1913年3月20日晚上十点多钟，国民党代理理事长宋教仁由上海车站乘火车进京，突遭凶徒枪击，前往送行的于右任等人立即将其送往沪宁铁路医院抢救。21日，临时大总统袁世凯得悉，当即电令江苏都督程德全、民政长应德闳前往医院慰问，立悬重赏，限期破案。但因伤势过重，宋教仁于22日逝世。袁世凯又令程德全、应德闳迅缉凶犯，穷究主名，务得确情，按法严办。
其时正在上海的国民党领导人黄兴和陈其美亦悬重赏缉拿凶手，同时发动上海的全体党员分头寻找线索，并于发现嫌疑人后报告了公共租界总巡捕。24日，凶手武士英（真名吴福铭）和江苏驻沪巡查长应桂馨（又名应夔丞）同时落网。经公共租界会审公堂和法租界会审公堂分别预审，武士英对受雇于应桂馨刺杀宋教仁供认不讳。4月中旬，会审公堂将二犯及搜查到的物证移交程德全、应德闳。
4月24日，武士英突然暴毙于狱中。在孙中山和黄兴的强烈要求下，25日晚上十二点钟，程德全、应德闳向袁世凯、参众两院、国务院、各省和各报馆发出通电，声明租界会审公堂已明确宋案系暗杀，已在应桂馨家搜出五响手枪一支，弹壳两个，密电本三本，手枪内有子弹两颗。同时还公布了许多与宋教仁被刺案有关的函电证据。
函电证据公布以后，国民党人及一般舆论皆认为是内务部秘书洪述祖指使应桂馨刺杀宋教仁，袁世凯和国务总理兼内务总长赵秉钧是洪述祖的幕后主使者。后来近代史学界一般均认为袁世凯是刺宋的主谋。
根据从应桂馨家中搜出的手枪、子弹等物，他与洪述祖往来的函电，凶手武士英的供词，以及1919年北京政府大理院对洪述祖的判决，洪述祖和应桂馨合谋刺宋绝无疑义。
袁世凯和赵秉钧是否为洪述祖的幕后主使人呢？这种说法诚然事出有因，一则公布的函电证据中涉及到他们二人，二则除去宋教仁之后，他们是最大的受益者，有作案动机。
宋教仁一直主张实行内阁制而反对总统制，1912年6月他辞去农林总长后极力主张实行政党内阁制，因而对组织政党内阁起着决定作用的国会大选活动特别热衷。他号召国民党停止一切运动，全力投入选举，宣称：“我们要在国会里头获得过半数以上的议席，进而在朝，就可以组成一党的责任内阁；退而在野，也可以严密地监督政府，使它有所惮而不敢妄为；应该为的，也使它有所惮而不敢不为。”为此，他不惮劳苦，先后到湖南、湖北、安徽、江苏、浙江，激昂慷慨地发表演说，抨击时政，鼓吹责任内阁，甚至点名指责袁世凯和赵秉钧。有次他讲：“现在接得各地的报告，我们的选举运动是极其顺利的。袁世凯看此情形，一定忌克得很，一定要勾心斗角，设法来破坏我们，陷害我们。我们要警惕，但是我们也不必惧怯。他不久的将来，容或有撕毁《约法》、背叛民国的时候。我认为那个时候，正是他自掘坟墓、自取灭亡的时候。到了那个地步，我们再起来革命不迟。”经过努力，他本人当选为参议员，国民党在1913年2月结束的参众两院选举中，获得了压倒优势的胜利，成为国会中的第一大党。他满以为依靠第一大党的支持，可以出而组阁，当上国务总理了，国民党人也对他抱着很大的希望。如果宋教仁组织责任内阁，势必牵制总统的职权，对袁世凯不利，也使赵秉钧失掉了总理的位置；如果国民党议员在当年的正式总统选举中不投袁世凯的票，政权会被国民党用和平方式夺去，对袁世凯来说，就无异于灭顶之灾。所以他们都有可能指使洪述祖暗杀宋教仁，具有重大嫌疑。
但要断定他们是不是幕后主使人，必须看引以为据的事实能否成立，还要看他们本人的自辩有无道理。
函电证据涉及赵秉钧的有几处，，就在证据公布的第三天，即4月28日，他为避免以讹传讹，特地发出通电进行辩解。兹按时间顺序，看他是如何辩解的。证据：1月9日，国务院总理赵秉钧致洪述祖函，有“应君（夔丞）领款，不甚接头，仍请一手经理，与总统说定才行”等语。
对此，赵秉钧辩解为：“此函系因应夔丞担任解散共进会，除领款五万元外，其巡缉一差，亦为消弥伏莽，由程都督（即程德全）电请中央每月津贴二千元，大总统照准。应夔丞请领该项津贴之款，本总理饬查，国务院、内务部均无成案，故有致洪之函，声叙始末。至今应（夔丞）之公文印领，尚存国务院，有案可查也。”他任国务总理兼内务总长，对领津贴这种具体的小事不大清楚，命秘书洪述祖办理，是很正常的，可以理解的，因而其辩解是可信的。
应桂馨原为上海的帮会头子，辛亥革命时取得陈其美信任，当上了上海都督府的谍报科长，后又充当南京总统府的庶务科长，兼管孙中山的卫队，因为违法乱纪被撤职。以后他怎么又当上了江苏驻沪巡查长？赵秉钧也有个说明：“应夔丞系上年顾斌勾结鄂省马队滋事案内逃犯，曾经黎副总统（即黎元洪）通电严缉。嗣于十月二十七日准黎副总统宥电称，‘据程都督电，应夔丞情愿效力自赎，并担任解散共进会及武汉党徒，请将通缉原案取消’等因，十月二十九日奉大总统令，‘准将应夔丞一名特予赦典，取消通缉，嗣后该共进会如有不法，惟应夔丞是问。即由该都督责成担任，并酌予委用’等因，由国务院艳电咨行程都督及应夔丞在宁委充巡缉差使。”由此可见，以前赵秉钧和袁世凯并不认识应桂馨，应桂馨到国务院请领津贴纯属公务，毫不涉及其他，很难推断与刺宋有关。
证据：1月14日，赵秉钧致应桂馨函：“密码送请检收，以后有电直寄国务院赵可也”等语。外附应密电码一本，上注“国务院应密，民国二年一月十四日”字样。
对此，赵秉钧辩解道：“查上年十二月中，应夔丞北上，循例谒见大总统及本总理，力言共进会党均系青红两帮，抚无可抚，诛不胜诛，惟宜设法解散，以杀其势。曾经开具条款，领洋五万元以为解散该会费用。政府允许，款由内务部发给，档案可查。至本年一月，应（夔丞）将南归，濒行求见，面请发给国务院密码电本。本总理当以奉差各省特派人员向用密电报告，以防漏泄，应夔丞请发密码，理无固拒，因而许可。又恐其借事招摇，别生枝节，因函嘱其以后有电直寄国务院，借示在官言官，语不及私之义，而别嫌明微之隐衷，亦可于兹揭示。斯则本年一月十四日之函所由来也。”他说“奉差各省特派人员”均送给密电码，应桂馨请求发给，不便拒绝，这种解释应该说是合理的。
证据：1月26日，应桂馨致赵秉钧密电，有“国会盲争，真相已得，洪回面详”等语。2月1日，应桂馨致赵秉钧密电，有“宪法起草以文字鼓吹、金钱联合，主张两纲：一除总理外不投票，一解散国会”等语。2月2日，应桂馨致内务部秘书程经世转赵秉钧电云：“孙（中山）、黄（兴）、黎（元洪）、宋（教仁）运动极烈，黎外均获华侨资助，民党忽主举宋任总理，东电（1日）所陈两纲，其一已有把握，虑被利用，已向日本购孙、黄、宋劣史，黄与下女合像，警厅供抄宋犯骗案刑事提票，用照片辑印十万册，拟从横滨发行。……内外多事，倘选举扰攘，国随以亡，补救已迟。及今千钧一发，急宜图维。”
对前两电，赵秉钧的辩解是：应密电本由洪述祖专掌，洪述祖均未译呈，“本总理至今未见”。这种情形可能存在，也可能是他故意将责任推卸给洪述祖，究竟如何，无据可查，洪述祖对其辩解也无任何表示，只能存疑。但这两电的内容是讲国会选举，与刺宋无关。对后一电，他解释说：“本总理实未曾见。质之程经世，据称：‘二月初，接上海来电，因系应密，查知该项密码，系洪秘书专管，即时交洪。至该秘书曾否译呈，无从查悉。’”并说，洪述祖没有译呈，所以他又未见到。此电的内容是应桂馨报告购买孙中山、黄兴和宋教仁在日本的丑事，辑印发行，破坏宋教仁的名誉，不使其当选国务总理，尚无谋杀之意，即使赵秉钧看过，亦难断定是谋杀的确证。
证据：2月4日，洪述祖致应桂馨函，有“冬电（2日）到赵（秉钧）处，即交兄（洪述祖自称）面呈总统，阅后色颇喜。说弟颇有本事，既有把握，即望进行云云。兄又略提款事，渠（指袁世凯）说将宋骗案情及照出之提票式寄来，以为征信”等语。
对此，赵秉钧辩解说，2日之电洪述祖并未译呈，不知所指何事。照此函之意，“可知款系收买提票之款。上段所谓‘喜悦’，所谓‘进行’”，“皆指收买宋在日本骗案刑事提票而言，决不影响于谋杀。”“其面呈总统一节，尤为虚构。查各部员司谒见总统，向由该部长官带领。总统府门禁森严，一切来宾均先由传宣处登记。本总理既无带领洪述祖谒见总统之事，而查阅总统府门簿，亦无洪述祖之名，其为不根之谈，显而易见。”洪述祖是否译呈密电，赵秉钧是否带领洪述祖去见袁世凯，总统府传宣处的登记簿是否被改动，均值得怀疑，但未经查证，也只能存疑，不能骤下断语。尤其应该注意的是，此电讲的为收买提票之事，所以也不能作为谋杀的确证。
以上是直接与赵秉钧有关的函电。另外，3月13日洪述祖致应桂馨电，有“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理”等语。赵秉钧也作了说明：“查《临时约法》，授与勋位系大总统特权，然向例必由各机关呈请，其勋绩不甚显著者，则开会评议，取决多数。即中央特授，亦须评决。如毁宋即可酬勋，试问应由何人呈请？何人评决？洪电诳应，岂难推定？”他因此推论：“去宋之动机起于应（桂馨）之自动”，“且皆洪（述祖）假政府名义诳诱应犯，决非受政府之嘱托”，“中央政府于宋案无涉”。
证据涉及袁世凯的有两处，一为上面所述2月4日洪述祖致应桂馨函中所说的面见袁世凯之事，二为“毁宋酬勋位”。对这两点，赵秉钧已有解释说明，因此不能作为谋杀的确证。袁世凯当时没有为自己辩解，但他认为3月13日以后洪述祖与应桂馨的函电中“间有影射政府之处，然不近情理。即如‘毁宋酬勋’一语，最为可疑。抑知给勋手续甚繁”，“造此电者不明事理，直同儿戏”。“此种谰言，虽三尺童子，亦不足欺也。”“其余应、洪二人互骗之语，政府岂能担任？”
袁世凯之所以被认定是刺宋的主谋，主要因为：一，他有作案动机，赵秉钧为其一手提拔起来的心腹，二人利害一致，故授意赵秉钧进行，而公布的证据又确实涉及他和赵秉钧。二，拒绝黄兴等提出组织特别法庭审理宋案。三，镇压了国民党的“二次革命”后，应桂馨公然发出“请平反冤狱”的通电，并大摇大摆地跑到北京，1914年1月在去天津的火车上被人杀死；相隔一个多月，已改任直隶都督兼民政长的赵秉钧突然暴毙于天津家中，被认为是他杀人灭口。四，当时一些人的有关说法。
然而，有作案动机并不等于必定杀人。在这一刑事案件中，袁世凯和赵秉钧是否有罪，必须由司法部门通过反复查核人证物证，作出准确的判决，才能确定。
关于袁世凯拒绝黄兴等提出组织特别法庭审理宋案的问题，似乎表明他与赵秉钧做贼心虚，其实不然。赵秉钧确曾通电说明自己无罪，拒绝到上海地方检察厅出庭受审，但有一个明显的事实是：1913年6月30日，他向袁世凯呈请说：“自宋案以来，谣言四起，人心惶惑”，公布证据之后，“仍有多事之徒以此案作为制造争端之藉口”。为此，请总统援照欧美各国成例，“指派德高望重、精通法律之中外人士，组成调查委员会，调查该案并据报闻。”当日，袁世凯即下令设立一个调查委员会，由伍廷芳主持，命莫理循参加，对宋案进行调查。伍廷芳是法律专家，在辛亥革命南北议和时站在革命派一边，不会偏袒袁世凯；澳大利亚人莫理循虽是袁世凯聘请的政治顾问，但也比较正直。袁世凯不同意黄兴等设立特别法庭，而同意让伍廷芳主持调查委员会，应该说不是反对审理宋案，而是不相信黄兴等人会做出公正判决。伍廷芳建议设立一个特别委员会，向莫理循讲了。但莫理循对他说：“在国外的任何国家中，不是土生土长的本国人去参加这种调查委员会的从未有过”。“如果有个外国人参加了委员会，也增加不了国家的尊严。我认为这是对国家荣誉的一种反映，难道偌大中国，竟找不到一个公正无私的人？”伍廷芳同意他的观点。莫理循还致函内阁，提出应当理智冷静地对待此事，同时指出：“国务总理赵秉钧先生要求由公正法庭调查案情这件事本身，就最好地证明了他是无辜的。可是，如果真按他的建议进行调查，事情闹到什么地步才能结束呢？不光是赵总理必须受到审查，南方的显要政治家们（指孙中山、黄兴等）也必须为把他们卷入案内的公职行为出庭解释，以驳斥对他们提出的那些含糊而缺乏事实根据的控告。我谨再次提出，为了国家的尊严和中国人民的荣誉，在目前时刻进行这种调查是不明智的。”大概由于这个原因，特别委员会没有立即成立。旋即爆发了二次革命，成立特别委员会更不可能了。此事说明，赵秉钧和袁世凯是愿意把宋案调查清楚的，并非一意阻挠。
袁世凯有派人暗杀应桂馨和赵秉钧的嫌疑，但亦无任何直接证据证明是其所为。至于当时一些人的说法，更不能作为谋杀的证据了。
还有一个非常值得重视的事实是：与赵秉钧直接联系的洪述祖在1913年5月3日发出的通电中承认，他赞成应桂馨从日本购买提票，“暴宋劣迹，毁宋名誉，使国民共弃之，以破其党派专制之鬼蜮”，但“又恐述祖人微言轻，不得不假托中央名义，以期达此目的。”在此，他把购买提票之责完全承担下来，使赵秉钧和袁世凯摆脱了所有干系。1917年他被捕押解到北京后，直到1919年4月被处以绞刑，经过京师地方审判厅、高等审判厅和大理院几次审理，他虽然极力为自己开脱罪责，可是，却始终没有明确供认他刺宋是奉何人之命。如果说1913年5月3日的通电他将赵秉钧和袁世凯开脱出来，是为了以后有朝一日获得他们的庇护，重新被重用的话；那么，此时赵秉钧和袁世凯均已去世，他就没有回护他们的必要了。他作为唯一与赵秉钧联系的知情人在这种情况下尚不供认系奉何人之命，要确认赵秉钧或袁世凯是刺宋的主谋，就很困难了。
长期以来近史学界深受人治影响，缺乏法律观念，实行疑罪从有、有罪推定的思维定式，主观上认定谁有罪，谁就是罪犯，就随意定下罪名，刺宋案亦是如此。这种思维定式不是从经得起客观检验的事实出发，而是出于怀疑、推测和想象，所以就认定袁世凯是刺杀宋教仁的主谋。作为学术研究，根据种种迹象做出某种推断是可以的，但推断不等于事实。现代刑法重视的是证据，实行疑罪从无、无罪推定的原则，即没有确凿证据证明有罪的，不得确认任何人有罪。研究宋案，也要坚持这一原则，缺乏确凿证据，就不能认为赵秉钧或袁世凯是刺杀宋教仁的主谋；纵然有些问题没有搞清，也只能存疑，不能作为定论。如果此后发掘不出新的有力证据，刺杀宋教仁究竟是如赵秉钧所说，“去宋之动机起于应（桂馨）之自动”，“洪（述祖）假政府名义诳诱应犯”进行，抑或洪述祖奉赵秉钧、袁世凯之命，就永远是个难解的谜了。
