辖。从谭钟麟与左宗棠的建省方案来看，左宗棠主张自上而下，先设督抚，把新疆直接从甘肃省分离出来，成为一个独立的省份，然后再由督抚简放道、府、州、县官员，充实地方统治机构。谭钟麟则主张自下而上，先在地方设置州县，等新疆地方经济有所发展后，再递设督抚。这一方案虽不反对新疆建省，但要等新疆经济恢复发展后再设置督抚，使新疆成为一个不受陕甘总督节，确实独立的省份，时间的长短就很难预料了。这不能不说谭钟麟有不愿放弃自己对新疆控制权的想法。
为了慎重起见，清廷就左宗棠、谭钟麟二人提出的建省方案，征求了对新疆形势比较了解，已荣任钦差大臣，督办新疆军务的刘锦棠的意见。命他体察情形，会同谭钟麟妥议具奏。1882年9月5日（光绪八年七月二十二日），刘锦棠根据自己的实地考察情况，向清廷提出了自己的建省方案和具体的实施办法。对于应不应该在此时设立行省的问题，他认为“熟度关外情形，求作以长治久安之道，固舍设郡县、易旧制，别鲜良图”。然“经野建官之道，必量其地之民力物产，足以完纳国课，又可供给官吏、胥后而有余，然后视其形势之冲僻繁简，置官以治之，非从宽预为计划，则官困而民必受其害”。从新疆当时的实际情况来看，左宗棠和谭钟麟的建省方案中，都有许多不足之处。左宗棠拟在添设总督、巡抚的基础上，在全疆设置五道、四府、五州、二十一县。这一数字与全国各省中郡县数目最少的贵州和广西相比，尚不及其一半，不具备建立一独立省份的规模。但是从地旷人稀的新疆来讲，则略显烦锁。再说，新疆财政历来靠内地协饷，由甘肃省划拔新疆使用。如果主持甘肃政务的大臣能以大局为重，新疆建省后不予牵制，新疆局势还可以勉强维持，“向使甘肃大吏稍存畛域之见，则边事已不堪问”。所以，要把新疆完全从甘肃省划出来，以二十余州县孤悬绝域，即使建成一省，也是无法自存的。而谭钟麟拟在原镇迪道、厅、州、县等基础上，在南疆诸城各设一官，统归钦差大臣管辖的提案则未免过于简单。钦差大臣非政府常设官员，凡地方“钱粮刑名升迁调补诸事，又无藩臬两司可专责成。似兹窒碍难行之处，未可枚举”。要是把新疆与甘肃合为一省，由陕甘总督遥制，恐怕鞭长莫及，不利于地方建设。刘锦棠针对新疆实际，在左、谭二人建省方案的基础上，提出了自己符合新疆实际情况的建省方案。拟新疆添设甘肃新疆巡抚一员，驻扎乌鲁木齐，加兵部尚书衔，统辖全疆军政事务。巡抚下设布政使一员，随巡抚驻扎。原镇迪道加按察使衔，兼管全疆刑名驿传事务。改迪化直隶州为县，添设迪化府知府一员，驻扎迪化城，下辖迪化、昌吉、绥来、阜康、奇台五县。南疆东四城设阿克苏道一员，督饬所属水利、屯垦、钱谷、刑名事件，抚驭蒙部，弹压布鲁特，稽查卡伦，下辖：喀喇沙尔直隶厅理事抚民同知一员；库车直隶厅抚民同知一员；温宿直隶州知州一员，拜城县知县一员，归温宿直隶州管辖；乌什直隶厅抚民同知一员。南疆西四城设喀什噶尔道一员，管理通商，所属水利、屯垦、钱谷、刑名诸务，弹压布鲁特，稽查卡伦。下辖疏勒直隶州知州一员，疏附县知县一员，归疏勒直隶州管辖；英吉沙尔直隶厅抚彝同知一员；莎车直隶州知州一员，叶城县知县一员，归莎车直隶州管辖；玛喇巴什直隶厅水利抚民通判一员；和阗直隶州一员，于阗县知县一员，归和阗直隶州管辖。伊犁将军只管伊犁、塔城两地防务，不再总统全疆军务；塔城增设副都统一员。刘锦棠的这一方案，既保证了新疆建省的实行，又照顾了与谭钟麟、金顺等人的关系，真可谓煞费苦心。尽管如此，新疆建省方案的实施，不仅遭到新疆地方官员金顺、锡纶等人的极力反对，而且在清廷内部也遇到了极大的阻力。1882年9月（光绪八年八月），翰林院编修刘海鳌上奏清廷，就刘锦棠、谭钟麟、张曜等人的新疆建省、整军方案提出了自己的看法。他认为“新疆地势辽阔，间以戈壁，周回二万余里。版图初入，设险建城不过二十余处，每城数十庄、百数庄，乱离之后，户口益稀。今欲举一城百数十庄而养一州县，合二十余城而成一省，臣知其不能。或者地广人稀，并归甘肃，既难遥制，改设官制，至属虚名。则事方经始，需费甚烦，且库储支绌，西饷岁近千万，力已难支，又何能筹此巨款以供经野设官之用”。而屯田则不仅可以解决军粮、饷项的不足，还可以安置遣撤兵勇、流民，稳定社会秩序，因此，他认为不应急于设置郡县，只要办好屯田就可以了。然而，清廷内部的许多有识之士都认为，目前情况下，新疆改设郡县是最好的时机。在刘锦棠的坚持下，清廷考虑到建省后的新疆，财政支出比实行军府制要少的多，这对于国库贮用不足的清廷来讲，无疑是有益的。同时，实行郡县制还可以改变新疆长期以来形成的“治兵之官多，治民之官少”的局面，有利于加强政府对当地居民的直接控制，防止暴乱发生。另外，新任官员几乎都是随刘锦棠出关的将士、幕僚，他们对新疆的情况比较了解。由他们治理新疆，不仅有利于新疆经济的发展，而且有利于新疆社会的稳定和边境的安宁。于是，清廷在1884年11月19日（光绪十年十月二日）正式任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，仍以钦差大臣督办新疆事宜。魏光焘为甘肃新疆布政使。至此，几代人为之奋斗、呼吁的新疆建省，终于在刘锦棠坚持不懈的努力下实现了。
二、地方建置的完善与加强
清军收复新疆时，左宗棠为了保障出征各军的粮饷供给，稳定后方，尽快恢复收复区的政治、经济建设，在各收复区先后设立善后局，负责军粮、饷项供应，安置流民，进行收复区的恢复建设。除此之外，有关命盗、钱债、田土、户婚案件，也都由善后局官员负责，按律查办。实际上，善后局已经起到了地方临时政府的作用。所以，新疆平定后，“南路号无州县之制，已若州县之司。号无州县之名，已睹州县之效”。刘锦棠就是在这一基础之上，提出并开始实施他的建省方案的。
1882年8月（光绪八年七月），刘锦棠提出自己的建省方案后，逐渐将南疆各善后局一一裁撤，改设道、府、厅、州、县各机构，分别设官治理。创办之初，因新疆郡县初设，没有成法可沿，许多官员因循守旧，往往“有因一处之妨而致全局之多碍，有因一端之阻而谓众务之未宜”者，极大地影响了新疆建省的顺利实行。1884年11月（光绪十年十月），刘锦棠受任甘肃新疆巡抚，以钦差大臣督办新疆军务后，才使他的建省方案得以顺利实施。
1885年1月（光绪十年十一月），刘锦棠因南疆各厅州县“辖境辽阔，需添佐职分防”分别在喀什噶尔和阿克苏两地各设道库大使一员，专门负责所辖各厅、州、县的钱粮收支。温宿、莎车、和阗、疏勒四直隶州，各设吏目一人。拜城、于阗、叶城、疏附四县设典史各一人。喀喇沙尔、库车、乌什、英吉沙尔、玛喇巴什五直隶厅各设照磨一人，兼管司法和刑政。为了加强地方治安，在阿克苏、布告尔（轮台）、莎车回城分设巡检一员，并将叶城县治移至哈哈里克，于阗县治移至克里雅，加强对当地维吾尔人的控制，从而完善并加强了南疆的基层统治机构。
在南疆建置初具规模的同时，刘锦棠又着手进行省会所在地镇迪道的改建工作。经他呈请，清廷批准，镇迪道加按察使衔，总管全疆刑名事务。升迪化直隶州为迪化府，设知府一员，住迪化城，增设迪化县为附郭首县，与原迪化州所属吕吉、绥来、阜康、奇台五县，均归迪化府管辖。原来迪化州所管的户籍、田赋、驿刑、考试等地方事务，则统归迪化县掌管。藩司衙门设布政司经历一员，库大使一员，专管库务。镇迪道既兼管刑名，增设道库大使兼按司狱一员。迪化府设府经历兼司狱一员。改迪化城巡检为府经历。设迪化县典史一员，专管监狱、督捕。改迪化州吏目为县典史。改迪化州学正为府教授，兼管各县学校。通过改置机构，省会迪化的建置得到了进一步的完善。
库尔喀喇乌苏，东通迪化，西连伊犁，北达塔城，幅员广阔，地方扼要，为西路交通要道。以前，此地设有领队大臣一员，管理库尔喀喇乌苏、精河、土尔扈特游牧及屯田事宜，设库尔喀喇乌苏粮员一员，精河粮员一员，由部拣派，管理户民粮务。西征以来，粮员暂时由外委任。新疆收复后，游民、商人来往繁多，加之土尔扈特游牧部落不时扰动，急需设官治理，以保安全。此时，领队大臣已撤，粮员又无地方之责，不便兼管。划归绥来，相距较远，鞭长莫及。刘锦棠即于1885年11月4日（光绪十一年九月二十八日）奏请清廷，裁汰粮员，改设库尔喀喇乌苏抚民直隶同知一员，兼理事衔，管理地方户籍、田赋、刑事案件，兼管土尔扈特游牧诸事宜，并管辖精河属境。裁精河粮员，改置分防驿粮巡检一员，管理户粮、驿站、缉捕事宜，仍归同知管辖，遇事由同知核转，同知仍属镇迪道管辖。裁撤原镇迪道所辖喀喇巴尔噶逊粮员，将其地事务改归迪化县处理。这样以来，郡县制就推行到了除伊犁、塔城以外的新疆所有地区。
新疆民族众多，语言、文字繁杂。刘锦棠上任后，所属土尔扈特、和硕特与哈密维吾尔王公往来文件需要翻译，身边没有翻译，深感不便。遂于1887年6月4日（光绪十三年闰四月十三日，呈请清廷，在巡抚衙门设置笔帖式两员，专门翻译来往公文、信件。这样不仅保证了下情能够及时上达，同时也便于加强同少数民族的联系，使政府的政令能够在新疆少数民族中及时得到推行。
除此之外，刘锦棠还解决了一些以往遗留下来而又亟待解决的问题。
哈密厅地属新疆，却受甘肃省安肃道管辖，隶属关系极不合理。1880年（光绪六年），刘锦棠接任钦差大臣，督办新疆军务时，左宗棠就提出“将来议设行省，必以哈密划隶新疆，形势始合”的建议。请求清政府将哈密、镇迪道所有文武官员的委任、升调、补署、考核等一切事宜均归刘锦棠办理。后来，刘锦棠在他的建省方案中，也提出了这一问题，但始终没有得到解决。新疆建省后，刘锦棠再次呈请清政府解决这一问题，最终将哈密划归镇迪道管辖。从而解决了长期以来哈密、镇迪道地在新疆，行政却归甘肃管辖的不合理局面，使哈密与新疆其它地区成为一个完整的有机体。
乾隆平定准噶尔和大小和卓木叛乱后，在新疆设置总统伊犁等处将军，掌管全疆军务，下设参赞、都统、领队，办事大臣，分统旗、绿、驻防、换防官兵，驻扎南北疆。经过战乱，到清军收复新疆时，南疆营制已荡然无存，北疆旗营也寥寥无几。全疆平定后，除伊犁一带由伊犁将军率领旗兵驻防外，乌鲁木齐和南疆则主要由刘锦棠统率的湘军和楚军、张曜的嵩武军、皖军和卓胜军驻扎，伊犁将军的治兵权仅限于伊、塔地区。全疆马步各军合计达五万人左右，岁需军饷四百多万两。如此庞大的军费开支，对清廷来讲无疑是个不小的数字。而新疆驻军勇营多于绿营、旗营，“绿营兵月饷不及防勇四分之一”。出关以来，各军长期欠饷，不时发生哗溃事件，加之军令不一，对新疆的边防极为不利。所以西征军事行动完成后，清廷就命令新疆整顿军队。从新疆实际出发，刘锦棠认为，“复绿营以规久远，固为新疆之要图。而裁营勇以复制兵，尤属目前之先务。”主张先将关外营勇分批裁减，挑留精壮士兵编成士勇，逐渐恢复制兵。一旦实行建省就添置总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等官，作为永固边防之计。经陕甘总督谭钟麟、刘锦棠、金顺、张曜等人反复商讨，最后清廷决定新疆各营勇裁编后，改设抚标、提标、镇标、协标额兵共三万一千人，统归巡抚节制。裁编后的制兵先支行饷，以后逐渐改发坐饷，这样既可以裁汰老弱，又能节省大量开支。仅改行饷为坐饷一项，每年就可以节省白银八十多万两。乌鲁木齐、巴里坤、古城、库尔喀喇乌苏、吐鲁番等地的残余旗丁，因伊犁不便安置，刘锦棠遂将他们全部迁往古城，设城守尉管理，归巡抚节制。旗营、标营在新疆的同时并存，巡抚、将军事权不一，各行其事，极大地影响了各政府政令在新疆的施行。为了统一事权，刘锦棠作了大量的工作。
1882年（光绪八年）刘锦棠在谈到新疆建省问题时向清廷提出，如果新疆改设巡抚，不但镇迪道无须都统兼辖，就是将军也无庸总统全疆，免致政出多门，巡抚事权不一。伊犁满营也应该按照各省驻防将军营制、从新整顿。随着郡县制的推行，将军属下的都统、参赞、办事、协办、领队诸大臣，已“无事可办，无队可领”。刘锦棠遂呈请清廷将其全行裁撤，将乌鲁木齐提督移驻喀什噶尔，喀什噶尔换防总兵移驻阿克苏，均改作抚标兵制。军府统治机构大大缩小，只剩下伊犁和塔城仍归将军和参赞大臣节制。刘锦棠考虑到对将军职权“变更太多，恐招物议”，不利于全疆政令、军令的统一，遂采用循序渐进的办法，把郡县制逐渐推广到伊犁和塔城地区。1885年9月（光绪十一年八月），刘锦棠奏请清廷，裁撤伊犁参赞大臣和塔尔巴哈台领队大臣，按制兵营制，在将军之下设副都统二员，一名与将军同城驻扎办事，一名移驻塔城，使制兵逐渐代替旗营，为郡县制在伊塔的实行打下了一定的基础。
1886年5月24日（光绪十二年四月二十一日），刘锦棠“以为欲厚民生，须由郡县，欲增郡县，须设监司”。新疆“今既建省设官，则伊、塔无容独异。……若以伊、塔一隅之地画疆而理，不特事涉纷歧，且恐形势捍格，贻误必多”。奏请增设伊塔道一员，驻扎伊犁，兼管塔城事务。改伊犁抚民厅为府，改塔城通判为抚民同知，加理事衔，兼管屯田水利事宜。1888年2月（光绪十四年正月），清廷批准了刘锦棠的设道计划，“添置新疆伊塔道，如镇迪道例”，归巡抚节制。改伊犁抚民同知为知府，治绥定城。以绥定县为附府县，管辖广仁、瞻德、拱宸、塔勒奇四城。设宁远县为伊犁府直隶县，管辖惠宁、熙春两城。裁霍尔果斯巡检，设伊犁府分防通判一员，加理事衔，驻扎其地。设精河直隶厅抚民同知一员，隶属伊塔道。将精河巡检移驻博罗塔拉，归精河同知管辖，裁惠远城巡检为伊犁府经历兼司狱，裁绥定城巡检为绥定县典史，裁宁远城巡检为宁远县典史，并增设伊塔道库大使一员，精河同知照磨兼司狱一员，以备分任。留旧设伊犁理事同知，随将军驻惠城，办理旗务。塔尔巴哈台理事通判改为塔城直厅抚民同知，仍兼理事衔，管理民屯、旗务及地方一切司法事务，设同知照磨兼司狱一员，同为伊塔道属。刘锦棠的置道计划，遭到了塔尔巴哈台副都统额尔庆额和伊犁将军色楞额等人的极力反对。他们以各种借口，拒绝把地方事务交给郡县官员。色楞额提出，将“各该领队大臣及新设元副都统，均归将军统辖，伊犁将军仍节制伊犁镇道”的要求。额尔庆额也认为，塔尔巴哈台文武官员，应“仍归副都统专辖，并听巡抚节制”，处处与刘锦棠为难。在刘锦棠的一再坚持下，清廷才于1890年（光绪十六年），刘锦棠离开新疆时，严令额尔庆额“于本年年底移交巡抚接管，不准再行籍词延展，致干咎戾”后，伊塔道的设置工作才最后完成。从此，郡县制就在全疆范围内得到了推行。
新疆建省的完成，不仪使新疆摆脱了长期以米所处的“藩部”地位，而且统一了与其它各省的政体，成为清朝的第十九个行省。在新疆建省及其建置最后完成的过程中，刘锦棠作了大量的工作。因此，在我们畅谈新疆建省这一重大历史事件的时候，绝不能忽视新疆建省的最终执行和完成者——刘锦棠在其中所起的重要作用。
