在清代，边疆少数民族地区通常都以“军府制”治理。所谓“军府制”，一般是设驻防将军一员，主要由满洲亲贵担任，总辖地方军政事务，不理民政；地方民政事务由当地民族上层人士自行治理。这是从乾隆年间确定下来的制度，到了晚清，已是“日久弊生”矛盾重重了。因收复新疆而遍历天山南北各地的湘军总统刘锦棠感叹地说：“旧制……荡然无存，万难再图规复。”
刘锦棠（1844-1894），字毅斋，湖南湘乡人。他自幼随叔父刘松山转战陕西、甘肃，得到陕甘总督左宗棠的器重，1870年刘松山死后便令其接统湘军。1875年，左宗棠奉命督办新疆军务，移师肃州（甘肃酒泉），令刘锦棠为总理营务。第二年，刘锦棠率湘军进入新疆，在收复新疆之战中连克各城，屡建功勋。1880年，左宗棠奉召进京，遗留督办新疆军务一职，朝廷命令由驻扎在哈密的刘锦棠继任。
在刘锦棠等人的眼里，既然新疆“旧制”荡然不存，那么“新制”又是什么呢？其实，无论是左宗棠还是刘锦棠，他们所熟悉、热衷的“新制”就是内地各省行之久远的行省制度。将行省制度施行于新疆，倡议于龚自珍，定议于左宗棠，成功于刘锦棠，经历了一个漫长的历史过程。
朝廷最后批准了刘锦棠提出的折中方案
龚自珍提出《西域置行省议》是在1820年。那一年，清军平定了乾隆统一新疆时亡命国外的布拉尼敦之孙张格尔的入境作乱。龚自珍针对当时的形势提出了新疆设置行省的主张，伊犁设总督、乌鲁木齐设巡抚，加强对西陲边疆的治理。但朝廷根本没有予以重视。半个多世纪之后，左宗棠挥军击退阿古柏匪徒、收复新疆之后，于1877年启奏朝廷力陈新疆建省的迫切，同样主张督抚并设。
对此，朝廷疑虑重重，对左宗棠的奏请迟迟未复。直到1878年，才在上谕中提出一连串的疑问：新疆“除旧有各州县外，其余各城改设行省，究竟合宜与否”？新疆未设州县各处“倘置郡县，有无可治之民？不设行省，此外有无良策”？左宗棠再次奏陈：新疆南路初复，经过招纳流亡，修治水利，农民已经被安置在各地垦种，“即以目前论之，亦非无可治之民”。同年12月，清廷终于表示：“新疆议设行省，事关创始……刻下伊犁未经收还，一切建置事宜尚难遽定……俟诸事办有眉目，然后设官分职，改设郡县，自可收一劳永逸之效。”只是表达了同意建省的原则性意向，还须等待俄国交还伊犁之后再作最终决定。
到了《中俄伊犁条约》签署、伊犁收回之后的l882年，新任陕甘总督谭钟麟、业已调任两江总督的左宗棠、继任督办新疆军务的湘军总统刘锦棠，先后启奏朝廷，将新疆建省问题，从一般性议论推进到商讨具体方案的实质性阶段。
左宗棠仍然坚持总督、巡抚并设的老方案。这一方案的特点是将新疆分为两省，不再隶属于陕甘总督了。谭钟麟认为，新疆人口稀少，先设道府州县，等到人口增多了、地方富庶了，再考虑“递设督抚”的事。他将新疆建省一事推到未来，让人感觉到，作为陕甘总督的他是不愿放弃对新疆事务管辖的。
身历其境的刘锦棠也提出了自己的方案。他在奏折中提出：省会设巡抚一员，驻乌鲁木齐，受陕甘总督节制；下设三道：一是“旧有各州县”的镇迪道，将原先甘肃省镇迪道所辖镇西（巴里坤）、迪化（乌鲁木齐）各县，以及甘肃省安肃道所属哈密地方合并建成；一是新设阿克苏道，辖阿克苏、哈喇沙尔（今焉营）、库车、乌什等“东四城”各地；一是新设喀什噶尔道，辖喀什噶尔（喀什）、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、和阗等“西四城”各地。道以下各设府、州、厅、县。伊犁仍设将军，只管伊犁、塔城两处边防，不再统辖全疆军务；塔城增设副都统一员。
显然，刘锦棠方案极大地照顾了谭钟麟的职权和利益；各地设立道府而伊犁、塔城不设，同左宗棠原议相同，显然都是为了处理好与满洲亲贵、现任伊犁将军金顺的关系。金顺去职之后，伊塔道立即设置便是明证。这样，来自上面的阻力可以减轻。果然，朝廷最后批准的是刘锦棠提出的折中方案。
新疆走在了设行省潮流的前面
l883年，刘锦棠奉旨委任了各道、府、厅、州、县的各级官吏。他遇到了来自下面的重重阻力，主要是如何处置新任地方官员与各地伯克们的关系。
维吾尔社会实行的伯克制度由来已久。乾隆统一新疆后，曾适时地限制了伯克们的许多特权，主要是取消了伯克的世袭和杀人等权力，限定各级伯克占有“养廉田”庄园和“燕齐”农奴的数量，等等；同时又提高了各级伯克的地位和待遇，统管一方的阿奇木伯克定为三品至五品不等。早年，在龚自珍、左宗棠的建省建议中，都请求朝廷进一步限制伯克权力，因为王公伯克已经在地方上坐大，变成独霸一方的“土皇帝”。
旧制虽然荡然无存，昔日的伯克却依然存在，许多伯克在清军收复新疆的过程中作出相当的贡献。刘锦棠在奉旨建省过程中遇到的一个实际问题便是：伯克的品级普遍高于道、府、厅、州、县各级官吏。一县之主的知县，其品级同最低级的伯克相当，根本不可能号令为首的阿奇木伯克。所以他在奏折中一再提出，只准伯克保留原品顶戴，不得干预政事。
经过刘锦棠将近两年的筹办，到了1884年冬，各地道、府、州、县各级官员安排妥当，户部终于上了奏折，请在新疆添设巡抚、布政使等高官。于是，刘锦棠被授为新疆首任巡抚、甘肃布政使魏光焘被调任新疆布政使，建省一事始告完成。全疆军政中心从伊犁惠远（霍城县境内）东移，省会设在迪化。
1885年，伊犁将军金顺奉调进京，刘锦棠立即设置伊塔道，统辖伊犁、塔城两处地方。两年之后，朝廷正式批准将“所有伯克名目全行裁汰”。新疆巡抚刘锦棠将昔日的伯克们分别委任为各级衙门的书吏，或承充乡约，“专司稽查”，依旧没有赋予他们管治地方的实权。他们也永远失去了朝廷给予的称作“养廉田”的庄园和名为“燕齐”的农奴。
嗣后，又经过刘锦棠及其后任诸巡抚的调整、增设，到1902年，全省共建4个道，下辖6个府、10个厅、3个州、23个县与分县。阿尔泰作为一个道并入新疆，成为现在新疆的一部分，那是辛亥革命以后的1919年了。
建省后，新疆全境的地方行政制度完成了一体化的进程，各族人民相互来往的种种人为限制被取消了，同时也开创了其他边疆地区废军府、改行省的先河。1884年闵浙总督兼管了福建巡抚管辖的事务，福建巡抚移设台湾，称台湾巡抚。1907年废除了盛京、吉林、黑龙江3处将军，改设东三省总督、吉林巡抚、黑龙江巡抚，奉天（沈阳）巡抚一度设立后撤销，由总督直辖。内外蒙古和西藏设立行省、简放督抚的事也被提出议论。可见废军府而设行省乃是顺应历史潮流之举，新疆走在了潮流的前面。刘锦棠作为一介武夫，能够妥善地化解上上下下的矛盾，将新疆建省一事办理到如此程度，也属难能可贵。
